Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  17  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5892171--5892247
18
4.1
18
73
14
66
66
0
10
23
1.22
5892181--5892232
21
2.5
21
87
6
70
67
0
7
25
1.17
5893465--5893560
44
2.1
46
92
5
160
33
15
2
48
1.57
5895773--5895843
34
2.1
34
100
0
142
42
5
16
35
1.72
5896242--5896339
6
16.2
6
73
10
74
61
4
6
28
1.38
5896249--5896319
9
7.4
9
77
12
52
61
2
7
28
1.36
5896279--5896339
3
20.0
3
80
9
70
63
3
3
29
1.26
5896435--5896489
23
2.4
23
82
14
69
52
0
14
32
1.42
5897289--5897336
26
1.9
25
83
8
62
79
6
6
8
1.07
5899537--5899563
14
1.9
14
100
0
54
29
18
22
29
1.97
5900259--5900307
11
4.5
11
80
16
57
63
2
0
34
1.06
5900262--5900299
12
3.3
12
85
7
53
71
2
0
26
1.00
5916804--5916862
31
1.9
31
89
0
91
47
8
10
33
1.68
5920111--5920149
21
1.9
20
84
5
51
10
10
33
46
1.72
5921699--5921757
30
2.0
30
86
0
82
55
13
3
27
1.54
5922382--5922440
29
2.0
30
83
3
75
28
3
15
52
1.58
5939617--5939649
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
5946873--5946931
31
1.9
31
93
6
102
64
5
5
25
1.35
5953982--5954012
16
1.9
16
93
0
53
67
0
3
29
1.06
5954262--5954314
22
2.4
22
81
6
54
56
1
1
39
1.21
5954476--5954552
39
2.1
38
80
9
88
31
0
3
64
1.11
5967186--5967220
17
2.1
17
94
0
61
51
17
2
28
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5988513--5988596
44
1.9
44
83
9
109
32
10
8
48
1.68
5994449--5994492
12
3.6
12
87
3
61
0
15
0
84
0.63
6003606--6003654
25
1.9
26
84
12
66
12
18
20
48
1.79
6008090--6008138
25
1.9
26
84
12
66
12
18
20
48
1.79
6022892--6023137
118
2.1
118
94
1
431
29
18
19
32
1.96
6026370--6026417
16
2.9
16
78
3
51
79
6
8
6
1.07
6026963--6027026
22
2.9
21
72
9
56
31
3
7
57
1.43
6030015--6030087
9
7.8
9
74
19
69
64
2
2
30
1.21
6030015--6030087
20
3.9
18
76
18
69
64
2
2
30
1.21
6030067--6030128
26
2.4
26
81
10
74
66
3
4
25
1.27
6030636--6030680
21
2.2
20
88
4
63
26
6
4
62
1.39
6052269--6052364
47
2.0
47
93
0
165
32
16
16
34
1.92
6064940--6065059
20
5.9
20
71
8
73
44
1
11
42
1.51
6065007--6065054
21
2.3
20
85
3
60
45
0
12
41
1.42
6065035--6065257
40
5.7
40
73
11
149
43
4
9
42
1.58
6065150--6065217
20
3.3
20
69
15
66
44
4
8
42
1.55
6065154--6065262
42
2.7
40
91
2
164
41
6
9
43
1.62
6065162--6065229
22
3.2
22
64
16
61
44
8
5
41
1.60
6066611--6066659
17
2.9
17
82
11
57
71
0
22
6
1.08
6066623--6066678
23
2.3
23
84
9
76
76
0
17
5
0.96
6066690--6066735
23
2.0
23
95
0
83
26
19
17
36
1.94
6099172--6099217
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6099179--6099223
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
6099845--6099960
41
2.9
41
89
3
164
33
21
22
22
1.97
6100852--6100957
7
14.0
8
86
7
109
61
0
0
38
0.96
6100845--6100957
23
5.0
21
78
11
109
62
0
0
37
0.95
6101007--6101046
19
2.2
19
86
4
55
80
0
7
12
0.91
6110597--6110690
26
3.6
26
79
2
89
58
7
5
28
1.47
6110698--6110753
27
2.1
27
86
3
78
58
0
1
39
1.08
6110863--6110902
17
2.4
17
86
0
53
60
5
2
32
1.32
6112715--6112771
25
2.3
26
79
14
66
31
0
3
64
1.10
6116184--6116217
9
3.8
9
88
0
50
14
2
67
14
1.34
6116368--6116407
21
1.9
21
84
0
53
15
20
52
12
1.74
6117617--6117654
20
2.0
19
85
10
51
44
0
7
47
1.32
6117937--6117969
15
2.2
15
94
0
57
45
0
0
54
0.99
6120583--6120607
12
2.1
12
100
0
50
72
0
0
28
0.86
6124743--6124861
29
4.1
29
70
12
91
26
7
2
63
1.34
6124800--6124847
15
3.3
15
80
11
55
29
8
0
62
1.24
6124811--6124886
29
2.6
30
82
12
88
30
7
0
61
1.24
6124991--6125122
3
43.3
3
74
14
110
31
4
1
62
1.24
6134509--6134684
46
3.8
46
79
4
201
22
21
28
28
1.99
6134506--6134676
93
1.8
93
92
0
288
22
21
28
27
1.99
6136843--6136908
33
2.0
33
100
0
132
57
3
0
39
1.14
6136851--6136906
18
3.3
18
70
14
64
57
3
0
39
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6142951--6143043
37
2.5
37
80
1
116
37
33
13
15
1.87
6145519--6145767
50
4.8
50
85
3
291
20
29
24
26
1.99
6145518--6145767
100
2.4
104
88
5
364
20
29
24
26
1.99
6145862--6145893
13
2.5
13
94
0
55
56
12
0
31
1.37
6146167--6146202
5
7.0
5
96
3
63
58
0
0
41
0.98
6149038--6149100
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
6149131--6149173
22
2.0
22
85
0
59
55
9
13
20
1.66
6151518--6151571
28
2.0
26
82
7
63
48
3
0
48
1.19
6162367--6162411
21
2.1
21
88
8
65
64
6
15
13
1.47
6162569--6163166
20
30.0
19
67
16
171
55
7
17
19
1.65
6162594--6162740
76
1.9
75
93
1
249
53
8
19
18
1.70
6162578--6162845
39
6.9
38
70
10
152
53
8
17
20
1.70
6162998--6163183
81
2.3
80
79
9
191
58
7
15
19
1.61
6168780--6168804
13
1.9
13
100
0
50
68
0
8
24
1.16
6168914--6168979
25
2.5
25
82
7
69
53
7
12
27
1.65
6169114--6169165
15
3.4
16
84
12
65
65
7
0
26
1.20
6169114--6169162
17
3.1
16
77
19
57
65
6
0
28
1.16
6170801--6171001
67
3.0
67
91
0
339
27
25
19
27
1.99
6170935--6171678
176
4.2
176
89
0
1058
28
22
20
29
1.98
6171136--6171231
45
2.2
45
82
1
113
32
20
21
25
1.98
6170935--6171678
353
2.1
352
88
0
1101
28
22
20
29
1.98
6171334--6171432
45
2.2
45
81
3
110
27
22
18
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6171403--6171496
43
2.2
44
82
5
111
29
22
19
28
1.98
6171743--6171871
64
2.0
65
90
1
206
35
13
19
31
1.91
6181123--6181170
23
2.1
23
84
7
62
56
8
0
35
1.30
6183098--6183141
14
3.1
14
80
9
54
50
0
0
50
1.00
6183125--6183160
16
2.2
17
90
5
56
41
0
0
58
0.98
6185436--6185498
26
2.4
27
81
7
85
41
20
1
36
1.62
6185437--6185500
13
4.9
13
75
7
67
42
20
1
35
1.62
6190035--6190123
19
4.7
18
73
12
79
17
25
25
30
1.98
6190035--6190123
38
2.3
38
86
9
119
17
25
25
30
1.98
6190512--6190566
27
2.0
27
100
0
110
25
3
21
49
1.66
6192174--6192289
62
1.9
61
80
1
133
23
16
28
31
1.96
6194199--6194265
32
2.1
32
97
0
125
26
31
14
26
1.95
6208366--6208415
25
2.0
25
96
0
91
62
8
18
12
1.53
6208475--6208513
19
1.9
19
90
10
60
46
12
0
41
1.42
6211819--6211856
19
2.0
19
100
0
76
36
5
31
26
1.79
6216858--6216889
2
16.0
2
100
0
64
50
50
0
0
1.00
6217508--6217590
25
3.3
25
81
6
87
32
22
22
21
1.98
6229755--6229780
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
6231011--6231053
20
2.2
20
95
0
77
25
9
11
53
1.67
6231689--6231717
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
6235432--6235512
39
2.1
39
100
0
162
34
22
7
35
1.82
6239985--6240018
17
2.0
17
88
0
50
32
35
5
26
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6249607--6249649
13
3.5
13
75
18
56
48
13
0
37
1.43
6249605--6249656
23
2.3
23
96
3
97
48
11
0
40
1.40
6250089--6250119
14
2.2
14
94
0
53
45
9
12
32
1.75
6258374--6258428
27
2.0
28
82
10
69
32
0
21
45
1.52
6258925--6259025
40
2.5
40
80
4
105
25
13
22
37
1.92
6259015--6259116
28
3.6
28
97
0
186
25
14
28
31
1.95
6261137--6261173
18
2.0
19
89
5
58
72
8
0
18
1.08
6261266--6261303
17
2.2
17
90
0
58
65
5
2
26
1.27
6263358--6263393
18
2.0
18
100
0
72
27
27
27
16
1.97
6273955--6274057
51
2.0
51
98
0
197
50
12
9
27
1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343