genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15839525--15839576	5	10.2	5	84	12	54	57	0	0	42	0.98
15848807--15848862	10	5.6	10	85	8	78	64	0	16	19	1.29
15848806--15848862	20	2.8	20	89	7	89	64	0	15	19	1.28
15848804--15848862	30	2.0	30	90	6	93	66	0	15	18	1.26
15850833--15850865	5	6.6	5	96	0	57	81	15	0	3	0.80
15850857--15850893	13	2.6	15	91	8	60	81	0	0	18	0.70
15856240--15856288	10	4.9	10	87	0	53	67	0	16	16	1.24
15856240--15856289	20	2.5	20	87	6	75	68	0	16	16	1.22
15863167--15863224	19	2.9	19	76	16	64	41	0	1	56	1.09
15863671--15863725	26	2.1	26	86	0	74	23	23	14	38	1.92
15863961--15864056	48	2.0	48	89	0	147	38	20	5	35	1.75
15866027--15866080	21	2.6	21	96	0	99	18	25	18	37	1.94
15868341--15868435	29	3.3	29	80	1	102	20	11	24	44	1.84
15868352--15868449	29	3.4	28	76	8	88	23	13	22	40	1.89
15874247--15874303	29	2.0	29	100	0	114	54	17	3	24	1.59
15875528--15875565	16	2.3	17	86	4	51	50	5	2	42	1.39
15882926--15882956	8	3.9	8	95	0	53	0	0	29	70	0.87
15884609--15884715	53	2.0	53	100	0	214	35	22	5	36	1.78
15885433--15885683	50	4.8	50	84	6	279	20	29	24	25	1.99
15885433--15885674	52	4.6	52	83	9	282	21	29	23	25	1.99
15885432--15885680	102	2.4	105	85	9	348	21	28	24	25	1.99
15885778--15885809	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15886021--15886078	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
15886908--15886956	3	18.0	3	76	19	54	61	0	0	38	0.96
15886906--15886959	8	6.8	8	84	16	76	61	0	0	38	0.96
15886911--15886959	5	9.8	5	76	24	50	61	0	0	38	0.96
15886900--15886968	24	2.8	24	79	16	79	60	1	0	37	1.06
15892114--15892240	55	2.3	55	80	2	157	31	25	25	17	1.97
15897109--15897158	24	2.1	24	100	0	100	22	20	20	38	1.94
15901783--15901821	17	2.3	17	90	0	60	56	12	10	20	1.65
15907306--15907633	167	2.0	167	98	0	629	34	20	16	28	1.94
15922656--15922681	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
15925801--15925894	48	1.9	50	82	4	120	26	18	26	28	1.98
15935417--15935499	43	1.9	44	92	2	141	42	4	18	34	1.71
15936717--15936756	21	1.9	21	100	0	80	30	5	12	52	1.60
15942494--15942705	45	4.8	45	77	6	168	31	28	15	25	1.95
15949985--15950077	24	3.9	24	91	2	143	18	12	32	36	1.89
15957393--15957552	24	6.6	24	75	11	130	22	13	30	34	1.92
15960432--15960691	45	5.9	45	80	4	271	31	26	16	25	1.96
15960427--15960691	90	3.0	89	82	3	315	32	26	15	24	1.96
15966786--15966836	26	2.0	26	88	3	77	50	3	0	45	1.20
15969495--15969527	12	2.8	12	90	0	57	6	21	51	21	1.69
15978990--15979042	27	1.9	28	88	3	81	56	1	11	30	1.45
15980234--15980274	18	2.2	20	86	8	59	65	4	2	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15980566--15980642	30	2.6	29	81	4	91	55	12	5	25	1.58
15982793--15982834	16	2.6	16	81	7	50	50	0	2	47	1.14
15982786--15982838	19	2.9	19	75	18	58	47	0	3	49	1.19
15994583--15994662	28	2.9	26	80	10	88	27	26	13	32	1.94
16002521--16002565	15	2.7	17	77	22	51	64	2	2	31	1.18
16002501--16002577	30	2.6	29	74	13	77	59	1	5	33	1.28
16002670--16002756	22	3.6	23	77	15	86	59	0	5	34	1.21
16002670--16002756	12	7.2	12	70	20	65	59	0	5	34	1.21
16004313--16004860	206	2.7	206	88	1	794	28	21	18	31	1.97
16005767--16005793	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
16018103--16018127	11	2.3	11	100	0	50	12	16	40	32	1.84
16021360--16021443	32	2.6	32	78	10	82	29	4	25	40	1.76
16021587--16021735	27	5.6	26	66	10	88	28	12	25	33	1.92
16021610--16021734	53	2.4	53	94	0	223	28	12	25	34	1.91
16025656--16025930	48	5.8	48	69	13	158	27	24	20	27	1.99
16027350--16027437	29	3.0	29	86	3	122	36	12	26	25	1.91
16027323--16027435	59	1.9	59	85	3	156	37	12	25	24	1.91
16030095--16030217	61	2.0	61	100	0	246	13	17	13	56	1.68
16034144--16034177	9	3.8	9	88	0	50	52	2	11	32	1.53
16034655--16034686	10	3.0	11	90	9	57	56	0	25	18	1.42
16045859--16045913	25	2.2	25	80	9	58	65	1	14	18	1.36
16059815--16059844	15	2.0	15	93	0	51	43	56	0	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16062530--16062595	28	2.4	28	84	2	89	33	22	24	19	1.97
16075459--16075499	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
16083742--16083808	33	2.0	33	91	0	107	29	5	28	35	1.81
16084741--16084819	39	2.0	39	95	0	140	39	22	22	15	1.91
16085620--16085676	27	2.1	28	93	3	98	35	3	8	52	1.50
16087560--16087589	11	2.7	11	94	0	51	10	40	26	23	1.86
16096430--16096465	17	2.1	18	94	5	65	72	0	0	27	0.85
16096444--16096486	12	3.4	12	93	6	68	74	0	2	23	0.93
16096485--16096528	13	3.5	13	75	6	54	45	0	0	54	0.99
16096478--16096529	25	2.1	25	100	0	104	46	0	0	53	1.00
16097360--16097424	33	2.0	33	90	6	105	63	12	13	10	1.53
16107266--16107299	14	2.4	14	95	0	59	32	8	23	35	1.86
16111488--16111513	11	2.4	11	100	0	52	57	0	30	11	1.34
16116243--16116283	19	2.1	21	82	13	52	70	7	0	21	1.11
16116243--16116283	18	2.2	20	82	8	50	70	7	0	21	1.11
16116365--16116427	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
16118437--16118579	43	3.3	42	86	3	180	28	21	22	27	1.99
16118633--16118715	31	2.6	32	82	3	87	61	16	3	18	1.48
16118947--16119043	21	4.6	21	80	10	108	4	50	16	28	1.63
16119019--16119049	15	2.0	16	93	6	55	0	51	16	32	1.44
16124591--16124711	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
16124665--16124896	56	4.2	56	89	5	348	34	0	16	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16124665--16124875	113	1.9	112	93	3	361	33	0	17	48	1.51
16124821--16124850	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
16124853--16124883	9	3.4	9	90	0	53	29	0	19	51	1.47
16127272--16127400	60	2.2	60	85	1	170	36	4	39	19	1.72
16127478--16127965	114	4.2	113	81	7	466	36	23	15	25	1.94
16127493--16127946	231	2.0	231	80	5	524	37	22	14	24	1.93
16128928--16128982	28	2.0	28	85	0	74	20	21	21	36	1.95
16128977--16129134	41	3.9	40	81	4	183	20	19	19	40	1.92
16128977--16129131	81	1.9	81	84	5	206	20	19	19	40	1.91
16128959--16129137	41	4.4	41	80	4	175	19	21	20	38	1.93
16132115--16132154	16	2.5	16	84	11	55	72	10	2	15	1.21
16135796--16135843	23	2.1	23	100	0	96	29	4	25	41	1.74
16146648--16146686	20	2.1	19	85	9	53	51	12	28	7	1.67
16149307--16149454	52	2.9	51	85	4	201	30	13	27	29	1.94
16158285--16158309	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16163877--16163917	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
16167859--16167978	40	3.3	40	66	26	120	25	15	25	34	1.94
16167859--16168009	68	2.2	68	93	0	257	25	15	26	31	1.96
16167963--16168233	28	9.7	28	91	0	391	26	15	30	27	1.96
16170719--16170752	18	2.0	17	88	11	52	44	8	0	47	1.34
16174434--16174475	21	2.0	21	81	9	50	38	7	23	30	1.82
16177454--16177511	30	1.9	30	92	0	98	31	12	25	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16177856--16178219	49	7.7	49	74	13	228	28	19	28	23	1.98
16197555--16197615	28	2.1	28	82	11	70	11	13	19	55	1.67
16206491--16206548	18	3.2	18	72	0	62	15	37	5	41	1.70
16207254--16207279	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
16208659--16208686	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
16209119--16209158	20	2.0	20	90	0	62	47	12	12	27	1.77
16210520--16210569	26	1.9	26	87	0	73	32	12	14	42	1.82
16214591--16214629	19	2.1	19	95	0	69	35	10	23	30	1.88
16220089--16220113	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
16220372--16220413	22	2.0	22	85	4	59	42	7	9	40	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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