genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28123726--28123806	42	1.9	42	87	0	117	32	22	16	29	1.95
28136051--28136126	37	2.1	37	100	0	152	36	10	23	28	1.88
28153452--28153491	20	2.1	19	85	4	53	37	22	2	37	1.68
28179705--28180126	48	8.7	47	88	7	573	33	9	29	27	1.87
28179707--28180126	148	2.9	141	87	8	587	33	9	29	27	1.87
28180325--28180401	36	2.1	36	85	4	102	25	18	29	25	1.98
28182053--28182122	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
28181998--28182149	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
28181999--28182154	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
28184676--28184994	101	3.0	109	89	7	528	36	7	16	40	1.77
28185358--28185427	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
28186373--28186399	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
28190049--28190304	39	6.5	39	79	9	227	24	28	21	26	1.99
28190236--28190313	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28197958--28198213	39	6.5	39	79	9	227	24	28	21	26	1.99
28198145--28198222	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
28203652--28203699	25	1.9	25	86	0	69	31	25	18	25	1.98
28203842--28203937	47	2.1	47	92	2	158	27	18	21	32	1.97
28203841--28203944	23	4.4	24	91	3	149	27	18	23	30	1.97
28209479--28209563	40	2.1	40	100	0	170	28	17	16	37	1.92
28210597--28210646	23	2.2	23	82	7	57	60	2	0	38	1.09
28214340--28214369	15	2.0	15	100	0	60	33	0	13	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28215088--28215131	19	2.2	19	92	8	70	65	2	0	31	1.05
28216367--28216420	22	2.5	21	82	8	63	37	16	0	46	1.48
28217036--28217074	20	2.0	20	85	5	53	48	0	25	25	1.51
28221330--28221494	43	3.8	43	78	10	176	26	18	26	29	1.98
28233566--28233628	32	2.0	32	96	0	117	26	9	19	44	1.81
28237156--28237193	17	2.4	17	91	8	62	5	18	0	76	0.97
28251011--28251117	55	1.9	55	92	0	178	29	18	22	28	1.97
28254524--28254707	40	4.6	39	82	9	203	23	21	28	26	1.99
28254577--28254730	79	1.9	79	85	5	213	24	20	27	26	1.99
28254557--28254740	79	2.3	77	79	9	208	26	20	26	27	1.99
28257957--28258178	40	5.6	39	85	7	240	24	22	27	25	2.00
28265890--28266109	40	5.7	38	84	8	250	24	23	27	25	2.00
28269653--28269818	39	4.2	39	82	9	194	25	28	22	24	1.99
28269664--28269824	79	2.0	79	85	5	218	26	27	21	24	1.99
28269617--28269819	40	5.1	40	83	5	227	25	27	22	25	2.00
28277074--28277258	40	4.6	39	84	5	205	23	21	28	26	1.99
28277074--28277256	79	2.3	81	84	7	232	24	21	27	26	1.99
28277127--28277291	79	2.1	79	81	4	190	26	20	27	26	1.99
28280268--28280499	49	4.7	49	80	3	275	28	26	18	27	1.98
28280726--28280779	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
28284518--28284564	18	2.6	18	89	3	76	57	12	0	29	1.36
28287943--28288002	31	1.9	31	83	12	79	35	3	13	48	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28292571--28292624	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
28292850--28293079	49	4.6	50	79	2	257	26	17	26	29	1.98
28300534--28300656	45	2.7	45	82	0	156	26	21	17	34	1.95
28316026--28316091	23	3.0	23	77	6	82	16	19	22	40	1.91
28319176--28319356	55	3.4	53	84	8	231	22	24	17	34	1.96
28319343--28319464	47	2.6	47	90	0	190	23	22	15	37	1.93
28319436--28319599	45	3.5	46	78	5	168	22	24	18	34	1.96
28320839--28320890	27	1.9	27	96	0	95	50	17	1	30	1.57
28324245--28324308	22	3.0	22	79	9	69	70	3	0	26	1.02
28324266--28324303	10	3.4	11	86	13	51	71	0	0	28	0.87
28324686--28324718	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
28339620--28339648	15	1.9	15	100	0	58	82	6	10	0	0.83
28347839--28347871	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
28348650--28348710	32	1.9	32	93	0	104	39	11	1	47	1.50
28348740--28348956	53	4.1	51	70	17	138	46	9	5	39	1.58
28348771--28348989	52	4.2	51	70	15	167	49	10	2	36	1.52
28348734--28349033	159	1.9	158	89	3	469	45	10	3	40	1.56
28350311--28350335	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
28351245--28351322	35	2.2	35	86	0	111	20	16	26	35	1.94
28351949--28352403	42	11.0	42	88	2	586	34	23	20	21	1.96
28357747--28357800	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
28371551--28371589	14	2.6	14	84	8	51	79	0	5	15	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28371552--28371593	20	2.1	20	86	8	59	76	0	7	16	1.00
28380598--28380636	14	2.6	14	84	8	51	79	0	5	15	0.90
28392779--28392809	4	7.8	4	92	0	53	48	0	29	22	1.51
28399545--28399720	50	3.5	49	84	3	181	28	27	18	25	1.98
28399545--28399728	101	1.8	99	84	2	251	28	27	18	25	1.98
28404573--28404757	40	4.6	39	87	7	232	25	27	22	24	2.00
28404573--28404757	79	2.3	82	86	7	256	25	27	22	24	2.00
28412597--28412779	40	4.7	40	86	8	225	26	27	21	24	1.99
28426041--28426213	46	3.7	46	78	10	199	22	20	27	29	1.99
28426038--28426208	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
28426436--28426473	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28428847--28428948	28	3.6	28	92	2	168	30	11	24	33	1.91
28430559--28430654	41	2.3	41	94	0	165	28	20	19	31	1.97
28430701--28431044	87	4.0	87	88	1	440	20	22	21	36	1.95
28430696--28431054	44	8.2	44	69	12	213	20	22	20	36	1.95
28431148--28431307	88	1.8	87	87	1	239	21	18	22	37	1.94
28437647--28437770	28	4.4	28	78	7	124	29	10	25	34	1.89
28437669--28437770	28	3.6	28	90	2	159	30	10	24	34	1.90
28439381--28439476	41	2.3	41	94	0	165	28	20	19	31	1.97
28439524--28439854	44	7.6	43	66	14	149	19	22	21	36	1.95
28439523--28439867	87	4.0	87	88	1	449	20	22	21	36	1.95
28439965--28440175	88	2.4	86	83	4	262	21	19	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28440009--28440163	44	3.5	44	72	11	138	19	21	21	38	1.94
28448200--28448246	19	2.5	19	86	6	60	42	8	19	29	1.80
28451068--28451145	3	25.3	3	73	19	56	65	1	3	29	1.18
28451065--28451146	12	6.7	12	76	16	71	65	1	3	29	1.17
28451059--28451141	18	4.4	18	81	13	87	63	1	4	30	1.22
28461811--28461986	46	3.8	45	78	15	207	21	20	28	29	1.98
28461808--28461978	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
28474507--28474626	55	2.2	55	81	3	134	20	28	29	21	1.98
28481403--28481490	29	3.0	29	88	0	131	30	30	13	25	1.94
28482988--28483019	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
28483043--28483074	10	3.2	10	100	0	64	40	0	28	31	1.57
28489272--28489428	68	2.3	68	80	3	174	42	17	13	26	1.86
28491748--28491886	58	2.4	58	92	1	226	29	30	17	22	1.97
28491782--28491878	29	3.3	29	70	11	99	29	32	16	20	1.95
28492032--28492147	43	2.7	43	91	0	178	33	31	22	12	1.91
28494858--28495014	68	2.3	68	84	3	201	41	18	14	25	1.89
28497370--28497466	29	3.4	28	70	16	90	31	35	13	19	1.91
28497314--28497474	58	2.8	57	84	3	209	29	31	15	22	1.95
28497619--28497735	43	2.7	43	94	0	198	33	34	22	10	1.88
28500248--28500432	40	4.7	40	78	12	193	24	22	27	25	2.00
28500301--28500455	79	2.0	79	84	7	208	25	20	27	26	1.99
28508299--28508482	40	4.6	41	80	9	204	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508303--28508489	39	4.8	38	77	12	155	25	21	27	25	1.99
28511752--28511900	67	2.2	68	80	4	169	41	15	14	28	1.86
28514665--28514690	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
28515150--28515224	27	2.8	27	87	0	96	29	18	17	34	1.94
28515190--28515343	27	5.7	26	88	3	173	29	8	21	40	1.83
28515162--28515343	54	3.4	54	81	6	190	29	10	20	38	1.87
28515191--28515343	81	1.9	81	83	5	202	29	8	21	40	1.83
28515660--28515723	32	2.0	32	84	0	83	25	35	20	18	1.95
28526266--28526380	42	2.7	42	76	8	108	27	25	19	27	1.98
28528680--28528717	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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