Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  309  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100372342--100372420
9
8.3
9
72
13
52
68
3
1
26
1.14
100372341--100372420
19
4.3
18
69
16
56
67
3
1
27
1.15
100372340--100372442
28
3.7
28
77
11
88
64
2
0
32
1.15
100372389--100372484
37
2.5
38
78
11
99
60
0
1
38
1.04
100372389--100372485
9
10.4
9
70
23
51
59
0
1
39
1.04
100372983--100373031
17
2.8
18
78
3
55
8
32
53
6
1.55
100373413--100373453
20
2.0
20
90
0
64
34
0
4
60
1.18
100375172--100375253
20
4.2
20
73
17
73
40
4
1
53
1.30
100375212--100375266
20
2.9
19
84
12
60
45
3
0
50
1.19
100384684--100384748
22
3.0
21
73
8
58
12
23
23
41
1.87
100386810--100386893
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
100392410--100392493
26
3.2
26
93
0
141
38
25
4
32
1.77
100400323--100400546
104
2.2
104
94
1
387
17
19
31
31
1.95
100400465--100400615
72
2.1
70
91
2
239
23
15
29
31
1.96
100400576--100400627
26
2.0
26
92
0
86
15
21
34
28
1.94
100407951--100408001
26
2.0
26
96
0
93
11
23
35
29
1.90
100407874--100408095
103
2.2
103
93
3
376
18
19
31
31
1.95
100408014--100408165
71
2.1
72
92
1
252
23
17
29
30
1.97
100412234--100412295
16
3.9
16
70
25
51
69
4
6
19
1.29
100415703--100415732
14
2.2
13
94
5
51
76
3
20
0
0.92
100416117--100416173
26
2.2
25
84
3
69
31
3
3
61
1.30
100438563--100438621
29
2.0
29
86
0
82
25
8
18
47
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100442484--100442524
20
2.0
20
85
0
55
4
26
2
65
1.25
100463783--100463842
26
2.4
25
83
8
68
65
3
1
30
1.19
100466875--100467028
52
2.9
52
76
4
166
25
16
26
31
1.96
100474271--100474445
52
3.5
52
76
11
145
26
14
27
31
1.95
100474360--100474465
46
2.2
49
83
6
128
26
11
28
33
1.91
100484044--100484172
46
2.8
46
93
0
213
31
28
19
20
1.97
100484052--100484191
46
3.0
45
87
4
131
30
28
19
21
1.97
100486661--100486742
27
3.0
27
100
0
164
40
3
10
45
1.57
100487542--100487664
33
3.5
33
68
28
99
23
8
20
47
1.78
100487526--100487675
75
2.0
75
98
0
291
26
10
19
44
1.83
100490111--100490171
21
2.9
21
97
0
113
32
19
14
32
1.92
100490329--100490374
19
2.3
20
92
3
76
26
10
15
47
1.78
100492899--100492948
25
2.0
25
96
0
91
58
4
34
4
1.36
100499825--100499911
26
3.3
25
72
12
84
33
8
3
55
1.46
100500236--100500289
27
2.0
27
82
10
67
40
5
0
53
1.24
100500655--100500694
6
6.7
6
100
0
80
52
0
0
47
1.00
100509411--100509518
26
4.2
26
91
2
173
36
23
7
33
1.83
100521838--100521920
10
8.8
10
73
15
61
66
2
1
30
1.12
100521839--100521920
19
4.4
18
76
8
65
65
2
1
30
1.13
100521853--100522014
49
3.4
48
68
17
129
59
4
1
33
1.29
100521963--100521999
9
3.9
10
86
6
51
59
2
0
37
1.12
100521962--100522003
19
2.3
18
84
8
57
61
4
0
33
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100523827--100524034
113
1.9
112
88
5
323
46
6
5
41
1.51
100526259--100526316
21
2.7
22
75
2
55
56
18
12
12
1.65
100526588--100526689
53
1.9
53
85
0
141
25
18
13
42
1.87
100526637--100526786
60
2.5
59
76
9
144
24
17
17
40
1.90
100526853--100526921
31
2.2
31
82
10
88
49
17
8
24
1.75
100530130--100530173
22
2.0
23
86
4
63
43
0
6
50
1.29
100530423--100530467
14
3.3
14
84
3
56
44
22
2
31
1.65
100537397--100537440
22
2.0
22
95
0
79
22
34
4
38
1.75
100543271--100543320
22
2.3
21
77
19
50
32
0
4
64
1.12
100543286--100543315
15
1.9
16
93
6
53
30
0
3
66
1.07
100543733--100543784
10
5.4
9
78
17
52
53
1
0
44
1.11
100543728--100543784
19
2.9
19
87
7
80
56
1
0
42
1.10
100543803--100543835
11
3.1
11
91
4
50
72
0
0
27
0.85
100548041--100548121
42
2.0
41
85
4
110
27
27
32
13
1.94
100564067--100564213
42
3.3
42
85
8
188
29
27
13
29
1.94
100564120--100564256
49
2.9
48
86
6
181
30
27
13
28
1.94
100564332--100564418
31
2.8
31
87
0
129
26
26
19
27
1.99
100564394--100564570
50
3.5
50
88
0
255
26
21
15
36
1.94
100568301--100568346
24
1.9
24
82
8
58
15
8
2
73
1.16
100573477--100573529
22
2.4
22
93
0
88
47
13
0
39
1.43
100575853--100576027
46
3.8
46
79
13
214
28
29
21
21
1.98
100575861--100576031
93
1.8
93
94
0
306
28
29
21
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100575858--100576047
46
4.1
46
74
16
151
28
28
21
21
1.98
100583691--100583752
28
2.2
28
79
0
70
35
8
22
33
1.84
100585429--100585514
46
1.9
45
85
4
120
32
29
17
20
1.96
100588050--100588282
49
4.7
50
83
2
290
25
16
27
30
1.97
100588053--100588282
100
2.3
98
84
2
289
25
16
26
30
1.97
100596495--100596531
18
2.0
19
89
5
58
48
2
13
35
1.57
100599132--100599184
12
4.4
12
79
9
54
0
22
28
49
1.50
100600407--100600497
25
3.6
25
70
19
73
39
0
0
60
0.97
100600407--100600473
23
2.8
23
86
8
82
40
0
0
59
0.97
100603545--100603607
33
1.9
32
90
3
99
42
15
25
15
1.87
100606503--100606555
19
2.8
19
80
8
65
47
0
0
52
1.00
100609226--100609289
34
1.9
33
90
3
101
40
14
10
34
1.80
100613491--100613547
21
2.7
21
84
10
71
59
8
8
22
1.55
100615550--100615587
16
2.4
16
87
12
53
47
13
7
31
1.71
100615687--100615752
30
2.2
29
79
12
73
19
3
3
74
1.09
100617275--100617371
42
2.3
42
85
3
124
28
23
13
34
1.93
100617343--100617461
46
2.6
47
82
6
136
31
24
15
29
1.95
100617343--100617465
47
2.7
46
82
7
142
30
24
15
29
1.96
100617497--100617638
31
4.6
31
92
3
232
27
27
16
28
1.97
100617614--100617742
50
2.5
51
90
5
199
25
22
16
35
1.94
100620654--100620702
17
2.9
17
75
3
55
46
8
8
36
1.63
100622825--100622870
3
15.3
3
82
8
58
39
0
2
58
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100622833--100622868
19
1.9
18
88
5
54
36
0
2
61
1.11
100623921--100624010
23
3.9
23
88
0
126
10
5
35
48
1.60
100624637--100624709
36
2.0
36
97
0
137
30
6
20
42
1.78
100628033--100628099
24
2.8
24
82
11
82
16
22
22
38
1.92
100630261--100630292
15
2.1
15
94
0
55
21
6
3
68
1.26
100631908--100632105
68
3.0
67
70
21
182
38
4
4
52
1.43
100635968--100636014
25
1.9
25
86
4
69
76
0
17
6
0.98
100637581--100637648
31
2.2
31
91
0
118
38
10
17
33
1.84
100638793--100638835
17
2.5
17
92
0
68
9
16
51
23
1.73
100642685--100642744
28
2.1
29
84
6
79
35
0
1
63
1.05
100646772--100646848
21
3.7
20
81
10
91
23
9
27
40
1.84
100648288--100648320
6
5.5
6
100
0
66
69
0
0
30
0.88
100656360--100656405
23
2.0
24
86
4
67
45
19
10
23
1.82
100661780--100661845
23
2.9
22
66
14
53
43
1
1
53
1.19
100661814--100661847
15
2.2
16
89
5
52
32
2
0
64
1.08
100668310--100668381
36
2.0
36
86
10
103
40
4
1
54
1.28
100677406--100677513
40
3.1
34
78
18
123
42
6
36
14
1.72
100677418--100677493
40
1.9
40
97
0
143
39
7
34
18
1.80
100678889--100678994
52
2.0
52
98
0
203
33
2
13
50
1.56
100681736--100681795
18
3.3
19
80
13
63
51
0
3
45
1.17
100681788--100681832
23
2.0
22
86
8
63
64
2
2
31
1.18
100694043--100694075
4
8.2
4
100
0
66
48
27
0
24
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
100699316--100699391
38
2.0
38
97
0
143
30
21
9
39
1.84
100707208--100707256
24
2.0
25
81
18
59
26
0
20
53
1.46
100707245--100707591
153
2.2
158
84
8
438
35
1
19
43
1.59
100709486--100709569
31
2.8
31
79
13
95
26
14
9
50
1.73
100709791--100709922
62
2.1
62
84
5
169
42
9
15
33
1.78
100709827--100709922
31
3.1
30
69
11
77
43
9
12
34
1.75
100711301--100711359
14
3.7
17
76
19
65
49
0
0
50
1.00
100711301--100711361
9
6.6
9
71
14
52
49
0
0
50
1.00
100711766--100711795
15
2.0
15
93
0
51
30
0
0
70
0.88
100712958--100712982
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343