genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26797424--26797449	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
26798852--26798956	43	2.4	43	80	3	122	26	13	22	37	1.91
26805205--26805229	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
26807243--26807394	48	3.2	48	83	0	187	27	25	21	25	1.99
26809286--26809470	40	4.7	40	87	6	243	23	22	27	26	1.99
26809286--26809470	79	2.3	81	86	4	252	23	22	27	26	1.99
26809287--26809503	79	2.7	79	83	5	226	25	21	27	25	2.00
26809286--26809503	119	1.8	119	81	7	273	25	21	27	26	1.99
26817314--26817537	40	5.7	40	90	5	305	24	21	27	26	1.99
26817314--26817537	78	2.8	80	86	8	314	24	21	27	26	1.99
26820515--26820585	27	2.6	27	79	0	79	18	28	16	36	1.93
26821427--26821476	26	1.9	26	83	0	64	34	22	10	34	1.87
26824225--26824280	28	2.0	28	96	0	103	46	14	16	23	1.83
26825084--26825108	13	1.9	13	100	0	50	40	32	16	12	1.84
26826905--26826982	40	2.0	40	92	0	129	29	28	19	23	1.98
26828863--26829104	121	2.0	121	100	0	484	41	17	13	28	1.87
26843768--26843877	45	2.4	45	85	8	134	22	23	19	34	1.96
26843776--26843929	23	6.6	23	75	12	127	24	20	19	35	1.96
26844906--26845010	55	1.9	55	80	9	124	24	23	28	22	1.99
26852505--26852632	48	2.7	48	83	3	159	25	17	30	26	1.97
26852507--26852682	48	3.7	49	81	6	146	25	17	28	28	1.97
26852654--26852769	42	2.8	42	77	2	117	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26855462--26855509	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
26855556--26855612	11	5.5	11	72	16	59	35	14	19	31	1.91
26855552--26855612	20	3.0	20	92	0	104	34	13	19	32	1.90
26855662--26855815	24	6.4	24	92	0	245	31	20	21	27	1.98
26870468--26870630	43	3.9	41	82	5	173	31	30	14	22	1.94
26870469--26870630	85	1.9	84	83	1	207	32	30	14	22	1.94
26881517--26881757	49	4.8	50	80	2	270	25	19	26	28	1.98
26881517--26881793	150	1.8	150	86	4	398	27	18	26	27	1.98
26887758--26887808	25	2.0	25	85	7	68	29	21	19	29	1.98
26887852--26887886	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
26887847--26887886	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
26887846--26887898	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
26887930--26888001	25	2.8	25	89	2	108	29	23	23	23	1.99
26888222--26888305	31	2.7	31	90	1	134	32	17	26	23	1.97
26890388--26890580	48	4.0	48	82	7	219	26	19	25	27	1.99
26890389--26890581	99	1.9	99	88	2	289	26	20	25	27	1.99
26894675--26894728	27	2.0	27	81	0	63	37	9	14	38	1.79
26894928--26895117	49	3.8	50	79	1	202	27	18	25	27	1.98
26897153--26897177	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
26914722--26914762	20	2.0	20	85	0	55	60	2	7	29	1.36
26914764--26914826	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
26914793--26914822	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26927530--26927607	29	2.8	28	96	3	147	39	24	7	28	1.83
26927731--26927820	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
26927731--26927845	55	2.1	56	82	11	139	19	25	21	33	1.97
26928273--26928313	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
26939909--26940040	43	3.1	42	79	6	133	31	28	15	25	1.95
26942773--26943057	47	6.1	47	89	0	392	34	11	28	25	1.91
26942939--26943014	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
26943031--26943121	46	2.0	46	86	0	128	35	7	30	26	1.85
26946226--26946374	6	24.3	6	75	14	135	48	14	17	18	1.80
26946237--26946374	31	4.3	31	80	13	154	49	14	17	18	1.80
26947679--26948052	105	3.6	105	94	2	635	30	29	20	18	1.97
26949060--26949167	27	4.0	27	87	2	146	25	21	18	35	1.96
26949067--26949222	54	2.9	55	82	7	151	27	16	19	36	1.93
26949149--26949399	27	9.3	27	84	1	126	34	7	21	35	1.82
26949214--26949441	81	2.8	81	85	1	233	36	6	21	35	1.80
26949270--26949441	27	6.4	27	91	0	281	39	6	22	31	1.79
26949451--26949706	27	9.6	27	79	9	256	32	10	18	39	1.84
26951185--26951309	29	4.3	29	86	1	171	29	30	14	25	1.95
26951519--26951561	16	2.7	16	85	0	50	9	18	18	53	1.70
26956565--26956701	56	2.4	56	95	0	238	33	22	15	28	1.94
26957310--26957340	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
26959470--26959517	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26959565--26959620	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
26959560--26959620	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
26959669--26959752	26	3.4	24	91	6	125	30	17	22	28	1.97
26967467--26967533	20	3.3	20	89	0	107	34	13	19	32	1.91
26967582--26967762	25	7.4	24	91	4	249	30	18	21	29	1.97
26967970--26968033	31	2.1	30	88	2	92	39	14	21	25	1.91
26971904--26972091	55	3.5	54	81	9	215	21	24	18	35	1.95
26972079--26972200	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
26972295--26972378	44	1.9	44	82	4	107	26	25	10	38	1.88
26974906--26975099	68	2.9	68	75	14	170	30	15	29	23	1.96
26978706--26978737	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
26978984--26979048	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
26979164--26979243	27	2.9	27	79	5	88	20	22	22	35	1.96
26986539--26986570	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
26986819--26986883	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
26986999--26987089	27	3.2	28	75	4	67	21	24	19	34	1.97
26996938--26997400	246	1.9	246	98	0	899	35	7	20	36	1.82
26999151--26999220	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
26999151--26999248	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
27029809--27030006	42	4.6	43	82	6	163	26	13	27	32	1.94
27029845--27029967	42	2.9	42	90	0	192	27	10	25	36	1.89
27029846--27030007	42	3.9	41	85	4	166	26	12	27	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27029845--27030007	84	1.9	83	82	4	202	26	12	26	33	1.93
27033680--27033803	23	5.4	24	74	15	82	23	19	18	38	1.93
27033679--27033808	68	1.9	69	82	4	165	24	19	17	38	1.93
27042379--27042427	20	2.5	20	100	0	98	12	38	36	12	1.80
27043892--27043973	21	3.8	21	71	15	67	39	26	13	20	1.90
27043883--27043969	45	1.9	45	95	0	156	39	26	12	21	1.89
27046908--27046968	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
27047703--27047886	67	2.8	64	76	11	187	28	15	30	24	1.96
27068713--27068838	47	2.7	44	82	13	148	23	26	19	30	1.98
27068664--27068838	94	1.9	93	84	7	239	24	26	18	30	1.98
27074516--27074546	8	3.9	8	95	0	53	54	6	12	25	1.62
27074921--27075077	43	3.7	42	79	7	156	26	18	23	31	1.97
27075593--27075638	23	2.0	24	82	4	58	17	4	28	50	1.65
27077150--27077265	58	2.0	58	94	0	205	36	12	16	34	1.87
27079971--27080000	15	2.0	15	100	0	60	60	6	20	13	1.55
27082662--27082761	42	2.3	43	81	5	123	29	19	21	31	1.97
27082623--27082779	43	3.7	43	73	12	135	26	19	24	29	1.99
27083294--27083338	23	1.9	24	86	4	65	15	2	28	53	1.54
27086001--27086118	27	4.4	27	90	0	155	26	21	17	34	1.95
27087690--27087867	27	6.6	27	83	3	187	29	29	15	25	1.96
27087690--27087866	54	3.3	54	82	5	214	29	29	15	25	1.96
27087711--27087863	81	1.9	82	87	4	229	30	29	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27095799--27095976	27	6.6	27	80	5	162	28	28	16	26	1.97
27095820--27095975	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
27102494--27102668	46	3.8	46	76	15	198	29	29	20	20	1.97
27102501--27102672	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
27104884--27104923	20	2.0	20	100	0	80	25	15	25	35	1.94
27105760--27105810	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
27106460--27106606	54	2.7	54	84	0	159	25	18	17	38	1.93
27106463--27106606	27	5.3	27	85	0	135	26	18	16	38	1.92
27109636--27109769	56	2.4	56	93	0	223	27	12	24	35	1.92
27109637--27109803	56	3.0	56	85	5	187	25	13	25	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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