genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53019223--53019264	13	3.2	13	83	9	50	73	4	4	16	1.17
53021585--53021622	18	2.1	18	85	9	51	44	21	5	28	1.73
53021938--53021972	18	1.9	18	100	0	70	40	20	11	28	1.87
53023198--53023328	55	2.4	55	93	0	217	28	30	19	22	1.98
53024089--53024407	49	6.7	48	73	10	221	22	28	20	28	1.98
53024235--53024407	47	3.7	46	78	12	163	21	28	21	28	1.98
53024235--53024406	95	1.8	94	87	3	256	21	28	21	28	1.99
53032305--53032522	40	5.5	40	93	1	359	23	22	28	26	1.99
53033550--53033726	49	3.6	49	81	5	171	27	19	28	24	1.99
53040236--53040298	15	4.2	15	74	6	56	20	14	12	52	1.74
53042278--53042341	30	2.1	31	97	2	121	21	9	12	56	1.64
53043218--53043440	49	4.6	49	75	6	161	27	20	27	23	1.99
53045429--53045454	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
53059151--53059260	42	2.6	42	78	4	114	30	27	19	23	1.98
53059151--53059255	43	2.5	43	79	4	115	29	28	19	22	1.98
53060620--53060679	23	2.6	23	89	0	93	26	31	30	11	1.92
53062932--53063062	39	3.1	41	63	25	101	40	6	23	29	1.80
53062893--53063071	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.85
53065254--53065787	47	11.1	47	84	7	676	31	12	29	26	1.93
53065255--53065787	145	3.7	144	86	6	656	31	12	29	26	1.93
53065254--53065787	100	5.5	94	87	5	676	31	12	29	26	1.93
53065475--53065550	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53065761--53065851	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
53065996--53066104	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
53067358--53067787	40	10.8	40	92	1	675	22	22	29	25	1.99
53068031--53068105	29	2.6	28	80	2	87	26	13	32	28	1.94
53069526--53069704	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
53071881--53072704	47	17.1	47	86	5	1126	30	12	30	26	1.93
53072222--53072296	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
53072390--53072465	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
53071903--53072704	292	2.8	291	94	1	1396	30	13	29	26	1.93
53072514--53072588	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
53072913--53073057	37	3.9	37	93	0	236	24	20	29	25	1.99
53077413--53077471	12	4.9	12	85	0	73	33	11	16	37	1.86
53077410--53077473	6	10.7	6	86	0	65	32	10	15	40	1.82
53077413--53077473	24	2.5	24	91	0	95	34	11	16	37	1.85
53077410--53077471	18	3.4	18	81	0	79	32	11	16	40	1.83
53079588--53079646	19	3.1	19	73	4	64	42	18	27	11	1.85
53082825--53082864	14	2.9	14	85	7	55	27	12	17	42	1.85
53082888--53083100	40	5.4	40	88	6	292	23	22	28	25	1.99
53090949--53091151	40	5.1	40	92	2	304	22	23	28	25	1.99
53090949--53091165	119	1.8	119	85	7	307	23	23	28	24	1.99
53090949--53091151	79	2.5	80	89	4	313	22	23	28	25	1.99
53092548--53092582	18	1.9	18	88	0	52	54	8	2	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53096135--53096162	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
53097666--53097851	27	6.8	27	91	2	273	29	24	8	37	1.84
53097666--53097851	81	2.3	83	89	1	304	29	24	8	37	1.84
53097620--53097997	27	13.9	27	82	5	190	35	22	8	33	1.84
53097844--53098082	54	4.4	53	72	11	187	40	19	9	30	1.84
53097830--53098082	27	9.3	27	75	10	149	39	20	9	30	1.84
53097812--53098053	108	2.2	108	78	5	247	39	20	8	31	1.83
53098987--53099056	25	2.8	25	86	0	95	27	24	21	27	1.99
53099276--53099358	31	2.7	30	89	7	132	28	14	26	30	1.95
53103066--53103102	17	2.2	17	95	0	65	16	2	2	78	0.98
53105244--53105288	22	2.0	22	95	0	81	31	15	24	28	1.96
53105625--53105684	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
53105723--53105774	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
53106417--53106517	27	3.7	27	80	5	123	23	18	20	36	1.95
53106399--53106517	54	2.2	54	86	5	170	25	19	19	36	1.95
53106679--53106942	54	4.9	54	89	3	381	25	17	20	36	1.94
53106675--53106908	27	8.7	27	89	3	355	24	20	19	35	1.96
53106679--53106949	27	10.0	28	87	2	202	26	17	19	36	1.94
53106681--53106934	81	3.1	80	85	8	336	25	18	20	35	1.95
53106900--53107024	27	4.6	27	84	9	121	26	6	24	43	1.78
53106870--53106998	54	2.4	54	81	5	136	26	10	23	40	1.86
53106681--53106969	81	3.6	80	84	4	314	26	16	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53110871--53110907	13	2.8	13	87	0	56	40	0	24	35	1.55
53113228--53113260	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
53113864--53113914	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
53114657--53114831	49	3.6	48	74	3	136	29	18	27	24	1.98
53114651--53114831	98	1.9	98	83	1	238	29	18	28	23	1.98
53119054--53119156	54	1.9	54	80	4	118	27	19	21	32	1.97
53119065--53119156	27	3.4	27	81	0	112	25	20	19	34	1.96
53125122--53125304	40	4.6	40	91	4	273	25	26	24	23	2.00
53135839--53135873	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
53135834--53135873	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
53135833--53135885	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
53138899--53139018	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	23	1.81
53140652--53141236	47	12.4	48	92	1	861	32	9	30	27	1.89
53140804--53140879	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
53146749--53146900	40	3.8	40	90	1	225	22	28	25	23	1.99
53149316--53149487	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
53149309--53149484	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
53156626--53156797	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
53156619--53156794	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
53156670--53156813	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
53157988--53158018	11	2.7	12	95	5	55	58	3	0	38	1.15
53160548--53160582	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53160543--53160582	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
53160542--53160594	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
53168437--53168470	10	3.4	10	84	15	52	35	17	17	29	1.93
53168432--53168469	20	1.9	20	94	0	67	39	18	15	26	1.91
53168431--53168482	20	2.6	20	81	6	61	38	17	13	30	1.88
53172090--53172140	25	2.0	25	85	7	68	29	21	19	29	1.98
53172171--53172218	21	2.3	21	92	0	78	33	16	16	33	1.92
53172184--53172218	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
53177525--53177631	27	3.9	27	80	9	110	39	23	20	16	1.92
53177522--53177631	54	2.0	54	84	3	141	40	22	20	16	1.91
53177737--53177799	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
53178047--53178080	16	2.2	15	94	5	59	2	17	26	52	1.58
53183514--53183587	24	3.1	25	82	5	91	41	21	20	16	1.90
53198011--53198076	20	3.3	20	86	0	78	10	24	21	43	1.83
53198029--53198091	20	3.2	20	83	0	63	6	23	25	44	1.77
53206397--53206439	21	2.0	23	86	9	63	48	27	4	18	1.68
53219001--53219050	18	2.8	18	87	6	66	50	8	0	42	1.32
53219537--53219623	46	1.9	46	86	9	126	42	10	2	44	1.51
53219909--53219934	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
53220977--53221135	42	3.8	42	78	9	146	34	12	19	33	1.89
53225029--53225060	15	2.1	15	100	0	64	25	6	0	68	1.12
53226885--53227006	38	3.2	38	95	0	208	31	15	26	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53235893--53236068	46	3.8	46	77	12	207	21	21	27	28	1.99
53235890--53236060	93	1.8	93	94	0	306	21	22	28	28	1.99
53236290--53236327	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
53243215--53243390	46	3.8	45	76	12	187	22	21	27	28	1.99
53243212--53243382	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
53245406--53245522	62	1.9	59	83	8	146	40	4	3	52	1.38
53249823--53249977	43	3.6	43	92	3	267	30	32	26	10	1.91
53249970--53250225	113	2.2	113	87	4	363	29	24	23	22	1.99
53249970--53250215	38	6.5	38	88	1	343	30	24	23	22	1.99
53252966--53252998	17	1.9	17	93	0	57	75	3	9	12	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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