genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83974246--83974339	46	2.0	46	97	0	179	28	2	26	42	1.67
83974366--83974494	7	18.1	7	69	10	66	21	0	41	37	1.54
83974680--83974726	15	3.1	15	76	11	60	38	21	0	40	1.53
83980542--83980587	13	3.8	13	72	21	55	34	13	15	36	1.86
83980546--83980587	22	1.9	22	100	0	84	35	11	14	38	1.83
83981171--83981201	16	1.9	16	93	0	53	16	3	9	70	1.26
83981317--83981341	10	2.5	10	100	0	50	36	8	0	56	1.29
83981358--83981454	43	2.3	43	85	3	133	21	23	27	26	1.99
83985783--83985872	20	4.3	20	75	10	74	37	8	2	51	1.46
83985769--83985887	7	17.1	7	78	8	64	35	14	1	48	1.54
83985835--83985887	20	2.6	20	87	3	70	32	13	1	52	1.51
83995351--83995389	2	19.5	2	89	0	60	48	2	0	48	1.15
83998024--83998088	13	5.0	13	80	10	71	36	15	9	38	1.79
84000308--84000344	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
84000366--84000390	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
84001914--84001938	12	2.1	12	100	0	50	8	0	24	68	1.16
84011112--84011136	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
84012353--84012409	20	2.8	20	77	15	64	64	10	3	21	1.39
84014636--84014685	24	2.1	23	85	3	64	26	2	2	70	1.09
84015943--84016004	30	2.1	30	87	0	88	45	0	35	19	1.51
84016046--84016091	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
84017356--84017386	2	16.0	2	93	6	55	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84017749--84017802	28	1.9	28	84	0	72	35	11	24	29	1.90
84020100--84020149	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	64	1.05
84021060--84021106	23	2.0	23	91	0	76	48	8	21	21	1.76
84030126--84030204	41	1.9	41	85	10	108	25	5	1	68	1.17
84034762--84034869	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
84040187--84040233	24	2.0	25	83	8	62	25	17	17	40	1.90
84041718--84041825	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
84047154--84047310	54	2.9	54	80	1	145	26	17	12	43	1.85
84047207--84047362	54	2.9	53	80	2	152	31	16	13	39	1.87
84047692--84047746	24	2.3	24	84	6	67	32	18	3	45	1.67
84049435--84049466	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
84049517--84049568	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
84049517--84049632	59	2.0	59	94	0	205	31	13	9	45	1.76
84053973--84054024	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
84053973--84054088	59	2.0	59	94	0	205	31	13	9	45	1.76
84061297--84061340	21	2.1	22	87	8	65	40	2	0	56	1.11
84062038--84062080	17	2.5	17	88	0	59	44	11	32	11	1.77
84063856--84063933	30	2.6	28	77	16	77	39	0	5	55	1.22
84063896--84063939	11	3.9	11	79	5	52	36	0	2	61	1.09
84066069--84066285	46	4.7	46	90	1	319	39	14	24	21	1.91
84066020--84066285	138	2.0	130	86	7	372	38	15	24	22	1.92
84070983--84071101	60	2.0	60	91	0	193	52	12	1	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84071283--84071321	3	13.3	3	89	5	62	0	33	2	64	1.08
84071284--84071347	9	6.5	10	79	16	64	0	35	1	62	1.05
84071616--84071690	26	2.8	25	75	15	71	65	1	0	33	1.01
84071616--84071690	28	2.8	26	74	9	69	65	1	0	33	1.01
84074486--84074524	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
84076599--84076828	46	5.0	46	96	0	379	38	15	23	22	1.92
84076614--84076881	46	5.7	49	90	4	283	39	15	23	21	1.91
84087202--84087284	29	2.6	32	77	14	100	26	9	12	51	1.69
84089360--84089464	28	3.7	28	77	1	111	35	20	22	20	1.96
84091684--84091741	27	2.1	27	81	12	66	20	22	17	39	1.92
84102524--84102581	22	2.6	22	91	0	89	31	53	3	12	1.54
84103955--84103985	16	1.9	16	100	0	62	41	0	6	51	1.27
84105710--84105739	11	2.8	11	95	5	53	16	0	10	73	1.09
84115469--84115496	13	2.2	13	100	0	56	50	21	14	14	1.78
84116231--84116375	79	1.8	78	86	4	211	34	15	22	26	1.95
84116743--84116881	72	1.9	71	84	5	181	22	17	25	34	1.96
84116815--84117017	88	2.3	88	82	3	230	27	14	20	36	1.92
84117708--84117765	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
84119219--84119247	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
84123289--84123319	13	2.4	13	94	0	53	9	0	16	74	1.07
84126210--84126242	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
84128303--84128343	21	2.0	21	86	9	59	19	34	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84135695--84135781	45	1.9	45	92	0	147	25	14	25	34	1.94
84140944--84141023	41	1.9	42	87	7	119	26	18	26	28	1.98
84158466--84158502	16	2.3	16	100	0	74	45	13	5	35	1.66
84160790--84160839	9	5.6	9	92	0	82	48	18	8	26	1.75
84160859--84160923	6	10.5	6	90	6	103	16	0	3	80	0.85
84160859--84160920	32	1.9	32	96	0	115	17	0	3	79	0.87
84160859--84160946	18	4.7	18	81	12	61	21	0	3	75	0.95
84160949--84160986	18	2.1	19	90	5	60	13	0	44	42	1.43
84163394--84163487	47	2.0	47	100	0	188	34	6	19	40	1.77
84166409--84166866	231	2.0	229	93	1	785	38	15	13	32	1.87
84183552--84183602	26	2.0	26	84	0	66	33	13	11	41	1.81
84191975--84192029	28	1.9	29	85	3	76	21	40	20	18	1.92
84191993--84192104	40	2.8	40	87	1	170	16	38	20	24	1.93
84202205--84202250	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
84208654--84208836	28	6.5	28	92	0	285	33	27	12	26	1.92
84215359--84215397	6	6.5	6	93	0	51	15	23	0	61	1.33
84215359--84215397	12	3.2	12	88	0	60	15	23	0	61	1.33
84221900--84221987	44	2.0	44	100	0	176	22	25	15	36	1.94
84229791--84229899	37	2.9	37	94	0	191	27	32	19	21	1.97
84230050--84230146	50	1.9	50	87	4	142	29	25	7	37	1.83
84230104--84230296	47	4.1	47	90	2	246	26	29	10	33	1.90
84230149--84230267	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84233655--84233774	56	2.1	56	95	0	213	45	8	22	23	1.79
84235153--84235805	47	13.8	47	94	2	949	32	9	30	28	1.88
84235656--84235777	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
84237682--84237957	40	6.8	40	85	3	372	25	26	22	26	2.00
84239226--84239371	37	3.9	37	94	0	247	27	32	19	21	1.97
84239522--84239618	50	1.9	50	83	4	124	30	24	8	36	1.85
84239603--84239768	47	3.5	47	93	0	251	27	28	10	34	1.89
84239621--84239739	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
84242786--84243010	47	4.8	48	76	11	184	21	29	19	29	1.97
84242790--84243052	46	5.6	46	75	13	175	22	28	19	30	1.97
84242790--84243047	140	1.8	140	81	6	317	22	28	18	30	1.97
84247967--84248024	27	2.1	27	90	0	89	29	18	18	32	1.96
84249004--84249068	29	2.2	29	83	5	78	41	26	13	18	1.88
84249014--84249082	29	2.3	29	87	2	93	39	24	15	20	1.92
84266918--84266977	30	2.0	30	93	0	102	53	18	5	23	1.64
84278147--84278331	40	4.7	40	80	6	207	25	27	21	25	1.99
84278147--84278329	79	2.3	80	80	10	205	25	27	21	25	1.99
84285549--84285733	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
84285530--84285733	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
84288351--84288620	48	5.6	48	82	3	292	25	24	19	30	1.98
84288351--84288620	144	1.9	144	84	3	364	25	24	19	30	1.98
84293241--84293345	53	2.0	53	82	0	129	20	25	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84310754--84310782	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
84332112--84332186	30	2.5	30	91	0	114	10	32	37	20	1.87
84335288--84335312	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
84335285--84335352	29	2.3	30	82	7	86	61	4	0	33	1.16
84335322--84335355	18	1.9	17	88	5	50	61	2	0	35	1.11
84335285--84335365	29	2.7	30	75	14	71	61	4	0	33	1.17
84335563--84335630	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
84337850--84337897	25	1.9	25	82	0	60	29	14	2	54	1.52
84338061--84338286	46	4.9	47	85	5	264	19	24	15	40	1.90
84338061--84338286	93	2.4	92	83	4	276	19	24	15	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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