genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55995075--55995424	94	3.7	94	76	6	309	26	20	30	23	1.99
55995208--55995332	44	2.7	48	79	9	145	26	19	28	26	1.99
55999073--55999211	42	3.2	42	83	8	147	34	23	17	25	1.96
55999073--55999211	44	3.2	42	83	8	147	34	23	17	25	1.96
56005724--56005822	42	2.3	42	79	5	110	31	23	20	25	1.98
56005757--56005866	44	2.6	43	80	9	127	33	24	19	22	1.97
56007587--56007764	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
56007587--56007764	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
56009150--56009232	41	2.0	41	97	0	157	30	22	22	24	1.99
56015648--56015825	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
56015648--56015825	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
56017221--56017246	11	2.4	11	100	0	52	23	19	23	34	1.96
56023692--56023735	19	2.3	19	96	0	79	31	15	15	36	1.90
56028399--56028437	20	2.0	20	89	0	60	12	20	41	25	1.88
56032026--56032107	32	2.6	32	86	0	101	30	24	19	25	1.98
56033000--56033099	44	2.3	44	92	0	182	27	19	23	31	1.98
56040635--56040665	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
56042241--56042646	46	8.8	46	92	0	607	21	24	13	40	1.90
56044775--56044995	40	5.6	40	80	3	241	25	26	23	25	2.00
56052871--56053091	40	5.6	40	80	3	241	25	26	23	25	2.00
56060976--56061196	40	5.6	40	81	3	250	24	26	23	25	2.00
56065181--56065472	147	2.0	147	98	0	566	30	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56082641--56082689	17	2.9	16	79	8	53	28	26	14	30	1.95
56085250--56085295	24	2.0	23	83	12	58	36	2	6	54	1.39
56092667--56092710	16	2.6	17	82	7	54	38	0	25	36	1.56
56107314--56107354	18	2.1	21	86	13	61	65	0	17	17	1.27
56107314--56107355	21	2.0	22	85	4	59	66	0	16	16	1.25
56109027--56109067	17	2.3	18	87	4	57	48	2	4	43	1.37
56109894--56109965	26	2.8	26	81	6	94	34	18	8	38	1.80
56113793--56113856	25	2.6	25	76	16	62	23	29	18	28	1.98
56123136--56123193	31	2.0	30	83	10	75	29	17	1	51	1.55
56132119--56132145	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
56132633--56132662	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
56135347--56135398	23	2.3	23	90	6	79	17	15	25	42	1.88
56136942--56136971	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
56137142--56137295	42	3.7	41	77	10	150	31	22	14	31	1.94
56146634--56146689	28	2.0	28	100	0	112	50	7	10	32	1.64
56155398--56155423	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
56160243--56160268	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
56166436--56166519	35	2.4	35	80	4	98	23	8	21	46	1.78
56169129--56169167	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
56170461--56170685	111	2.0	110	96	0	414	32	27	19	21	1.97
56171527--56171610	42	2.0	42	97	0	159	25	27	19	28	1.98
56171912--56171941	12	2.4	13	94	5	53	43	16	0	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56178918--56179095	27	6.6	27	88	1	212	25	16	28	29	1.97
56178919--56179074	82	1.9	81	88	1	231	25	17	28	28	1.97
56178915--56179095	82	2.2	81	83	1	227	25	17	28	29	1.97
56184506--56184545	21	1.9	21	84	0	53	45	10	32	12	1.75
56191692--56191867	46	3.8	45	81	11	171	23	29	21	26	1.99
56195053--56195077	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
56195786--56195814	13	2.1	14	93	6	51	44	0	10	44	1.38
56197107--56197213	28	3.9	27	77	9	101	34	20	24	20	1.96
56198294--56198326	17	1.9	17	93	0	57	66	0	27	6	1.15
56200314--56200379	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
56201619--56201678	28	2.1	29	87	3	86	61	1	3	33	1.22
56201754--56201797	19	2.2	20	92	4	72	47	13	13	25	1.79
56201781--56201811	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
56208037--56208167	47	2.8	44	78	14	140	23	29	18	29	1.98
56215434--56215495	25	2.5	24	84	10	72	3	24	0	72	0.99
56215434--56215474	5	8.2	5	84	10	57	0	21	0	78	0.76
56216544--56216606	26	2.3	27	78	5	74	33	23	12	30	1.92
56220091--56220204	43	2.7	42	71	6	104	31	24	12	31	1.92
56220517--56220548	16	1.9	17	93	6	57	46	6	9	37	1.61
56227893--56227975	27	3.1	27	92	0	139	20	21	21	36	1.96
56232755--56232828	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56240993--56241066	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56253224--56253589	50	7.6	50	77	7	303	24	30	18	27	1.98
56253225--56253589	145	2.5	144	79	8	375	24	30	18	27	1.98
56256983--56257064	29	2.9	28	80	8	94	26	17	26	29	1.97
56256990--56257085	29	3.4	28	79	12	90	27	15	28	29	1.96
56257372--56257426	27	2.1	26	83	10	67	45	21	14	18	1.85
56258150--56258184	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
56261494--56261609	29	4.0	29	80	4	119	26	13	29	30	1.94
56262665--56262698	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
56285241--56285405	42	3.9	42	80	4	197	26	24	16	32	1.97
56286494--56286565	36	2.0	36	100	0	144	50	11	13	25	1.75
56292592--56292633	22	1.9	22	85	9	59	40	0	21	38	1.53
56302962--56303016	27	2.0	27	100	0	110	14	21	18	45	1.85
56305581--56305757	49	3.6	49	85	2	239	23	28	20	27	1.99
56305585--56305780	98	2.0	99	80	6	220	25	28	19	26	1.99
56312893--56313078	49	3.8	49	79	3	203	25	26	18	29	1.98
56312906--56313083	98	1.8	99	86	1	241	25	27	17	29	1.97
56313143--56313171	11	2.6	11	100	0	58	27	34	17	20	1.95
56314348--56314479	43	3.1	43	100	0	264	38	27	11	22	1.88
56315430--56315497	35	1.9	35	96	0	127	39	19	7	33	1.79
56315535--56315568	17	2.0	17	94	0	59	41	8	2	47	1.50
56316903--56316947	15	3.0	15	80	0	54	42	2	0	55	1.12
56316887--56316947	30	2.0	30	81	12	72	40	3	0	55	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56317169--56317215	24	2.0	24	86	0	67	21	34	8	36	1.84
56318225--56318282	24	2.4	24	79	0	71	25	24	6	43	1.79
56319892--56319916	11	2.3	11	100	0	50	56	28	0	16	1.41
56320769--56320867	52	1.9	52	91	0	162	28	22	14	35	1.93
56329466--56329512	16	3.0	16	84	9	62	42	6	0	51	1.27
56330149--56330217	36	1.9	36	96	0	129	44	21	7	26	1.78
56335106--56335130	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
56338111--56338138	9	3.1	9	100	0	56	21	10	21	46	1.81
56340800--56340874	36	2.1	37	82	12	93	44	21	8	26	1.80
56352171--56352230	30	2.0	30	90	0	93	35	25	3	36	1.72
56358933--56358992	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
56360680--56360735	21	2.7	21	85	0	76	14	30	33	21	1.93
56364071--56364105	18	1.9	17	88	11	52	51	0	5	42	1.25
56364179--56364219	7	5.7	7	97	2	73	43	0	0	56	0.99
56364589--56364649	30	2.1	29	84	3	77	57	4	0	37	1.20
56364600--56364658	29	2.0	30	83	3	75	52	13	0	33	1.41
56364830--56364912	40	2.1	40	97	0	157	27	13	15	43	1.84
56367774--56367851	22	3.6	21	92	3	129	53	5	7	33	1.51
56370104--56370143	21	2.0	21	90	5	64	37	22	20	20	1.94
56373730--56373839	54	2.0	54	98	0	211	33	12	36	17	1.88
56374466--56374496	16	2.0	16	93	6	55	48	25	0	25	1.52
56381342--56381394	25	2.2	25	86	3	72	39	1	1	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56386064--56386171	52	2.1	52	96	0	198	48	12	5	33	1.65
56386504--56386608	44	2.4	45	84	7	126	29	8	22	39	1.84
56386672--56386717	20	2.3	20	88	7	67	23	13	15	47	1.80
56387074--56387106	17	1.9	17	93	0	57	27	18	12	42	1.85
56412377--56412445	36	1.9	36	91	5	113	11	26	33	28	1.91
56416207--56416489	140	2.0	140	97	0	539	37	13	13	34	1.85
56422356--56422571	87	2.5	88	83	0	272	36	13	27	21	1.92
56422345--56422583	29	8.2	29	79	1	181	35	15	26	22	1.94
56423250--56423324	38	1.9	39	94	5	134	58	2	8	30	1.41
56425793--56425817	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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