Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  301  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98363189--98363266
25
3.0
25
75
14
79
30
2
1
65
1.14
98363180--98363266
25
3.4
24
75
17
70
31
2
2
64
1.18
98365697--98365729
17
2.0
17
88
5
50
33
15
3
48
1.60
98366015--98366235
92
2.4
92
92
0
361
18
24
14
42
1.88
98366015--98366237
46
4.8
46
88
1
313
18
24
14
42
1.88
98371306--98371384
40
2.0
40
87
0
113
31
12
10
45
1.75
98374573--98374694
3
40.3
3
70
16
65
60
0
10
27
1.35
98376030--98376917
45
19.9
45
75
6
617
27
22
18
30
1.97
98376044--98377094
44
23.5
44
73
7
452
27
22
19
30
1.98
98376030--98376915
89
9.9
90
73
9
336
27
23
18
30
1.97
98376016--98377101
134
8.1
133
78
7
833
27
22
18
30
1.98
98376030--98376918
274
3.3
269
79
8
868
27
23
18
30
1.98
98376491--98376917
175
2.4
175
85
5
581
27
23
18
30
1.98
98386419--98386464
19
2.3
20
88
3
67
45
4
19
30
1.70
98390822--98390871
6
8.5
6
76
10
50
76
2
2
20
0.99
98390831--98390879
22
2.2
22
85
7
64
75
2
2
20
1.00
98390822--98390878
17
3.3
17
78
9
62
75
1
3
19
1.04
98399820--98400136
3
105.3
3
69
14
154
59
1
9
29
1.36
98399813--98399849
17
2.2
17
95
0
65
62
2
5
29
1.31
98400004--98400072
35
2.0
34
83
8
86
59
1
8
30
1.36
98404100--98404155
28
2.0
28
96
0
103
26
17
21
33
1.96
98405695--98405852
71
2.4
65
74
13
151
34
15
29
21
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98406226--98406257
16
1.9
17
93
6
57
37
3
9
50
1.51
98407789--98407871
5
17.0
5
71
16
59
21
2
0
75
0.91
98407795--98407868
7
9.7
7
75
16
67
21
2
0
75
0.92
98407796--98407868
39
1.9
37
83
10
94
21
2
0
75
0.93
98407789--98407871
12
6.8
12
73
25
68
21
2
0
75
0.91
98413726--98413763
16
2.4
16
82
4
51
21
7
0
71
1.11
98415357--98415425
20
3.0
20
68
28
57
33
7
10
49
1.64
98416874--98416945
33
2.2
33
83
11
87
50
18
5
26
1.68
98418087--98418138
24
2.2
24
89
0
77
50
7
3
38
1.50
98422529--98422580
24
2.2
24
96
0
95
53
7
1
36
1.41
98423266--98423582
128
2.5
127
92
1
535
37
22
14
25
1.92
98424190--98424255
36
2.0
32
83
16
82
65
3
3
28
1.23
98424190--98424271
36
2.6
30
76
22
80
63
3
2
30
1.24
98424268--98424380
52
2.2
52
98
1
217
47
7
13
31
1.69
98425603--98425630
14
2.0
14
100
0
56
57
0
21
21
1.41
98431318--98431350
16
2.1
16
100
0
66
18
18
18
45
1.86
98434294--98434322
7
4.3
7
91
8
51
72
13
0
13
1.13
98434294--98434322
13
2.1
14
93
6
51
72
13
0
13
1.13
98435985--98436060
26
2.8
27
75
11
75
27
1
5
65
1.22
98435994--98436058
28
2.3
29
82
12
73
24
1
6
67
1.22
98438211--98438408
105
1.9
104
87
3
290
29
25
16
28
1.97
98443514--98443553
20
2.0
20
100
0
80
20
10
35
35
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98444191--98444247
24
2.4
24
82
5
71
47
8
1
42
1.45
98455673--98455735
30
2.1
30
88
5
92
25
6
9
58
1.53
98456981--98457011
7
4.4
7
100
0
62
38
0
0
61
0.96
98462523--98462594
36
2.0
36
94
0
126
19
22
19
38
1.93
98469875--98469916
17
2.6
16
85
7
57
69
2
2
26
1.13
98469875--98469916
8
5.1
8
82
5
57
69
2
2
26
1.13
98475333--98475457
43
2.9
43
91
4
216
28
22
28
21
1.99
98475824--98475864
21
2.0
21
95
0
73
0
46
21
31
1.52
98476464--98476502
17
2.4
17
86
4
53
48
0
10
41
1.37
98481466--98481657
9
20.6
9
72
11
109
38
1
13
47
1.52
98481497--98481623
17
7.4
17
73
10
89
40
1
10
48
1.47
98481504--98481688
96
2.0
90
86
9
259
38
2
11
47
1.53
98481504--98481688
87
2.1
87
84
7
234
38
2
11
47
1.53
98481762--98481817
15
3.8
15
76
21
64
51
0
1
46
1.11
98482026--98482906
358
2.5
357
97
0
1681
37
12
15
35
1.85
98483130--98483158
15
1.9
15
100
0
58
48
20
6
24
1.74
98483360--98483728
183
2.0
183
97
0
693
42
14
15
27
1.86
98483799--98483828
14
2.2
13
94
5
51
36
13
0
50
1.42
98486371--98486419
15
3.6
14
73
21
50
30
0
51
18
1.47
98486370--98486430
26
2.3
26
97
0
113
29
0
49
21
1.50
98486386--98486433
11
4.0
11
75
19
51
31
0
45
22
1.53
98486711--98486768
28
2.1
28
83
6
73
36
29
1
32
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98486745--98486788
21
2.1
21
91
0
70
34
34
2
29
1.70
98486716--98486820
49
2.1
50
81
8
117
41
30
0
26
1.62
98487010--98487036
7
3.9
7
100
0
54
29
55
0
14
1.40
98487025--98487068
21
2.0
22
86
4
63
40
40
0
18
1.50
98487142--98487234
41
2.3
41
100
0
186
20
23
20
35
1.96
98487178--98487299
65
1.9
65
89
3
192
18
21
19
40
1.92
98487142--98487348
106
2.0
105
89
2
317
18
21
21
38
1.93
98487247--98487344
41
2.4
41
91
5
155
18
21
21
38
1.93
98487247--98487367
41
3.0
42
86
6
142
19
22
20
37
1.95
98496643--98496674
12
2.7
12
100
0
64
78
0
6
15
0.95
98496936--98496991
14
3.9
14
73
13
51
55
3
3
37
1.35
98502135--98502160
3
8.7
3
100
0
52
69
0
0
30
0.89
98504290--98504387
39
2.6
36
76
17
92
50
8
1
40
1.39
98504631--98504664
12
2.9
12
86
4
52
32
0
0
67
0.91
98504790--98504852
30
2.1
30
91
5
101
58
9
3
28
1.45
98504892--98504934
22
2.0
22
85
0
59
58
11
11
18
1.63
98504899--98504939
11
3.7
11
80
0
55
56
9
14
19
1.66
98509726--98509765
19
2.1
19
85
0
53
70
5
0
25
1.08
98509926--98509969
19
2.2
20
92
4
72
52
11
0
36
1.38
98509933--98510012
19
4.2
18
76
14
63
53
8
1
36
1.40
98509946--98510028
39
2.1
39
82
4
96
59
7
1
32
1.33
98509967--98510028
19
3.2
19
77
11
63
62
4
1
30
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98510606--98510700
9
10.4
9
75
15
88
31
1
5
62
1.24
98510606--98510680
36
2.1
36
85
9
100
32
0
4
64
1.12
98510606--98510680
19
4.2
17
78
17
80
32
0
4
64
1.12
98513529--98513578
19
2.7
18
85
14
59
66
0
2
32
1.03
98513519--98513578
17
3.3
18
79
9
59
63
1
1
33
1.14
98513539--98513578
20
2.0
20
85
9
55
70
0
2
27
1.01
98513834--98513871
20
1.9
20
100
0
76
31
31
5
31
1.80
98514933--98515006
38
1.9
38
83
5
96
29
9
17
43
1.81
98517817--98517850
16
2.1
16
88
0
50
41
2
20
35
1.68
98518413--98518453
21
2.0
21
85
0
55
34
7
14
43
1.73
98519954--98519988
17
2.1
17
89
10
54
22
28
0
48
1.51
98520270--98520360
40
2.3
39
84
1
119
30
26
13
29
1.94
98525265--98525321
19
3.1
18
75
9
53
7
17
1
73
1.14
98526570--98526604
17
2.0
18
88
5
54
60
0
2
37
1.12
98531941--98532003
23
3.0
20
84
15
58
61
4
0
33
1.17
98531960--98532000
11
3.6
11
80
6
55
63
2
0
34
1.08
98532016--98532049
17
2.1
17
88
5
52
70
0
0
29
0.87
98535053--98535237
96
1.9
96
86
2
264
40
15
30
14
1.87
98536871--98536920
22
2.2
24
85
7
68
32
6
4
58
1.41
98537726--98537772
13
3.7
13
83
16
55
23
0
2
74
0.93
98538985--98539097
47
2.4
47
85
5
140
44
14
15
26
1.84
98549827--98549851
12
2.1
12
100
0
50
52
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98549828--98549862
17
2.1
17
89
10
54
48
0
2
48
1.16
98550357--98550805
41
11.0
41
86
3
521
35
23
21
18
1.96
98550985--98551060
36
2.0
39
85
7
104
30
5
23
40
1.77
98554795--98555179
133
2.9
133
98
0
743
20
10
18
51
1.75
98557128--98557167
21
1.9
21
94
0
71
30
10
12
47
1.74
98563649--98563984
43
8.1
43
74
12
220
24
22
23
30
1.99
98563704--98563878
87
2.1
78
84
11
226
28
23
21
26
1.99
98563845--98563986
40
3.5
40
85
4
185
21
23
25
30
1.99
98565523--98565588
31
2.2
31
86
8
91
43
3
1
51
1.26
98574948--98575075
9
13.6
9
76
9
121
31
1
21
46
1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343