genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78698163--78698385	45	4.8	45	73	9	162	29	25	16	28	1.97
78698209--78698673	143	3.3	142	86	2	630	27	23	20	29	1.98
78698427--78698652	44	4.9	45	69	13	127	27	21	21	28	1.99
78703330--78703429	42	2.4	42	83	10	132	34	25	17	24	1.96
78703315--78703468	43	3.6	43	78	13	140	33	25	17	23	1.96
78707066--78707163	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
78715350--78715446	28	3.5	28	88	4	126	31	28	13	25	1.94
78720738--78720845	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
78722459--78722572	27	4.2	27	86	6	160	17	23	24	34	1.96
78722459--78722572	54	2.1	54	95	3	203	17	23	24	34	1.96
78722459--78722590	27	4.9	26	84	7	158	18	24	22	34	1.97
78734481--78734542	33	1.9	32	86	3	88	48	19	3	29	1.64
78746231--78746289	12	5.0	12	71	8	50	44	3	1	50	1.28
78746304--78746337	14	2.5	14	85	4	52	82	0	11	5	0.83
78746885--78746932	23	2.1	23	84	0	60	20	29	18	31	1.97
78747005--78747112	25	4.3	25	82	4	137	21	27	19	31	1.97
78755214--78755287	37	2.0	37	91	0	121	63	8	6	21	1.45
78756225--78756268	15	2.9	15	86	0	52	47	2	11	38	1.52
78756218--78756251	5	6.8	5	100	0	68	41	0	17	41	1.50
78767006--78767193	100	1.9	100	95	2	342	26	20	25	28	1.99
78767011--78767198	49	3.8	49	82	4	243	27	19	25	28	1.99
78771091--78771118	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78773330--78773445	6	19.3	6	88	2	153	48	15	3	32	1.62
78776483--78776655	46	3.8	46	91	0	265	23	26	19	30	1.98
78777975--78778044	18	3.8	18	79	12	72	25	31	0	42	1.55
78783730--78783754	13	1.9	13	100	0	50	4	0	96	0	0.24
78791042--78791115	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
78799522--78799565	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
78804156--78804299	41	3.5	41	83	5	123	41	22	20	15	1.89
78804186--78804364	41	4.4	41	91	4	249	38	22	22	15	1.92
78804521--78804625	14	7.2	14	68	8	57	25	0	25	47	1.58
78804529--78804611	21	3.8	21	71	12	76	26	1	25	46	1.60
78804663--78804791	7	18.1	7	69	10	66	21	0	41	37	1.54
78806072--78806102	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
78807286--78807335	12	4.2	12	73	14	50	34	0	24	42	1.55
78807294--78807339	23	2.0	23	87	8	67	30	0	23	45	1.53
78807719--78808164	23	19.4	23	77	9	378	33	6	23	36	1.80
78807729--78808164	46	9.5	45	82	5	446	33	6	23	36	1.80
78807735--78808162	92	4.7	92	85	6	510	33	6	23	36	1.81
78808157--78808199	13	3.2	13	74	6	50	27	2	30	39	1.69
78808144--78808199	27	2.1	27	100	0	112	28	3	28	39	1.73
78808144--78808189	14	3.4	14	75	6	58	32	4	26	36	1.76
78809814--78809860	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
78810187--78810211	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78811650--78811683	12	2.8	12	95	0	59	41	20	8	29	1.82
78813226--78813276	19	2.5	21	84	9	70	9	13	0	76	1.02
78813511--78813562	27	1.9	27	85	14	72	65	1	30	1	1.14
78815752--78815860	40	2.7	40	98	0	209	22	27	22	26	1.99
78824235--78824339	38	2.7	39	89	8	162	23	29	20	25	1.99
78834326--78834406	42	1.9	42	97	0	153	37	14	19	28	1.92
78837577--78837624	23	2.1	23	84	0	60	45	0	8	45	1.33
78844727--78844765	18	2.2	18	100	0	78	30	23	0	46	1.53
78845061--78845093	18	1.9	17	88	11	50	27	21	12	39	1.88
78846407--78846497	29	3.2	29	81	6	98	27	30	15	26	1.96
78847476--78847509	5	6.8	5	96	0	50	88	11	0	0	0.52
78848437--78848484	25	2.0	24	92	8	80	39	22	4	33	1.74
78864943--78865032	37	2.4	37	86	0	117	40	16	16	26	1.90
78867580--78867680	44	2.3	44	81	6	118	33	22	18	24	1.97
78867530--78867674	43	3.4	43	77	13	122	31	22	19	26	1.98
78874821--78874977	44	3.7	42	76	8	131	33	26	16	23	1.96
78878731--78879082	47	7.4	47	94	2	580	27	31	7	33	1.85
78878731--78879082	143	2.5	143	94	1	620	27	31	7	33	1.85
78878731--78879079	190	1.8	191	93	2	603	27	31	7	33	1.85
78888874--78888919	21	2.2	21	88	7	67	76	0	15	8	1.02
78901303--78901457	56	2.8	56	92	2	240	34	27	16	21	1.95
78902324--78902354	16	1.9	16	100	0	62	0	19	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78902409--78902507	18	5.2	18	79	13	74	55	0	1	43	1.06
78902425--78902507	5	16.0	5	83	12	87	56	0	0	43	0.99
78902428--78902507	8	9.5	8	80	12	81	56	0	0	43	0.99
78902420--78902507	13	6.8	13	76	14	83	57	0	0	42	0.98
78902433--78902485	3	20.0	3	75	24	57	62	0	0	37	0.96
78903028--78903061	6	5.7	6	85	0	50	35	20	11	32	1.89
78903028--78903070	12	3.5	12	83	3	59	39	18	11	30	1.86
78904437--78904468	12	2.7	12	100	0	64	6	34	28	31	1.82
78905334--78905401	30	2.3	29	94	2	118	23	16	25	35	1.95
78912130--78912160	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
78925547--78925587	13	3.2	13	85	0	55	19	29	31	19	1.96
78938977--78939035	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
78939336--78939546	46	4.5	47	78	8	189	29	18	28	23	1.97
78939380--78939600	47	4.7	50	75	13	168	28	17	30	23	1.97
78939333--78939600	94	2.9	93	77	11	230	29	17	29	23	1.97
78944749--78944861	55	2.1	55	84	0	145	29	24	30	15	1.96
78950024--78950081	28	2.0	28	87	9	82	20	22	41	15	1.90
78951840--78951884	24	1.9	24	86	4	65	51	17	17	13	1.77
78953254--78953310	3	20.3	3	82	13	68	0	28	0	71	0.86
78953255--78953334	11	7.5	11	77	9	69	0	31	0	68	0.90
78953254--78953334	14	6.0	14	76	16	82	0	30	0	69	0.89
78953250--78953334	25	3.5	25	89	7	124	0	29	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78953561--78953589	14	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
78960782--78960918	43	3.2	42	77	8	116	29	27	18	24	1.98
78965808--78965978	43	4.0	42	77	13	161	30	27	18	22	1.97
78965808--78965966	86	1.9	85	81	9	198	30	27	18	23	1.98
78967106--78967134	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
78970648--78970732	44	1.9	44	85	4	118	41	21	7	30	1.79
78984557--78984661	24	4.4	25	70	11	78	34	20	20	23	1.97
78984557--78984670	23	4.8	24	72	4	97	32	20	21	26	1.97
78984557--78984670	46	2.4	49	82	4	135	32	20	21	26	1.97
78987810--78987866	26	2.5	22	72	22	62	52	7	10	29	1.62
78990505--78990555	26	2.0	26	92	0	84	60	5	5	27	1.43
78990866--78990970	50	2.1	52	90	3	169	50	4	10	34	1.58
78999211--78999241	8	3.9	8	95	0	53	35	12	41	9	1.76
79003947--79004117	43	4.0	43	82	1	209	22	30	20	25	1.98
79003948--79004111	86	1.9	85	89	1	256	21	31	21	25	1.98
79004896--79004974	39	2.0	39	97	0	149	37	22	5	34	1.76
79006842--79007023	40	4.6	40	95	2	314	23	23	27	25	2.00
79010617--79010666	26	1.9	26	84	15	68	40	18	10	32	1.83
79012063--79012121	29	2.0	29	96	0	109	33	23	16	25	1.96
79013834--79014023	43	4.6	42	79	5	167	23	30	20	26	1.98
79013913--79014040	43	3.0	43	91	2	195	22	30	21	25	1.99
79018264--79018319	28	2.0	28	89	6	87	82	0	3	14	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79023959--79024044	42	2.0	42	97	0	163	27	22	16	33	1.95
79054663--79054751	46	1.9	47	93	2	153	29	25	17	26	1.98
79054697--79055065	132	2.8	132	87	2	517	26	22	21	28	1.99
79062039--79062185	55	2.7	55	98	1	287	39	15	13	31	1.86
79063226--79063401	27	6.5	27	82	3	192	27	13	28	30	1.94
79071670--79071757	46	1.9	46	93	4	151	29	25	18	27	1.98
79071703--79072072	133	2.8	132	86	2	510	26	22	21	29	1.99
79079050--79079196	54	2.7	55	97	2	287	39	15	13	31	1.86
79080240--79080417	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
79080240--79080417	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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