genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44723873--44724103	27	8.6	27	83	8	258	40	20	9	30	1.83
44723890--44724132	54	4.5	54	81	7	262	39	19	9	31	1.84
44723873--44724103	81	2.9	80	88	1	336	40	20	9	30	1.83
44724084--44724145	27	2.3	27	97	0	115	40	11	14	33	1.82
44723873--44724132	81	3.2	81	83	8	325	40	19	9	30	1.84
44724084--44724176	27	3.4	28	89	2	111	37	15	17	30	1.90
44732235--44732297	26	2.5	26	94	2	110	42	12	3	41	1.59
44732255--44732297	13	3.3	13	80	0	59	41	11	2	44	1.53
44735723--44735879	43	3.7	43	79	4	174	26	19	24	29	1.98
44735723--44735879	85	1.8	86	84	4	219	26	19	24	29	1.98
44740214--44740257	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
44740484--44740704	40	5.6	40	89	2	322	28	26	22	23	1.99
44740484--44740704	79	2.8	80	91	2	340	28	26	22	23	1.99
44740484--44740704	119	1.9	119	89	3	347	28	26	22	23	1.99
44744372--44744484	31	3.7	31	83	9	137	26	26	16	30	1.97
44744508--44744595	42	2.1	42	91	0	140	35	22	14	27	1.93
44744744--44744893	26	5.8	26	91	0	239	27	22	23	26	2.00
44744744--44744893	52	2.9	52	94	1	266	27	22	23	26	2.00
44750283--44750478	50	3.9	49	81	3	230	28	26	18	26	1.98
44750296--44750479	101	1.8	99	85	2	260	28	26	18	26	1.98
44753281--44753364	43	2.0	43	92	0	141	36	17	13	32	1.88
44764926--44765009	38	2.2	38	82	0	105	23	20	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44773114--44773196	40	2.1	40	88	0	121	31	15	21	31	1.95
44773170--44773270	40	2.5	40	88	3	132	23	18	27	29	1.98
44781226--44781374	40	3.7	40	88	5	169	25	20	26	27	1.99
44792314--44792457	33	4.4	34	78	6	136	6	7	26	59	1.51
44792285--44792447	67	2.4	69	81	10	187	6	6	27	58	1.49
44792285--44792454	11	15.4	11	73	10	105	6	7	27	59	1.48
44792363--44792455	44	2.1	45	88	6	136	5	6	26	61	1.42
44793106--44793141	11	3.3	11	92	0	54	0	2	36	61	1.11
44793106--44793153	22	2.2	22	84	0	60	2	4	31	62	1.26
44798412--44798451	13	3.1	13	100	0	80	30	0	22	47	1.52
44799550--44799674	44	2.9	43	74	10	128	24	17	24	32	1.97
44801954--44802057	42	2.4	43	82	1	138	32	25	16	25	1.96
44807631--44807747	29	4.1	29	88	1	173	29	30	14	25	1.95
44809493--44809582	29	3.1	28	84	4	92	26	28	15	28	1.96
44809799--44809836	16	2.4	16	95	0	67	7	18	18	55	1.66
44812329--44812393	33	2.0	33	84	0	85	29	24	23	23	1.99
44812701--44812769	28	2.5	27	90	9	113	24	20	18	36	1.95
44821348--44821408	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
44822904--44823814	44	20.8	44	83	2	992	27	24	13	33	1.94
44835799--44835850	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
44835823--44835867	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
44835800--44835867	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44835917--44835967	18	2.9	17	80	16	59	52	3	1	41	1.31
44835952--44836003	25	2.0	27	88	7	81	63	0	3	32	1.12
44838666--44838897	27	8.6	27	87	0	304	40	20	7	31	1.81
44838666--44838951	81	3.5	82	82	5	298	39	20	8	30	1.82
44838666--44838958	54	5.5	53	81	7	313	39	20	8	31	1.83
44838666--44838958	27	10.9	27	80	7	251	39	20	8	31	1.83
44838907--44839006	27	3.7	27	72	5	85	37	20	9	34	1.84
44838990--44839238	27	9.3	27	86	0	311	36	18	20	25	1.95
44839643--44839707	19	3.8	19	69	26	63	18	15	16	49	1.80
44839640--44839727	6	14.3	6	71	21	67	19	14	15	50	1.79
44839640--44839718	31	2.5	31	95	0	140	18	15	15	50	1.78
44842870--44842932	29	2.3	27	81	13	67	20	25	11	42	1.85
44849528--44849631	27	3.9	27	80	6	122	24	17	20	38	1.93
44853678--44853805	44	3.0	44	82	7	156	24	16	27	32	1.96
44853684--44853828	42	3.4	42	82	5	157	24	16	24	33	1.96
44861231--44861393	43	3.8	43	82	4	150	23	15	27	32	1.96
44863276--44863528	68	3.8	65	77	10	221	29	15	29	25	1.96
44874591--44874696	27	4.0	26	84	6	122	38	18	23	18	1.93
44876092--44876193	24	4.2	24	93	0	168	20	41	4	33	1.74
44882556--44882580	13	1.9	13	100	0	50	36	0	32	32	1.58
44889219--44889260	20	2.1	20	95	0	75	33	7	21	38	1.81
44892203--44892331	46	2.8	46	92	0	213	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44898698--44898799	50	2.1	51	90	7	167	21	21	18	38	1.94
44899556--44899727	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
44899560--44899734	46	3.8	46	79	13	205	21	21	29	28	1.98
44902093--44902157	32	2.0	32	96	0	121	21	13	29	35	1.92
44910975--44911030	18	2.9	19	73	7	60	39	12	14	33	1.83
44913361--44913543	37	4.9	37	90	2	278	25	32	18	23	1.97
44913364--44913543	74	2.4	74	94	1	308	24	32	18	23	1.97
44913748--44913988	47	5.1	47	90	0	374	26	29	11	32	1.91
44913748--44913988	94	2.6	94	95	0	419	26	29	11	32	1.91
44920432--44920499	14	4.7	14	78	12	75	57	11	19	11	1.64
44920434--44920509	15	5.2	15	76	12	70	56	14	17	11	1.67
44923420--44923590	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
44923412--44923586	46	3.8	46	79	14	216	29	29	20	21	1.98
44935558--44935646	24	3.7	24	80	3	106	29	29	15	25	1.96
44938359--44938445	27	3.2	27	90	6	133	19	25	22	32	1.98
44943797--44943943	39	3.8	40	81	5	149	24	19	31	24	1.98
44952251--44952296	18	2.6	18	92	0	74	23	6	30	39	1.80
44953756--44953902	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
44953802--44953982	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
44953799--44953982	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
44961591--44961727	39	3.5	41	82	5	115	26	28	20	24	1.99
44961605--44961807	78	2.6	79	78	9	209	28	27	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44961629--44961807	78	2.3	80	82	10	217	27	27	20	24	1.99
44961626--44961807	39	4.6	40	81	7	185	28	27	19	24	1.99
44965663--44965697	16	2.2	16	89	0	52	54	17	20	8	1.68
44965921--44966022	29	3.6	29	80	6	109	26	15	28	29	1.96
44965908--44966022	29	4.0	28	75	12	99	27	14	27	29	1.95
44975575--44975750	46	3.8	46	77	10	187	21	20	28	29	1.98
44975572--44975743	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
44980135--44980220	28	3.0	28	79	3	109	32	13	27	25	1.94
44984980--44985054	29	2.6	29	82	0	87	28	29	16	26	1.96
44990750--44990817	34	2.0	34	88	0	100	26	22	23	27	1.99
44991190--44991274	27	3.1	27	84	0	125	20	18	20	41	1.91
45010349--45010430	30	2.7	30	78	3	92	13	18	13	54	1.70
45010349--45010421	15	4.9	15	82	0	92	12	17	13	56	1.68
45015500--45015539	19	2.2	18	86	4	53	27	27	27	17	1.98
45017854--45017886	15	2.1	16	88	5	50	3	30	0	66	1.06
45023438--45023475	19	2.0	20	84	5	51	18	2	21	57	1.52
45027110--45027297	49	3.8	48	82	8	234	26	19	25	28	1.98
45027109--45027292	100	1.8	100	95	0	332	25	19	26	28	1.99
45031074--45031238	27	6.1	27	79	8	176	30	19	6	43	1.77
45031074--45031238	54	3.1	55	79	10	196	30	19	6	43	1.77
45031074--45031234	81	2.0	81	89	7	247	31	19	6	42	1.76
45031230--45031368	27	5.1	27	73	9	104	37	22	11	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45031237--45031396	81	2.0	81	85	4	216	40	19	10	30	1.84
45031270--45031392	27	4.6	27	80	6	133	43	21	6	29	1.77
45031371--45031456	27	3.1	27	78	18	88	40	16	8	34	1.78
45031497--45031570	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
45031510--45031574	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
45032736--45032783	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
45032831--45032888	11	5.6	11	72	15	61	36	12	18	32	1.88
45032820--45032888	20	3.5	20	93	0	120	34	11	20	33	1.89
45032940--45033226	24	11.8	24	90	2	414	28	22	21	27	1.99
45032940--45033206	147	1.8	147	95	0	480	29	22	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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