genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75364373--75364429	21	2.7	21	91	0	87	15	24	22	36	1.94
75364492--75364541	22	2.3	22	86	6	66	16	28	28	28	1.97
75372542--75372609	19	3.4	19	66	18	57	52	10	8	27	1.65
75372529--75372612	41	2.0	41	100	0	168	54	9	11	23	1.66
75379555--75379600	24	1.9	24	95	0	83	41	23	8	26	1.83
75388020--75388073	26	2.0	27	82	10	67	27	11	12	48	1.76
75389225--75389303	39	2.0	39	95	0	140	24	16	21	37	1.93
75393206--75393394	55	3.5	54	80	2	200	38	19	22	19	1.93
75396076--75396119	19	2.2	20	80	4	54	45	6	6	40	1.57
75405153--75405206	27	2.0	27	100	0	90	44	3	18	33	1.67
75406543--75406816	133	2.1	133	99	0	541	40	22	7	29	1.81
75407298--75407475	40	4.5	40	94	2	306	25	25	23	25	2.00
75408986--75409011	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
75414086--75414291	40	5.2	40	92	0	324	23	20	27	28	1.99
75419084--75419259	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
75419081--75419252	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
75424284--75424317	16	2.1	16	100	0	68	50	17	26	5	1.69
75432435--75432597	40	4.1	40	89	4	224	23	20	26	29	1.99
75437274--75437573	47	6.4	47	90	0	438	33	8	30	28	1.86
75438879--75439146	46	5.8	46	75	15	266	20	20	29	29	1.98
75438876--75439139	93	2.8	92	96	1	483	21	20	29	28	1.98
75446540--75446715	46	3.8	46	80	12	225	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75446537--75446708	93	1.8	93	97	0	326	20	20	29	28	1.98
75449863--75450253	40	9.8	40	92	0	633	22	22	30	25	1.99
75454194--75454493	47	6.4	47	90	2	442	33	7	30	28	1.85
75454404--75454474	22	3.1	22	62	18	54	30	7	33	28	1.84
75466083--75466123	11	3.7	11	100	0	82	29	19	7	43	1.78
75467196--75467242	23	2.0	23	100	0	94	42	8	8	40	1.66
75472583--75472945	179	2.0	180	96	1	665	32	25	17	24	1.97
75474717--75474745	15	1.9	15	100	0	58	41	6	6	44	1.58
75478480--75478553	38	1.9	39	81	8	89	55	6	4	33	1.45
75478815--75478875	24	2.6	24	92	2	97	49	4	1	44	1.33
75482271--75482327	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
75482749--75482924	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
75482746--75482917	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
75490311--75490486	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
75490308--75490479	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
75492567--75492592	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
75500171--75500197	7	3.9	7	100	0	54	44	29	11	14	1.80
75503535--75503590	29	2.0	27	86	6	76	21	16	5	57	1.59
75504214--75504284	20	3.5	20	83	7	99	25	5	2	66	1.27
75504207--75504285	40	2.0	40	100	0	158	24	5	2	68	1.22
75507360--75507386	10	2.7	10	100	0	54	48	22	11	18	1.79
75508536--75508573	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75508672--75508720	25	2.0	25	87	0	71	42	16	6	34	1.73
75513013--75513087	37	2.0	37	81	0	87	18	24	14	42	1.88
75514656--75514831	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
75514652--75514824	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.99
75524984--75525037	12	4.6	11	79	4	54	50	0	22	27	1.50
75527241--75527330	45	2.0	45	93	0	153	31	21	31	16	1.95
75527424--75527513	23	3.8	23	72	19	69	40	18	22	18	1.92
75527417--75527526	47	2.3	48	78	10	118	39	17	24	19	1.92
75529415--75529483	22	3.3	22	69	19	74	23	2	23	50	1.62
75529408--75529495	41	2.1	41	97	0	167	21	2	23	52	1.58
75529657--75529692	18	2.0	18	88	0	54	41	22	0	36	1.54
75531321--75531423	25	4.2	25	81	6	113	19	27	23	30	1.98
75531321--75531416	49	2.0	49	83	8	124	18	29	21	30	1.97
75552272--75552446	87	2.0	87	94	0	305	32	20	25	22	1.98
75555880--75555904	13	1.9	13	100	0	50	56	0	16	28	1.41
75557030--75557073	23	1.9	23	81	9	54	63	9	0	27	1.24
75557231--75557281	21	2.5	21	84	15	63	70	5	13	9	1.32
75558346--75558403	27	2.2	26	81	12	64	70	1	3	24	1.12
75558443--75558510	31	2.2	32	86	5	95	66	4	5	23	1.32
75558462--75558502	21	2.0	21	85	9	57	65	4	4	24	1.32
75558809--75558854	19	2.5	19	82	6	51	36	2	4	56	1.31
75559212--75559258	17	2.8	17	72	15	53	38	4	0	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75559212--75559276	32	2.0	33	87	3	96	38	4	3	53	1.37
75560275--75560445	39	4.4	39	89	0	261	22	27	20	29	1.99
75562576--75562690	60	1.9	60	96	0	212	46	15	8	29	1.76
75573617--75573806	40	4.8	40	86	3	260	23	21	28	26	1.99
75573613--75573806	78	2.5	80	83	6	268	24	21	28	26	1.99
75584475--75584513	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
75585402--75585456	3	20.7	3	72	23	52	63	1	0	34	1.05
75585402--75585453	5	10.0	5	81	6	59	63	1	0	34	1.06
75585406--75585447	15	2.7	15	96	3	75	66	0	0	33	0.92
75592163--75592197	17	2.1	17	100	0	70	40	11	11	37	1.77
75597644--75597752	55	2.0	55	81	3	130	30	28	26	14	1.95
75604544--75604685	40	3.6	40	93	2	234	23	23	27	25	2.00
75612134--75612216	25	3.3	25	83	5	87	24	21	20	33	1.97
75613360--75613407	21	2.3	21	86	13	64	16	35	29	18	1.93
75615072--75615131	30	2.0	30	86	0	84	40	6	25	28	1.80
75620742--75620809	34	2.0	34	100	0	136	32	11	14	41	1.82
75623238--75623282	18	2.4	19	89	10	67	37	20	0	42	1.52
75623925--75623959	18	1.9	18	88	0	52	0	31	0	68	0.90
75630771--75630900	45	2.9	45	87	2	174	23	20	29	26	1.99
75634111--75634164	27	2.0	27	100	0	108	25	18	18	37	1.94
75636883--75637444	47	12.0	47	89	0	836	32	10	29	27	1.91
75637143--75637218	22	3.3	22	66	16	64	31	11	30	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75637284--75637359	22	3.3	22	65	22	57	32	11	28	26	1.92
75636883--75637444	141	4.0	141	96	0	1016	32	10	29	27	1.91
75637607--75637721	37	3.1	37	92	0	176	20	20	33	25	1.97
75640632--75640804	46	3.7	46	81	10	176	26	27	17	28	1.98
75648174--75648391	46	4.7	44	72	16	167	24	29	18	27	1.98
75665580--75665639	24	2.4	24	81	16	68	35	5	1	58	1.30
75669627--75669735	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
75669881--75670066	100	1.9	96	91	6	302	30	26	6	36	1.83
75669881--75670067	48	3.8	48	90	5	295	31	26	6	35	1.83
75670038--75670165	47	2.7	47	87	0	184	25	29	13	31	1.94
75671048--75671131	30	2.8	30	90	0	141	33	14	23	28	1.94
75671505--75671632	44	2.8	47	78	9	138	31	21	26	21	1.98
75675588--75675632	22	2.0	22	95	0	81	57	24	0	17	1.40
75676198--75676250	10	5.7	10	84	8	51	52	0	0	47	1.00
75676203--75676242	9	4.2	9	87	9	53	55	0	0	45	0.99
75676203--75676243	19	2.1	20	90	4	66	56	0	0	43	0.99
75676273--75676308	17	2.2	17	90	5	56	41	2	0	55	1.14
75676458--75676505	9	5.2	10	83	16	68	39	0	0	60	0.97
75676453--75676505	19	2.9	18	78	15	63	39	1	0	58	1.09
75676458--75676510	10	5.8	9	82	8	54	41	0	0	58	0.98
75676547--75676585	17	2.3	17	90	0	60	48	2	2	46	1.29
75676587--75676626	20	2.0	21	85	9	57	35	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75677692--75677728	11	3.3	11	92	3	56	18	8	24	48	1.75
75680029--75680072	15	2.9	15	75	3	52	34	0	0	65	0.93
75687001--75687245	49	4.9	49	83	3	328	28	24	18	27	1.98
75691506--75691539	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
75695482--75695514	16	2.0	17	88	5	50	0	18	0	81	0.68
75695703--75695746	3	15.0	3	81	13	56	63	0	4	31	1.14
75697346--75697377	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
75697460--75698399	468	2.0	468	91	0	1542	26	20	21	32	1.97
75702286--75702394	55	2.0	55	92	0	182	21	22	32	23	1.98
75708339--75708365	14	1.9	14	100	0	54	66	0	29	3	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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