genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3860750--3860850	47	2.2	46	90	3	157	48	7	0	43	1.32
3863905--3864063	43	3.7	43	84	2	203	30	23	20	24	1.98
3864077--3864129	28	2.0	26	85	7	70	64	3	3	28	1.28
3866175--3866210	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
3866705--3866814	55	2.0	55	98	0	211	37	14	17	30	1.90
3867536--3867592	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
3867964--3868070	21	5.0	22	75	12	89	14	21	25	38	1.92
3867987--3868043	20	2.8	21	81	5	71	14	26	28	31	1.94
3870112--3870175	25	2.6	25	90	2	103	18	20	42	18	1.90
3870326--3870369	7	6.1	7	86	5	52	34	47	0	18	1.49
3870400--3870434	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
3877458--3877567	37	3.0	37	94	1	195	24	21	16	37	1.93
3877531--3877845	52	6.2	52	85	7	393	28	21	13	35	1.92
3877531--3877851	98	3.3	98	82	10	429	29	21	14	34	1.93
3881321--3881413	18	5.2	18	88	0	132	31	17	23	27	1.97
3881321--3881413	36	2.6	36	91	0	150	31	17	23	27	1.97
3883747--3883788	18	2.2	20	83	8	52	45	0	2	52	1.13
3888086--3888136	21	2.4	22	80	9	61	45	0	1	52	1.12
3888108--3888183	24	3.0	24	80	14	82	42	0	1	56	1.07
3888754--3888806	3	17.7	3	92	7	90	0	32	1	66	1.03
3902875--3902942	9	7.6	9	83	0	73	45	22	7	25	1.77
3903005--3903039	18	1.9	18	94	0	61	8	2	48	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3903221--3903259	18	2.2	18	85	0	51	33	20	17	28	1.96
3905046--3905200	78	2.0	78	97	0	292	33	19	14	32	1.91
3925214--3925333	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
3926779--3927281	47	10.6	47	89	3	701	34	9	29	27	1.88
3926776--3927260	143	3.4	143	91	3	730	34	9	28	27	1.88
3929562--3929984	40	10.6	40	88	2	469	24	21	27	26	1.99
3931260--3931378	55	2.1	56	96	1	222	45	9	22	22	1.81
3932867--3932900	16	2.1	16	100	0	68	41	0	20	38	1.53
3937394--3937469	34	2.3	33	86	4	100	31	7	9	51	1.63
3937424--3937581	47	3.3	46	87	7	210	32	8	12	46	1.73
3937552--3937581	14	2.1	15	93	6	53	43	0	13	43	1.43
3939346--3939373	13	2.2	13	100	0	56	28	28	7	35	1.84
3940757--3940806	9	6.1	8	77	15	50	22	4	0	74	0.99
3940812--3940877	18	3.6	18	77	4	69	43	0	4	51	1.22
3943195--3943429	30	7.8	30	88	0	312	25	46	3	23	1.69
3943195--3943429	60	3.9	60	91	2	348	25	46	3	23	1.69
3943918--3944045	23	5.5	23	69	17	70	35	4	2	57	1.33
3943992--3944130	25	5.5	25	70	13	88	33	6	4	55	1.45
3943984--3944052	21	3.3	21	74	18	63	37	4	1	56	1.28
3945853--3945888	12	3.0	12	95	0	63	30	25	2	41	1.69
3954097--3954612	72	6.9	72	78	13	517	28	17	21	33	1.96
3954363--3954390	13	2.2	13	100	0	56	14	14	7	64	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3954168--3955103	235	4.0	238	95	2	1644	27	17	21	33	1.95
3954600--3954627	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
3954527--3954708	89	2.1	88	87	5	260	26	17	19	36	1.94
3954837--3954864	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
3954779--3954946	92	1.8	89	86	6	230	27	16	19	35	1.94
3954870--3955095	75	3.0	73	85	4	301	28	17	21	32	1.96
3955072--3955113	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
3955075--3955124	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
3955869--3956093	30	7.8	30	82	9	258	25	47	4	22	1.69
3956576--3956705	25	5.5	23	70	15	72	34	4	3	57	1.35
3956662--3956717	16	3.6	17	75	18	50	35	3	1	58	1.26
3956731--3956789	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
3956747--3956795	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
3956945--3956992	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
3956945--3956996	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
3961020--3961047	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
3963831--3963881	24	2.1	24	85	0	66	11	9	1	76	1.10
3963838--3963886	7	6.6	7	77	13	53	6	12	2	79	0.99
3970419--3970456	19	2.0	19	100	0	76	47	15	15	21	1.82
3971648--3971840	46	4.2	46	84	4	237	36	15	22	25	1.94
3972198--3972391	89	2.2	89	79	3	212	31	18	21	28	1.97
3972275--3972389	44	2.6	45	76	2	124	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3972272--3972827	143	4.0	142	82	6	588	31	19	22	26	1.98
3972832--3973166	179	1.9	179	80	1	402	31	19	17	32	1.95
3973482--3973536	27	2.0	27	92	0	92	27	38	25	9	1.86
3976185--3976256	29	2.4	30	80	15	78	50	13	12	23	1.76
3976337--3976391	29	1.9	28	85	3	74	25	10	7	56	1.59
3984413--3984446	17	2.0	17	88	11	52	58	0	2	38	1.13
3985030--3985062	16	2.1	15	94	5	57	57	24	6	12	1.57
3988408--3988460	24	2.3	24	75	15	58	45	3	7	43	1.50
3988648--3988689	21	2.0	22	86	13	61	45	0	11	42	1.41
3988670--3988716	19	2.5	19	79	6	51	57	0	6	36	1.24
3992900--3992967	34	2.0	34	94	0	118	57	7	7	27	1.53
3995803--3995836	15	2.3	15	89	0	50	67	2	0	29	1.05
3996990--3997034	12	3.8	12	78	0	54	24	33	8	33	1.86
3997309--3997358	19	2.7	18	74	20	57	36	2	2	60	1.20
4005252--4005345	46	2.0	46	97	0	179	40	18	19	22	1.91
4005703--4005747	22	2.0	23	83	12	58	82	2	4	11	0.91
4005913--4006017	47	2.2	47	86	3	149	19	15	3	61	1.48
4005936--4006005	23	3.0	24	71	23	58	17	17	4	61	1.50
4005960--4006131	84	2.0	84	89	0	263	23	18	2	55	1.56
4006363--4006395	17	1.9	17	88	11	50	9	12	6	72	1.26
4006534--4006585	26	2.0	26	96	0	95	30	1	15	51	1.54
4010605--4010702	43	2.3	43	85	0	133	19	34	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4016045--4016167	48	2.6	47	77	5	113	38	26	14	20	1.91
4016079--4016171	48	1.9	48	84	0	123	38	26	16	18	1.91
4022161--4022213	21	2.5	21	75	9	54	33	7	3	54	1.46
4023661--4023735	37	2.0	37	82	5	89	56	5	10	28	1.55
4024099--4024157	3	20.3	3	78	13	61	66	1	1	30	1.12
4025663--4026685	132	7.8	132	91	1	1444	29	26	16	27	1.97
4025741--4026817	176	6.1	175	81	3	1144	29	27	15	27	1.96
4025651--4026817	44	26.5	45	76	3	975	29	26	15	27	1.96
4035045--4035069	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
4035174--4035235	3	21.3	3	79	12	67	66	1	1	30	1.11
4042858--4043051	96	2.0	96	96	2	363	46	12	13	26	1.79
4043017--4043097	36	2.2	36	97	2	153	49	16	4	29	1.66
4048081--4048119	18	2.2	18	86	9	53	48	5	5	41	1.47
4050828--4051339	131	3.9	131	79	4	496	29	19	16	34	1.94
4055850--4055896	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
4056157--4056422	46	6.0	46	85	7	343	21	24	15	37	1.92
4056336--4056411	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
4059258--4059294	17	2.1	19	85	10	51	62	2	8	27	1.37
4059372--4059436	3	21.3	3	73	14	53	60	1	7	30	1.34
4059478--4059685	3	66.7	3	68	10	96	57	3	8	30	1.45
4059773--4059876	3	34.0	3	67	12	52	56	2	8	31	1.44
4064091--4064134	22	2.0	23	81	4	54	38	25	0	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4065092--4065134	7	6.0	7	79	15	52	81	2	2	13	0.89
4065107--4065137	16	1.9	16	100	0	62	83	0	3	12	0.75
4065107--4065137	8	3.9	8	91	0	53	83	0	3	12	0.75
4076709--4076764	13	4.4	12	80	10	51	32	10	14	42	1.80
4088386--4088505	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
4093415--4093534	48	2.5	48	85	2	154	27	20	15	36	1.92
4098138--4098169	16	2.1	15	94	5	55	59	3	0	37	1.13
4098929--4098981	26	2.0	27	82	10	65	58	1	9	30	1.40
4099589--4099659	31	2.3	31	80	0	79	26	12	7	53	1.64
4121044--4121095	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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