genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61099656--61099775	60	2.0	60	84	9	156	38	15	30	15	1.89
61099670--61099775	40	2.6	39	82	7	106	36	16	32	15	1.89
61107114--61107154	20	2.0	20	100	0	82	19	9	19	51	1.74
61116965--61117010	19	2.4	20	78	10	60	63	0	17	19	1.32
61116973--61117008	18	1.9	19	88	5	56	66	0	16	16	1.25
61127951--61128121	93	1.8	93	85	5	238	28	29	19	21	1.98
61139926--61139955	13	2.3	13	100	0	60	46	0	6	46	1.29
61142965--61143016	18	2.9	18	80	5	61	34	55	0	9	1.32
61142965--61143033	30	2.3	30	84	0	84	30	57	0	11	1.34
61143004--61143051	18	2.7	18	80	0	60	31	58	2	8	1.39
61142983--61143045	30	2.1	30	81	0	72	30	58	0	11	1.32
61142981--61143123	48	3.1	47	77	10	143	25	58	4	12	1.52
61143028--61143117	42	2.1	42	85	0	117	24	56	6	12	1.59
61143040--61143141	42	2.4	42	86	0	141	22	58	6	11	1.56
61143091--61143155	30	2.2	30	83	5	78	21	60	6	12	1.54
61143157--61143516	60	6.0	60	91	0	549	19	56	10	13	1.65
61143241--61143516	30	9.2	30	63	25	111	20	57	9	13	1.63
61143324--61143436	36	3.5	35	64	26	86	20	55	10	13	1.67
61143209--61143578	120	3.1	118	85	4	343	22	56	9	12	1.64
61143209--61143579	180	2.1	178	81	6	435	22	56	9	12	1.64
61143560--61143659	15	6.5	15	68	19	62	27	59	5	9	1.49
61143596--61143660	24	2.7	24	80	4	69	27	58	6	7	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61143674--61143783	21	5.4	21	72	18	97	22	60	6	10	1.53
61143674--61143795	18	6.3	18	70	15	82	23	59	6	10	1.54
61143560--61143719	78	2.1	78	87	0	230	25	58	5	10	1.53
61143712--61143783	24	3.1	24	76	11	69	22	61	5	11	1.50
61143640--61143758	60	2.0	60	96	0	220	22	58	5	12	1.55
61143640--61143791	60	2.5	59	86	6	155	23	58	6	11	1.56
61143834--61143868	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
61145923--61145955	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
61147826--61147938	43	2.6	42	83	6	138	30	23	18	27	1.98
61150950--61150991	12	3.5	12	90	0	57	9	23	38	28	1.86
61151509--61151738	40	5.8	40	77	5	173	34	13	28	23	1.93
61151541--61151724	80	2.3	79	81	6	219	34	13	30	21	1.91
61156853--61156944	27	3.4	27	83	5	123	29	25	6	39	1.81
61156826--61156944	54	2.2	54	80	3	123	31	24	7	36	1.83
61156976--61157073	27	3.6	27	82	5	92	43	21	7	27	1.78
61157198--61157249	27	1.9	27	84	7	70	32	19	23	25	1.97
61159644--61159830	27	7.0	27	88	0	241	42	17	14	25	1.87
61159644--61159826	81	2.3	81	89	0	269	42	18	14	24	1.88
61161169--61161340	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
61161162--61161337	46	3.8	46	78	11	198	30	28	19	21	1.98
61161170--61161357	46	4.1	45	72	19	145	29	28	19	21	1.98
61165721--61165831	27	4.1	27	84	7	120	18	24	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61168622--61168687	20	3.3	20	69	0	60	25	19	36	18	1.94
61168621--61168724	40	2.6	40	87	0	136	29	21	31	17	1.96
61172264--61172314	24	2.1	24	82	13	61	17	25	21	35	1.95
61174817--61174985	46	3.6	45	81	7	162	24	31	18	25	1.98
61182333--61182554	46	4.8	46	80	7	227	25	30	18	26	1.98
61184564--61184741	48	3.7	46	77	5	144	23	17	25	33	1.96
61192902--61193008	43	2.5	43	84	3	135	36	24	13	26	1.92
61195572--61195742	86	2.0	85	93	1	288	25	21	14	38	1.91
61198484--61198661	46	3.8	46	78	4	205	28	28	20	21	1.98
61198493--61198663	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
61201576--61201724	76	2.0	76	97	0	280	21	23	22	32	1.98
61203475--61203625	43	3.5	43	86	0	203	33	26	15	23	1.95
61212947--61213020	27	2.7	27	82	0	85	29	16	18	35	1.93
61212978--61213040	27	2.3	27	86	5	92	38	12	11	38	1.79
61212978--61213292	54	5.7	54	75	14	182	33	10	18	37	1.85
61213054--61213313	27	9.7	27	82	5	260	31	9	20	38	1.85
61213066--61213293	80	2.8	80	80	4	262	32	10	19	37	1.86
61213054--61213313	107	2.4	105	79	8	274	31	9	20	38	1.85
61213630--61213693	28	2.3	28	94	0	110	23	35	18	21	1.95
61240617--61240651	18	2.1	17	89	10	54	25	48	11	14	1.77
61243439--61243610	46	3.7	45	79	11	197	22	19	28	29	1.98
61243431--61243602	93	1.8	93	91	2	283	22	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61246526--61246594	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
61246517--61246603	30	3.0	30	81	9	99	10	17	16	56	1.67
61248975--61249150	46	3.8	46	77	10	196	21	20	28	29	1.98
61248971--61249142	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
61262442--61262471	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
61269327--61269356	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
61269568--61269692	50	2.5	50	82	8	166	32	27	15	24	1.95
61269724--61269786	33	1.9	33	93	0	108	31	30	12	25	1.93
61275644--61275746	28	3.7	28	89	0	152	24	13	33	28	1.93
61285059--61285292	40	5.8	40	83	4	258	24	21	27	26	1.99
61285058--61285292	80	2.9	80	83	4	285	24	21	27	26	1.99
61293211--61293361	39	3.8	40	86	6	200	23	21	27	27	1.99
61293211--61293361	79	1.9	81	83	8	202	23	21	27	27	1.99
61293345--61293375	14	2.2	14	100	0	62	22	16	35	25	1.94
61293305--61293415	54	2.1	54	98	0	213	23	20	28	27	1.99
61293359--61293497	40	3.5	40	86	2	190	25	22	28	24	2.00
61293266--61293455	94	2.0	93	94	1	335	23	21	28	25	1.99
61299210--61299250	18	2.3	18	83	12	57	9	17	46	26	1.79
61299219--61299279	28	2.2	28	94	2	106	11	21	42	24	1.86
61302826--61302950	29	4.3	29	89	1	180	25	12	32	29	1.92
61307284--61307313	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
61307525--61307649	50	2.5	50	84	8	175	32	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61307681--61307743	33	1.9	33	93	0	108	31	30	12	25	1.93
61313500--61313530	9	3.3	9	95	4	53	29	12	38	19	1.89
61313609--61313711	28	3.7	28	89	0	152	24	13	33	28	1.93
61323660--61323841	39	4.7	40	82	9	207	25	22	26	25	2.00
61323712--61323874	79	2.1	78	81	6	188	26	20	26	25	1.99
61331567--61331768	40	5.1	40	82	9	220	25	22	27	24	2.00
61331568--61331782	79	2.7	77	80	11	231	26	21	26	24	2.00
61337745--61337775	13	2.4	13	100	0	62	22	35	25	16	1.94
61344889--61344920	13	2.3	15	89	10	50	43	6	31	18	1.75
61346640--61346699	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
61351002--61351248	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
61356076--61356295	40	5.5	41	83	4	182	25	23	27	23	2.00
61356072--61356331	80	3.3	78	80	8	276	26	23	26	24	2.00
61356072--61356331	120	2.2	120	82	6	298	26	23	26	24	2.00
61360764--61360988	40	5.6	40	81	5	240	26	23	26	23	2.00
61360764--61361024	80	3.3	77	82	6	285	26	23	26	24	2.00
61360764--61361024	120	2.2	119	81	7	305	26	23	26	24	2.00
61370783--61370828	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
61370865--61370951	20	4.3	20	97	0	165	35	9	20	34	1.85
61370876--61370951	11	7.5	11	74	16	74	35	9	21	34	1.85
61370867--61370943	9	7.9	9	75	16	73	35	6	22	36	1.80
61370865--61370965	40	2.5	39	88	6	132	35	9	19	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61370998--61371082	26	3.4	24	84	9	100	29	20	22	28	1.98
61371294--61371353	31	1.9	31	89	0	93	35	18	20	26	1.95
61380263--61380380	47	2.5	45	82	9	130	32	17	27	22	1.97
61380303--61380530	46	4.9	47	82	8	252	27	18	30	23	1.98
61385369--61385401	17	2.0	17	88	5	50	63	21	12	3	1.41
61386854--61386993	40	3.5	39	83	7	156	35	25	13	25	1.93
61390142--61390278	56	2.4	56	87	4	204	35	23	15	25	1.94
61396809--61396980	67	2.7	64	75	9	170	29	18	28	23	1.97
61398537--61398754	40	5.5	40	89	2	298	25	27	22	23	2.00
61402813--61402948	56	2.4	56	91	1	220	34	24	16	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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