genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84855061--84855105	22	2.0	22	91	0	72	35	31	22	11	1.89
84862588--84862927	131	2.6	129	85	4	445	25	17	21	35	1.95
84874423--84875076	89	7.4	89	89	1	890	31	21	25	22	1.98
84874460--84874598	44	3.1	44	67	20	126	35	23	23	16	1.95
84874925--84875064	43	3.3	43	68	19	112	27	20	26	25	1.99
84875835--84875882	21	2.3	21	79	10	55	10	8	6	75	1.20
84876729--84876808	40	2.0	40	100	0	160	27	7	2	62	1.35
84877683--84878022	131	2.6	129	83	3	407	26	18	20	35	1.95
84880265--84880434	85	2.0	85	100	0	340	42	20	10	27	1.84
84893446--84893482	15	2.3	17	86	9	51	40	0	21	37	1.54
84898000--84898032	13	2.5	13	95	0	57	27	24	36	12	1.91
84898158--84898191	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
84906564--84906596	17	1.9	17	93	0	57	60	12	0	27	1.32
84907096--84907170	39	1.9	38	84	7	98	66	1	4	28	1.17
84929623--84929648	10	2.6	10	100	0	52	69	0	0	30	0.89
84929628--84929653	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
84931632--84931692	18	3.3	19	77	6	54	40	13	6	39	1.70
84935889--84935926	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
84948441--84948467	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
84956863--84956900	18	2.1	18	95	0	67	10	5	31	52	1.58
84959552--84959605	27	2.0	27	100	0	108	48	11	11	29	1.73
84961193--84961433	94	2.6	94	85	5	317	41	22	12	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84962681--84962798	33	3.6	33	92	0	200	41	33	7	16	1.77
84972313--84972354	22	1.9	22	85	0	57	50	9	0	40	1.35
84973490--84973549	31	2.0	30	87	9	86	51	6	6	35	1.54
84973534--84973641	24	4.4	23	73	17	76	55	4	8	31	1.50
84973715--84973810	23	4.2	23	80	5	106	60	2	3	34	1.24
84973715--84973810	46	2.1	46	88	5	142	60	2	3	34	1.24
84973878--84973953	35	2.1	35	80	11	82	59	2	9	28	1.42
84974011--84974043	17	2.0	16	94	5	57	51	12	0	36	1.39
84974044--84974207	3	54.7	3	67	18	74	59	2	6	31	1.36
84976101--84976164	28	2.2	30	81	10	80	34	1	1	62	1.14
84982155--84982187	11	3.0	11	90	0	57	9	15	21	54	1.68
84989005--84989094	33	2.8	32	78	8	101	35	24	8	31	1.86
84989007--84989120	33	3.5	33	77	7	97	34	23	9	32	1.87
84991842--84991899	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
84991895--84991961	10	6.2	10	71	21	55	34	10	11	43	1.76
84991895--84991994	45	2.2	45	96	1	184	34	11	13	42	1.79
84991913--84991987	25	3.2	25	68	24	81	36	12	14	37	1.83
84997316--84997368	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
84998857--84998940	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
85001137--85001203	26	2.6	26	92	0	107	20	23	26	28	1.99
85005130--85005169	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
85014411--85014546	46	3.0	47	87	6	181	20	23	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85014937--85015052	23	5.0	23	74	12	119	31	24	28	16	1.96
85014907--85015048	71	2.0	72	80	6	164	34	23	25	16	1.95
85016601--85016649	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
85016758--85016816	26	2.4	24	78	16	59	47	1	0	50	1.11
85017747--85017869	59	2.1	59	96	0	228	43	0	7	48	1.36
85017832--85017880	22	2.3	20	83	13	55	46	0	0	53	1.00
85017832--85017862	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
85018816--85018856	22	1.9	21	90	5	64	70	2	12	14	1.26
85019875--85019974	38	2.5	40	73	11	107	22	20	28	30	1.98
85022020--85022044	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
85028981--85029178	105	1.9	101	85	6	272	25	26	16	31	1.96
85031444--85031588	46	3.2	45	81	6	161	20	18	13	47	1.82
85031559--85031716	45	3.5	44	82	3	158	22	24	19	34	1.97
85031559--85031725	90	1.9	90	82	2	210	22	23	18	34	1.96
85032747--85032803	9	6.3	9	80	8	62	45	17	10	26	1.81
85032747--85032785	18	2.2	18	100	0	78	43	15	10	30	1.80
85032822--85032862	6	6.5	6	86	5	55	17	0	2	80	0.82
85032822--85032862	13	3.2	12	80	12	55	17	0	2	80	0.82
85043668--85043698	6	5.2	6	96	0	53	0	51	19	29	1.47
85047573--85047614	17	2.7	16	85	14	61	59	2	0	38	1.10
85047645--85047692	9	5.6	9	85	12	57	68	6	2	22	1.23
85047645--85047693	17	2.9	17	85	14	66	69	6	2	22	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85056519--85056606	44	2.0	44	95	0	158	42	12	9	36	1.75
85057140--85057194	27	2.0	27	82	6	67	27	38	23	10	1.88
85057468--85057710	108	2.2	108	91	3	382	41	10	5	42	1.62
85057506--85057722	108	2.0	108	99	0	425	41	9	5	43	1.61
85068201--85068242	15	2.6	16	82	17	52	61	2	0	35	1.09
85068200--85068246	17	2.8	16	83	6	58	63	2	0	34	1.06
85072724--85072772	23	2.1	23	100	0	98	20	4	42	32	1.71
85075191--85075215	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
85077850--85077888	6	6.5	6	90	0	60	5	15	28	51	1.64
85077850--85077888	12	3.2	12	92	0	69	5	15	28	51	1.64
85079260--85079301	7	5.7	7	89	10	66	11	11	2	73	1.18
85079259--85079302	8	5.8	8	89	5	65	11	11	2	75	1.15
85079281--85079318	19	2.0	19	89	0	58	5	10	5	78	1.06
85079410--85079456	22	2.1	22	88	7	69	42	2	0	55	1.12
85079514--85079546	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
85079920--85079972	21	2.5	21	90	6	81	60	0	0	39	0.97
85079931--85079996	34	1.9	34	93	6	116	60	0	0	39	0.97
85079964--85080042	22	3.5	21	80	14	86	55	1	0	43	1.07
85080087--85080132	8	5.8	8	94	0	83	76	2	10	10	1.12
85080085--85080138	16	3.4	16	84	0	63	79	1	9	9	1.00
85080085--85080138	24	2.2	24	83	0	81	79	1	9	9	1.00
85081290--85081436	73	2.0	73	98	0	285	42	17	10	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85081294--85081416	35	3.4	36	67	7	106	41	17	10	30	1.83
85083374--85083412	20	2.0	20	89	0	60	61	2	2	33	1.23
85083382--85083448	19	3.5	20	78	10	61	53	4	2	38	1.36
85083468--85083519	20	2.9	17	76	18	52	53	1	3	40	1.30
85085940--85085964	12	2.1	12	100	0	50	8	0	0	92	0.40
85086083--85086130	24	2.0	24	84	4	62	75	0	10	14	1.06
85088133--85088603	38	12.9	36	69	13	151	36	12	20	30	1.90
85088101--85088486	38	10.5	36	70	12	176	36	13	20	30	1.90
85088316--85088474	75	2.1	75	83	6	207	37	11	21	29	1.89
85092791--85092823	17	1.9	17	93	0	57	66	24	3	6	1.28
85100775--85100883	7	15.0	7	75	11	67	45	33	0	19	1.56
85100769--85100890	14	8.5	13	72	19	82	45	33	1	18	1.60
85100815--85100890	22	3.5	23	80	7	61	47	32	0	19	1.50
85100778--85100883	29	3.6	28	78	13	99	47	33	0	18	1.56
85100813--85100890	29	2.7	29	84	2	104	46	34	0	19	1.50
85101050--85101100	7	7.0	7	82	8	66	45	39	0	15	1.47
85101210--85101679	130	3.5	134	81	10	382	33	23	15	26	1.95
85101328--85101931	263	2.3	266	87	4	871	33	24	16	26	1.95
85101827--85102022	91	2.2	91	91	1	313	31	23	16	27	1.96
85101428--85101931	131	3.8	132	91	1	791	34	24	15	25	1.94
85101940--85102160	120	1.9	120	87	2	329	30	24	17	28	1.97
85102318--85102387	24	2.7	24	82	12	77	65	1	7	25	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85102627--85102670	21	2.1	21	91	0	70	56	0	9	34	1.31
85102746--85102864	26	4.8	26	73	19	94	53	4	6	35	1.47
85102799--85102869	21	3.2	21	72	25	65	60	2	2	33	1.26
85102771--85102877	26	4.5	22	75	21	76	58	3	2	34	1.30
85102810--85102903	26	3.5	27	71	16	72	60	2	2	35	1.20
85103059--85103113	15	3.6	16	79	18	55	65	0	3	30	1.10
85103059--85103136	25	3.0	25	75	14	70	64	0	3	32	1.12
85105920--85105972	16	3.1	18	79	17	67	49	0	1	49	1.12
85105904--85105990	35	2.5	34	75	14	88	54	1	2	42	1.20
85123106--85123198	3	32.0	3	78	6	93	2	33	0	64	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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