genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33780252--33780282	9	3.6	9	95	4	55	35	12	29	22	1.91
33785185--33785319	55	2.5	55	86	6	186	29	31	19	19	1.96
33786151--33786326	93	1.9	93	86	2	255	22	30	19	26	1.98
33786153--33786326	47	3.8	45	80	6	188	22	31	19	26	1.98
33801190--33801216	12	2.2	12	100	0	54	33	14	0	51	1.43
33803017--33803058	21	2.0	22	86	13	61	47	4	0	47	1.23
33803294--33803357	28	2.2	30	75	10	71	45	4	1	48	1.32
33804523--33804581	31	1.9	31	89	0	91	49	6	1	42	1.39
33804981--33805083	51	2.0	52	96	1	190	39	8	19	32	1.82
33811289--33811376	45	2.0	45	93	0	149	39	23	12	23	1.89
33815015--33815073	20	3.0	20	89	0	82	38	20	28	11	1.88
33816785--33816879	49	1.9	49	82	0	118	31	24	15	28	1.96
33821808--33821874	34	1.9	36	82	11	86	50	1	14	32	1.52
33821965--33822024	27	2.2	28	87	3	86	51	5	6	36	1.50
33821965--33822037	28	2.7	27	81	10	78	52	6	5	35	1.52
33822096--33822130	16	2.1	17	89	5	54	51	22	0	25	1.48
33822126--33822237	21	5.2	21	81	13	106	58	2	3	34	1.29
33822124--33822237	44	2.6	43	82	10	135	58	2	3	35	1.29
33822184--33822284	13	8.2	12	71	22	59	59	4	2	32	1.34
33822176--33822240	10	6.3	10	74	22	55	61	1	1	35	1.15
33822435--33822468	17	2.1	16	94	5	59	52	11	0	35	1.38
33822543--33822630	3	29.7	3	69	15	58	62	2	6	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33824580--33824626	22	2.1	22	88	4	67	48	10	4	36	1.57
33827222--33827248	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
33837207--33837879	44	15.2	44	69	5	275	30	20	23	26	1.99
33837134--33837949	177	4.6	177	88	1	1183	29	21	23	26	1.99
33839973--33840021	26	2.0	24	84	8	62	34	6	2	57	1.35
33846367--33846588	46	4.7	46	76	14	174	24	28	18	28	1.98
33862882--33863100	46	4.7	46	71	14	144	23	28	19	28	1.98
33864785--33864930	37	3.9	37	92	0	229	26	30	18	24	1.98
33864786--33864930	74	2.0	74	94	0	254	26	30	18	24	1.98
33865077--33865211	48	2.8	48	95	0	234	31	27	6	34	1.83
33865181--33865374	47	4.1	47	90	0	289	27	29	10	32	1.90
33865274--33865345	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
33889269--33889307	20	2.0	20	90	5	62	30	15	7	46	1.74
33896679--33896830	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
33896679--33896830	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
33911882--33911918	13	2.8	13	91	0	56	51	16	0	32	1.45
33912333--33912386	27	2.0	27	88	0	81	29	20	22	27	1.98
33917890--33917916	7	3.9	7	100	0	54	25	29	29	14	1.95
33919316--33919365	24	2.1	25	85	7	68	50	0	0	50	1.00
33919319--33919381	21	2.9	22	75	15	67	49	1	0	49	1.10
33919955--33920022	33	2.1	33	100	0	136	42	2	2	51	1.32
33922468--33922529	23	2.7	23	79	0	79	40	19	19	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33922543--33922595	23	2.3	23	78	15	56	37	26	7	28	1.83
33923915--33923958	10	4.3	10	83	13	54	65	2	6	25	1.28
33923978--33924015	13	2.8	13	84	15	51	44	15	0	39	1.47
33925500--33925794	148	2.0	149	93	0	511	33	20	12	33	1.90
33928040--33928115	30	2.5	30	100	0	152	35	15	19	28	1.93
33928453--33928768	47	6.7	47	74	16	237	30	18	28	23	1.97
33928452--33928768	93	3.3	92	79	13	299	29	17	28	23	1.97
33929012--33929205	47	4.1	47	91	0	298	26	29	10	32	1.90
33928965--33929205	94	2.6	94	85	4	299	27	29	9	32	1.89
33929105--33929176	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
33932984--33933010	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
33961801--33961836	14	2.6	14	100	0	72	25	36	8	30	1.85
33970719--33970756	16	2.4	16	95	4	69	68	5	0	26	1.11
33971023--33971071	22	2.4	20	83	10	55	61	2	0	36	1.08
33973267--33973294	13	2.2	13	100	0	56	14	14	28	42	1.84
33973725--33973755	15	2.1	15	94	5	55	35	29	22	12	1.91
33975514--33975567	27	2.0	27	96	0	99	46	1	7	44	1.42
33975521--33975581	27	2.3	24	77	22	68	45	6	6	40	1.56
33975594--33975635	19	2.2	19	91	8	68	30	0	2	66	1.04
33976375--33976403	15	1.9	15	100	0	58	31	6	20	41	1.79
33978184--33978376	40	4.8	40	82	2	235	35	15	27	21	1.93
33981170--33981207	19	2.0	19	85	10	51	2	36	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33981326--33981358	17	1.9	17	88	11	50	3	30	0	66	1.06
33994080--33994125	18	2.6	18	92	0	74	21	30	23	23	1.99
33997590--33997647	31	2.0	29	83	12	75	34	44	6	13	1.71
34002215--34002341	47	2.7	47	83	9	154	25	27	18	27	1.98
34009874--34010000	50	2.6	50	81	7	145	21	27	21	29	1.98
34009976--34010048	24	3.0	24	95	0	128	23	26	19	31	1.98
34010028--34010148	46	2.7	43	80	13	127	28	27	14	28	1.96
34011866--34011913	21	2.3	21	85	0	60	22	20	41	14	1.89
34018053--34018106	27	2.0	27	85	7	74	66	3	5	24	1.29
34020240--34020311	26	2.8	24	76	12	72	61	8	2	27	1.39
34025870--34025931	25	2.5	25	86	0	88	22	22	24	30	1.99
34027579--34027661	43	1.9	43	87	0	121	25	18	28	27	1.98
34029024--34029048	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
34030891--34031023	51	2.9	44	76	13	133	26	18	27	27	1.98
34032454--34032512	23	2.6	23	86	0	91	15	28	32	23	1.95
34032976--34033030	27	2.0	27	96	0	101	38	7	20	34	1.80
34035382--34035626	49	4.9	50	81	4	289	30	26	17	25	1.97
34035543--34035619	26	3.1	26	62	24	65	32	27	14	25	1.94
34049619--34049797	29	6.1	29	78	7	175	24	25	13	37	1.91
34049619--34049797	59	3.1	56	78	7	171	24	25	13	37	1.91
34052427--34052480	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
34052481--34052569	27	3.3	27	87	0	115	24	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34058090--34058140	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
34058794--34058938	27	5.4	27	83	0	173	24	20	20	35	1.96
34058795--34058939	54	2.7	54	86	0	200	24	20	19	35	1.95
34064224--34064330	41	2.7	41	83	2	137	34	17	19	28	1.95
34064263--34064357	20	4.6	20	65	7	55	34	16	21	27	1.95
34069325--34069648	48	6.8	48	82	3	368	22	30	20	27	1.98
34069322--34069648	96	3.4	96	87	5	448	22	30	19	27	1.98
34074632--34074858	48	4.7	48	78	5	219	23	28	20	28	1.99
34074628--34074857	96	2.4	96	85	2	302	23	27	20	28	1.99
34079135--34079167	17	1.9	17	93	0	57	30	9	0	60	1.27
34081312--34081419	32	3.3	32	78	11	103	39	7	10	42	1.67
34085893--34085933	9	4.8	9	85	8	59	65	0	0	34	0.93
34085897--34085929	17	1.9	17	100	0	66	69	0	0	30	0.88
34089324--34089648	140	2.3	140	85	2	429	28	21	19	31	1.97
34092642--34092730	32	2.8	32	72	13	83	35	20	17	25	1.95
34092709--34092793	27	3.1	27	74	3	73	43	16	17	22	1.88
34093211--34093349	27	5.2	26	81	6	116	28	11	20	39	1.87
34093223--34093341	54	2.2	54	84	3	159	27	10	23	37	1.88
34093250--34093353	54	1.9	53	90	5	165	30	7	21	40	1.81
34097085--34097151	27	2.5	27	85	4	82	31	16	13	38	1.87
34097132--34097291	27	6.0	26	80	10	171	32	9	18	40	1.82
34097102--34097292	54	3.5	53	83	8	208	34	9	17	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34097107--34097288	81	2.2	80	83	5	224	33	9	16	40	1.82
34098799--34098844	24	1.9	24	81	0	56	17	36	4	41	1.69
34116312--34116437	46	2.7	46	86	4	155	23	33	18	25	1.97
34116655--34116682	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
34121888--34121921	13	2.6	13	85	0	50	8	35	35	20	1.84
34125758--34125883	55	2.3	55	81	0	135	21	21	27	29	1.98
34132899--34132955	10	5.5	10	82	15	62	36	1	5	56	1.32
34136912--34137134	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
34144822--34145044	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
34146709--34146756	24	2.0	24	84	12	62	8	37	2	52	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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