genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77722309--77722501	97	2.0	97	97	0	368	31	19	12	37	1.89
77724258--77724332	37	2.0	37	100	0	150	22	5	16	56	1.60
77724514--77724539	6	4.3	6	100	0	52	15	0	50	34	1.45
77730799--77730845	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
77736363--77736406	21	2.3	18	88	11	61	27	0	0	72	0.85
77736371--77736418	21	2.2	22	78	14	55	35	0	2	62	1.07
77736363--77736434	10	7.3	10	70	11	51	30	0	2	66	1.06
77742358--77742424	34	2.0	34	100	0	134	20	11	23	43	1.85
77745521--77745618	39	2.5	39	94	0	169	24	28	22	24	1.99
77752790--77752975	39	4.8	39	91	2	313	23	24	30	22	1.99
77752790--77752975	76	2.4	76	91	3	291	23	24	30	22	1.99
77757043--77757152	51	2.2	51	89	0	166	26	20	11	41	1.86
77758654--77758712	30	1.9	31	86	3	84	25	22	3	49	1.65
77758654--77758721	30	2.2	31	82	7	77	26	19	5	48	1.71
77765398--77765485	43	2.0	43	80	4	97	28	19	22	29	1.98
77766529--77766636	43	2.5	43	89	3	173	25	24	29	20	1.99
77767393--77767431	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
77770024--77770146	39	3.1	39	80	5	140	30	4	19	45	1.71
77770120--77770162	17	2.6	17	92	3	70	27	0	25	46	1.53
77786076--77786146	22	3.2	22	70	5	63	26	11	15	46	1.79
77790613--77790654	16	2.5	17	88	7	59	78	0	4	16	0.91
77801723--77801798	6	13.0	6	75	15	61	18	3	1	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77801715--77801770	16	3.3	18	80	16	66	16	1	1	80	0.88
77801723--77801776	22	2.4	23	84	9	67	14	3	1	79	0.95
77807648--77807761	43	2.7	42	75	10	115	28	27	21	23	1.99
77817442--77817486	23	2.0	23	100	0	90	22	28	4	44	1.72
77830921--77831251	75	4.5	74	77	12	301	40	8	4	45	1.56
77830927--77831263	142	2.3	145	80	11	370	42	8	4	44	1.56
77833292--77833340	25	1.9	26	87	4	73	14	10	12	63	1.53
77844246--77844467	48	4.6	48	81	0	255	28	17	29	24	1.97
77844248--77844468	96	2.3	96	87	1	309	28	17	28	24	1.97
77851149--77851244	44	2.2	44	85	7	126	35	27	15	21	1.94
77854238--77854372	43	3.1	44	83	6	184	25	17	28	28	1.98
77854669--77854833	38	4.3	38	89	1	251	23	20	24	32	1.98
77854669--77854833	76	2.2	76	94	2	287	23	20	24	32	1.98
77854815--77854852	19	2.0	19	94	0	67	23	15	23	36	1.94
77854777--77854890	57	2.0	57	87	0	165	22	21	21	34	1.97
77854834--77854935	38	2.7	38	82	0	123	20	21	23	34	1.97
77854739--77854928	95	2.0	95	90	0	299	22	21	23	33	1.98
77854926--77855052	45	2.8	44	89	2	182	22	22	28	27	1.99
77860940--77861099	85	1.9	85	85	2	223	38	18	15	26	1.91
77862743--77862792	25	2.0	25	100	0	100	56	4	8	32	1.47
77873933--77873967	3	11.7	3	93	0	61	62	0	37	0	0.95
77876687--77876736	23	2.1	24	81	3	57	50	2	2	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77877423--77877448	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
77877749--77877790	15	2.7	16	85	7	59	40	9	2	47	1.49
77878299--77878349	11	4.3	12	75	12	52	52	0	0	47	1.00
77883816--77883883	20	3.4	20	89	0	109	8	26	38	26	1.85
77885568--77885657	45	2.0	45	95	0	162	37	24	13	24	1.91
77885586--77885657	21	3.3	21	69	17	65	37	23	13	25	1.92
77889025--77889087	27	2.3	27	76	10	65	36	17	25	20	1.94
77895396--77895778	136	2.8	138	91	2	626	44	6	7	40	1.59
77897820--77897859	17	2.4	17	91	4	64	42	12	0	45	1.42
77901170--77901239	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
77901170--77901267	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77901712--77901737	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
77904720--77904773	17	3.4	17	69	23	53	27	9	14	48	1.75
77904715--77904785	31	2.3	31	95	0	124	29	9	15	45	1.78
77907185--77907408	40	5.7	40	84	7	255	25	21	27	25	1.99
77907185--77907408	79	2.8	81	82	8	264	25	21	27	25	1.99
77907185--77907441	79	3.3	79	79	9	197	26	21	27	25	1.99
77915064--77915248	40	4.6	39	80	6	187	25	22	26	25	2.00
77915117--77915281	79	2.1	79	79	6	174	26	21	26	25	1.99
77917148--77917206	28	2.1	28	90	0	91	20	16	38	23	1.92
77917522--77917888	27	13.6	27	84	3	382	39	20	9	30	1.85
77917522--77917861	81	4.2	81	87	2	441	39	20	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77917842--77917903	27	2.3	27	94	0	106	41	9	12	35	1.76
77917654--77917930	54	5.1	54	81	5	167	38	17	12	31	1.87
77917842--77917933	27	3.4	27	86	0	94	39	15	16	29	1.89
77918441--77918508	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
77926494--77926613	43	2.8	42	81	7	152	29	20	16	33	1.95
77929463--77929489	4	6.8	4	100	0	54	0	25	0	74	0.83
77946949--77946983	14	2.5	14	90	0	52	8	0	51	40	1.33
77947018--77947071	18	3.4	17	70	29	55	27	27	29	14	1.95
77951293--77951483	27	6.9	27	79	7	121	36	20	7	34	1.82
77951293--77951436	54	2.7	54	75	0	153	35	20	7	36	1.82
77951396--77951487	33	3.0	33	89	9	133	40	20	7	31	1.81
77951401--77951725	27	11.8	27	73	10	194	40	19	9	30	1.84
77951461--77951618	80	2.0	80	81	5	185	41	20	9	28	1.84
77951743--77951808	27	2.4	27	78	14	73	34	24	19	21	1.96
77951764--77951815	27	1.9	27	84	7	70	30	25	23	21	1.99
77953014--77953088	31	2.4	31	90	0	123	28	26	16	29	1.96
77953114--77953203	42	2.1	42	89	0	135	35	20	13	31	1.91
77953338--77953497	26	6.2	26	88	1	225	27	21	21	28	1.99
77953338--77953497	52	3.1	52	93	1	279	27	21	21	28	1.99
77954300--77954377	27	2.9	27	77	9	86	23	23	20	33	1.97
77954417--77954634	27	8.0	27	80	4	161	33	9	17	38	1.83
77954509--77954648	54	2.6	54	85	4	201	31	7	22	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77954396--77954634	81	2.9	82	74	7	216	33	9	18	38	1.84
77954497--77954675	81	2.2	81	77	4	189	33	7	21	37	1.81
77954626--77954810	81	2.3	81	84	1	246	40	7	23	29	1.81
77954626--77954810	54	3.4	54	82	5	239	40	7	23	29	1.81
77954427--77954904	27	17.7	27	78	7	139	34	8	20	36	1.83
77956411--77956502	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
77956525--77956630	31	3.4	31	92	2	169	30	16	24	28	1.97
77958146--77958323	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77958167--77958322	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77960842--77960892	26	2.0	26	88	7	77	43	9	13	33	1.77
77967874--77967931	26	2.2	26	96	0	107	37	12	18	31	1.88
77982946--77983054	27	4.1	27	85	5	141	36	21	25	16	1.94
77984439--77984495	25	2.3	25	93	6	98	19	38	5	36	1.74
77984439--77984502	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
77989822--77989855	17	2.0	17	88	0	50	26	0	8	64	1.22
77990815--77990925	27	4.2	26	83	5	132	39	21	22	16	1.92
77992211--77992274	25	2.6	23	88	11	83	17	37	6	39	1.75
77992218--77992281	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
77993732--77993787	15	3.7	15	75	17	62	60	14	14	10	1.58
77996788--77996984	50	4.0	49	79	5	198	27	27	19	24	1.99
77996802--77996985	101	1.8	99	84	2	251	28	28	19	24	1.98
77999761--77999817	27	2.0	29	83	6	73	35	26	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77999741--77999825	27	3.0	27	70	23	66	41	24	4	29	1.75
78000948--78001073	47	2.7	47	97	0	234	22	20	29	27	1.98
78009040--78009150	28	3.9	29	77	3	109	27	16	29	26	1.97
78009040--78009150	57	1.9	57	89	3	170	27	16	29	26	1.97
78018309--78018463	43	3.6	42	80	9	163	23	17	27	30	1.97
78018309--78018448	44	3.3	42	83	7	158	24	17	27	31	1.97
78018759--78018790	13	2.3	15	89	10	50	28	0	12	59	1.34
78020499--78020557	30	2.0	30	86	6	84	30	10	27	32	1.89
78020881--78021054	46	3.7	46	73	17	144	29	20	29	21	1.98
78022242--78022283	22	2.0	22	86	13	61	14	35	23	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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