genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30623267--30623332	20	3.3	20	64	16	55	27	28	21	22	1.99
30623215--30623376	44	3.8	43	87	10	233	29	27	22	20	1.99
30623218--30623376	85	1.9	84	92	3	266	28	28	22	21	1.99
30625756--30625805	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
30625767--30625814	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
30628724--30628854	48	2.8	47	90	2	201	28	29	22	20	1.98
30636556--30636721	91	1.8	91	80	12	198	20	21	19	38	1.93
30636889--30636939	26	2.0	26	88	7	77	17	27	23	31	1.97
30639318--30639556	39	6.0	39	84	13	317	23	29	24	22	1.99
30639391--30639556	85	1.9	86	97	1	316	23	28	23	24	1.99
30645157--30645395	39	6.0	38	84	12	293	23	29	24	22	1.99
30645157--30645395	78	3.0	77	83	13	329	23	29	24	22	1.99
30645317--30645395	37	2.1	37	93	6	133	24	27	24	24	2.00
30645230--30645395	85	1.9	86	96	2	307	23	28	24	24	2.00
30648794--30648957	42	3.9	41	78	4	157	29	23	14	32	1.94
30649972--30650017	13	3.5	13	72	21	51	39	8	10	41	1.71
30649970--30650021	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
30656284--30656478	68	2.8	68	87	6	252	23	28	15	32	1.95
30656332--30656478	68	2.2	68	97	0	276	24	29	14	31	1.95
30656332--30656496	68	2.4	67	91	4	233	24	27	15	32	1.95
30658805--30658988	40	4.6	40	89	5	266	23	23	27	25	2.00
30658801--30658988	79	2.4	81	90	4	294	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30658801--30659021	79	2.8	79	83	8	279	26	22	26	24	2.00
30667135--30667323	68	2.8	65	87	8	206	22	28	15	33	1.95
30667185--30667323	68	2.0	68	100	0	278	23	29	14	32	1.94
30667185--30667349	68	2.4	67	92	6	235	23	27	14	34	1.94
30672311--30672458	64	2.2	65	82	8	163	31	18	27	22	1.97
30672335--30672506	67	2.7	64	78	9	188	28	18	29	24	1.98
30676725--30676847	43	2.9	43	78	3	115	29	30	19	21	1.97
30678205--30678380	46	3.8	46	78	10	187	19	21	30	28	1.97
30678201--30678373	93	1.9	93	91	0	283	19	21	31	27	1.97
30681860--30681995	51	2.7	49	87	2	191	25	19	26	28	1.99
30681855--30682000	49	2.9	51	85	2	206	25	19	27	28	1.99
30685139--30685174	17	2.1	17	94	0	63	47	0	11	41	1.39
30689042--30689095	27	2.0	27	100	0	108	37	7	7	48	1.59
30689933--30690007	26	2.9	27	82	7	93	34	20	8	37	1.82
30692326--30692434	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
30692586--30693473	50	17.7	50	91	4	1361	31	25	6	36	1.81
30696588--30696684	42	2.3	42	89	5	142	27	24	17	29	1.97
30702271--30702330	29	2.1	29	84	6	77	50	23	5	21	1.68
30702712--30702751	21	1.9	21	100	0	80	30	20	5	45	1.72
30706514--30706627	55	2.1	55	94	0	201	48	19	5	27	1.70
30718041--30718124	25	3.4	24	80	9	80	26	21	21	30	1.98
30718057--30718123	25	2.7	25	90	0	98	23	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30718347--30718460	27	4.2	27	87	0	165	22	22	20	34	1.97
30718481--30718672	54	3.5	53	82	2	204	30	8	20	40	1.83
30718490--30718658	27	6.3	27	84	1	178	30	8	19	41	1.82
30718490--30718658	81	2.1	81	87	2	241	30	8	19	41	1.82
30718651--30719048	27	14.7	27	89	0	553	39	8	21	29	1.83
30718533--30718683	81	1.9	81	81	2	187	31	7	21	39	1.81
30721337--30721390	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
30727691--30727839	43	3.5	43	84	1	192	31	26	16	26	1.96
30742646--30742708	31	2.0	31	93	0	108	22	22	25	30	1.99
30748972--30749148	40	4.4	40	82	4	216	26	27	22	24	2.00
30754947--30755054	43	2.5	43	86	5	139	25	13	28	32	1.94
30754960--30755118	43	3.7	43	81	6	162	25	16	28	29	1.97
30760795--30760873	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
30760991--30761468	47	9.9	47	92	4	760	29	30	8	32	1.87
30760991--30761468	191	2.5	189	92	4	780	29	30	8	32	1.87
30773380--30773447	34	2.0	34	97	0	127	29	22	8	39	1.84
30780180--30780598	27	15.7	27	79	3	382	38	21	9	30	1.85
30780180--30780597	133	3.1	132	83	4	491	38	21	9	30	1.85
30780552--30780624	27	2.7	27	82	0	101	38	20	12	28	1.89
30784656--30784830	46	3.8	46	77	13	205	29	28	20	21	1.98
30784664--30784832	93	1.8	93	94	0	302	28	28	20	21	1.98
30793556--30793616	31	2.0	31	100	0	122	18	19	36	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30802935--30802960	12	2.2	12	100	0	52	7	42	0	50	1.31
30803732--30803771	21	2.0	20	90	5	62	20	17	40	22	1.92
30804124--30804190	20	3.3	20	89	4	100	32	10	20	35	1.87
30804240--30804336	26	3.8	26	94	1	153	26	19	23	29	1.98
30804240--30804336	51	1.9	51	89	4	151	26	19	23	29	1.98
30808027--30808171	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
30823073--30823143	29	2.5	29	88	6	101	30	26	12	29	1.93
30830507--30830553	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
30830603--30830752	26	5.8	26	94	2	234	28	20	22	28	1.99
30830603--30830752	53	2.9	52	91	4	234	28	20	22	28	1.99
30838607--30838654	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
30838690--30838736	20	2.3	20	85	7	60	34	12	19	34	1.89
30838788--30838871	26	3.2	27	93	6	147	29	17	25	27	1.98
30844696--30844870	46	3.8	45	72	13	140	31	29	18	20	1.96
30844705--30844874	93	1.8	93	90	0	277	30	29	19	20	1.97
30846387--30846573	27	6.9	27	83	6	193	41	19	9	29	1.83
30846391--30846543	81	1.9	81	86	2	218	43	20	7	28	1.80
30846388--30846573	81	2.3	81	81	5	216	41	19	9	29	1.83
30847339--30847399	31	2.0	31	83	6	79	14	14	26	44	1.84
30848160--30848186	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
30850740--30850866	27	4.7	27	84	7	170	44	20	4	30	1.72
30850740--30850866	53	2.4	54	87	2	193	44	20	4	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30850740--30850919	27	6.7	26	81	8	148	41	18	8	31	1.80
30855954--30856106	42	3.7	41	72	9	121	32	16	22	28	1.96
30858003--30858161	33	4.8	33	96	0	273	27	27	21	23	1.99
30858560--30858647	27	3.3	26	76	6	86	22	19	19	38	1.93
30858667--30858719	27	2.0	27	84	0	70	41	15	11	32	1.82
30858740--30858973	27	8.7	27	75	7	181	29	7	20	42	1.80
30858685--30858951	54	4.9	54	78	6	245	32	7	17	41	1.79
30858674--30858973	54	5.5	54	75	6	230	32	8	18	40	1.81
30858685--30858973	81	3.5	80	74	6	231	31	7	18	41	1.79
30858674--30858973	27	11.0	27	76	8	144	32	8	18	40	1.81
30858904--30858997	27	3.5	27	82	1	64	34	10	17	38	1.84
30858987--30859061	27	2.8	27	85	0	105	33	24	14	28	1.94
30861076--30861185	33	3.3	33	87	0	157	30	25	20	23	1.99
30861128--30861198	33	2.3	30	84	13	92	26	28	22	22	1.99
30861675--30861727	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
30861690--30861900	27	7.8	27	76	4	165	31	8	18	41	1.81
30861690--30861981	54	5.4	54	78	4	232	30	9	19	40	1.84
30861768--30861952	27	6.9	27	76	7	137	29	9	21	40	1.84
30861967--30862042	27	2.8	27	76	4	73	31	21	13	34	1.91
30864055--30864164	33	3.3	33	85	0	148	30	27	19	23	1.98
30864095--30864174	33	2.7	28	75	18	81	26	26	23	23	2.00
30864090--30864187	28	3.3	27	76	12	70	29	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30864548--30864648	27	3.8	26	74	8	87	22	20	19	36	1.95
30864664--30864956	27	10.9	27	77	8	159	31	8	19	40	1.81
30864670--30864956	53	5.3	53	78	5	229	31	7	19	41	1.80
30864946--30865018	27	2.7	27	89	0	110	31	24	15	28	1.95
30869452--30869534	26	3.2	26	92	0	139	36	22	8	32	1.85
30876299--30876347	12	4.1	11	82	15	53	22	4	0	73	1.00
30887220--30887280	29	2.1	28	87	3	86	29	31	11	27	1.92
30889104--30889168	28	2.3	28	86	0	85	35	26	7	30	1.84
30889275--30889363	27	3.2	27	73	7	81	20	22	22	34	1.96
30893550--30893732	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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