genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45037029--45037076	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
45037119--45037179	20	3.0	20	90	0	104	32	11	21	34	1.89
45037228--45037569	24	14.0	24	91	2	479	30	21	20	27	1.98
45042027--45042215	96	2.0	96	91	0	306	24	21	19	34	1.96
45043942--45044198	40	6.4	40	80	4	297	27	27	21	23	1.99
45043942--45044193	80	3.2	80	89	2	366	28	27	21	23	1.99
45047453--45047488	18	2.1	18	89	5	56	44	8	0	47	1.33
45047646--45047748	54	1.9	54	84	7	138	21	32	24	22	1.98
45056340--45056504	43	3.9	44	71	10	103	31	23	18	26	1.97
45065950--45066065	28	4.1	28	79	6	119	29	28	12	29	1.94
45065956--45066064	56	1.9	56	85	3	148	27	30	13	28	1.94
45066276--45066310	16	2.2	16	89	0	52	11	14	14	60	1.60
45073754--45073862	28	3.9	28	85	5	141	27	30	13	28	1.94
45073754--45073861	56	1.9	56	88	3	164	26	30	13	28	1.94
45076459--45076554	42	2.3	42	90	0	147	26	36	21	15	1.93
45078649--45078766	38	3.1	37	78	11	121	27	22	23	26	2.00
45082411--45082521	57	1.9	58	87	1	161	27	28	19	24	1.99
45082687--45082937	43	5.9	43	91	0	387	32	33	22	11	1.90
45084533--45084652	38	3.1	38	79	4	125	28	23	22	25	1.99
45089133--45089257	29	4.3	29	84	5	173	30	28	13	27	1.94
45089315--45089348	18	1.9	18	88	5	52	20	41	23	14	1.89
45097753--45097919	90	1.9	90	89	0	262	35	17	13	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45098375--45098412	18	2.1	19	85	5	51	42	0	2	55	1.14
45101782--45101821	19	2.2	17	86	8	53	55	0	0	45	0.99
45104779--45105041	40	6.6	40	81	9	306	25	27	21	25	1.99
45104779--45105041	80	3.3	80	88	4	356	25	27	21	25	1.99
45107975--45108118	76	1.9	76	80	5	166	50	11	11	27	1.73
45108169--45108227	28	2.1	28	96	0	109	45	11	13	28	1.79
45110952--45111049	27	3.6	27	90	0	151	34	14	15	35	1.88
45111044--45111240	27	7.3	27	87	1	207	41	20	18	19	1.91
45111044--45111239	54	3.6	54	86	2	234	41	20	18	19	1.91
45111275--45111324	23	2.2	23	86	13	68	24	14	18	44	1.86
45113217--45113300	43	2.0	43	97	0	159	34	9	20	35	1.85
45114394--45114457	23	2.8	23	90	0	101	4	18	3	73	1.14
45114396--45114464	23	3.0	22	72	19	52	4	15	4	75	1.12
45116763--45116934	46	3.7	46	79	13	210	21	19	27	30	1.98
45116760--45116929	92	1.8	92	94	2	306	21	20	28	30	1.98
45124317--45124489	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
45124314--45124484	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
45127137--45127187	25	2.0	25	100	0	102	29	7	35	27	1.85
45128189--45128262	26	2.8	26	89	0	121	28	24	17	29	1.97
45131921--45132036	29	4.1	29	86	3	137	26	31	13	27	1.94
45131902--45132024	29	4.3	28	79	8	122	26	31	15	26	1.96
45132254--45132290	16	2.3	16	90	0	56	10	24	16	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45135854--45135892	20	2.0	20	94	0	69	58	17	0	23	1.38
45145799--45145980	79	2.3	80	81	9	212	25	27	21	25	1.99
45145780--45145982	40	5.1	40	80	8	220	25	27	21	25	2.00
45147412--45147527	56	2.1	56	98	0	223	23	23	8	44	1.80
45153391--45153473	30	2.8	29	76	7	78	28	24	14	32	1.94
45154256--45154304	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
45154964--45155003	16	2.6	16	92	4	64	72	2	5	20	1.15
45159501--45159547	20	2.5	19	83	16	62	80	6	8	4	1.00
45159597--45159627	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
45159630--45159710	30	2.7	31	80	5	94	66	2	20	9	1.32
45159688--45159716	12	2.4	12	100	0	58	65	0	17	17	1.27
45164983--45165019	18	2.1	18	100	0	74	43	10	18	27	1.83
45173811--45173922	27	4.2	27	81	5	120	34	20	24	20	1.96
45173811--45173922	54	2.1	53	86	1	152	34	20	24	20	1.96
45174439--45174480	17	2.4	18	80	4	50	38	28	0	33	1.58
45175354--45175455	24	4.2	24	91	0	159	19	40	4	35	1.73
45181709--45181792	27	3.2	26	86	8	107	34	22	23	19	1.96
45183224--45183324	24	4.2	24	92	0	157	21	41	2	33	1.68
45188011--45188247	38	6.2	38	89	0	348	21	21	25	31	1.98
45188241--45188368	46	2.9	45	86	10	160	23	22	29	24	1.99
45194796--45194860	29	2.3	29	86	2	87	41	1	26	30	1.65
45196737--45196954	46	4.7	46	82	9	273	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45196788--45196958	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	22	1.99
45201232--45201336	39	2.7	39	83	7	124	20	26	28	23	1.99
45203560--45203724	42	3.8	42	72	13	124	29	27	18	24	1.98
45208609--45208680	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
45208814--45208910	48	2.0	48	95	0	176	31	28	6	32	1.82
45211718--45211798	29	2.7	31	81	9	96	27	22	18	32	1.97
45212020--45212090	25	2.8	26	91	2	108	25	22	23	28	2.00
45218332--45218415	29	2.8	30	81	13	102	28	25	17	28	1.98
45218636--45218706	25	2.8	26	84	2	90	25	19	23	30	1.98
45218752--45218800	20	2.4	21	86	3	73	34	24	10	30	1.89
45218837--45218885	25	2.0	25	87	0	71	26	18	22	32	1.97
45225123--45225154	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
45225468--45225582	43	2.7	42	74	5	124	29	17	24	28	1.97
45227945--45228067	42	2.9	42	79	7	149	26	20	21	31	1.98
45227948--45228062	43	2.7	41	81	6	131	26	20	22	29	1.99
45238991--45239031	21	1.9	22	90	5	66	60	12	9	17	1.57
45239205--45239388	40	4.6	40	77	12	189	26	16	26	31	1.96
45244061--45244101	10	4.3	9	85	11	55	41	14	21	21	1.89
45246219--45246267	25	1.9	25	83	4	62	28	22	20	28	1.98
45246250--45246315	23	2.9	23	82	8	64	36	19	21	22	1.95
45246388--45246524	67	2.0	67	94	0	238	33	28	18	18	1.95
45250585--45250632	24	2.0	24	100	0	96	41	4	20	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45251118--45251201	40	2.1	39	82	2	96	26	15	28	29	1.96
45254807--45255011	53	3.8	54	74	4	162	22	23	18	35	1.95
45254993--45255114	47	2.6	47	93	0	199	26	23	14	35	1.94
45254977--45255248	47	5.8	45	77	9	183	23	25	17	33	1.96
45255252--45255336	44	1.9	44	81	9	102	28	23	12	35	1.92
45257794--45257866	37	2.0	37	97	0	137	49	21	6	21	1.73
45258790--45258822	18	1.9	17	88	11	50	45	21	6	27	1.75
45261498--45261683	55	3.5	53	80	7	196	22	25	17	34	1.95
45261670--45261790	47	2.6	47	89	0	179	26	23	14	35	1.93
45264927--45265067	50	2.8	50	81	7	146	29	18	29	22	1.97
45264980--45265104	50	2.6	49	82	5	137	29	16	26	27	1.97
45267815--45267885	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
45267815--45267908	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
45269302--45269413	27	4.1	27	83	7	129	14	24	23	38	1.92
45269302--45269413	54	2.1	54	86	6	156	14	24	23	38	1.92
45272974--45273020	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
45273689--45273790	27	3.8	26	83	8	123	16	24	20	38	1.93
45278611--45278681	36	1.9	37	83	8	92	2	18	4	74	1.10
45279574--45279739	40	4.2	40	96	0	287	32	22	21	23	1.98
45284807--45284868	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
45284807--45284869	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
45285184--45285216	12	2.9	12	91	8	52	78	0	9	12	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45289712--45289773	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
45289712--45289774	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
45293816--45293987	82	2.1	82	89	2	256	34	22	17	26	1.96
45293816--45293987	40	4.2	41	88	4	240	34	22	17	26	1.96
45304025--45304131	46	2.3	46	82	7	119	28	16	29	24	1.97
45305300--45305339	21	2.0	21	90	5	64	10	30	30	30	1.90
45323084--45323301	47	4.7	46	75	10	151	27	17	29	24	1.97
45329356--45329400	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
45334823--45335006	67	2.8	64	76	8	185	29	17	29	23	1.97
45342220--45342380	27	6.0	25	75	13	126	37	17	13	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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