genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78320064--78320141	27	2.9	26	81	14	95	23	21	21	33	1.97
78320182--78320233	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
78320272--78320411	54	2.6	54	85	4	192	30	8	21	39	1.83
78320159--78320396	81	2.9	82	75	5	212	31	9	18	39	1.84
78320190--78320465	27	10.1	27	79	5	162	34	8	19	38	1.82
78320361--78320586	54	4.2	54	85	0	191	38	8	22	30	1.84
78320363--78320592	81	2.8	80	82	1	199	39	8	21	30	1.83
78320390--78320592	27	7.5	27	85	2	255	39	7	22	30	1.82
78320390--78320592	54	3.8	54	88	0	289	39	7	22	30	1.82
78320606--78320703	27	3.6	27	78	12	94	34	9	17	38	1.81
78320625--78320709	26	3.2	26	81	9	66	34	8	16	41	1.78
78322424--78322502	31	2.5	31	91	0	131	21	27	17	32	1.96
78322719--78322815	26	3.8	26	93	1	144	27	21	23	26	1.99
78322863--78322901	11	3.7	11	80	13	55	30	17	12	38	1.88
78324205--78324229	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78331142--78331225	25	3.4	24	82	9	89	27	22	20	29	1.98
78331155--78331225	25	2.8	26	85	8	92	28	22	22	26	1.99
78331273--78331320	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
78347382--78347424	13	3.3	13	96	0	77	58	16	2	23	1.50
78349007--78349052	5	9.4	5	97	2	85	19	0	0	80	0.71
78349949--78350021	32	2.2	33	82	4	85	54	4	6	34	1.46
78351408--78351459	21	2.5	21	93	0	86	32	53	9	3	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78352896--78353337	221	2.0	221	94	0	769	36	29	9	24	1.88
78357169--78357217	13	3.4	15	74	25	52	59	4	4	32	1.35
78357169--78357221	16	3.6	16	69	23	53	60	3	3	32	1.32
78357184--78357229	21	2.2	20	81	7	56	65	2	4	28	1.23
78357171--78357236	27	2.6	27	83	7	66	63	4	4	27	1.33
78367204--78367298	47	2.0	47	100	0	190	35	16	14	32	1.90
78367712--78367757	23	2.1	23	84	8	60	41	2	4	52	1.33
78367942--78367976	12	2.9	12	86	0	52	51	8	22	17	1.72
78368192--78368250	25	2.4	25	97	2	111	27	16	5	50	1.66
78376370--78376411	18	2.2	19	84	16	52	59	4	4	30	1.39
78379990--78380041	5	10.6	5	88	12	81	61	0	0	38	0.96
78379997--78380049	8	6.4	8	81	16	63	62	1	0	35	1.06
78379992--78380050	13	4.9	13	80	19	74	61	1	0	37	1.07
78379990--78380041	23	2.4	21	93	6	86	61	0	0	38	0.96
78379990--78380088	34	3.0	34	80	10	109	57	3	1	38	1.21
78381593--78381638	22	2.1	22	95	0	83	45	0	21	32	1.52
78382095--78382363	48	5.6	48	75	6	213	28	17	28	25	1.98
78382082--78382350	144	1.9	143	79	4	308	27	17	28	26	1.97
78382092--78382364	96	2.8	95	76	4	271	28	17	28	25	1.98
78390119--78390156	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
78390133--78390157	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
78390182--78390240	6	9.5	6	89	7	82	77	5	0	16	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78390182--78390248	32	2.1	32	83	13	84	77	5	0	16	0.95
78390260--78390327	9	7.6	9	89	0	91	22	7	25	45	1.77
78391221--78391287	5	13.4	5	100	0	134	59	0	0	40	0.97
78391325--78391366	20	2.0	20	86	4	57	28	19	4	47	1.69
78394720--78394786	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
78402543--78402567	12	2.1	12	100	0	50	24	0	68	8	1.16
78404345--78404383	18	2.2	18	86	9	53	43	5	0	51	1.24
78404791--78404830	21	2.0	20	85	5	53	17	2	20	60	1.48
78407056--78407103	24	2.0	24	100	0	96	29	8	25	37	1.85
78414092--78414335	40	6.1	40	80	6	255	24	27	25	23	2.00
78415658--78415693	10	3.7	10	85	7	56	2	16	0	80	0.83
78422290--78422531	40	6.1	40	80	4	258	24	27	24	23	2.00
78423855--78423887	10	3.4	10	87	8	50	0	15	0	84	0.61
78444105--78444286	40	4.6	40	91	2	278	23	21	28	26	1.99
78448529--78448608	27	3.0	27	81	5	92	37	10	23	28	1.87
78452601--78452666	29	2.3	29	86	0	87	28	28	13	28	1.94
78455887--78456083	39	5.1	39	93	0	324	21	23	29	24	1.99
78468225--78468308	28	3.0	28	77	6	71	26	32	13	28	1.93
78468519--78468569	16	3.2	16	75	10	59	7	15	21	54	1.66
78468519--78468577	8	7.4	8	78	12	50	8	16	22	52	1.70
78471334--78471381	25	1.9	25	86	0	69	25	8	8	58	1.55
78486097--78486253	43	3.7	44	81	5	169	29	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78486339--78486487	43	3.5	44	80	7	173	28	14	22	33	1.94
78486026--78486509	242	2.0	241	90	1	772	30	14	22	31	1.94
78487887--78487913	8	3.4	8	100	0	54	48	0	11	40	1.39
78495648--78495687	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
78495720--78495744	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
78504693--78504736	20	2.3	19	96	4	79	40	31	18	9	1.81
78524251--78524482	40	5.8	40	93	1	254	28	27	20	23	1.99
78524231--78524482	80	3.2	79	85	4	310	29	26	19	23	1.98
78527110--78527338	47	4.8	49	75	12	183	26	19	30	24	1.98
78527156--78527335	49	3.7	47	78	9	175	26	19	30	23	1.98
78528406--78528431	5	5.2	5	100	0	52	0	38	0	61	0.96
78531222--78531349	48	2.7	47	82	7	152	29	14	32	23	1.95
78531372--78531542	49	3.5	49	89	3	238	29	19	28	22	1.98
78534037--78534074	17	2.2	18	85	4	51	42	7	13	36	1.73
78534070--78534109	18	2.2	18	86	0	53	42	12	15	30	1.83
78534217--78534255	6	6.5	6	93	0	60	43	15	23	17	1.87
78534799--78534855	22	2.7	22	86	10	75	5	17	7	70	1.29
78534984--78535029	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
78537327--78537353	12	2.2	12	100	0	54	48	14	7	29	1.71
78539593--78539819	111	2.0	111	98	0	436	42	23	2	31	1.66
78540268--78540308	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
78540277--78540311	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78540419--78540463	6	7.5	6	92	0	72	48	15	17	17	1.81
78540420--78540469	12	4.2	12	92	0	64	50	16	16	18	1.79
78550268--78550320	6	9.0	6	85	2	72	16	1	1	79	0.92
78552392--78552417	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
78553622--78553666	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
78556662--78556691	12	2.5	12	94	0	51	26	16	30	26	1.97
78563970--78564331	49	7.6	49	73	9	241	28	19	27	24	1.99
78566186--78566305	56	2.1	56	95	0	213	45	8	22	23	1.79
78567758--78568211	47	9.6	47	92	2	700	33	9	29	27	1.88
78570491--78570833	79	4.3	81	85	5	251	25	22	27	25	2.00
78570571--78570878	119	2.6	119	83	3	352	24	22	27	24	2.00
78570491--78570878	40	9.8	40	85	4	362	24	22	27	25	2.00
78572150--78572269	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
78642359--78642511	27	5.7	27	80	8	152	30	29	14	26	1.95
78650143--78650319	27	6.6	27	84	2	203	29	28	15	27	1.96
78650164--78650318	81	1.9	81	88	2	231	29	28	15	27	1.96
78654583--78654754	46	3.7	46	78	13	208	29	28	20	21	1.98
78654588--78654758	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
78655178--78655237	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
78656848--78656876	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
78657133--78657170	20	2.1	18	85	14	51	31	0	13	55	1.38
78662182--78662242	30	2.0	30	90	0	95	27	22	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78663930--78664000	37	1.9	37	97	0	133	23	30	19	25	1.98
78664147--78664480	48	7.0	48	97	0	614	30	26	7	35	1.83
78668124--78668235	27	4.2	26	82	12	109	36	23	23	16	1.94
78668124--78668235	54	2.1	54	85	6	147	36	23	23	16	1.94
78673393--78673450	30	1.9	30	89	0	89	27	22	6	43	1.79
78677289--78677354	27	2.4	27	84	0	78	25	18	16	39	1.91
78677359--78677605	27	9.2	27	87	3	293	31	8	18	41	1.81
78683077--78683126	20	2.5	21	84	15	70	54	0	22	24	1.45
78696648--78696694	3	15.7	3	86	0	58	61	0	6	31	1.21
78698043--78698339	97	3.1	96	79	6	296	30	23	15	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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