genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101919431--101919458	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
101919281--101919589	165	1.9	165	88	2	469	32	21	17	28	1.96
101919440--101919663	74	3.0	73	90	1	340	32	22	17	27	1.96
101919196--101919900	239	3.0	238	94	1	1207	33	20	17	28	1.96
101919671--101919699	14	2.1	14	100	0	58	65	6	6	20	1.40
101919588--101919755	92	1.8	91	86	6	241	34	20	16	29	1.94
101919718--101919972	73	3.5	73	90	1	386	31	20	16	30	1.95
101920284--101920322	19	2.1	19	100	0	78	25	25	20	28	1.99
101928156--101928191	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
101932276--101932318	20	2.2	20	86	0	59	55	4	9	30	1.52
101932255--101932343	45	2.0	45	84	4	117	55	6	6	31	1.52
101932249--101932442	25	7.9	25	72	16	147	55	4	6	32	1.47
101932566--101932765	23	8.9	23	69	22	106	56	5	5	33	1.44
101932627--101932765	25	5.8	24	69	17	85	56	4	5	34	1.41
101932720--101932758	19	2.0	19	85	5	51	56	5	7	30	1.49
101932730--101932769	11	3.9	11	78	18	50	52	7	2	37	1.43
101932725--101932762	19	1.9	19	89	5	58	55	5	5	34	1.45
101932815--101932979	26	6.6	25	74	11	124	53	4	6	35	1.45
101932905--101932961	28	2.0	28	86	6	80	63	1	7	28	1.30
101932672--101933068	213	1.9	200	80	9	440	54	5	5	33	1.47
101933018--101933064	24	2.0	22	88	8	67	61	4	0	34	1.15
101933331--101933404	18	4.2	18	69	22	50	58	0	4	37	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101935608--101935651	22	2.0	22	82	13	54	2	11	20	65	1.35
101937881--101937943	3	21.7	3	71	12	51	28	4	4	61	1.36
101937883--101937916	17	1.9	17	94	5	59	29	5	0	64	1.17
101939498--101939537	21	1.9	21	100	0	80	70	10	5	15	1.32
101940098--101940127	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
101954417--101954587	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
101954409--101954584	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
101961960--101962133	45	3.8	45	80	12	219	28	28	20	21	1.98
101961968--101962137	93	1.8	92	96	1	313	28	28	21	21	1.99
101963840--101964091	131	1.9	131	79	4	285	28	20	18	32	1.96
101967408--101967451	21	2.0	22	82	4	54	63	4	0	31	1.14
101967578--101967634	19	2.9	21	75	15	59	52	7	3	36	1.46
101967773--101967845	29	2.4	31	82	11	89	61	6	1	30	1.30
101967773--101967846	3	24.3	3	72	8	60	62	6	1	29	1.29
101968512--101968549	15	2.5	15	100	0	76	5	21	7	65	1.38
101978639--101978997	44	8.2	44	91	0	558	28	15	30	25	1.96
101981937--101982177	131	1.8	131	82	3	306	27	21	16	34	1.95
101981948--101982272	131	2.5	131	78	5	300	27	20	18	33	1.96
101982318--101982552	130	1.8	129	87	4	348	25	20	20	34	1.97
101994357--101994393	18	2.0	20	89	10	60	59	0	2	37	1.12
101994357--101994400	19	2.2	20	84	11	56	61	2	4	31	1.28
101998704--101998734	13	2.4	13	94	0	53	35	19	3	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102001289--102001348	28	2.1	28	84	6	77	33	26	8	31	1.86
102001468--102001508	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
102005373--102005435	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
102005555--102005595	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
102009516--102009540	11	2.3	11	100	0	50	68	0	32	0	0.90
102013574--102013603	15	1.9	16	93	6	53	20	6	6	66	1.38
102015948--102016163	111	1.9	111	87	1	317	19	38	14	26	1.91
102016298--102016455	30	5.3	30	91	0	217	17	51	8	22	1.72
102016331--102016439	15	7.3	15	66	22	68	14	52	11	22	1.73
102016325--102016455	30	4.4	30	95	0	226	16	52	9	21	1.71
102016325--102016470	60	2.4	60	89	0	184	18	52	8	19	1.71
102016775--102016955	93	1.9	93	91	2	292	19	33	14	31	1.93
102016778--102016976	93	2.1	93	87	3	285	19	34	14	31	1.91
102026940--102027015	23	3.3	23	78	7	75	36	1	0	61	1.04
102026949--102026984	18	2.1	17	89	5	54	30	0	0	69	0.89
102036870--102036997	39	3.3	39	86	0	184	21	27	20	31	1.98
102041699--102041765	32	2.1	32	100	0	134	26	16	20	35	1.94
102042523--102042751	46	5.0	46	93	1	343	40	13	23	21	1.90
102042523--102042751	93	2.5	92	89	2	343	40	13	23	21	1.90
102042835--102042877	13	3.3	13	76	0	50	37	2	23	37	1.68
102042835--102042903	26	2.6	26	80	11	70	37	4	21	36	1.74
102050729--102050795	34	1.9	35	87	3	100	26	26	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102057067--102057133	34	1.9	35	81	3	82	28	23	25	22	1.99
102057945--102058021	20	3.9	18	75	18	57	63	2	3	29	1.25
102058260--102058284	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
102062470--102062704	66	3.6	65	91	4	366	26	10	6	56	1.57
102066000--102066269	56	4.8	56	89	0	387	33	24	14	28	1.94
102066000--102066304	168	1.8	168	84	1	414	32	24	14	27	1.95
102066250--102066391	43	3.3	43	93	2	232	30	27	16	26	1.96
102069501--102069530	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
102073290--102073334	22	2.0	22	86	0	63	40	17	15	26	1.90
102081294--102081345	21	2.5	21	93	3	88	11	21	0	67	1.22
102083955--102083988	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
102088109--102088155	21	2.1	23	88	7	71	57	0	27	14	1.38
102088100--102088157	21	2.7	22	76	12	59	58	0	27	13	1.36
102088116--102088165	21	2.3	21	82	6	55	58	0	32	10	1.31
102100428--102100471	18	2.4	18	88	7	63	77	0	4	18	0.94
102100427--102100474	17	2.8	16	84	12	60	75	0	4	20	0.97
102100428--102100476	6	8.0	6	80	11	55	75	0	4	20	0.96
102117855--102117896	18	2.3	18	92	8	68	26	26	4	42	1.75
102126053--102126160	26	4.2	26	96	0	189	31	5	25	37	1.79
102130768--102130805	9	4.3	9	96	3	69	57	0	7	34	1.28
102130804--102130893	3	30.0	3	88	0	135	32	4	0	63	1.14
102131045--102131080	8	4.6	8	96	3	65	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102131869--102131903	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
102141716--102141753	17	2.2	17	90	0	58	68	0	28	2	1.03
102144264--102144308	20	2.2	21	84	4	56	60	6	0	33	1.23
102145094--102145130	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
102151684--102151719	14	2.6	14	95	0	63	52	5	11	30	1.59
102152981--102153028	25	2.0	24	87	4	69	20	20	20	37	1.95
102161791--102161834	23	2.0	24	86	13	67	29	0	6	63	1.20
102162622--102162648	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
102174589--102174660	34	2.2	33	89	2	108	25	16	0	58	1.38
102177043--102177071	8	3.6	8	100	0	58	13	0	72	13	1.13
102179559--102179615	15	3.8	15	86	13	82	71	1	0	26	0.95
102179559--102179615	4	15.2	4	76	20	61	71	1	0	26	0.95
102179565--102179652	34	2.7	32	81	16	92	69	3	1	26	1.11
102179565--102179648	11	7.3	11	74	22	50	70	3	1	25	1.11
102179894--102179949	29	1.9	29	88	0	85	21	1	19	57	1.50
102190130--102190191	19	3.0	20	83	11	81	48	0	1	50	1.10
102191775--102191818	22	2.0	23	82	13	56	56	0	9	34	1.31
102193801--102193909	21	5.2	21	78	0	101	16	23	16	43	1.87
102193830--102193909	42	1.9	42	89	0	124	17	23	17	41	1.90
102197678--102197718	21	2.0	21	95	0	73	17	31	14	36	1.90
102197676--102197740	21	3.1	21	84	0	67	16	24	16	41	1.89
102203525--102203586	23	2.7	23	80	2	72	64	3	0	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102206294--102206355	18	3.4	18	78	8	72	25	16	12	45	1.83
102206281--102206351	36	2.0	36	85	0	97	22	19	14	43	1.87
102208045--102208095	23	2.2	23	82	6	59	35	5	23	35	1.79
102209232--102209346	29	4.0	29	90	0	167	13	23	39	23	1.91
102209274--102209327	17	3.5	17	71	23	64	12	27	38	20	1.89
102215904--102215957	23	2.4	22	77	20	58	9	20	1	68	1.27
102219405--102219435	16	1.9	16	93	0	53	58	3	3	35	1.31
102221232--102221278	18	2.5	20	83	13	64	74	6	8	10	1.22
102221592--102221650	26	2.2	27	90	3	93	42	10	6	40	1.65
102221594--102221652	27	2.2	26	90	3	91	42	10	6	40	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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