genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58988024--58988196	93	1.9	93	92	0	292	28	28	20	21	1.98
58991067--58991291	40	5.7	40	85	5	278	25	22	27	25	2.00
58991120--58991324	80	2.6	80	85	6	231	25	20	27	25	1.99
58998818--58998984	46	3.6	46	76	13	180	29	28	19	22	1.98
58998817--58998989	93	1.9	93	92	0	292	29	28	19	22	1.98
59008553--59008689	60	2.3	59	82	11	154	29	20	25	24	1.99
59013474--59013610	60	2.3	59	83	8	161	27	20	26	25	1.99
59017123--59017151	14	2.1	14	100	0	58	37	20	20	20	1.94
59018029--59018112	25	3.4	25	83	0	105	44	9	21	25	1.82
59020030--59020229	40	5.0	40	87	4	255	27	28	22	22	1.99
59023309--59023526	40	5.5	40	84	5	248	27	28	21	22	1.99
59030621--59030837	40	5.5	40	87	6	284	25	29	23	22	1.99
59030621--59030837	79	2.7	79	86	7	282	25	29	23	22	1.99
59032499--59032572	37	2.0	37	94	2	132	33	22	10	32	1.89
59033795--59034025	38	6.1	38	91	0	354	33	25	22	17	1.96
59034570--59034672	27	3.5	27	68	21	80	34	26	11	27	1.91
59034566--59034684	63	1.9	63	100	0	238	34	26	10	27	1.90
59037021--59037188	27	6.2	27	86	4	196	26	20	17	35	1.95
59037021--59037188	54	3.1	54	86	1	221	26	20	17	35	1.95
59039990--59040120	49	2.7	48	82	7	149	24	27	19	28	1.99
59043409--59043446	12	3.2	12	100	0	76	31	34	7	26	1.85
59048754--59048785	15	2.1	15	100	0	64	37	18	6	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59060034--59060073	21	2.0	21	90	5	64	20	32	37	10	1.85
59063089--59063446	27	13.3	27	84	0	441	31	16	15	36	1.90
59063442--59063498	27	2.1	27	83	6	71	38	21	21	19	1.93
59063561--59063610	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
59063862--59063898	18	2.1	18	89	0	56	21	24	13	40	1.89
59067346--59067624	27	10.3	27	82	0	315	32	14	14	38	1.86
59067497--59067651	27	5.8	26	84	5	87	33	14	15	36	1.88
59067583--59067659	27	2.9	27	84	7	86	40	11	15	32	1.84
59068021--59068066	18	2.6	18	85	0	65	23	17	15	43	1.87
59069019--59069340	49	6.8	49	73	9	163	24	27	19	28	1.99
59069069--59069238	93	1.8	92	83	6	227	25	28	19	26	1.99
59075409--59075481	34	2.1	34	85	5	94	26	21	23	28	1.99
59078962--59079306	171	2.0	172	99	0	683	35	9	13	42	1.76
59080456--59080534	34	2.4	34	80	4	99	25	27	25	21	1.99
59089611--59089679	36	1.9	36	93	0	120	42	11	21	24	1.86
59089790--59089854	19	3.4	19	68	19	53	30	23	7	38	1.83
59089790--59089869	39	2.1	39	97	0	151	33	21	7	37	1.81
59089809--59089869	20	3.1	20	65	21	56	36	22	6	34	1.81
59097013--59097121	29	3.8	28	81	4	128	29	27	15	27	1.96
59097339--59097381	16	2.7	16	89	7	61	11	18	13	55	1.68
59101405--59101523	29	4.2	29	78	2	116	31	24	13	31	1.93
59104194--59104221	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59110777--59110822	21	2.2	21	100	0	92	34	15	17	32	1.91
59111171--59111202	16	2.0	17	88	11	50	43	9	6	40	1.62
59118019--59118097	39	2.0	39	82	0	95	44	24	3	27	1.71
59121189--59121232	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
59121690--59121788	39	2.5	39	83	3	110	43	21	4	31	1.71
59124069--59124109	17	2.3	18	80	12	50	31	17	2	48	1.60
59130320--59130430	27	4.1	27	82	9	127	36	21	23	18	1.94
59131845--59131915	24	3.0	24	87	0	106	25	38	2	33	1.71
59136635--59136675	20	2.0	20	85	0	55	17	24	21	36	1.94
59146090--59146343	137	1.9	136	80	4	296	33	24	19	22	1.97
59146874--59147244	185	2.0	184	90	0	589	43	16	7	31	1.76
59156644--59156722	20	3.9	19	72	9	68	10	29	22	37	1.87
59163090--59163171	28	2.9	28	87	3	110	30	14	25	29	1.95
59166514--59166638	50	2.4	50	83	9	162	37	13	14	34	1.85
59168733--59168909	40	4.4	40	80	4	207	25	26	23	24	2.00
59168733--59168909	80	2.2	79	87	5	241	25	26	23	24	2.00
59171693--59171854	42	3.7	42	78	9	137	32	25	12	29	1.92
59171760--59171972	50	4.3	49	85	5	241	36	25	12	25	1.91
59171760--59171972	99	2.1	101	84	5	272	36	25	12	25	1.91
59174655--59174886	49	4.7	49	83	3	266	29	27	17	25	1.98
59174642--59174879	99	2.4	101	82	2	266	29	26	17	26	1.98
59177018--59177084	15	4.5	15	78	9	66	56	16	16	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59177018--59177084	30	2.3	30	84	7	93	56	16	16	10	1.66
59177930--59177962	6	5.5	6	100	0	66	48	18	0	33	1.48
59180115--59180339	49	4.5	49	86	2	288	30	27	17	24	1.97
59180102--59180346	99	2.5	100	83	2	305	29	27	17	24	1.98
59181981--59182030	24	2.1	24	96	0	91	28	18	4	50	1.65
59184512--59184669	68	2.3	67	95	0	262	31	15	29	24	1.95
59184546--59184743	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
59193314--59193379	33	2.0	33	93	0	114	27	9	15	48	1.74
59193554--59193622	15	4.7	15	79	15	81	7	13	18	60	1.55
59198836--59198986	42	3.4	42	88	8	160	30	29	12	27	1.93
59198900--59199112	50	4.3	50	93	0	338	31	28	15	24	1.95
59202831--59202875	21	2.1	21	100	0	90	40	22	8	28	1.84
59203795--59203847	18	2.9	18	80	5	54	77	7	1	13	1.06
59203797--59203839	20	2.1	20	83	12	52	76	9	2	11	1.10
59203817--59203849	16	2.1	15	94	5	57	78	6	0	15	0.93
59218795--59218836	22	1.9	22	95	0	75	35	14	21	28	1.92
59220005--59220065	21	3.0	21	90	2	97	22	26	39	11	1.88
59221360--59221530	94	1.8	92	85	9	240	23	27	19	29	1.98
59223206--59223731	27	19.7	27	81	6	570	31	9	19	39	1.84
59223206--59223731	53	9.8	54	84	3	555	31	9	19	39	1.84
59223206--59223731	80	6.6	79	85	3	608	31	9	19	39	1.84
59224048--59224170	28	4.4	28	86	3	140	24	34	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59226567--59226599	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
59229451--59229525	5	14.2	5	71	20	55	74	1	5	18	1.08
59229451--59229525	11	7.1	10	72	18	55	74	1	5	18	1.08
59235365--59235532	47	3.6	47	88	0	246	27	29	8	33	1.87
59235738--59235901	40	4.1	40	78	10	167	25	27	22	25	2.00
59239901--59240158	40	6.5	40	95	0	446	25	28	22	23	1.99
59244695--59244951	40	6.5	40	92	2	421	24	28	22	24	2.00
59246917--59247081	46	3.6	47	86	7	239	27	29	7	34	1.85
59247305--59247396	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
59247286--59247447	40	4.1	40	79	10	172	24	27	22	25	2.00
59251440--59251697	40	6.5	40	95	0	455	25	28	21	24	1.99
59253669--59253836	47	3.6	47	89	0	255	27	29	8	33	1.86
59254061--59254152	39	2.3	39	85	5	123	25	27	22	25	2.00
59254042--59254205	40	4.1	40	78	10	167	24	26	23	25	2.00
59258204--59258462	40	6.5	40	94	0	446	25	28	22	23	1.99
59259934--59259966	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
59265011--59265072	33	1.9	33	87	9	92	32	3	0	64	1.09
59265178--59265215	15	2.6	14	88	8	58	31	2	0	65	1.06
59265278--59265316	12	3.1	12	82	13	51	35	2	0	61	1.10
59265229--59265320	14	6.4	14	66	18	55	31	6	0	61	1.21
59267800--59267841	21	2.0	21	85	0	57	61	4	7	26	1.42
59285280--59285325	14	3.1	15	78	18	51	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59286487--59286604	51	2.2	54	83	4	152	17	19	19	43	1.89
59286759--59286800	17	2.4	18	80	4	50	23	11	19	45	1.83
59287526--59287571	11	4.6	10	82	15	51	34	2	8	54	1.43
59288551--59288589	5	7.8	5	88	0	60	38	0	25	35	1.56
59293334--59293419	43	2.0	43	86	0	118	24	20	27	26	1.99
59297280--59297503	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
59297832--59297895	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
59297839--59297895	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
59307400--59307513	43	2.7	43	81	1	131	21	20	28	30	1.98
59307439--59307573	43	2.9	45	79	12	132	22	20	27	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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