genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16223855--16223884	7	4.3	7	95	0	51	56	3	0	40	1.16
16232435--16232463	13	2.2	13	100	0	58	72	0	0	27	0.85
16244239--16244272	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
16244710--16244740	15	2.1	15	93	0	53	61	0	0	38	0.96
16252227--16252261	18	2.1	17	89	10	54	42	0	8	48	1.33
16257121--16257219	48	2.1	48	98	0	189	28	20	12	39	1.88
16260381--16260449	28	2.4	29	87	2	95	26	13	31	28	1.93
16271974--16272030	23	2.5	23	83	11	64	26	17	21	35	1.95
16273630--16273655	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
16277121--16277162	4	10.5	4	100	0	84	50	26	0	23	1.50
16278182--16278232	27	1.9	27	84	4	68	49	13	11	25	1.76
16280985--16281031	23	2.0	25	83	8	62	36	21	4	38	1.73
16285561--16285627	22	3.1	21	71	14	64	22	11	7	58	1.58
16288960--16289026	33	2.0	33	100	0	134	34	20	17	26	1.96
16289043--16289214	39	4.4	39	86	4	215	25	31	23	19	1.98
16289073--16289232	39	4.1	39	90	3	182	25	31	23	20	1.98
16291994--16292086	41	2.2	43	86	5	127	34	24	15	25	1.94
16293006--16293039	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
16296623--16296654	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
16296994--16297044	23	2.4	22	84	15	72	45	7	3	43	1.51
16308953--16308998	24	1.9	24	90	0	74	34	13	4	47	1.62
16309383--16309449	21	3.0	22	73	12	57	43	4	4	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16309472--16309698	125	1.8	125	88	0	346	37	12	13	36	1.83
16314698--16314859	86	1.9	88	82	11	210	29	19	24	26	1.99
16327349--16327615	46	5.8	45	73	16	233	22	19	28	30	1.98
16327345--16327610	93	2.9	93	94	0	451	22	19	28	29	1.98
16327395--16327563	47	3.6	47	76	13	195	23	18	28	30	1.97
16329649--16329696	19	2.5	19	96	0	87	20	25	31	22	1.98
16336756--16337575	273	3.0	273	96	0	1489	28	25	12	33	1.92
16342531--16342571	20	2.0	20	100	0	82	48	4	0	46	1.23
16350592--16350639	23	2.1	23	92	0	78	18	31	12	37	1.88
16364491--16364662	46	3.7	45	78	7	166	24	29	15	30	1.96
16367600--16367680	30	2.7	31	72	24	75	38	0	1	60	1.05
16367994--16368043	22	2.2	22	82	3	64	24	8	2	66	1.29
16368025--16368074	20	2.4	21	86	6	66	40	4	6	50	1.46
16374258--16374290	17	1.9	17	93	0	57	54	12	3	30	1.52
16378153--16378182	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
16381332--16381806	174	2.7	174	88	4	665	29	12	16	41	1.85
16384696--16384730	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
16384845--16384904	23	2.9	20	70	15	59	56	5	5	33	1.42
16384885--16384947	26	2.4	25	84	5	72	58	6	4	30	1.43
16384912--16384953	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
16384958--16385019	15	4.1	14	73	19	54	56	1	4	37	1.30
16384967--16385098	23	5.6	24	75	8	110	55	3	6	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16385047--16385098	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
16388194--16388256	32	2.0	32	93	0	108	52	4	23	19	1.65
16389064--16389115	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16391033--16391084	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16391787--16391830	23	1.9	23	86	9	63	11	25	20	43	1.85
16394949--16394990	21	2.0	21	81	9	50	42	9	0	47	1.36
16397906--16397975	34	2.0	35	83	8	90	57	18	7	17	1.62
16399413--16399442	12	2.4	13	94	5	53	73	3	0	23	0.98
16399930--16399994	32	2.0	32	94	5	114	53	3	20	23	1.59
16400384--16400430	23	2.1	21	84	7	58	63	4	2	29	1.25
16401213--16401257	23	2.0	23	86	4	65	46	4	0	48	1.22
16403596--16403817	112	2.0	112	91	1	365	23	26	23	26	2.00
16411064--16411119	21	2.7	21	75	2	60	25	30	30	14	1.95
16416368--16416531	45	3.6	45	89	0	238	23	18	26	31	1.97
16416368--16416551	45	4.1	45	85	2	127	22	18	26	32	1.97
16416368--16416551	90	2.0	90	82	0	224	22	18	26	32	1.97
16421515--16421820	48	6.5	44	71	14	172	27	20	28	23	1.99
16421515--16421726	48	4.5	47	79	9	193	29	20	27	23	1.99
16421515--16421726	94	2.3	94	83	4	259	29	20	27	23	1.99
16427849--16427881	6	5.5	6	92	0	57	81	0	3	15	0.80
16427834--16427880	18	2.7	18	90	6	71	78	0	6	14	0.93
16427834--16427881	11	4.2	11	84	7	60	79	0	6	14	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16440273--16440697	211	2.0	212	93	2	730	38	15	10	34	1.82
16441821--16441868	16	2.9	16	90	3	69	33	2	22	41	1.66
16450971--16451049	39	2.0	39	97	0	149	26	7	25	40	1.82
16451919--16451947	6	4.8	6	100	0	58	13	34	34	17	1.89
16453772--16453863	33	2.8	33	80	8	107	33	23	10	31	1.90
16454577--16454677	46	2.2	47	78	12	118	31	16	9	41	1.81
16454594--16454687	46	2.0	46	95	0	170	28	15	12	42	1.84
16474541--16475119	40	14.4	40	89	2	806	44	2	18	33	1.65
16475099--16475150	27	1.9	27	88	0	77	50	3	17	28	1.64
16478606--16478698	36	2.6	36	85	0	123	45	30	6	18	1.74
16491027--16491095	36	1.9	37	85	8	99	40	0	17	42	1.49
16491947--16491989	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
16500668--16500779	27	4.2	26	80	7	125	39	24	22	14	1.91
16500668--16500779	54	2.1	54	88	3	163	39	24	22	14	1.91
16503371--16503402	16	2.0	16	93	0	55	15	0	28	56	1.40
16503371--16503403	15	2.1	16	88	5	50	18	0	27	54	1.44
16511771--16511878	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
16515087--16515139	18	2.9	18	83	10	72	54	0	20	24	1.44
16515087--16515133	19	2.5	18	89	6	67	57	0	19	23	1.41
16520255--16520306	24	2.2	24	89	0	77	44	15	26	13	1.84
16520349--16520532	48	3.8	48	90	2	280	37	19	22	21	1.94
16520349--16520537	96	2.0	96	93	0	324	38	18	22	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16534218--16534263	16	2.7	18	78	21	55	26	4	0	69	1.07
16534211--16534255	23	2.0	23	82	8	56	26	6	0	66	1.16
16546486--16546517	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
16549091--16549140	18	2.6	19	84	15	68	16	30	4	50	1.63
16549456--16549505	18	2.6	19	78	15	59	16	36	4	44	1.66
16549026--16550113	365	3.0	365	96	0	2005	27	20	15	35	1.93
16558738--16558765	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
16559048--16559088	14	2.9	15	78	14	59	34	0	9	56	1.32
16559404--16559495	35	2.8	31	79	12	94	33	7	4	54	1.49
16559954--16559991	18	2.1	18	95	0	67	31	10	18	39	1.85
16567664--16567690	13	2.1	13	100	0	54	70	0	22	7	1.12
16571593--16571895	144	2.1	144	86	3	412	27	16	22	32	1.96
16571593--16571943	74	4.9	71	79	4	346	28	16	22	33	1.95
16571963--16572130	88	1.9	88	87	2	248	27	19	18	34	1.95
16572108--16572134	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
16572206--16572240	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
16572153--16572352	89	2.3	85	86	5	267	27	20	20	32	1.97
16572381--16572566	72	2.5	72	74	7	178	30	15	23	30	1.95
16573727--16573765	10	3.8	10	86	6	51	82	2	10	5	0.93
16574338--16574365	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
16575003--16575094	35	2.8	31	79	12	94	33	7	4	54	1.49
16581908--16582043	30	4.5	30	82	1	148	14	30	32	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16581917--16582043	60	2.1	60	83	0	164	14	32	30	22	1.94
16589989--16590111	59	2.1	59	96	0	228	43	22	8	25	1.82
16590361--16590464	6	17.5	6	72	8	70	74	6	3	15	1.18
16590374--16590464	18	5.1	18	75	12	98	73	6	4	15	1.20
16590367--16590464	35	2.8	35	77	10	92	73	7	4	15	1.20
16592029--16592058	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
16592315--16592357	16	2.6	16	82	10	52	46	2	48	2	1.27
16602031--16602080	22	2.3	22	93	3	84	52	14	16	18	1.76
16602407--16602438	13	2.5	13	100	0	64	25	21	0	53	1.46
16602454--16602485	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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