genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  157  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52070143--52070182	21	1.9	21	89	0	62	20	27	37	15	1.92
52071044--52071315	46	5.8	48	77	9	215	23	30	18	27	1.98
52071085--52071267	93	2.0	94	83	7	239	22	30	18	28	1.98
52071085--52071312	94	2.4	92	81	10	234	23	29	18	28	1.98
52078139--52078193	21	2.6	21	79	0	65	29	23	27	20	1.99
52078414--52078489	26	2.8	27	78	4	73	22	13	22	42	1.88
52083420--52083641	40	5.6	40	88	1	279	25	22	25	26	2.00
52083420--52083643	120	1.9	119	85	4	308	25	22	25	26	2.00
52086296--52086509	46	4.6	46	74	11	157	29	19	28	22	1.98
52086294--52086551	140	1.8	140	85	3	367	30	18	27	22	1.97
52090785--52090992	54	3.8	53	78	6	186	25	22	15	36	1.94
52091184--52091268	44	1.9	44	83	4	109	24	23	12	38	1.90
52100656--52100695	21	1.9	21	89	0	62	22	27	37	12	1.90
52101930--52102099	46	3.7	46	76	9	139	24	28	18	28	1.98
52104413--52104500	6	14.7	6	78	0	95	46	6	3	43	1.47
52104416--52104446	8	3.9	8	100	0	62	38	0	9	51	1.35
52104441--52104500	8	7.5	8	98	0	111	50	10	0	40	1.36
52104417--52104500	24	3.5	24	88	0	105	46	7	3	42	1.48
52113043--52113131	44	2.0	44	97	0	169	26	16	10	46	1.79
52114287--52114406	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
52115995--52116264	47	5.7	47	91	0	398	33	8	30	28	1.87
52116383--52116461	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52119934--52119981	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
52120005--52120088	42	2.0	42	95	0	150	29	10	14	45	1.78
52127723--52127892	35	4.9	35	84	1	200	38	15	22	23	1.93
52128470--52128562	17	5.1	19	75	15	81	38	8	15	37	1.78
52128519--52128543	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
52135342--52135391	19	2.4	21	80	9	59	84	0	10	6	0.79
52136262--52136726	44	10.6	44	71	9	288	31	17	24	26	1.97
52136267--52136718	132	3.4	132	90	1	649	32	17	24	26	1.97
52136662--52136754	44	2.1	44	91	0	150	34	16	24	24	1.95
52136741--52137455	205	3.5	205	91	0	1146	31	18	21	28	1.97
52137529--52137640	45	2.5	45	88	1	154	34	12	29	23	1.91
52137996--52138072	19	4.2	19	80	16	99	37	7	18	36	1.80
52138029--52138054	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
52139020--52139069	25	2.0	25	100	0	100	40	16	16	28	1.89
52141521--52141557	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
52141521--52141608	11	8.3	10	76	15	54	62	1	2	34	1.15
52141517--52141609	32	2.9	32	79	6	91	62	1	2	34	1.14
52141567--52141604	11	3.4	11	96	3	67	65	0	0	34	0.93
52141570--52141615	13	3.2	16	74	25	57	65	0	0	34	0.93
52146552--52146744	30	6.4	30	79	3	199	25	27	10	35	1.89
52146553--52146744	60	3.2	60	81	5	226	25	28	10	35	1.89
52147096--52147159	31	2.1	31	100	0	128	29	39	9	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52151869--52152349	84	5.7	83	79	9	395	44	11	10	33	1.75
52151869--52152170	84	3.6	84	85	3	396	48	10	8	32	1.68
52152142--52152371	88	2.6	87	80	6	232	40	11	12	35	1.80
52152425--52152591	88	1.9	87	86	3	237	43	10	13	31	1.79
52155409--52155469	30	2.0	30	93	0	104	19	47	1	31	1.59
52156809--52156904	31	3.1	31	92	0	147	51	22	2	23	1.59
52156819--52156872	18	3.3	18	67	32	57	57	20	0	22	1.41
52158914--52159163	125	2.0	125	100	0	500	43	19	9	28	1.82
52166290--52166342	26	2.0	27	88	7	81	35	1	3	58	1.27
52166292--52166348	28	2.2	27	81	12	66	36	1	5	56	1.32
52174010--52174193	50	3.7	50	84	1	226	29	26	17	25	1.98
52174010--52174193	101	1.8	99	87	2	269	29	26	17	25	1.98
52174439--52174492	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
52177077--52177180	26	4.0	26	97	0	199	30	6	26	35	1.83
52182433--52182466	13	2.6	13	90	0	50	35	8	17	38	1.81
52183554--52183715	42	3.8	42	80	6	166	31	12	24	30	1.93
52190519--52190556	19	2.1	19	90	5	60	44	26	5	23	1.74
52191325--52191426	42	2.4	43	83	6	127	29	24	18	27	1.98
52198212--52198383	67	2.7	65	75	6	179	27	17	31	23	1.97
52202604--52202705	42	2.4	43	83	6	127	30	24	18	26	1.98
52208613--52209230	47	13.1	47	94	1	995	32	8	29	29	1.88
52208613--52209180	190	3.0	190	97	0	1059	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52209349--52209427	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
52225301--52225386	43	2.0	43	95	0	154	27	19	12	39	1.88
52233370--52233576	40	5.2	40	84	4	233	24	22	28	25	2.00
52233366--52233576	79	2.7	80	82	5	277	25	22	27	25	2.00
52241429--52241634	39	5.2	40	86	5	251	23	23	28	24	2.00
52241425--52241634	79	2.7	79	83	5	293	24	22	27	24	2.00
52248265--52248303	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
52256033--52256094	28	2.2	28	97	0	115	35	16	25	22	1.94
52256937--52257061	42	3.0	42	90	0	196	24	20	23	31	1.98
52259169--52259207	17	2.3	17	95	0	69	58	12	5	23	1.54
52270785--52270825	20	2.1	19	86	13	57	70	9	7	12	1.33
52271099--52271154	21	2.7	21	91	0	85	28	32	14	25	1.94
52272669--52272789	42	2.9	41	90	3	188	31	24	19	23	1.98
52273636--52273697	28	2.2	28	97	0	115	22	25	16	35	1.94
52276785--52276959	46	3.8	46	75	7	183	21	18	29	29	1.97
52276779--52276951	93	1.9	93	92	2	294	21	19	30	28	1.98
52279207--52279411	40	5.2	40	90	2	281	24	21	27	26	2.00
52286826--52286956	42	3.1	42	89	4	208	33	22	19	24	1.97
52286826--52286962	44	3.1	44	90	3	215	34	21	18	25	1.96
52289213--52289260	24	2.0	24	84	8	62	6	43	0	50	1.27
52289650--52289681	3	10.7	3	93	0	55	37	0	28	34	1.57
52289787--52289839	15	3.5	15	70	14	54	41	15	0	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52289778--52289840	31	2.0	31	100	0	126	41	15	0	42	1.47
52292783--52292922	39	3.5	39	91	4	194	19	23	27	30	1.98
52292783--52292939	39	4.0	39	89	4	169	18	22	28	31	1.97
52297733--52297773	19	2.1	20	86	4	57	56	0	9	34	1.32
52300526--52300707	40	4.6	40	91	2	278	24	23	26	25	2.00
52315440--52315538	40	2.3	44	84	8	134	28	20	24	27	1.99
52317064--52317132	30	2.3	31	82	7	79	47	17	8	26	1.76
52317167--52317207	21	2.0	21	95	0	73	24	17	29	29	1.97
52320466--52320517	26	2.0	26	100	0	104	34	11	23	30	1.90
52327389--52327613	40	5.7	40	85	5	269	25	28	21	24	1.99
52328743--52328862	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
52329571--52329831	77	3.4	79	80	5	300	36	14	14	33	1.88
52330180--52330218	17	2.4	17	95	4	71	53	20	15	10	1.70
52331395--52331563	85	2.0	85	95	0	302	33	9	13	43	1.77
52332936--52332975	17	2.3	17	86	4	53	65	2	10	22	1.35
52334539--52334609	18	3.9	18	74	3	61	45	14	8	32	1.74
52334555--52334606	18	2.8	19	82	5	70	51	11	5	30	1.61
52335877--52335915	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
52342648--52342698	19	2.6	20	78	12	61	41	1	0	56	1.10
52343230--52343257	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
52344220--52344267	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
52344214--52344257	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52344214--52344273	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
52344732--52344773	11	3.8	11	79	20	52	73	9	2	14	1.18
52344723--52344771	21	2.3	21	93	6	82	77	10	4	8	1.10
52348447--52348491	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
52351287--52351337	20	2.5	20	80	3	57	25	3	1	68	1.17
52351543--52351621	3	26.3	3	76	5	70	29	3	1	65	1.17
52351547--52351621	21	3.6	21	81	0	78	29	4	1	65	1.19
52358513--52358551	20	1.9	21	84	5	53	35	15	25	23	1.94
52361136--52361182	18	2.7	18	76	3	51	57	21	0	21	1.41
52362475--52362525	25	2.0	24	82	14	59	27	5	7	58	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343