genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66237528--66237587	22	2.7	22	84	0	84	16	21	18	43	1.88
66238822--66239551	75	9.7	74	76	6	490	23	22	16	37	1.94
66238773--66239598	150	5.5	152	82	3	809	23	22	16	37	1.94
66239164--66239601	225	2.0	224	81	2	441	23	21	15	38	1.92
66240571--66240605	14	2.4	15	90	4	54	51	0	2	45	1.16
66240576--66240638	18	3.8	17	78	12	51	52	0	0	47	1.00
66240584--66240638	18	3.2	17	78	12	60	47	0	0	52	1.00
66240799--66240873	12	6.4	11	77	21	73	53	1	0	45	1.08
66240815--66240871	12	4.8	12	89	10	82	57	0	0	42	0.98
66240844--66240904	31	1.9	32	90	9	99	50	1	0	47	1.10
66247247--66247497	129	1.9	130	89	1	387	31	11	11	45	1.77
66247511--66247535	13	1.9	13	100	0	50	8	8	8	76	1.18
66252111--66252164	27	2.0	27	100	0	108	25	7	25	40	1.82
66253127--66253312	101	1.8	101	86	2	266	30	18	17	33	1.94
66258315--66258352	20	1.9	20	94	0	67	31	13	7	47	1.71
66261402--66261480	40	2.0	40	94	0	140	34	11	13	40	1.81
66261485--66261518	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
66263067--66263101	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
66269013--66269044	6	5.3	6	100	0	64	81	0	0	18	0.70
66270192--66270243	22	2.3	23	90	6	81	21	7	21	50	1.73
66270204--66270255	21	2.5	22	84	9	65	28	11	17	42	1.84
66271821--66271847	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66276113--66276374	76	3.5	73	76	7	229	33	23	19	22	1.97
66276114--66276323	75	2.8	76	78	5	210	32	22	21	23	1.98
66278472--66278532	27	2.3	27	82	0	68	37	26	11	24	1.89
66283481--66283578	38	2.5	39	86	1	126	40	24	23	11	1.87
66286788--66287551	49	15.9	49	94	2	1256	31	8	29	30	1.87
66286788--66287551	96	8.0	95	94	2	1223	31	8	29	30	1.87
66287670--66287746	35	2.1	36	85	4	102	24	19	31	24	1.98
66289600--66289743	40	3.6	40	81	11	154	25	22	27	24	2.00
66289718--66290074	40	8.9	40	93	0	507	24	20	28	27	1.99
66293493--66294256	49	15.9	49	96	1	1292	31	8	29	29	1.87
66294377--66294449	37	2.0	37	86	0	101	20	19	32	27	1.97
66307718--66307866	46	3.2	45	81	6	120	23	27	18	30	1.97
66307750--66307866	46	2.5	46	86	6	148	22	27	19	30	1.98
66307790--66307960	46	3.7	44	75	10	130	22	28	20	29	1.98
66310638--66310699	31	2.0	32	87	3	90	37	19	22	20	1.95
66311325--66311388	27	2.4	26	82	5	74	34	18	21	25	1.96
66311380--66311496	27	4.4	26	84	5	128	25	19	17	36	1.94
66311381--66311496	54	2.2	54	85	1	162	25	19	17	37	1.94
66316136--66316177	22	1.9	22	85	9	59	47	4	14	33	1.65
66324592--66324699	27	3.9	27	77	10	103	37	19	23	19	1.94
66325120--66325164	8	5.6	8	91	0	63	4	22	17	55	1.60
66325117--66325164	24	2.0	24	91	0	78	6	22	18	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66327679--66327860	40	4.6	40	93	0	310	28	28	19	24	1.98
66335611--66335723	27	4.2	26	85	8	136	37	23	23	16	1.94
66335611--66335723	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
66336154--66336188	16	2.2	16	89	0	52	8	25	14	51	1.70
66338241--66338344	52	2.0	52	98	0	199	47	13	29	9	1.75
66340121--66340175	29	1.9	29	88	3	85	32	27	18	21	1.96
66343962--66344002	3	14.0	3	80	14	50	70	0	2	26	0.99
66345720--66345763	17	2.6	17	82	10	54	59	0	38	2	1.10
66352595--66352652	30	1.9	30	86	6	82	18	29	31	20	1.97
66355706--66355912	53	3.8	54	80	1	236	37	18	24	19	1.94
66360414--66360675	94	2.8	93	82	8	296	27	18	30	23	1.98
66360411--66360675	46	5.6	47	74	9	198	27	18	30	23	1.98
66366663--66366795	55	2.5	53	82	6	160	37	19	22	20	1.94
66366652--66366858	53	3.8	54	77	1	209	38	18	23	19	1.94
66378645--66378838	43	4.5	43	80	3	185	32	25	14	27	1.95
66384621--66384790	64	2.7	64	73	9	159	25	29	16	28	1.97
66385525--66385586	30	2.1	30	87	0	88	32	22	6	38	1.80
66388049--66388131	36	2.4	34	87	4	121	37	1	12	49	1.48
66388153--66388230	35	2.2	35	93	0	129	43	8	3	43	1.54
66389069--66389095	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
66389212--66389249	19	2.0	19	85	10	51	44	0	2	52	1.14
66389650--66389813	40	4.1	40	79	7	165	31	18	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66389795--66390063	146	1.8	146	80	4	328	31	19	20	28	1.97
66390314--66390473	7	22.7	7	80	6	162	18	0	39	42	1.50
66391240--66391419	84	2.1	84	83	0	216	37	16	16	29	1.91
66394617--66394715	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
66399352--66399416	22	3.0	22	72	12	64	33	20	33	12	1.89
66402568--66402617	26	1.9	26	91	0	82	46	16	12	26	1.81
66425531--66425589	28	2.1	28	100	0	118	25	22	13	38	1.90
66427248--66427311	31	2.1	30	85	8	85	37	1	4	56	1.30
66429590--66429665	33	2.4	30	79	18	84	28	3	3	63	1.30
66433064--66433109	4	11.5	4	81	9	58	69	2	4	23	1.17
66433064--66433109	16	2.9	16	84	12	67	69	2	4	23	1.17
66434718--66434760	16	2.5	17	85	11	61	81	2	9	6	0.95
66435560--66435865	124	2.5	125	89	3	458	37	15	18	27	1.91
66437363--66437431	34	2.0	34	100	0	138	40	2	30	26	1.70
66438988--66439364	128	2.9	130	93	2	625	55	3	4	36	1.39
66438988--66439388	131	3.1	129	88	6	576	55	3	4	35	1.40
66439771--66439813	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
66440431--66440463	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
66441629--66441678	11	4.5	11	90	9	68	38	0	36	26	1.57
66444221--66444272	17	3.2	17	79	12	56	32	0	3	63	1.12
66458776--66458813	20	2.0	20	89	5	60	23	2	7	65	1.32
66474783--66474852	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66474783--66474880	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
66478344--66478395	20	2.8	18	72	16	52	59	1	3	34	1.27
66481382--66481413	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
66482250--66482285	15	2.3	16	90	4	56	52	5	5	36	1.48
66493075--66493136	6	10.3	6	92	0	106	35	0	16	48	1.46
66493627--66493883	87	2.9	89	85	8	321	45	11	7	35	1.67
66493705--66493897	91	2.1	91	84	3	242	45	12	6	35	1.68
66493715--66493902	95	2.0	93	85	8	254	44	13	6	35	1.70
66495783--66495831	20	2.5	20	89	0	71	22	24	0	53	1.47
66498899--66499008	40	2.8	40	90	4	161	23	23	27	25	2.00
66502480--66502521	21	2.0	21	90	0	66	40	2	7	50	1.43
66504968--66505191	40	5.6	40	82	5	220	25	27	21	25	1.99
66505123--66505200	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66512569--66512793	40	5.7	40	82	6	233	26	28	20	24	1.99
66512725--66512802	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66525732--66525780	24	2.1	23	88	7	73	46	2	8	42	1.45
66527429--66527737	46	6.5	46	74	14	208	27	17	30	24	1.97
66533755--66533889	49	2.7	49	82	5	157	24	31	19	25	1.98
66533889--66533932	22	2.0	22	100	0	88	22	27	22	27	1.99
66533925--66534049	47	2.7	46	82	14	157	23	30	19	27	1.98
66534636--66534884	123	2.0	123	95	0	444	31	10	17	40	1.84
66544824--66544862	19	2.1	19	85	9	53	33	0	5	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66548551--66548611	28	2.1	29	88	8	90	29	13	27	29	1.94
66550694--66550729	18	2.0	18	94	0	63	36	5	2	55	1.38
66550696--66550753	18	3.1	18	78	14	55	37	5	8	48	1.56
66551129--66551157	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
66555328--66555422	37	2.6	36	86	8	129	14	12	32	40	1.84
66558908--66559035	47	2.7	47	81	0	130	33	27	14	24	1.94
66559600--66559665	29	2.3	29	81	5	71	30	22	1	45	1.62
66560650--66560692	21	2.0	21	82	8	52	39	9	16	34	1.80
66581664--66581809	43	3.4	43	76	12	129	30	24	18	26	1.98
66588838--66589004	46	3.6	45	73	12	149	22	27	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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