genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71605612--71605671	22	2.7	22	84	5	77	11	40	21	26	1.88
71606940--71607381	211	2.1	214	90	3	703	33	5	4	56	1.42
71606940--71607381	106	4.1	106	91	2	672	33	5	4	56	1.42
71609254--71609278	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
71615046--71615074	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
71615489--71615543	21	2.6	21	86	11	85	30	20	49	0	1.49
71615489--71615554	21	3.1	21	83	12	73	30	19	48	1	1.58
71621773--71621817	22	2.0	22	100	0	90	44	24	17	13	1.85
71622289--71622346	22	2.8	20	75	12	53	32	1	1	63	1.14
71622905--71622963	30	2.0	29	93	3	100	52	8	6	32	1.58
71622999--71623041	22	2.0	22	86	9	61	58	13	9	18	1.62
71624478--71624515	12	3.1	13	85	11	53	39	0	5	55	1.23
71628744--71628777	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
71631235--71631293	31	1.9	31	86	6	84	11	33	35	18	1.88
71640226--71640279	13	4.2	13	97	0	99	14	37	31	16	1.89
71642739--71642847	42	2.6	42	82	2	130	30	24	16	28	1.97
71647001--71647455	46	9.6	48	76	9	262	22	28	20	28	1.99
71647142--71647408	94	2.9	94	84	3	344	22	28	20	28	1.98
71649989--71650106	42	2.8	42	80	2	121	28	24	18	27	1.98
71653525--71653554	16	1.9	15	93	6	51	0	26	0	73	0.84
71660490--71660519	15	2.0	15	93	0	51	43	13	0	43	1.43
71666028--71666220	21	9.2	21	73	4	147	19	22	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71666080--71666234	63	2.5	63	78	8	165	17	21	15	45	1.85
71666020--71666212	84	2.3	83	85	4	264	18	21	13	46	1.84
71666020--71666217	42	4.7	42	81	5	206	18	21	13	45	1.84
71675779--71675832	22	2.5	22	91	5	85	61	3	0	35	1.14
71676588--71676632	23	2.0	23	86	0	63	33	0	4	62	1.15
71683209--71683237	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
71686012--71686129	43	2.8	41	83	5	155	30	20	16	33	1.94
71688599--71688635	19	1.9	20	88	5	58	35	2	8	54	1.44
71689482--71689506	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
71689748--71689823	37	2.1	37	100	0	152	19	32	26	21	1.97
71691982--71692021	18	2.2	18	90	0	62	52	17	15	15	1.75
71702161--71702200	19	2.1	19	90	0	62	35	25	10	30	1.88
71704145--71704169	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
71704283--71704351	30	2.3	30	94	0	120	18	34	27	18	1.95
71705821--71705858	18	2.1	18	100	0	76	39	10	5	44	1.61
71725220--71725278	19	3.1	19	73	11	57	49	6	0	44	1.29
71726606--71726663	30	1.9	30	83	13	75	36	5	5	53	1.46
71739569--71739602	10	3.4	10	83	0	50	50	0	5	44	1.26
71739571--71739697	20	6.6	19	69	20	77	45	3	7	42	1.51
71739642--71739715	38	1.9	38	88	0	112	51	4	6	37	1.47
71742821--71742925	45	2.3	45	86	0	138	46	19	15	19	1.84
71742990--71743116	46	2.8	46	86	1	166	48	15	18	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71747068--71747526	46	10.0	46	94	0	740	23	24	15	37	1.93
71754205--71754288	43	2.0	43	95	0	150	34	26	14	25	1.94
71758537--71758769	48	4.8	49	83	3	197	25	27	16	30	1.97
71758537--71758716	96	1.9	97	89	2	281	24	28	17	30	1.97
71758534--71758769	96	2.4	97	82	2	278	25	27	16	30	1.97
71767278--71767319	20	2.0	20	86	9	57	38	4	23	33	1.76
71770111--71770162	25	2.1	25	96	0	95	38	19	21	21	1.94
71770753--71770791	19	2.1	19	85	9	53	38	7	5	48	1.54
71773659--71773778	43	2.8	42	81	12	163	27	25	15	31	1.95
71780053--71780109	28	2.0	28	100	0	114	42	10	14	33	1.79
71780599--71780704	29	3.6	28	76	8	104	26	15	16	41	1.88
71782154--71782207	25	2.1	26	89	6	83	37	0	12	50	1.41
71785000--71785227	46	5.0	46	89	1	314	21	24	14	39	1.91
71787370--71787421	11	4.7	11	74	9	52	63	5	1	28	1.28
71798345--71798410	13	5.5	13	70	26	65	39	0	12	48	1.40
71798336--71798409	23	3.2	23	98	0	139	41	0	9	48	1.35
71799553--71799584	16	2.0	16	100	0	64	50	6	0	43	1.27
71800196--71800262	24	2.7	25	83	6	91	14	16	14	53	1.73
71800689--71800735	20	2.3	21	78	7	53	23	6	6	63	1.41
71805594--71805645	21	2.5	21	87	0	77	26	5	34	32	1.80
71812848--71812930	41	2.0	41	97	0	157	24	33	9	32	1.88
71814539--71814617	24	3.2	24	64	35	60	32	31	12	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71814542--71814619	22	3.3	22	68	25	68	32	30	14	23	1.94
71814470--71814746	50	5.5	50	89	1	385	32	28	15	24	1.95
71820894--71820940	22	2.1	22	100	0	94	21	19	17	42	1.89
71825520--71825563	17	2.6	16	86	13	54	63	6	4	25	1.38
71826229--71826501	146	1.9	144	80	12	324	40	6	8	44	1.62
71826523--71826564	22	1.9	22	100	0	84	45	9	0	45	1.36
71831763--71831892	36	3.3	39	76	15	135	34	23	16	25	1.95
71834553--71834703	74	2.1	69	80	6	158	33	15	25	25	1.95
71842310--71842342	17	2.0	17	88	5	50	33	18	3	45	1.65
71848138--71848173	3	12.3	3	94	5	65	69	0	30	0	0.89
71855190--71855226	14	2.6	15	83	12	51	35	0	5	59	1.20
71855447--71855494	22	2.2	21	85	3	69	45	4	2	47	1.33
71856233--71856289	19	2.9	19	78	14	62	33	0	8	57	1.29
71856260--71856293	15	2.3	15	94	0	59	35	0	11	52	1.38
71856238--71856309	21	3.6	19	81	7	72	30	1	9	58	1.39
71867283--71867326	24	1.9	22	86	9	61	34	0	52	13	1.41
71867348--71867408	17	3.4	17	73	18	61	24	0	65	9	1.23
71873767--71873805	19	2.1	19	95	0	69	33	28	12	25	1.93
71881747--71881791	22	2.0	22	87	8	65	46	15	2	35	1.58
71886241--71886285	22	2.0	22	86	0	63	51	15	2	31	1.56
71887271--71887308	18	2.1	18	100	0	76	21	10	10	57	1.61
71904642--71904681	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71904627--71904693	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
71904621--71904697	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
71906891--71906923	13	2.5	13	100	0	66	66	0	0	33	0.92
71911242--71911286	18	2.5	19	82	10	58	51	0	0	48	1.00
71911252--71911340	42	2.1	44	87	8	130	42	7	1	48	1.39
71929590--71929645	16	3.5	16	92	0	94	33	7	30	28	1.84
71937564--71937624	28	2.1	29	82	8	72	57	3	4	34	1.36
71937823--71937935	33	3.4	33	73	0	82	28	14	42	15	1.85
71939946--71940173	43	5.4	43	77	4	194	32	28	14	25	1.94
71941366--71941707	168	2.0	168	96	0	639	39	19	12	28	1.88
71944100--71944285	93	2.0	93	97	0	354	50	19	10	19	1.77
71944786--71944885	42	2.4	43	88	3	141	25	14	16	45	1.84
71945022--71945049	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
71945055--71945082	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
71945048--71945111	9	7.8	8	77	16	51	29	0	3	67	1.06
71945041--71945114	7	8.9	8	77	18	55	32	0	2	64	1.07
71945703--71945741	14	2.8	14	88	0	60	48	25	0	25	1.51
71946021--71946067	21	2.2	21	77	7	51	48	25	0	25	1.51
71946364--71946542	76	2.3	76	84	6	236	31	20	17	30	1.96
71946505--71946643	40	3.5	40	78	4	127	23	18	20	38	1.94
71947941--71947984	22	2.0	22	90	4	70	13	4	2	79	0.98
71947945--71947992	22	2.2	22	81	7	53	14	4	4	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71948946--71948989	17	2.5	17	85	3	61	29	4	4	61	1.36
71948972--71949011	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48
71948946--71948997	17	3.0	17	75	13	52	28	7	3	59	1.43
71948909--71949016	3	35.7	3	70	9	67	28	9	2	59	1.43
71949159--71949239	21	4.0	21	79	9	78	27	7	1	64	1.28
71949189--71949217	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
71949331--71949361	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
71953824--71953859	6	6.0	6	100	0	72	50	16	33	0	1.46
71956602--71956685	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
71957498--71957534	16	2.2	16	95	4	65	89	0	10	0	0.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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