genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  194  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64311255--64311410	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
64311234--64311410	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	27	1.96
64316405--64316544	49	2.8	49	86	5	149	34	17	22	25	1.96
64316460--64316545	24	3.5	24	71	3	91	36	19	19	24	1.95
64316450--64316544	49	1.9	49	97	0	181	34	17	21	26	1.95
64320689--64320996	40	7.7	40	95	0	544	30	20	26	22	1.98
64330153--64330330	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
64330154--64330309	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
64330150--64330330	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
64330235--64330341	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
64336324--64336365	20	2.0	21	86	4	59	21	9	16	52	1.72
64339535--64339623	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
64339536--64339633	42	2.3	41	80	11	101	48	14	6	30	1.67
64343487--64343575	42	2.1	42	91	0	142	50	14	6	28	1.68
64343600--64343639	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
64345004--64345061	27	2.1	27	83	0	71	22	15	37	24	1.93
64348860--64348971	26	4.3	26	76	13	104	48	0	10	40	1.44
64348911--64349315	105	3.9	104	78	8	407	44	0	13	41	1.49
64349194--64349256	27	2.4	27	81	2	65	39	0	17	42	1.49
64348900--64349307	204	2.0	204	86	3	563	44	0	13	41	1.49
64350564--64350594	6	5.2	6	100	0	62	35	0	48	16	1.46
64353425--64353555	38	3.4	38	91	1	190	27	41	12	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64353448--64353563	39	3.0	39	91	1	171	29	42	10	18	1.83
64357157--64357341	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
64357157--64357341	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
64365042--64365226	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
64365042--64365226	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
64376360--64376509	52	2.9	52	83	5	169	26	17	26	30	1.97
64378089--64378690	296	2.0	296	98	0	1163	41	10	16	32	1.82
64381288--64381349	27	2.3	27	86	5	81	22	24	20	32	1.98
64394807--64394891	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
64394962--64395119	47	3.3	47	93	0	262	25	29	10	33	1.90
64406284--64406400	55	2.1	55	84	3	146	17	26	31	23	1.97
64408044--64408083	21	1.9	21	94	0	71	2	57	17	22	1.52
64412585--64412751	9	17.6	9	76	10	154	31	0	21	46	1.56
64412589--64412751	39	4.2	40	86	9	168	30	0	21	47	1.56
64412600--64412739	39	3.4	44	87	10	183	30	0	22	45	1.58
64412585--64412751	57	2.9	57	81	7	196	31	0	21	46	1.56
64412585--64412740	48	3.2	48	80	3	188	31	0	22	45	1.57
64412930--64414380	241	6.0	241	99	0	2814	33	15	17	34	1.91
64419009--64419093	21	3.8	22	66	13	57	23	2	22	51	1.59
64419124--64419199	29	2.6	29	72	14	75	21	3	27	47	1.68
64430851--64430910	23	2.6	23	86	0	84	16	26	30	26	1.97
64448927--64449144	46	4.6	48	78	13	179	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64450498--64450669	49	3.5	49	76	7	206	29	26	18	25	1.98
64450485--64450668	97	1.9	98	91	1	307	28	26	19	25	1.98
64463857--64463962	53	2.0	53	85	3	142	23	25	15	35	1.94
64463935--64464056	47	2.6	47	93	0	217	25	24	13	36	1.91
64464196--64464280	44	1.9	44	87	0	125	28	23	10	37	1.88
64464819--64464876	30	1.9	30	82	3	71	31	24	6	37	1.82
64470417--64470617	55	3.7	53	81	7	217	22	24	18	33	1.97
64470582--64470763	47	4.0	45	74	8	177	21	25	19	34	1.96
64470769--64470852	44	1.9	44	80	4	98	27	25	10	36	1.89
64477530--64477618	46	1.9	46	88	4	135	32	15	28	23	1.95
64477503--64477663	46	3.5	45	78	11	132	31	17	26	24	1.97
64477650--64477711	31	2.0	31	87	0	88	30	20	24	24	1.99
64477716--64477845	47	2.8	47	93	0	224	25	18	32	23	1.97
64480609--64480728	41	2.9	42	74	2	134	31	23	15	29	1.95
64492903--64493073	39	4.3	39	85	6	202	25	21	28	25	1.99
64492850--64493073	79	2.8	79	81	7	222	25	20	27	25	1.99
64492930--64493106	79	2.2	80	80	4	191	25	21	28	24	1.99
64500832--64501003	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
64500779--64501001	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
64500859--64501036	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
64512896--64512988	46	2.0	46	97	0	177	24	32	16	26	1.96
64514972--64515082	27	4.1	27	78	7	109	17	23	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64514972--64515082	54	2.1	54	82	3	134	17	23	20	38	1.93
64516136--64516169	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
64522837--64522947	27	4.1	27	80	8	120	14	24	22	38	1.91
64548546--64548594	25	2.0	25	84	8	64	26	18	18	36	1.94
64550240--64550342	20	5.2	20	60	0	53	20	30	17	32	1.96
64550224--64550432	40	5.2	40	88	0	310	22	26	19	31	1.98
64551151--64551215	31	2.1	31	100	0	130	30	6	26	36	1.81
64563589--64563663	30	2.5	29	81	12	80	21	30	32	16	1.95
64563758--64563811	21	2.6	21	90	0	81	27	29	20	22	1.98
64563774--64563817	21	2.1	21	95	0	79	25	22	22	29	1.99
64568531--64568586	26	2.2	26	87	6	78	60	17	0	21	1.36
64568762--64568796	18	1.9	18	94	0	61	45	5	0	48	1.26
64576602--64576641	21	1.9	21	84	0	53	17	62	2	17	1.44
64577786--64577937	79	1.9	79	81	7	184	26	13	19	40	1.89
64586458--64586490	14	2.5	13	90	9	50	60	0	6	33	1.21
64587986--64588124	44	3.2	44	87	6	149	28	24	16	30	1.96
64588024--64588145	44	2.8	44	88	2	129	26	24	19	29	1.99
64587936--64588170	88	2.7	88	68	13	212	29	22	20	28	1.98
64587936--64588580	176	3.7	177	84	3	770	28	21	19	30	1.97
64587962--64588388	221	1.9	221	80	5	497	28	22	19	29	1.98
64588491--64588579	45	2.0	45	88	4	135	29	21	17	31	1.96
64588650--64588702	23	2.3	22	78	15	54	39	18	16	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64596795--64596842	19	2.5	20	82	3	62	41	10	18	29	1.84
64603855--64603895	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
64607283--64607361	41	1.9	41	92	0	131	29	7	16	46	1.74
64613535--64613562	9	3.1	9	100	0	56	10	21	10	57	1.63
64626888--64627016	46	2.8	46	96	0	231	30	29	20	19	1.97
64634107--64634299	47	4.0	48	81	8	196	23	16	28	31	1.96
64634111--64634317	93	2.1	97	80	8	226	25	16	28	29	1.97
64634642--64634685	24	1.9	22	81	9	52	45	6	22	25	1.77
64635853--64635886	17	2.1	17	88	5	52	82	8	8	0	0.85
64640020--64640049	15	2.0	15	93	0	51	50	0	16	33	1.46
64640436--64640500	32	2.0	32	96	0	121	30	7	24	36	1.84
64641981--64642033	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
64648060--64648248	43	4.5	42	81	7	213	32	25	16	24	1.96
64648060--64648249	82	2.3	84	81	6	224	32	25	16	25	1.96
64657069--64657110	21	2.0	21	85	0	57	40	4	30	23	1.75
64659567--64659614	25	1.9	25	83	8	62	52	6	20	20	1.68
64661350--64661385	9	4.1	9	85	7	56	72	0	27	0	0.85
64661350--64661383	4	8.0	4	87	12	50	73	0	26	0	0.83
64661350--64661385	13	2.8	13	91	0	63	72	0	27	0	0.85
64661608--64661664	30	2.0	28	86	13	80	42	1	19	36	1.62
64665755--64665810	27	2.0	28	93	6	96	33	7	28	30	1.84
64665784--64666238	47	9.5	48	89	4	681	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64665784--64666238	144	3.2	144	90	3	720	31	8	30	29	1.87
64665784--64666238	96	4.8	96	95	1	729	31	8	30	29	1.87
64672430--64672454	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
64677878--64677926	25	2.0	25	84	8	64	46	4	24	24	1.69
64685861--64685918	29	2.0	30	83	10	75	46	12	8	32	1.71
64688989--64689096	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
64695464--64695509	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
64699418--64699486	17	4.0	17	73	12	52	24	8	20	46	1.79
64701437--64701462	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
64701602--64701654	19	2.9	18	74	17	56	39	1	0	58	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343