genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18980735--18980787	22	2.4	22	96	0	97	16	16	32	33	1.92
18983293--18983355	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
18984463--18984495	6	5.5	6	96	0	57	36	18	18	27	1.94
18984757--18984785	6	4.8	6	100	0	58	51	13	17	17	1.76
18987037--18987071	16	2.2	16	90	10	54	31	14	8	45	1.75
18990043--18990088	19	2.4	19	77	0	56	63	2	0	34	1.07
18990567--18990607	21	2.0	21	95	4	75	31	0	0	68	0.90
18990656--18990699	11	3.9	11	82	5	52	31	2	2	63	1.19
18990656--18990701	23	2.0	23	91	0	74	32	2	2	63	1.19
18997792--18997917	68	1.9	67	81	1	153	29	13	19	38	1.90
19009766--19009804	13	3.1	13	81	7	53	35	2	20	41	1.66
19010331--19010639	153	2.0	153	85	2	415	34	14	20	29	1.93
19011987--19012108	23	5.1	24	75	11	101	23	17	18	40	1.90
19012010--19012108	48	2.1	48	86	0	135	24	17	17	41	1.90
19012094--19012130	19	1.9	19	88	0	56	24	13	18	43	1.86
19017337--19017399	25	2.6	25	82	7	67	34	3	0	61	1.12
19017359--19017405	25	1.9	26	87	12	73	31	0	0	68	0.90
19017366--19017419	26	2.1	25	82	3	63	27	3	1	66	1.19
19026789--19026847	27	2.2	27	93	0	100	18	20	23	37	1.94
19026840--19026915	25	3.0	25	75	9	73	23	15	19	40	1.90
19033563--19033603	20	2.0	21	85	4	57	34	0	4	60	1.18
19034343--19034372	15	2.0	15	93	0	51	30	13	0	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19038313--19038369	16	3.8	15	79	6	62	28	0	5	66	1.13
19038508--19038558	10	5.1	10	88	4	68	62	1	0	35	1.06
19047995--19048135	61	2.3	61	81	4	169	39	28	0	31	1.62
19047995--19048166	61	2.8	61	78	5	168	39	29	0	30	1.61
19051195--19051356	61	2.6	61	78	8	159	27	1	29	41	1.63
19052984--19053033	23	2.2	23	82	10	59	32	8	0	60	1.26
19053210--19053269	31	1.9	32	86	3	86	46	0	1	51	1.10
19053779--19053847	25	2.8	25	83	12	74	33	0	0	66	0.92
19053792--19053843	15	3.4	15	82	12	61	28	0	0	71	0.87
19053887--19053934	16	3.1	16	75	6	53	45	0	2	52	1.12
19055528--19055558	14	2.2	14	100	0	62	9	19	12	58	1.62
19055848--19055900	27	2.0	27	92	0	88	30	18	13	37	1.89
19058898--19058983	33	2.6	31	73	19	84	73	2	18	5	1.15
19061751--19061802	22	2.4	22	84	9	63	36	0	0	63	0.95
19061760--19061810	15	3.3	15	81	10	66	33	0	1	64	1.05
19061754--19061826	29	2.5	30	80	8	80	34	0	4	61	1.15
19066122--19066227	39	2.7	39	94	5	196	23	21	27	27	1.99
19069225--19069261	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
19069225--19069274	15	3.5	15	79	15	52	20	24	14	42	1.88
19077348--19077669	175	1.8	175	94	0	572	33	21	19	25	1.97
19079598--19079649	22	2.4	22	84	9	63	36	0	0	63	0.95
19079607--19079657	15	3.3	15	81	10	66	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19079601--19079673	29	2.5	30	80	8	80	34	0	4	61	1.15
19084472--19084520	20	2.5	20	76	6	55	34	0	2	63	1.06
19084481--19084524	22	2.0	23	86	4	63	34	0	2	63	1.07
19085292--19085341	17	2.8	18	79	14	59	42	0	0	58	0.98
19085929--19085965	12	3.2	12	85	11	51	48	8	0	43	1.32
19100092--19100160	24	2.9	24	91	0	111	49	7	5	37	1.55
19106201--19106263	20	3.2	20	73	8	56	30	3	3	63	1.25
19106278--19106338	20	3.2	19	84	6	70	37	0	3	59	1.14
19106254--19106338	39	2.1	41	84	6	111	40	0	4	55	1.21
19106278--19106338	19	3.2	18	81	6	68	37	0	3	59	1.14
19120876--19120908	7	4.7	7	100	0	66	69	0	0	30	0.88
19120912--19121747	418	2.0	419	88	2	1250	38	9	12	39	1.75
19129534--19129796	46	5.7	46	87	3	323	20	22	13	42	1.87
19130819--19130855	17	2.2	17	95	0	65	43	16	18	21	1.88
19132131--19132163	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
19132459--19132669	92	2.3	92	91	0	341	18	24	14	42	1.87
19132449--19132671	46	4.8	46	86	1	295	18	24	14	42	1.88
19136871--19136910	20	2.0	20	90	0	62	42	17	2	37	1.63
19137025--19137055	15	2.1	15	100	0	62	12	19	19	48	1.81
19140418--19140486	17	4.2	16	75	21	54	30	4	0	65	1.12
19140410--19140498	23	3.8	22	76	11	79	30	4	0	65	1.13
19140416--19140498	12	6.9	12	80	13	73	31	3	0	65	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19142039--19142094	21	2.8	20	75	20	62	51	0	0	48	1.00
19144032--19144157	49	2.6	49	84	3	155	23	27	20	27	1.99
19145101--19145125	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
19149782--19149851	38	1.9	37	82	8	90	50	1	8	40	1.42
19149897--19149937	20	2.0	20	90	0	64	60	4	0	34	1.18
19150556--19150608	13	4.0	13	79	11	54	24	0	3	71	1.02
19150659--19150697	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
19150994--19151038	18	2.5	18	96	0	81	4	0	28	66	1.11
19152911--19152938	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
19157630--19157788	40	4.0	40	86	0	210	27	18	20	33	1.96
19157627--19157792	80	2.1	80	87	0	233	26	18	21	33	1.96
19160420--19160591	73	2.4	73	83	2	184	26	24	25	23	2.00
19161964--19162004	21	2.0	21	95	0	73	2	56	14	26	1.51
19165523--19165560	19	2.0	19	94	0	67	26	23	26	23	2.00
19165578--19165629	19	2.7	20	78	6	70	32	1	36	28	1.69
19167566--19167590	10	2.5	10	100	0	50	0	16	36	48	1.46
19167525--19167630	50	2.1	51	91	1	169	16	18	23	40	1.91
19167583--19167712	41	3.2	41	91	1	190	23	17	20	38	1.93
19180356--19180410	29	1.9	28	82	10	67	63	3	5	27	1.33
19191052--19191089	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
19198471--19198502	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
19199207--19199262	26	2.1	27	90	6	89	42	23	19	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19204583--19204684	52	2.0	52	94	0	177	22	25	10	41	1.86
19228174--19228201	10	2.8	10	100	0	56	53	28	0	17	1.44
19241638--19241684	17	2.8	17	75	18	53	42	6	0	51	1.27
19243248--19243427	96	1.9	96	89	3	281	29	18	13	38	1.89
19243248--19243457	96	2.2	96	85	2	278	30	19	12	38	1.88
19243345--19243824	135	3.6	135	80	4	510	30	18	12	37	1.88
19243342--19243861	133	3.9	133	80	4	431	30	19	12	37	1.89
19245161--19245274	58	2.0	58	89	0	174	38	19	14	27	1.91
19256925--19256975	20	2.5	20	93	0	84	3	5	41	49	1.45
19260484--19260628	63	2.3	63	85	4	197	42	15	22	20	1.89
19260484--19260653	21	8.2	21	77	3	139	44	15	21	19	1.87
19267171--19267268	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
19267199--19267281	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
19267171--19267282	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
19274123--19274337	27	8.0	27	83	3	245	24	20	20	35	1.96
19274119--19274302	54	3.4	54	90	2	273	23	22	19	34	1.96
19274293--19274385	27	3.4	27	76	8	91	29	9	23	37	1.87
19275674--19275744	27	2.6	27	79	0	88	19	15	18	46	1.84
19275773--19275965	74	2.6	74	84	0	251	27	21	15	35	1.93
19275778--19275997	74	3.0	73	79	9	241	27	20	16	35	1.95
19283472--19283514	4	10.8	4	94	0	68	46	23	4	25	1.71
19283518--19283569	4	13.0	4	91	0	77	25	3	23	48	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19287217--19287299	17	4.8	17	76	5	69	16	19	32	31	1.94
19290345--19290513	45	3.8	45	84	0	212	25	19	15	39	1.92
19290342--19290513	90	1.9	90	86	0	245	25	19	16	38	1.92
19290495--19290609	45	2.5	46	79	6	128	20	19	15	44	1.87
19293060--19293099	18	2.2	18	86	0	53	15	32	5	47	1.66
19296798--19296859	29	2.1	30	81	6	72	38	3	11	46	1.56
19303607--19303658	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19305577--19305628	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
19312197--19312778	49	12.1	49	91	3	918	32	9	29	28	1.88
19312197--19312778	47	12.1	48	92	2	897	32	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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