genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72214439--72214562	66	1.9	66	87	0	185	23	22	16	37	1.93
72214504--72214715	72	2.8	72	86	6	264	33	17	14	34	1.90
72214353--72214714	145	2.5	141	74	12	327	31	19	16	33	1.94
72223265--72223314	14	3.5	14	83	2	64	14	4	16	66	1.40
72223264--72223318	15	3.7	15	82	4	76	12	5	16	65	1.43
72223252--72223315	29	2.2	29	88	0	92	10	3	15	70	1.28
72223560--72223631	30	2.4	30	78	0	81	43	5	22	29	1.76
72224739--72224795	30	1.9	30	100	0	114	19	15	40	24	1.90
72225200--72225245	5	9.2	5	100	0	92	39	0	21	39	1.54
72228056--72228228	37	4.7	37	81	2	161	45	13	21	19	1.85
72228206--72228290	37	2.3	36	80	6	89	54	10	11	23	1.68
72229593--72229659	31	2.2	31	86	0	89	44	10	5	38	1.63
72241114--72241217	21	5.0	21	63	9	50	15	21	17	46	1.84
72241102--72241216	42	2.8	41	78	6	106	16	20	17	46	1.85
72241114--72241243	42	3.1	42	78	6	122	15	20	16	46	1.83
72250712--72250745	14	2.4	14	85	0	50	32	2	2	61	1.26
72253141--72253219	40	2.0	40	84	0	104	16	21	31	30	1.95
72255095--72255143	16	3.1	15	80	16	55	10	8	4	77	1.10
72258641--72258740	40	2.6	38	76	6	119	17	16	32	35	1.91
72260428--72260496	36	1.9	36	93	0	120	23	31	7	37	1.82
72268876--72268958	19	4.4	19	78	3	78	19	15	22	42	1.89
72274587--72274661	37	2.1	37	97	2	143	53	2	5	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72276584--72276653	33	2.1	33	89	0	104	41	4	14	40	1.65
72276748--72276772	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
72278182--72279633	217	6.6	218	79	6	1368	36	20	12	30	1.90
72278633--72278673	21	2.0	21	100	0	82	41	24	4	29	1.75
72284301--72284384	33	2.7	29	81	13	96	34	1	8	55	1.37
72289048--72289107	28	2.1	28	100	0	120	30	23	6	40	1.80
72289601--72289652	6	8.7	6	100	0	104	82	0	0	17	0.66
72291169--72291195	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72291233--72291298	27	2.4	27	76	14	73	53	4	6	36	1.46
72291481--72291549	24	2.7	26	82	8	72	53	4	7	34	1.48
72291508--72291570	26	2.4	27	80	15	71	50	3	11	34	1.54
72291600--72291646	22	2.1	23	88	4	69	55	4	4	36	1.39
72291835--72291894	27	2.3	26	85	2	84	55	6	5	33	1.48
72292128--72292181	16	3.6	16	80	11	53	59	1	3	35	1.26
72292462--72292508	12	4.1	12	84	10	55	59	2	6	31	1.34
72293216--72293253	19	2.1	18	90	5	58	28	0	7	63	1.23
72293257--72293299	22	1.9	22	85	4	59	69	6	9	13	1.35
72293805--72293834	16	1.9	15	93	6	51	46	0	6	46	1.29
72295164--72295248	42	2.0	42	86	0	116	22	27	30	20	1.98
72305679--72305725	23	2.0	23	95	0	85	31	0	23	44	1.54
72309341--72309434	40	2.4	39	74	13	95	18	12	35	34	1.88
72311209--72311266	30	2.0	29	96	3	107	25	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72320662--72320808	40	3.6	39	81	9	170	23	14	28	33	1.94
72323445--72323477	12	2.8	12	95	0	57	42	12	0	45	1.41
72329492--72329518	13	2.1	13	100	0	54	22	7	7	62	1.46
72334315--72334490	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72334312--72334483	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72341875--72342050	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72341872--72342043	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72358475--72358512	19	2.0	19	100	0	76	42	21	10	26	1.85
72363366--72363423	27	2.1	27	83	0	71	20	31	20	27	1.98
72366595--72366751	78	2.1	76	84	6	201	54	12	5	27	1.59
72369012--72369063	16	3.2	16	94	5	88	61	9	0	28	1.27
72369052--72369400	103	3.3	103	78	14	375	55	15	1	27	1.47
72369273--72369303	7	4.4	7	91	0	53	67	29	0	3	1.06
72369188--72369402	112	1.9	113	87	2	317	54	15	1	28	1.50
72369416--72369440	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
72369453--72369488	7	5.0	7	89	3	54	72	25	0	2	0.98
72370307--72370347	21	2.0	21	95	0	73	26	17	29	26	1.97
72370747--72370775	14	2.0	15	93	6	51	55	6	37	0	1.27
72371706--72371746	20	2.0	20	90	0	64	0	34	0	65	0.93
72371700--72371789	3	30.7	3	80	4	103	1	33	0	65	1.00
72371817--72371859	16	2.4	19	77	14	56	0	23	4	72	1.04
72373663--72373697	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72382198--72382251	27	2.0	27	82	7	65	44	1	11	42	1.50
72385878--72385922	3	15.0	3	100	0	90	33	33	0	33	1.58
72387375--72387463	41	2.2	41	83	0	106	31	12	23	32	1.92
72397368--72397443	11	7.4	10	71	16	50	64	1	2	31	1.15
72397389--72397444	21	2.7	20	83	8	67	66	1	3	28	1.19
72397509--72397550	21	2.1	21	86	8	61	57	0	0	42	0.99
72399945--72400200	128	2.0	128	99	0	503	31	14	10	43	1.79
72402313--72402368	25	2.2	26	81	9	62	35	3	0	60	1.14
72406495--72406535	17	2.4	17	81	18	50	70	2	9	17	1.25
72406705--72406747	22	1.9	22	90	4	68	30	0	2	67	1.03
72420421--72420469	25	2.0	25	84	8	64	30	20	18	30	1.96
72422109--72422259	43	3.8	42	73	18	133	26	12	22	38	1.90
72428706--72428890	40	4.7	40	86	6	225	25	27	22	24	2.00
72436734--72436958	27	8.6	26	83	9	246	29	28	15	27	1.96
72436734--72436958	55	4.3	53	81	9	273	29	28	15	27	1.96
72436734--72436958	82	2.9	77	80	7	251	29	28	15	27	1.96
72442918--72443027	26	4.2	26	95	0	193	37	24	4	33	1.76
72448859--72448886	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
72457679--72457771	31	3.2	30	64	25	74	29	13	16	40	1.87
72457688--72457774	28	3.1	28	64	26	76	27	16	14	41	1.87
72457673--72457783	55	2.0	55	96	0	204	27	17	15	39	1.89
72461972--72462024	26	2.0	26	100	0	106	26	15	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72467829--72467908	6	13.3	6	86	5	117	80	1	3	15	0.92
72474747--72474793	24	1.9	25	86	4	69	65	6	4	23	1.33
72495640--72495690	22	2.4	21	81	15	52	56	1	5	35	1.35
72497095--72497143	22	2.2	22	85	0	62	20	22	22	34	1.97
72498133--72498216	17	4.9	17	74	0	69	25	10	19	45	1.82
72498135--72498242	51	2.1	51	85	0	144	28	10	17	43	1.82
72509885--72509985	28	3.6	28	81	10	125	25	26	16	30	1.97
72509887--72510010	56	2.2	55	88	1	176	25	24	18	31	1.98
72509887--72510010	28	4.5	27	77	12	108	25	24	18	31	1.98
72517184--72517307	28	4.5	26	79	8	131	27	29	15	28	1.96
72518733--72518770	19	2.1	18	90	5	58	55	2	0	42	1.14
72526067--72526112	21	2.1	22	88	8	67	0	32	0	67	0.91
72526073--72526119	21	2.2	21	85	7	60	0	31	2	65	1.04
72552635--72552668	14	2.3	15	90	5	52	35	0	47	17	1.48
72555720--72555745	6	4.3	6	100	0	52	15	19	30	34	1.93
72556552--72556582	16	1.9	16	100	0	62	35	45	0	19	1.51
72557617--72557648	17	1.9	16	93	6	55	75	3	12	9	1.16
72567630--72567805	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
72567627--72567798	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
72575002--72575175	46	3.8	46	79	13	212	20	21	28	29	1.98
72574999--72575170	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72580936--72580995	23	2.6	23	97	0	111	21	33	31	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72582483--72582564	43	1.9	43	89	0	128	26	28	19	25	1.99
72590017--72590062	15	3.2	15	77	20	53	78	2	15	4	1.01
72593497--72593534	18	2.1	19	90	9	62	15	28	42	13	1.85
72598050--72598099	16	3.1	16	77	11	50	46	0	12	42	1.41
72600215--72600265	20	2.4	21	81	15	61	50	3	1	43	1.31
72600215--72600282	21	3.2	21	78	17	70	50	2	2	44	1.32
72600287--72600324	20	1.9	20	84	10	51	21	0	2	76	0.91
72601512--72601548	18	2.1	18	100	0	74	35	10	21	32	1.88
72601933--72601979	19	2.4	19	89	3	76	25	10	14	48	1.76
72602061--72602106	14	3.4	14	73	11	51	47	2	0	50	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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