genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--6601	7	949.3	7	97	2	12223	42	43	0	13	1.45
6671--6717	23	2.0	23	95	0	85	44	23	8	23	1.80
8406--8431	12	2.2	12	100	0	52	69	7	23	0	1.14
9455--9592	21	6.5	22	81	9	144	40	26	23	9	1.85
9986--10043	30	1.9	30	96	0	107	32	10	20	36	1.87
17421--17461	22	1.9	22	90	5	66	41	19	4	34	1.73
19203--19276	22	3.5	20	82	16	80	39	28	25	6	1.81
19220--19255	18	2.0	18	100	0	72	44	22	27	5	1.75
19672--19729	30	1.9	30	96	0	107	32	10	20	36	1.87
25615--25666	27	1.9	27	92	0	86	55	11	13	19	1.68
25660--25873	52	3.9	52	73	14	189	48	14	9	28	1.75
25673--25889	116	1.9	116	90	1	348	47	13	11	27	1.77
29409--29468	29	2.0	30	96	3	113	48	6	3	41	1.46
36630--36722	43	2.2	43	92	3	152	27	6	11	53	1.61
41307--41354	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
41363--41461	43	2.3	43	87	3	146	31	6	13	49	1.66
42394--42440	2	23.5	2	95	0	85	51	0	48	0	1.00
49753--49796	18	2.3	20	84	7	56	63	2	0	34	1.07
49784--49833	21	2.4	22	80	10	59	62	2	0	36	1.07
49874--49931	30	1.9	30	92	0	98	58	10	0	31	1.31
56437--56551	42	2.7	43	82	4	135	26	30	12	31	1.92
60342--60371	10	3.0	10	100	0	60	20	60	10	10	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65347--65426	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
65347--65427	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
65343--65422	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
65390--65438	24	2.0	24	84	0	62	75	0	2	22	0.90
65820--65919	22	4.4	22	82	14	121	14	0	49	37	1.43
65820--65919	13	8.6	13	72	23	82	14	0	49	37	1.43
68552--68685	54	2.5	53	84	3	162	26	25	17	31	1.97
68494--68685	53	3.6	54	78	3	183	25	24	17	32	1.97
74637--74809	52	3.3	52	80	5	186	32	28	14	23	1.94
76270--76308	20	2.0	20	85	14	55	35	2	0	61	1.10
80528--80568	21	2.0	21	85	9	57	46	26	14	12	1.80
90371--90575	53	3.8	54	77	5	175	32	17	24	25	1.96
93129--93250	13	10.6	13	72	24	98	36	49	0	13	1.43
93129--93250	22	5.4	22	85	11	165	36	49	0	13	1.43
93662--93703	21	2.0	22	90	4	68	28	7	2	61	1.35
97336--97417	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
97402--97443	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
97813--97907	13	7.9	13	79	18	109	12	0	49	37	1.41
97819--97885	35	1.9	35	100	0	134	10	0	50	38	1.37
97828--97925	48	2.0	48	90	3	153	14	0	46	38	1.44
97817--97894	35	2.2	34	90	4	129	11	0	50	38	1.39
101764--101832	33	2.1	33	88	0	102	43	8	27	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104422--104583	47	3.3	49	82	7	163	25	16	26	30	1.97
104463--104633	47	3.6	48	81	7	181	23	14	28	33	1.94
108782--108831	25	2.0	25	84	4	64	32	18	12	38	1.87
108791--108846	25	2.3	25	84	3	78	30	17	8	42	1.80
108799--108852	25	2.2	25	83	6	65	29	16	11	42	1.83
117553--117598	23	2.0	23	88	12	69	45	10	4	39	1.59
117556--117611	23	2.4	23	82	11	62	41	16	5	37	1.71
121167--121212	22	2.1	22	100	0	92	39	13	8	39	1.75
123294--123351	30	1.9	30	86	6	82	27	15	5	51	1.64
141743--141786	12	3.8	12	87	6	54	0	11	4	84	0.77
141750--141788	11	3.5	11	92	3	60	0	12	2	84	0.72
142289--142409	60	2.0	60	100	0	242	32	23	9	34	1.88
142465--142563	49	2.0	49	100	0	198	35	14	12	38	1.83
144016--144064	18	2.7	18	74	0	53	44	10	14	30	1.78
153439--153468	13	2.3	13	94	0	51	43	3	0	53	1.17
155395--155501	26	4.2	25	89	5	160	32	7	23	36	1.83
155395--155501	52	2.1	51	92	1	178	32	7	23	36	1.83
171246--171288	19	2.2	20	87	4	61	46	6	18	27	1.75
178735--178807	28	2.6	28	78	8	85	6	8	5	79	1.05
178921--178968	18	2.8	17	81	6	53	50	0	0	50	1.00
178999--179055	21	2.6	23	76	17	68	36	0	3	59	1.14
179147--179181	14	2.4	15	85	4	54	57	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179342--179384	12	3.7	12	82	14	54	23	9	0	67	1.19
179342--179397	23	2.5	22	77	13	60	25	7	1	66	1.27
179406--179449	13	3.3	13	83	3	52	20	0	4	75	0.98
179402--179435	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
179450--179527	23	3.4	23	79	8	79	44	1	1	52	1.17
179655--179700	20	2.2	22	88	7	69	50	2	2	45	1.26
179741--179811	22	3.1	22	80	11	81	54	2	1	40	1.23
179741--179910	47	3.6	46	75	10	175	53	2	1	42	1.21
179843--179914	23	3.0	24	75	18	78	54	1	0	44	1.08
179796--179893	33	2.8	34	75	10	101	57	1	1	40	1.12
179741--179929	47	4.0	47	73	18	162	54	2	1	41	1.22
179935--179982	15	3.2	14	77	13	51	81	6	4	8	0.98
179935--179990	22	2.5	21	80	13	60	80	5	5	8	1.02
205492--205591	49	2.0	49	98	0	191	43	13	4	40	1.62
211739--211766	8	3.5	8	100	0	56	35	35	14	14	1.86
215874--216969	543	2.0	545	98	0	2133	32	20	18	29	1.96
223050--223094	24	2.0	24	82	8	58	35	2	4	57	1.31
228039--228064	11	2.4	11	100	0	52	15	7	50	26	1.71
230565--230600	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
237921--237969	20	2.3	21	82	10	64	16	8	4	71	1.26
241955--242007	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
243133--243158	10	2.6	10	100	0	52	46	7	11	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243356--243409	3	18.0	3	80	0	63	24	33	0	42	1.55
243359--243405	6	7.8	6	97	0	76	21	34	0	44	1.52
243356--243409	12	4.5	12	92	0	81	24	33	0	42	1.55
243359--243409	18	2.8	18	90	0	84	23	33	0	43	1.54
247113--247174	32	2.0	31	87	9	92	61	4	9	24	1.47
269832--269866	15	2.3	15	90	0	52	20	25	17	37	1.94
283098--283122	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
300126--300164	4	9.8	4	88	0	51	58	23	0	17	1.38
310385--310460	35	2.1	35	82	4	89	14	17	17	51	1.77
314131--314180	25	2.0	26	84	4	66	34	8	20	38	1.82
316459--316745	71	4.1	71	86	4	377	48	10	2	37	1.53
322382--322416	18	2.0	18	88	5	54	31	2	2	62	1.24
325670--325977	112	2.8	108	78	9	338	50	15	9	24	1.75
331080--331145	22	3.0	22	75	18	75	42	0	1	56	1.08
333077--333142	22	2.8	23	73	13	64	45	10	3	40	1.54
344616--344775	78	2.1	78	87	1	232	26	6	19	47	1.74
346304--346345	21	2.0	21	100	0	84	38	9	14	38	1.78
349875--349919	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
353647--353691	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
360785--360828	23	1.9	23	86	9	63	54	11	0	34	1.36
360880--360934	9	6.1	9	76	0	56	32	10	1	54	1.46
367582--367616	18	1.9	18	88	11	54	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
391194--391235	20	2.0	20	86	9	57	54	0	0	45	0.99
404744--404805	18	3.6	17	79	12	65	54	0	45	0	0.99
404735--404802	6	10.8	6	76	9	55	52	0	47	0	1.00
416832--416865	17	2.0	17	88	0	50	64	0	5	29	1.17
419812--419839	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
429414--429463	25	2.0	25	100	0	100	32	24	4	40	1.73
431595--431655	31	2.0	31	81	9	72	39	6	6	47	1.55
433336--433470	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
435032--435072	5	8.0	5	94	5	73	60	0	0	39	0.96
438124--438182	31	1.9	31	85	0	82	61	6	5	27	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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