genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60063296--60063479	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	25	2.00
60063348--60063512	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
60066424--60066591	41	4.1	41	77	7	153	28	29	20	21	1.98
60066440--60066583	41	3.5	40	82	8	157	27	29	20	22	1.99
60070855--60071026	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
60070859--60071034	46	3.8	46	80	10	196	22	20	28	28	1.98
60077964--60078081	41	2.9	40	74	9	114	27	29	22	20	1.98
60081267--60081340	29	2.5	30	91	2	114	40	10	31	17	1.84
60081266--60081457	30	6.4	29	72	8	127	38	11	27	22	1.89
60081442--60081513	30	2.4	30	81	4	83	40	9	23	26	1.85
60088519--60088602	34	2.5	33	78	5	96	28	23	22	25	1.99
60101276--60101327	23	2.3	23	93	0	86	50	15	11	23	1.76
60101375--60101418	17	2.6	17	92	0	70	40	18	9	31	1.81
60102056--60102091	19	1.9	18	88	5	54	58	5	2	33	1.36
60106310--60106370	30	2.0	31	84	9	81	21	8	18	52	1.71
60114866--60114913	21	2.3	20	79	10	51	56	0	4	39	1.19
60115303--60115368	28	2.4	28	80	12	73	48	0	16	34	1.47
60115298--60115361	27	2.3	28	76	10	69	46	0	17	35	1.48
60122370--60122397	5	5.6	5	100	0	56	17	0	82	0	0.68
60122433--60122492	12	4.9	12	72	11	50	46	0	1	51	1.10
60122483--60122557	27	2.6	28	71	25	68	36	0	1	62	1.04
60122493--60122556	27	2.3	27	83	8	74	34	0	1	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60122581--60122635	20	2.7	21	73	18	62	38	0	3	58	1.16
60124293--60124353	27	2.3	27	91	5	97	45	8	9	36	1.67
60125360--60125445	41	2.1	42	80	10	97	45	8	2	44	1.46
60125439--60125540	51	2.0	52	83	9	129	46	7	3	42	1.51
60125271--60125546	145	1.9	143	86	5	396	43	9	3	43	1.54
60126111--60126164	26	2.1	26	82	0	63	66	3	1	27	1.19
60128245--60128289	23	1.9	24	86	4	65	33	15	24	26	1.95
60129395--60129428	17	1.9	18	94	5	61	17	41	26	14	1.88
60141649--60141690	18	2.3	19	80	12	61	71	0	0	28	0.86
60141795--60141834	9	4.8	9	79	14	50	32	0	0	67	0.91
60141796--60141825	16	1.9	15	100	0	51	33	0	0	66	0.92
60141787--60141846	24	2.5	24	73	10	59	41	1	0	56	1.09
60141960--60142005	8	5.5	8	85	10	65	28	0	0	71	0.86
60141956--60142005	18	2.9	17	91	5	75	28	0	0	72	0.86
60145177--60145232	21	2.6	21	83	8	60	12	32	17	37	1.88
60145186--60145232	21	2.1	23	88	7	71	10	34	17	38	1.84
60145195--60145262	21	3.2	21	80	0	64	16	36	22	25	1.94
60148517--60148546	13	2.3	13	94	0	51	6	36	33	23	1.81
60154211--60154366	42	3.7	42	83	5	208	26	28	17	27	1.98
60156943--60157010	34	2.0	34	97	0	127	41	16	2	39	1.63
60163221--60163405	40	4.6	41	84	7	231	25	27	22	24	2.00
60163221--60163405	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60173657--60174004	115	3.0	115	92	0	597	37	27	9	26	1.87
60186343--60186401	21	2.8	21	79	10	66	0	27	0	72	0.84
60186352--60186413	19	3.3	18	74	12	61	0	29	0	70	0.87
60186349--60186417	21	3.5	20	74	11	70	0	28	0	71	0.87
60196263--60196314	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
60196979--60197133	27	5.8	27	78	3	116	31	8	21	38	1.84
60196976--60197107	54	2.5	54	81	2	151	31	7	22	37	1.82
60197016--60197133	53	2.2	53	80	3	130	30	10	21	38	1.86
60201527--60201672	37	3.9	37	86	0	193	26	31	18	23	1.97
60201835--60202112	47	6.0	47	92	1	461	25	29	12	32	1.92
60201965--60202088	22	5.4	22	63	21	65	26	29	12	31	1.93
60201861--60202156	139	2.1	137	81	10	354	29	27	10	32	1.90
60207266--60207317	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
60207972--60208044	27	2.7	26	70	8	65	32	8	23	35	1.84
60208027--60208104	27	2.9	27	83	5	95	29	8	23	38	1.85
60209893--60209971	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60210089--60210407	47	6.7	47	97	1	557	29	30	8	31	1.87
60214445--60214496	16	3.2	16	83	0	68	13	23	11	51	1.73
60214443--60214489	24	2.0	24	86	0	67	19	23	8	48	1.75
60234612--60234752	40	3.5	40	81	6	142	22	21	28	27	1.99
60234594--60234761	41	4.1	42	77	9	166	23	22	26	27	1.99
60243507--60243660	28	5.5	28	89	1	220	27	12	26	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60246633--60246792	41	3.9	41	77	12	168	21	23	28	26	1.99
60247148--60248891	871	2.0	872	99	0	3445	31	12	19	36	1.89
60252589--60252616	13	2.2	13	100	0	56	46	17	21	14	1.84
60256019--60256172	28	5.5	28	89	1	220	27	12	26	33	1.92
60259143--60259302	41	3.9	41	77	12	168	21	23	28	26	1.99
60263774--60263973	55	3.7	54	78	4	179	39	18	23	19	1.92
60263774--60263973	108	1.8	109	85	1	285	39	18	23	19	1.92
60276455--60276491	15	2.5	14	87	12	56	70	2	21	5	1.20
60276455--60276508	26	2.1	25	86	3	72	72	1	22	3	1.10
60276417--60276519	53	2.0	50	81	12	120	73	1	17	6	1.14
60288273--60288531	68	3.9	64	77	14	242	30	15	28	24	1.96
60293059--60293243	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
60293060--60293243	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
60293112--60293276	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
60451731--60451791	29	2.1	29	93	6	106	31	6	26	36	1.82
60458754--60458871	56	2.1	54	95	3	209	44	9	22	23	1.82
60459998--60460221	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
60459998--60460221	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
60466654--60466771	54	2.1	56	95	3	213	45	7	23	22	1.78
60467859--60468075	38	5.7	39	81	11	236	23	21	28	25	1.99
60467912--60468107	76	2.6	75	83	8	220	25	19	28	26	1.99
60471796--60472224	86	5.1	85	85	4	478	32	13	10	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60471842--60472224	166	2.3	168	84	6	454	31	13	10	43	1.79
60475906--60476011	27	3.9	27	86	4	142	37	22	10	29	1.87
60475937--60476064	54	2.4	54	78	3	125	41	22	7	28	1.80
60476726--60476777	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60476793--60476853	31	1.9	32	83	9	81	24	24	14	36	1.93
60476816--60476874	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
60483489--60483593	27	3.9	27	87	3	140	37	23	10	28	1.88
60483493--60483648	54	2.9	53	79	5	143	38	25	7	28	1.83
60483547--60483645	27	3.7	26	72	12	83	40	27	5	27	1.77
60484301--60484352	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60484370--60484431	33	1.9	32	83	3	79	20	22	20	35	1.96
60484393--60484452	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
60499901--60500117	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
60499897--60500117	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
60507899--60508074	39	4.5	39	86	7	216	24	24	27	23	2.00
60507899--60508074	79	2.2	79	85	6	225	24	24	27	23	2.00
60515677--60515876	53	3.7	54	81	5	226	22	25	18	34	1.96
60515688--60515881	55	3.6	54	81	5	214	22	25	18	34	1.96
60515863--60515984	47	2.6	47	94	0	208	27	22	13	36	1.92
60522365--60522553	55	3.5	53	84	5	227	21	25	19	33	1.97
60522540--60522661	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.93
60530253--60530409	78	2.0	78	98	0	305	27	9	19	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60530438--60530480	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
60533669--60533711	18	2.4	18	96	0	77	37	4	20	37	1.74
60536908--60536950	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
60544218--60544681	47	9.7	47	94	1	775	32	7	29	29	1.86
60544218--60544681	143	3.2	141	93	2	775	32	7	29	29	1.86
60544218--60544681	190	2.4	190	94	1	806	32	7	29	29	1.86
60544800--60544915	37	3.1	37	93	0	187	22	18	31	26	1.97
60548686--60548774	45	2.0	45	93	0	151	21	20	15	42	1.89
60563604--60563629	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
60563624--60563661	20	1.9	20	89	10	60	52	13	5	28	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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