genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6276561--6276609	23	2.2	22	88	3	71	67	4	6	22	1.30
6277567--6277612	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
6277574--6277618	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
6286244--6286306	27	2.4	27	97	2	119	46	22	3	28	1.67
6290824--6290881	18	3.2	18	72	0	62	15	37	5	41	1.70
6291587--6291612	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
6292990--6293017	13	2.2	13	100	0	56	53	14	0	32	1.41
6293451--6293490	20	2.0	20	90	0	62	47	12	12	27	1.77
6294579--6294692	60	1.9	60	87	3	167	33	21	11	33	1.89
6294579--6294715	60	2.3	59	83	7	161	29	22	10	36	1.89
6297345--6297369	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
6299779--6299928	71	2.1	71	97	1	284	44	14	28	12	1.82
6301444--6301597	51	3.0	52	74	10	154	30	27	16	25	1.96
6309938--6310103	52	3.2	52	80	8	185	31	27	15	25	1.96
6313659--6313881	104	2.2	103	92	2	367	17	19	31	31	1.95
6313801--6313951	71	2.1	71	91	2	241	23	17	29	30	1.97
6320846--6321069	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
6320988--6321139	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
6328046--6328268	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
6328188--6328338	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
6331282--6331333	25	2.1	25	96	0	95	46	5	11	36	1.64
6333019--6333121	54	1.9	54	97	0	197	40	26	15	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6337258--6337311	27	2.0	27	96	0	99	42	14	20	22	1.88
6340446--6340475	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
6356282--6356329	14	3.4	14	88	0	69	58	6	18	16	1.59
6356314--6356534	74	3.0	73	81	4	273	31	19	16	32	1.94
6356560--6356793	74	3.1	74	84	2	299	33	18	15	32	1.92
6356787--6356939	73	2.1	73	87	6	229	32	19	16	31	1.95
6356623--6358341	158	10.9	157	79	14	1688	33	18	16	31	1.93
6357024--6357425	84	5.0	83	78	13	391	35	18	15	30	1.93
6357108--6357707	71	7.9	74	71	17	387	33	18	16	31	1.93
6357177--6357486	161	1.9	157	86	3	433	34	17	15	32	1.92
6357253--6357421	89	1.9	89	87	4	252	37	18	14	28	1.91
6356954--6357707	230	3.3	227	89	6	1078	33	19	16	30	1.94
6357564--6357712	72	2.1	71	88	7	223	32	19	16	30	1.94
6357706--6357745	21	1.9	21	84	0	53	57	2	12	27	1.48
6357557--6357910	177	2.0	178	92	4	592	36	18	16	28	1.92
6357743--6358343	75	8.0	74	78	13	532	32	19	15	31	1.94
6357750--6358172	74	5.8	70	81	14	390	32	20	15	30	1.94
6356798--6358347	303	5.0	299	76	15	1147	33	19	16	31	1.93
6376577--6376607	8	4.0	8	95	4	55	64	0	0	35	0.94
6376715--6376745	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
6384873--6385035	35	4.7	35	83	1	211	28	26	17	27	1.98
6385938--6385979	21	2.0	21	86	9	59	52	11	4	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6386957--6387821	433	2.0	433	87	1	1234	36	18	12	32	1.88
6402434--6402460	12	2.2	12	100	0	54	37	40	7	14	1.74
6403012--6403061	20	2.5	20	78	15	59	52	16	28	4	1.61
6417109--6417136	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
6417475--6417509	17	2.0	18	88	5	54	54	25	0	20	1.45
6417974--6418015	20	2.0	21	82	13	52	38	2	4	54	1.34
6425045--6425096	21	2.3	23	81	18	65	61	3	1	32	1.25
6425391--6425436	19	2.6	17	82	6	56	32	2	0	65	1.05
6427661--6427690	12	2.4	12	94	5	51	40	6	3	50	1.45
6434347--6434416	24	2.9	24	75	10	61	34	24	24	17	1.96
6435448--6435514	33	2.0	33	85	5	91	26	14	22	35	1.93
6438197--6438221	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
6440198--6440231	16	2.1	17	89	10	54	52	0	5	41	1.25
6441490--6441537	15	2.9	16	76	17	53	68	4	2	25	1.18
6450843--6450903	26	2.3	27	80	8	72	42	21	19	16	1.89
6450857--6450912	26	2.2	26	87	6	80	37	23	25	14	1.92
6450971--6451033	26	2.6	23	80	14	72	33	22	26	17	1.96
6450977--6451033	24	2.3	24	84	6	69	33	21	29	15	1.94
6450843--6451035	74	2.6	73	76	5	174	37	19	22	19	1.94
6454606--6454664	19	3.1	19	88	9	77	61	6	0	32	1.22
6454623--6454676	27	2.0	27	85	7	74	55	5	1	37	1.34
6468349--6468373	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6469072--6469144	25	3.0	25	80	10	78	53	0	24	21	1.46
6469330--6469372	22	2.0	21	82	13	52	65	4	6	23	1.37
6474818--6474865	18	2.6	19	77	9	55	56	0	0	43	0.99
6487961--6488329	181	2.0	181	100	0	738	36	17	13	33	1.89
6490302--6490331	6	5.0	6	100	0	60	0	66	0	33	0.92
6495033--6495084	25	2.1	25	96	0	95	40	5	3	50	1.45
6495489--6495524	16	2.3	16	90	4	56	19	0	19	61	1.35
6495939--6495965	14	1.9	14	100	0	54	37	14	3	44	1.63
6496280--6496344	31	2.1	31	82	5	78	47	7	3	41	1.48
6497112--6497169	31	1.9	31	85	3	82	34	8	1	55	1.41
6499193--6499278	21	3.9	23	80	10	90	37	25	22	15	1.93
6499649--6499706	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
6501017--6501045	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
6509967--6510518	142	3.9	142	92	0	870	27	22	17	32	1.96
6511668--6511701	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
6535132--6535238	34	3.1	34	66	17	94	42	20	18	18	1.90
6535131--6535238	33	3.2	33	64	17	85	41	20	18	19	1.90
6534810--6535310	138	3.6	138	79	2	429	40	19	20	19	1.92
6534849--6535310	69	6.7	69	77	5	360	40	20	20	19	1.92
6534890--6535328	207	2.1	207	80	2	506	40	20	20	18	1.92
6555682--6555741	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
6558436--6558474	19	2.0	21	90	10	64	76	7	2	12	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6561520--6561566	17	2.7	17	78	15	51	68	2	14	14	1.31
6562586--6562634	15	3.2	16	81	16	52	12	6	44	36	1.67
6563254--6563459	87	2.4	82	80	13	211	33	18	15	32	1.93
6563415--6563607	73	2.6	73	83	9	259	27	22	20	28	1.99
6563425--6564065	240	2.7	239	89	3	954	30	22	19	27	1.98
6563631--6563846	75	2.9	73	84	6	281	30	24	18	26	1.98
6563894--6564065	73	2.3	75	82	10	205	27	24	18	29	1.98
6563903--6564065	74	2.2	73	83	11	192	29	23	17	29	1.97
6577966--6578014	15	3.2	16	81	16	52	12	6	44	36	1.67
6582271--6582372	53	1.9	54	91	2	170	42	8	15	33	1.78
6589713--6589756	22	2.0	23	90	4	72	11	2	6	79	1.01
6591538--6591590	17	3.2	16	76	7	52	20	5	1	71	1.16
6591646--6591675	3	9.7	3	92	7	51	30	3	0	66	1.07
6591686--6591765	34	2.5	33	74	8	83	25	13	2	58	1.48
6591758--6591803	12	3.8	12	83	13	58	30	6	0	63	1.20
6591799--6591828	3	9.7	3	92	7	51	30	3	0	66	1.07
6591748--6591936	98	1.9	98	79	6	213	27	11	4	56	1.53
6593939--6594053	47	2.4	46	78	7	106	34	20	22	22	1.96
6594081--6594277	55	3.6	54	82	6	238	36	17	23	22	1.95
6601650--6601691	21	2.0	21	100	0	84	23	14	9	52	1.71
6607319--6607377	28	2.1	27	93	3	100	52	11	16	18	1.74
6608722--6608836	47	2.4	46	81	7	115	35	19	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6608864--6609071	53	3.9	54	80	5	224	36	17	23	23	1.95
6610801--6610873	23	3.2	22	74	16	60	61	2	6	28	1.35
6610801--6610864	23	2.8	24	84	13	73	64	3	6	26	1.33
6610981--6611068	34	2.6	33	81	12	101	57	1	7	32	1.35
6611027--6611068	20	2.2	19	86	4	57	59	2	7	30	1.37
6613383--6613471	30	3.0	29	83	6	115	17	29	32	20	1.96
6617536--6617578	21	2.0	21	95	0	77	0	74	0	25	0.82
6617566--6617661	2	48.5	2	93	2	167	0	52	0	47	1.00
6618407--6618452	17	2.6	17	79	6	56	63	2	0	34	1.07
6620955--6621011	27	2.1	27	100	0	114	36	26	7	29	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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