genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85498922--85498997	30	2.5	30	81	12	86	60	0	1	38	1.05
85499184--85499227	19	2.3	19	88	0	61	29	2	2	65	1.16
85500307--85500360	28	2.0	27	82	17	67	57	3	0	38	1.17
85502689--85502789	33	3.2	33	81	13	133	38	0	5	54	1.32
85502684--85502769	3	28.7	3	70	9	59	36	1	4	58	1.27
85504668--85504716	25	2.0	25	88	8	73	38	2	0	59	1.09
85504662--85504715	14	4.1	14	73	22	53	42	1	0	55	1.10
85504681--85504730	16	3.2	14	79	20	55	34	0	0	66	0.92
85516531--85516606	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
85516523--85517049	47	11.4	47	90	4	784	33	8	29	28	1.86
85516789--85516867	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
85516523--85517049	189	2.9	179	92	2	847	33	8	29	28	1.86
85516843--85516916	38	2.2	32	80	20	87	35	8	29	27	1.85
85516797--85517049	85	2.9	86	89	5	355	34	7	29	28	1.85
85518727--85519077	40	8.8	40	89	1	526	24	21	27	26	1.99
85522804--85523338	47	11.4	47	92	0	827	32	8	30	29	1.86
85526569--85526830	88	3.0	87	64	17	225	32	18	21	27	1.97
85526483--85527010	176	3.0	175	91	1	826	32	19	20	27	1.97
85526517--85526793	88	3.2	86	66	17	235	32	20	22	25	1.98
85528919--85529052	5	27.2	5	68	20	52	34	5	0	58	1.27
85528988--85529067	32	2.6	31	80	13	85	32	3	0	63	1.12
85529018--85529067	16	3.2	14	79	20	55	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85529145--85529504	180	2.0	180	99	0	711	26	8	11	53	1.64
85531694--85531732	15	2.7	14	92	4	60	20	10	35	33	1.86
85534873--85534902	15	2.1	14	93	6	51	23	0	33	43	1.54
85538289--85538339	14	3.5	14	80	15	59	37	9	0	52	1.34
85540198--85540287	45	2.0	46	84	2	119	43	8	17	30	1.80
85541951--85542078	67	1.9	67	100	0	256	42	9	13	34	1.76
85542369--85542426	28	2.1	28	96	0	107	43	12	10	34	1.76
85548540--85548716	46	3.8	46	85	1	212	21	23	12	41	1.88
85550860--85550898	11	3.5	11	96	0	69	66	0	5	28	1.12
85550872--85550947	20	3.7	21	77	10	68	59	5	1	34	1.28
85552281--85552331	25	1.9	25	84	11	66	25	1	7	64	1.31
85552325--85552399	27	2.8	28	76	17	77	36	5	2	56	1.36
85555606--85555631	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
85558355--85558489	35	3.7	37	79	10	152	33	22	11	32	1.90
85558434--85558501	35	1.9	35	88	5	102	30	26	11	30	1.92
85568102--85568185	26	3.2	26	94	0	141	36	23	4	34	1.76
85576251--85576278	6	4.7	6	100	0	56	82	0	17	0	0.68
85576644--85576668	13	1.9	13	100	0	50	20	0	24	56	1.43
85577038--85577102	29	2.2	29	78	10	71	64	1	1	32	1.12
85577030--85577105	30	2.6	27	82	14	73	63	2	1	32	1.17
85582305--85582333	15	1.9	15	100	0	58	34	17	6	41	1.76
85584763--85584823	31	2.0	31	86	0	86	11	21	37	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85586448--85586499	24	2.2	25	82	10	72	53	9	1	34	1.45
85588418--85588469	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
85590771--85590828	30	1.9	30	85	0	80	32	10	12	44	1.75
85591501--85591539	21	1.9	20	84	5	51	38	2	0	58	1.12
85593248--85593281	17	1.9	17	88	5	50	73	2	0	23	0.97
85594131--85594164	15	2.3	15	100	0	68	11	23	5	58	1.55
85599148--85599199	10	5.0	10	81	9	50	61	7	0	30	1.24
85607723--85607752	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
85609067--85609123	26	2.2	26	100	0	114	38	12	3	45	1.59
85609220--85609265	22	2.1	21	84	4	56	71	0	15	13	1.14
85610856--85610888	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
85616238--85616322	6	14.5	6	84	7	68	15	3	5	75	1.13
85630955--85630989	7	4.9	7	93	6	61	25	0	28	45	1.54
85632945--85632985	22	2.0	21	86	13	59	24	2	24	48	1.63
85633561--85633606	21	2.2	20	84	3	56	26	21	32	19	1.97
85637679--85637768	45	2.0	45	91	0	144	28	20	23	27	1.99
85638486--85638759	95	2.9	96	81	4	329	23	29	19	27	1.98
85638491--85638772	143	2.0	144	86	4	401	24	29	19	26	1.98
85638488--85638772	48	6.0	48	80	6	283	24	29	19	26	1.98
85649233--85649352	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
85650286--85650629	47	7.3	47	90	3	514	33	9	29	26	1.89
85650480--85650601	22	5.3	22	62	18	59	34	10	28	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85650272--85650608	141	2.4	141	91	5	579	33	10	29	26	1.89
85652973--85653003	15	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
85655049--85655085	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
85655986--85656024	6	6.7	6	97	2	71	28	0	0	71	0.86
85661640--85661700	5	12.2	5	100	0	122	0	19	0	80	0.72
85671991--85672100	48	2.3	48	85	3	141	24	32	15	27	1.95
85672022--85672114	48	1.9	48	86	4	134	26	32	17	23	1.96
85677494--85677594	31	3.3	30	78	13	125	53	2	0	42	1.22
85677493--85677619	61	2.1	61	90	0	200	51	3	2	42	1.33
85677628--85677661	17	2.1	16	89	10	52	44	5	2	47	1.42
85677957--85677997	21	1.9	21	85	14	57	19	26	41	12	1.87
85679140--85679341	46	4.4	45	75	9	158	22	29	18	30	1.97
85692325--85692363	6	6.3	6	96	3	69	17	0	0	82	0.68
85692370--85692469	49	2.0	50	96	1	184	30	4	11	55	1.53
85696289--85696416	66	1.9	66	84	6	170	11	23	21	43	1.85
85698125--85698306	37	4.9	37	94	0	301	26	31	18	23	1.97
85698439--85698736	48	6.2	48	93	0	497	31	25	6	36	1.80
85703683--85703721	15	2.6	15	95	0	69	51	5	12	30	1.62
85703883--85703913	7	4.4	7	100	0	62	41	12	12	32	1.81
85704116--85704182	35	1.9	35	96	0	125	35	5	11	46	1.65
85704472--85704505	16	2.2	15	89	5	50	11	2	2	82	0.89
85704690--85704718	13	2.1	14	93	6	51	44	6	6	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85706652--85706708	26	2.1	27	81	9	64	8	31	5	54	1.53
85707700--85707776	20	4.1	20	68	21	67	38	2	32	25	1.70
85707731--85707776	21	2.2	20	92	3	74	43	2	30	23	1.66
85707738--85707783	20	2.2	20	82	14	58	50	2	28	19	1.60
85707700--85707807	55	1.9	56	86	1	155	40	3	31	24	1.72
85707856--85707965	40	2.7	41	81	8	134	27	10	20	41	1.85
85717949--85718010	31	2.0	31	90	6	99	29	22	3	45	1.68
85732814--85732844	12	2.5	13	89	10	55	48	0	0	51	1.00
85736534--85736563	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
85736922--85736958	13	2.8	13	83	0	56	16	37	27	18	1.92
85747299--85747425	48	2.6	48	83	2	175	29	22	22	25	1.99
85747299--85747448	48	3.1	47	79	5	158	30	22	22	26	1.99
85748488--85748658	38	4.4	38	84	2	191	29	25	23	21	1.99
85754073--85754340	46	5.7	46	79	9	244	23	30	18	27	1.98
85754069--85754343	94	2.9	93	78	13	307	24	29	18	27	1.98
85760393--85760656	46	5.6	47	77	10	231	23	30	17	28	1.97
85760393--85760663	94	2.9	93	78	11	288	23	30	17	27	1.97
85766420--85766475	29	1.9	29	82	7	69	57	0	1	41	1.09
85770729--85770769	21	2.0	21	86	9	59	14	17	4	63	1.47
85773593--85773679	38	2.3	38	91	2	147	36	8	6	48	1.60
85773871--85773900	15	2.1	14	93	6	51	46	0	0	53	1.00
85773880--85773923	23	2.0	22	90	4	70	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85773880--85773923	11	3.9	11	88	5	70	45	0	0	54	0.99
85784027--85784070	13	3.3	14	87	9	65	47	0	0	52	1.00
85798183--85798217	18	1.9	18	100	0	70	20	22	11	45	1.82
85800044--85800139	34	2.8	34	80	9	115	22	26	21	29	1.99
85800809--85800859	24	2.1	24	82	7	59	5	23	15	54	1.63
85810253--85810301	20	2.3	21	89	6	73	69	2	2	26	1.10
85810296--85810353	22	2.6	22	74	15	57	75	1	3	18	1.03
85810316--85810360	13	3.5	13	78	6	56	80	0	2	17	0.82
85810314--85810385	29	2.5	28	84	6	99	77	2	4	15	1.03
85810324--85810386	13	4.7	13	77	22	60	76	3	4	15	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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