genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61403633--61403661	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
61405669--61405769	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
61415032--61415294	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
61415071--61415329	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
61422962--61423223	39	6.6	40	86	3	300	25	19	28	26	1.99
61422962--61423223	79	3.3	80	83	3	300	25	19	28	26	1.99
61423002--61423258	79	3.3	79	83	3	225	26	19	28	25	1.99
61422964--61423258	118	2.5	118	80	4	292	25	20	28	25	1.99
61425944--61425979	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
61426406--61426444	10	3.8	10	83	6	51	0	15	5	79	0.90
61426543--61426573	16	1.9	16	100	0	62	51	9	6	32	1.60
61426835--61426880	22	2.0	23	91	4	76	52	4	0	43	1.21
61436995--61437019	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
61440117--61440154	9	4.2	9	89	0	58	36	34	7	21	1.82
61442863--61442906	19	2.2	20	80	4	54	9	13	4	72	1.24
61445862--61445903	21	1.9	22	90	9	68	40	0	14	45	1.45
61446054--61446108	25	2.2	25	100	0	110	29	30	10	29	1.91
61446114--61446150	19	1.9	19	94	0	65	21	29	27	21	1.99
61447222--61447295	35	2.1	35	100	0	148	33	27	10	28	1.90
61448807--61448858	11	4.8	11	75	11	54	44	0	1	53	1.11
61450298--61450377	29	2.7	29	78	5	88	36	6	11	46	1.65
61450319--61450376	29	2.0	30	89	3	91	32	5	12	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61451533--61451577	21	2.1	21	83	0	54	51	0	15	33	1.44
61451700--61452083	3	128.0	3	70	17	149	59	3	7	29	1.42
61453378--61453946	44	12.7	45	73	9	283	26	21	19	31	1.98
61453914--61454338	88	4.8	88	89	1	591	28	21	23	26	1.99
61453915--61454226	44	7.1	43	63	11	148	28	22	23	25	1.99
61453903--61454386	88	5.5	87	85	3	392	27	21	22	27	1.99
61454353--61455177	44	19.0	44	68	8	299	24	22	20	32	1.98
61454353--61454773	130	3.2	130	92	0	653	26	23	20	29	1.99
61454481--61455075	174	3.4	174	79	5	427	24	23	20	31	1.98
61454347--61455165	86	9.4	86	74	8	410	24	22	20	32	1.98
61454643--61455075	175	2.5	174	82	4	523	23	22	20	33	1.97
61454648--61455068	88	4.8	87	79	8	419	23	22	19	33	1.97
61458719--61458751	16	2.1	16	88	11	50	63	3	0	33	1.10
61459007--61459082	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
61459036--61459133	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
61459043--61459133	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
61459482--61459640	45	3.5	45	79	5	176	24	25	14	35	1.94
61459652--61459946	78	3.8	78	91	1	475	25	24	18	31	1.98
61460027--61460389	78	4.7	77	89	1	528	25	24	17	32	1.97
61459535--61460311	365	2.1	367	87	3	1141	26	24	16	32	1.97
61460199--61460325	41	3.2	41	62	17	104	24	26	18	30	1.98
61459652--61460535	443	2.0	442	91	1	1448	26	23	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61461714--61461792	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
61461911--61462372	47	9.7	47	92	2	737	29	29	8	32	1.87
61461911--61462372	96	4.9	96	92	2	740	29	29	8	32	1.87
61461911--61462372	143	3.2	141	90	3	703	29	29	8	32	1.87
61465047--61465149	52	2.0	52	100	0	206	33	11	7	47	1.69
61472855--61472888	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
61473135--61473210	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
61473164--61473261	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
61473171--61473261	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
61475106--61475276	40	4.3	39	78	13	145	25	26	21	27	1.99
61475127--61475283	40	4.0	40	83	6	194	24	27	22	25	2.00
61475127--61475283	79	2.0	80	83	6	203	24	27	22	25	2.00
61482958--61483141	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
61482939--61483141	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
61488149--61488194	20	2.5	18	80	16	58	58	2	4	34	1.30
61488358--61488517	3	53.0	3	73	16	118	60	1	6	31	1.32
61490509--61490550	15	2.7	15	88	7	57	59	2	38	0	1.10
61503436--61503605	45	3.9	45	82	5	181	26	27	20	25	1.99
61507891--61508293	55	7.6	54	77	10	391	23	23	16	35	1.95
61507891--61508285	108	3.7	108	88	4	513	23	23	17	35	1.95
61508171--61508341	47	3.5	47	72	13	173	26	22	14	36	1.92
61507900--61508340	108	4.2	104	89	4	479	24	23	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61512983--61513032	22	2.2	23	85	3	66	72	0	6	22	1.07
61515254--61515292	18	2.2	18	86	9	53	38	5	2	53	1.37
61519513--61519613	32	3.2	32	72	13	102	27	4	5	61	1.40
61531155--61531214	27	2.2	27	100	0	120	30	30	21	18	1.97
61533569--61533648	30	2.7	30	76	7	90	26	21	11	41	1.86
61533748--61533817	29	2.4	29	82	0	95	24	27	14	34	1.94
61537101--61537168	35	1.9	35	100	0	136	58	16	7	17	1.59
61547243--61547275	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
61547728--61547775	21	2.3	22	78	10	55	25	31	6	37	1.81
61552687--61552874	40	4.7	40	84	3	254	26	26	21	25	2.00
61552687--61552874	80	2.4	79	90	2	288	26	26	21	25	2.00
61557309--61557356	25	1.9	25	82	0	60	20	2	18	58	1.49
61558136--61558168	13	2.4	14	85	10	50	18	18	15	48	1.81
61566826--61566860	16	2.1	16	89	5	52	31	5	5	57	1.46
61569738--61569891	28	5.5	28	89	1	220	33	26	12	27	1.92
61577687--61577840	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
61583991--61584040	26	1.9	26	100	0	100	40	2	24	34	1.66
61583992--61584046	26	2.3	24	87	12	78	36	1	23	38	1.66
61586313--61586482	39	4.4	39	82	5	218	29	4	22	42	1.74
61586410--61586492	39	2.1	39	86	0	112	32	2	20	44	1.64
61587423--61587586	46	3.5	46	79	11	217	21	20	29	28	1.98
61587419--61587637	47	4.7	46	75	12	207	22	19	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61587419--61587645	93	2.4	93	97	0	427	22	19	29	28	1.98
61591424--61591576	42	3.6	42	75	9	150	31	16	22	29	1.96
61591423--61591576	84	1.8	84	85	2	220	31	16	23	29	1.96
61594765--61594809	20	2.3	19	88	7	63	17	26	24	31	1.97
61594765--61594873	40	2.8	40	77	6	105	20	24	21	33	1.97
61594765--61594839	20	3.8	19	76	13	62	21	24	22	32	1.98
61596198--61596382	27	6.8	27	85	1	226	41	21	14	23	1.89
61605505--61605754	40	6.3	40	86	4	299	24	19	27	29	1.98
61607517--61607705	95	2.0	95	86	4	265	40	22	19	17	1.91
61607851--61607912	27	2.3	27	88	0	88	25	20	17	35	1.95
61607863--61607920	27	2.1	27	87	0	80	27	20	18	32	1.97
61628306--61628473	49	3.6	47	75	10	157	25	28	19	26	1.99
61628435--61628524	46	2.0	46	88	4	137	24	27	18	28	1.98
61628802--61628992	94	2.0	93	97	1	364	40	19	10	29	1.85
61633803--61634069	104	2.6	104	92	1	437	29	31	20	18	1.96
61635417--61635458	20	2.0	21	86	9	59	59	2	28	9	1.41
61640738--61640804	20	3.3	20	89	0	107	32	11	22	32	1.90
61640855--61641009	25	6.2	25	89	5	199	29	18	23	29	1.97
61641194--61641256	31	2.0	31	90	0	99	36	14	23	25	1.93
61642665--61642838	49	3.6	49	81	12	159	23	29	20	26	1.98
61647512--61647565	24	2.2	24	93	0	90	35	1	7	55	1.39
61652467--61652512	24	1.9	24	90	0	74	50	10	4	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61655049--61655083	2	17.5	2	93	0	61	51	2	45	0	1.16
61672705--61673048	174	2.0	174	91	1	564	26	13	25	34	1.93
61679375--61679420	22	2.1	22	95	0	83	30	8	28	32	1.87
61691128--61691389	46	5.7	44	76	10	233	24	28	19	27	1.98
61691128--61691389	94	2.8	92	84	6	284	24	28	19	27	1.98
61691132--61691389	140	1.9	136	82	8	324	24	28	18	27	1.98
61699648--61699689	7	5.6	7	84	15	57	33	26	2	38	1.69
61699648--61699689	17	2.8	14	89	10	57	33	26	2	38	1.69
61721039--61721081	19	2.3	19	79	0	50	25	11	34	27	1.91
61727495--61727617	49	2.5	50	85	1	158	28	27	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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