genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62129437--62129466	12	2.5	12	94	0	51	40	20	13	26	1.89
62133039--62133095	29	1.9	30	85	7	80	29	22	8	38	1.85
62138329--62138513	55	3.4	53	83	5	219	21	23	18	36	1.95
62138504--62138622	47	2.5	47	87	0	166	26	21	15	36	1.93
62138923--62138947	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
62145898--62146120	40	5.6	40	83	4	281	23	26	24	25	2.00
62145862--62146120	80	3.3	77	82	5	297	23	26	23	25	2.00
62149421--62149561	39	3.6	39	75	7	124	32	24	16	26	1.96
62153597--62153646	25	2.1	25	81	7	59	66	4	8	22	1.35
62162189--62162314	28	4.5	28	91	1	200	31	29	13	25	1.94
62162188--62162339	28	5.4	28	87	3	164	32	29	13	25	1.93
62170493--62170618	28	4.5	28	95	1	218	31	29	13	25	1.94
62189930--62190024	12	7.9	12	65	9	50	21	37	6	34	1.79
62189931--62190029	24	4.1	23	91	6	144	20	38	5	36	1.74
62189933--62190029	48	2.0	49	91	2	160	20	38	5	36	1.75
62195500--62196026	43	12.2	42	75	6	358	30	27	20	21	1.98
62195845--62196007	44	3.7	44	80	5	143	31	27	19	21	1.97
62195495--62196026	87	6.2	85	77	7	377	31	27	20	21	1.98
62196319--62196371	21	2.5	21	78	6	63	0	49	22	28	1.50
62210167--62210226	22	2.8	21	75	14	59	45	30	0	25	1.54
62210579--62210622	14	3.1	14	80	9	54	31	47	0	20	1.50
62211397--62211478	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62211532--62211977	41	10.9	41	85	2	484	24	23	21	30	1.99
62211554--62211977	165	2.6	164	82	2	501	24	23	20	30	1.99
62211554--62211961	206	2.0	206	84	0	530	24	23	21	30	1.99
62211788--62212019	41	5.7	41	81	4	139	22	22	21	33	1.98
62216024--62216199	51	3.5	48	80	9	201	30	26	18	24	1.98
62216018--62216203	101	1.9	98	93	1	291	30	26	19	24	1.98
62219335--62219520	101	1.9	98	89	1	264	30	25	19	24	1.98
62225438--62225762	56	5.8	56	83	1	375	28	13	23	35	1.92
62225438--62225762	168	1.9	167	85	3	438	28	13	23	35	1.92
62229825--62229872	22	2.2	22	92	0	78	29	16	18	35	1.93
62231492--62231759	56	4.8	56	84	0	340	27	13	25	34	1.93
62238516--62238637	43	2.9	41	77	7	118	29	22	14	32	1.94
62244675--62244844	47	3.6	47	90	1	250	32	8	30	28	1.86
62246193--62246295	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
62246277--62246350	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
62246738--62246935	40	5.0	40	84	2	229	23	21	28	26	1.99
62246738--62246927	78	2.4	80	82	3	222	24	22	27	25	2.00
62246659--62246935	118	2.3	120	80	4	285	24	22	28	25	1.99
62249867--62250036	47	3.6	47	90	1	250	32	8	30	28	1.86
62256809--62256892	28	3.0	28	80	3	96	29	30	11	27	1.92
62268366--62268525	43	3.7	42	79	5	151	31	23	18	25	1.97
62275805--62275964	43	3.7	43	77	8	155	30	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62281528--62281701	46	3.8	46	78	12	196	29	29	20	21	1.98
62284079--62284128	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
62284090--62284137	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
62287036--62287164	46	2.8	46	85	0	177	29	27	22	20	1.98
62289276--62289313	19	2.0	19	100	0	76	63	0	5	31	1.17
62298618--62298725	31	3.5	31	87	5	132	27	25	18	28	1.98
62298749--62298840	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
62298988--62299082	25	3.8	25	84	2	120	29	21	22	27	1.99
62299988--62300226	27	8.8	27	78	5	185	30	8	19	40	1.82
62300007--62300256	27	9.2	27	76	7	184	31	10	18	40	1.84
62300255--62300446	81	2.4	81	89	0	285	40	6	22	30	1.80
62300255--62300440	27	6.9	27	85	2	248	39	6	23	30	1.80
62301167--62301195	5	5.8	5	100	0	58	20	20	37	20	1.94
62301266--62301308	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
62301312--62301352	21	2.0	21	100	0	82	39	9	17	34	1.82
62304405--62304443	21	1.9	21	89	5	62	64	2	5	28	1.28
62304744--62304783	5	7.8	5	94	5	71	57	0	0	42	0.98
62305982--62306220	47	5.1	47	92	0	379	32	9	30	27	1.89
62306339--62306417	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
62308281--62308383	43	2.4	43	98	0	197	22	14	35	27	1.93
62312302--62312424	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
62314271--62314343	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62314386--62314518	43	3.3	42	77	11	118	42	11	13	32	1.80
62314453--62314525	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
62314568--62314700	43	3.3	42	77	11	118	42	11	13	32	1.80
62314635--62314707	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
62314750--62315062	43	7.3	42	68	20	125	42	11	13	32	1.80
62314817--62314889	36	2.0	36	89	0	110	46	10	9	32	1.71
62314265--62315125	182	4.7	182	97	0	1573	41	12	13	33	1.81
62314997--62315069	36	2.0	36	89	0	110	47	10	9	31	1.71
62315072--62315159	45	2.0	45	93	0	149	39	12	14	32	1.84
62315237--62315268	16	2.0	16	93	0	55	53	18	15	12	1.73
62315563--62315615	21	2.5	21	87	6	81	7	11	39	41	1.69
62315720--62315791	36	2.0	36	97	0	135	30	2	48	18	1.62
62318711--62318872	41	3.9	41	76	15	163	23	21	27	27	1.99
62342050--62342092	18	2.4	18	84	0	50	60	2	4	32	1.30
62342950--62343064	29	4.0	29	86	1	151	29	29	14	26	1.95
62357683--62357711	14	2.1	14	100	0	58	48	6	13	31	1.69
62365173--62365233	24	2.5	24	86	5	79	34	26	18	21	1.96
62374696--62374807	27	4.1	27	80	7	86	16	23	22	38	1.93
62376726--62376836	27	4.1	26	77	10	107	39	20	20	18	1.92
62376728--62376834	54	2.0	54	83	7	137	40	18	21	19	1.92
62379533--62379598	27	2.4	28	85	7	82	36	24	21	18	1.95
62387284--62387314	16	2.0	16	93	6	55	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62388570--62388664	27	3.5	26	79	8	100	17	22	21	38	1.93
62391610--62391671	24	2.5	25	76	10	65	53	4	6	35	1.48
62391656--62391680	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
62393699--62394022	43	7.4	42	70	12	208	20	19	22	37	1.94
62393715--62394080	130	2.8	130	87	2	493	21	19	21	37	1.94
62395322--62395361	14	2.8	14	84	3	53	0	17	0	82	0.67
62395324--62395364	10	4.3	9	84	9	55	0	14	0	85	0.60
62395324--62395364	19	2.1	20	90	4	66	0	14	0	85	0.60
62401594--62401625	16	2.0	16	100	0	64	25	31	12	31	1.92
62406643--62406704	24	2.5	25	76	10	65	53	4	6	35	1.48
62406689--62406713	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
62406695--62406770	25	2.8	27	76	13	84	57	13	1	27	1.44
62406746--62406786	18	2.2	18	86	4	55	53	12	4	29	1.58
62407716--62407747	16	1.9	17	93	6	57	3	46	0	50	1.17
62410419--62410452	18	1.9	18	88	5	52	8	20	2	67	1.31
62414097--62414132	16	2.2	16	90	0	54	11	5	5	77	1.10
62414491--62414603	53	2.1	53	86	0	154	44	12	8	34	1.73
62416853--62416899	21	2.2	21	81	11	51	29	48	4	17	1.65
62418067--62418174	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
62419778--62419855	15	5.1	15	77	18	56	29	6	1	62	1.28
62419820--62419857	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
62420305--62420347	22	2.0	22	86	9	61	34	2	6	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62420298--62420418	49	2.5	48	83	11	151	33	4	5	56	1.45
62420403--62420434	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
62432085--62432119	7	4.9	7	96	3	61	85	0	14	0	0.59
62435151--62435320	22	7.3	22	63	24	73	32	12	28	26	1.92
62435294--62435369	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
62435126--62435405	47	6.0	47	93	0	461	32	12	28	26	1.92
62435568--62435712	37	3.9	37	90	1	220	22	19	33	24	1.97
62437050--62437698	88	7.4	85	83	8	630	28	17	18	35	1.94
62437050--62437698	170	3.7	170	81	9	673	28	17	18	35	1.94
62437779--62437810	13	2.5	13	94	0	55	21	6	9	62	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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