genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82406714--82406938	83	2.8	80	83	4	283	27	28	21	22	1.99
82415108--82415332	40	5.6	40	85	3	308	25	28	22	23	1.99
82415108--82415332	83	2.8	80	86	4	301	25	28	22	23	1.99
82441503--82441594	48	1.9	48	90	0	148	39	7	29	23	1.83
82446413--82446458	15	3.1	15	90	0	65	28	10	2	58	1.43
82449140--82449232	27	3.4	27	71	14	73	34	2	4	59	1.29
82452167--82452213	19	2.4	20	82	13	62	70	0	6	23	1.10
82452348--82452374	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
82452373--82452399	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
82452566--82452742	3	59.3	3	73	8	112	58	2	5	32	1.36
82454110--82454238	44	2.9	44	95	0	222	27	14	23	34	1.94
82454181--82455195	275	3.7	273	84	3	1172	27	21	20	30	1.98
82454787--82455190	143	2.8	143	83	2	497	28	21	18	31	1.97
82455283--82455477	46	4.2	45	83	5	203	26	25	14	33	1.95
82455874--82455976	53	2.0	52	82	1	125	53	7	14	24	1.67
82456282--82456328	21	2.2	21	84	0	58	2	19	4	74	1.09
82469945--82470014	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
82471625--82471699	19	4.2	19	81	18	106	36	10	16	37	1.83
82471633--82471662	14	2.1	14	87	0	51	33	10	13	43	1.77
82477308--82477353	19	2.5	19	89	3	67	82	0	15	2	0.76
82477310--82477356	13	3.5	13	80	11	51	82	0	14	2	0.75
82478315--82478622	43	7.3	42	67	20	205	30	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82478358--82478663	41	7.3	40	67	21	164	30	22	22	24	1.99
82478305--82478924	84	7.4	84	87	5	877	30	22	22	25	1.99
82478981--82479602	44	14.2	44	76	8	545	32	16	23	27	1.96
82478951--82479597	132	4.9	132	91	0	947	32	16	23	27	1.96
82480165--82480215	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
82480175--82480217	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
82482684--82482724	19	2.2	19	86	8	57	68	0	7	24	1.15
82483001--82483030	5	6.0	5	92	0	51	76	0	0	23	0.78
82483099--82483224	3	42.3	3	75	1	110	62	1	6	29	1.29
82485548--82485592	22	2.1	21	83	4	54	64	0	8	26	1.23
82486967--82487002	16	2.3	15	90	4	54	72	0	27	0	0.85
82489396--82489463	34	2.0	34	85	0	91	32	27	4	35	1.77
82490865--82490921	24	2.4	24	78	0	60	38	7	14	40	1.73
82492887--82492939	19	2.7	19	77	16	54	43	11	7	37	1.69
82493222--82493269	24	2.0	24	100	0	96	25	20	25	29	1.99
82494443--82494511	34	2.0	34	97	0	129	34	1	5	57	1.31
82499692--82500027	134	2.5	131	85	2	460	27	24	19	29	1.98
82500922--82500948	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
82502374--82502428	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
82503793--82503864	36	2.0	36	97	0	135	29	13	15	41	1.85
82503798--82503874	36	2.1	36	87	0	109	32	14	10	42	1.79
82504318--82504384	6	11.0	6	87	3	80	35	16	16	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82507292--82507401	39	2.8	39	85	0	139	27	26	20	25	1.99
82507545--82507658	39	2.9	39	88	0	165	26	28	20	25	1.99
82507279--82507800	257	2.0	257	98	0	1008	33	24	13	28	1.93
82513868--82514097	46	5.0	46	91	0	334	39	13	25	22	1.90
82533828--82533912	45	1.9	43	88	9	127	27	18	29	24	1.98
82533690--82533950	46	5.6	46	75	14	159	26	19	30	23	1.98
82543062--82543305	49	4.9	49	80	5	256	27	27	18	25	1.98
82543074--82543296	101	2.2	101	81	3	247	29	27	17	25	1.97
82552596--82552774	91	2.0	91	82	0	223	34	12	22	31	1.91
82552633--82552782	46	3.3	46	65	12	110	36	12	20	31	1.89
82553128--82553166	20	2.0	20	100	0	78	7	5	41	46	1.55
82554856--82554933	39	2.0	39	100	0	156	30	28	2	38	1.70
82555124--82555170	20	2.6	18	78	15	60	51	8	0	40	1.33
82556910--82557176	104	2.6	104	93	1	455	18	20	30	29	1.97
82564001--82564051	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
82563922--82564188	104	2.6	104	91	3	439	18	20	30	29	1.97
82576342--82576463	54	2.3	53	88	1	190	18	31	22	27	1.97
82576354--82576458	53	2.0	54	94	1	185	19	31	21	27	1.97
82585266--82585326	30	2.0	30	100	0	122	19	16	26	37	1.93
82585560--82585981	36	11.4	36	80	6	382	30	14	19	35	1.92
82585576--82585981	109	3.7	109	83	3	438	30	15	19	34	1.93
82585569--82585978	145	2.8	146	84	3	509	30	15	19	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82586951--82586984	17	2.0	17	88	0	50	44	8	0	47	1.34
82592249--82592308	29	2.1	29	84	6	77	31	23	1	43	1.64
82614209--82614436	46	4.9	46	87	4	298	21	24	15	39	1.92
82614209--82614436	93	2.5	91	86	3	303	21	24	15	39	1.92
82616369--82616414	21	2.2	21	84	7	58	39	2	19	39	1.64
82617071--82617136	28	2.4	28	97	0	123	15	50	19	15	1.79
82618090--82618213	47	2.7	46	82	10	130	25	29	16	29	1.96
82625307--82625334	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
82630485--82630519	14	2.5	14	90	0	52	22	8	22	45	1.79
82635289--82635324	18	2.0	18	100	0	72	33	0	11	55	1.35
82636849--82637066	40	5.5	40	88	2	298	24	28	24	22	1.99
82644940--82645157	40	5.5	40	88	2	298	24	28	24	22	1.99
82647161--82647195	14	2.5	14	95	0	61	22	5	25	45	1.74
82651806--82651856	25	2.0	25	96	0	93	29	3	13	52	1.58
82661615--82661807	40	4.8	40	89	2	273	26	28	21	23	1.99
82661615--82661809	79	2.5	80	86	5	286	26	28	21	24	1.99
82665207--82665233	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
82667001--82667066	33	2.0	33	93	0	114	19	25	19	34	1.96
82671276--82671364	44	2.0	44	88	0	133	34	12	6	46	1.68
82674094--82674145	24	2.2	24	100	0	104	44	7	21	26	1.79
82675546--82675585	19	2.0	21	90	9	66	17	5	2	75	1.10
82679093--82679145	25	2.1	25	82	6	63	37	3	0	58	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82679150--82679193	22	2.2	20	84	12	54	18	2	4	75	1.09
82681765--82681793	6	5.0	6	95	4	51	48	0	17	34	1.47
82684831--82684892	29	2.1	29	100	0	124	48	22	6	22	1.73
82686748--82686884	47	2.9	48	80	5	172	22	14	18	44	1.86
82692644--82692697	26	2.1	26	85	0	72	14	14	27	42	1.85
82697024--82697158	29	4.8	28	75	8	103	25	30	16	28	1.96
82697047--82697163	29	4.0	29	82	0	126	27	29	15	28	1.96
82697048--82697158	58	1.9	58	83	0	141	27	27	16	28	1.97
82706470--82706838	199	1.9	199	88	1	569	25	24	31	17	1.97
82706853--82706904	22	2.5	21	85	11	72	23	0	1	75	0.91
82706853--82707038	19	8.7	20	69	25	82	26	1	1	70	1.03
82706953--82707043	26	3.7	25	76	20	86	23	0	0	76	0.78
82706970--82707012	13	3.3	13	78	12	52	30	0	0	69	0.88
82706940--82707061	6	20.0	6	74	17	76	21	1	0	77	0.86
82706940--82707060	16	8.1	15	75	14	97	21	1	0	76	0.87
82706940--82707061	28	4.4	28	76	17	89	21	1	0	77	0.86
82706940--82707061	11	10.0	12	70	20	76	21	1	0	77	0.86
82706965--82707061	19	5.3	18	76	13	63	19	2	0	78	0.85
82707001--82707083	22	3.7	21	80	12	67	12	7	1	79	0.98
82707135--82707190	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
82708210--82708251	22	1.9	22	90	9	68	78	2	9	9	1.05
82720432--82720597	23	6.8	25	71	13	114	27	21	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82720432--82720597	73	2.3	73	98	0	323	27	21	17	34	1.95
82720479--82720640	23	6.9	23	70	19	104	25	22	17	33	1.96
82721600--82721667	30	2.3	30	92	0	109	27	27	23	20	1.99
82725114--82725202	42	2.1	42	89	2	135	26	21	16	34	1.95
82727173--82727380	106	2.0	106	90	1	328	38	24	10	26	1.87
82728553--82728818	49	5.5	49	81	6	251	24	28	18	28	1.98
82728555--82728818	98	2.8	96	83	5	304	24	28	18	28	1.98
82729637--82729731	43	2.2	43	90	0	154	30	14	22	32	1.94
82732175--82732213	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
82735964--82736006	15	3.0	15	77	22	56	69	0	4	25	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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