genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8771169--8771198	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
8771296--8771340	12	3.5	13	85	8	65	62	11	11	15	1.55
8771163--8771437	140	2.0	140	95	0	496	42	12	12	31	1.81
8799074--8799256	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
8799072--8799256	40	4.7	40	83	7	234	25	28	22	23	2.00
8804180--8804277	23	4.3	23	77	10	96	27	19	18	34	1.95
8804130--8804277	45	3.2	45	82	12	158	26	19	18	35	1.95
8807551--8807789	118	2.0	118	98	0	460	43	19	8	28	1.80
8808636--8808693	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8808903--8808934	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8809031--8809218	50	3.8	50	89	1	288	25	23	29	20	1.99
8816137--8816194	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8816406--8816437	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8816532--8816730	50	3.8	50	79	7	184	25	23	31	20	1.98
8818524--8818635	40	2.8	40	77	9	102	31	27	16	25	1.96
8834979--8835127	75	2.0	75	98	0	289	41	16	16	26	1.88
8839203--8839295	37	2.6	36	81	5	107	43	26	12	17	1.85
8851301--8851365	26	2.5	26	82	12	80	40	12	10	36	1.78
8855977--8856011	12	2.9	12	91	0	52	17	17	0	65	1.27
8858354--8858421	31	2.2	31	84	5	93	10	30	35	23	1.88
8868274--8868310	19	1.9	19	88	0	56	43	35	5	16	1.71
8869394--8869441	20	2.4	20	83	10	62	43	14	4	37	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8871316--8871349	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
8883176--8883203	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
8883482--8883533	20	2.6	20	87	0	68	40	5	15	38	1.71
8891306--8891352	23	2.0	23	100	0	94	53	0	29	17	1.44
8899411--8899664	125	2.0	125	83	1	321	33	18	17	30	1.94
8903782--8903813	15	2.2	14	94	5	55	31	31	0	37	1.58
8918455--8918499	16	2.9	16	81	15	58	51	4	17	26	1.65
8919124--8919441	45	7.1	45	82	6	342	37	15	21	25	1.93
8933520--8933560	21	1.9	22	90	5	66	14	4	0	80	0.87
8941038--8941126	43	2.1	43	85	8	119	28	26	19	25	1.99
8952855--8953025	43	4.0	44	72	11	140	26	19	22	31	1.97
8954843--8954905	21	3.0	21	100	0	126	33	14	9	42	1.78
8962847--8962920	27	2.7	26	79	8	85	39	25	8	27	1.84
8962904--8963475	27	21.2	27	88	4	755	36	18	18	26	1.94
8963883--8963947	19	3.8	19	69	26	63	18	15	16	49	1.80
8963880--8964010	6	21.3	6	72	18	92	19	17	14	48	1.82
8963880--8963998	31	3.9	31	86	3	152	20	17	14	47	1.82
8966100--8966232	69	1.9	70	89	1	205	33	13	16	36	1.88
8967007--8967419	40	10.4	40	82	3	453	21	22	27	28	1.99
8967007--8967419	118	3.5	118	85	3	490	21	22	27	28	1.99
8966998--8967451	158	2.9	157	89	1	642	21	22	27	28	1.99
8967007--8967490	118	4.1	118	82	4	447	21	22	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967393--8967490	39	2.5	39	88	1	133	23	22	22	31	1.98
8981057--8981191	68	2.0	69	97	1	227	31	21	13	33	1.92
8993392--8993429	19	2.0	19	85	10	51	21	44	23	10	1.83
8995419--8995480	25	2.4	27	81	5	74	38	1	4	54	1.31
9001427--9001487	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
9004555--9004581	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
9008674--9008726	23	2.3	23	83	6	63	67	1	1	28	1.11
9026321--9026491	46	3.8	44	71	12	143	20	22	29	28	1.98
9031495--9031607	58	1.9	58	96	0	208	50	12	11	25	1.73
9045720--9045891	67	2.7	65	77	6	188	27	17	30	24	1.97
9058605--9058642	19	2.0	19	94	0	67	50	23	10	15	1.75
9061550--9061815	38	6.9	38	86	5	263	24	22	24	28	1.99
9061550--9061816	114	2.3	117	84	8	339	24	22	23	28	1.99
9076309--9076362	28	2.0	27	85	10	74	9	9	1	79	1.00
9076336--9076373	19	2.0	20	85	10	53	5	21	0	73	1.02
9077692--9078173	241	2.0	241	100	0	964	27	11	14	46	1.78
9087629--9087797	43	3.9	43	76	10	157	30	27	18	23	1.98
9089734--9089802	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
9089734--9089802	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
9089783--9089873	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
9090038--9090074	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
9090068--9090255	61	3.1	58	68	19	143	48	5	2	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9090116--9090301	59	3.1	58	70	19	166	51	3	2	43	1.32
9090018--9090307	120	2.4	120	88	3	447	49	4	2	44	1.34
9097236--9097272	18	2.1	18	94	0	65	21	24	16	37	1.93
9099285--9099354	25	2.8	25	79	12	81	31	27	15	25	1.96
9101040--9101121	26	3.2	27	78	11	75	36	1	2	59	1.18
9101080--9101195	26	4.8	24	75	18	89	33	5	0	60	1.25
9101076--9101157	5	16.4	5	75	15	55	35	1	1	62	1.11
9101478--9101521	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
9101942--9102024	41	2.0	41	100	0	166	21	4	16	56	1.59
9101959--9102025	20	3.3	20	64	12	55	20	5	14	58	1.58
9112552--9112608	17	3.4	16	78	7	51	82	0	15	1	0.75
9113472--9114027	206	2.7	206	88	1	835	31	17	22	28	1.97
9115654--9115718	28	2.4	27	82	9	80	33	1	3	61	1.21
9115692--9115747	18	3.2	17	80	7	60	35	1	1	60	1.17
9115710--9115792	26	3.4	24	78	15	89	32	6	0	61	1.20
9115677--9115754	5	15.0	5	74	15	52	34	1	1	62	1.11
9115685--9115800	49	2.3	50	78	11	121	35	5	0	58	1.26
9115840--9115868	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
9116077--9116120	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
9124784--9124891	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
9126025--9126066	20	2.0	21	86	13	61	33	42	9	14	1.78
9129277--9129306	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9133877--9134282	47	8.6	47	91	3	620	28	29	8	33	1.86
9133877--9134282	96	4.3	95	93	2	624	28	29	8	33	1.86
9137731--9138080	40	8.7	40	92	1	540	25	28	22	24	1.99
9137731--9138080	162	2.2	160	90	2	558	25	28	22	24	1.99
9138134--9138246	38	3.0	37	90	5	165	23	26	18	30	1.98
9140681--9141090	47	8.6	47	91	3	624	29	29	8	33	1.86
9140681--9141090	95	4.3	94	92	3	624	29	29	8	33	1.86
9145972--9146006	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
9146605--9146687	24	3.4	24	90	6	123	27	22	20	28	1.99
9146737--9146793	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
9146839--9146886	25	1.9	25	86	0	69	27	10	22	39	1.87
9153446--9153473	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
9164512--9164678	43	3.9	42	75	10	151	29	26	17	25	1.98
9172527--9172674	79	1.9	79	83	8	194	29	25	18	27	1.98
9172598--9172685	43	2.0	43	84	4	115	30	25	19	25	1.98
9173407--9173443	18	1.9	19	89	10	58	64	13	5	16	1.45
9180269--9180307	8	5.0	8	90	6	62	79	0	0	20	0.73
9180269--9180332	28	2.2	28	86	10	85	79	0	1	18	0.81
9180255--9180341	23	3.6	23	78	13	77	77	1	2	19	0.95
9180275--9180331	5	11.4	5	78	17	57	80	0	1	17	0.79
9183395--9183424	14	2.2	13	94	5	51	73	0	13	13	1.10
9183679--9183801	39	3.1	39	66	11	115	44	3	19	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9183709--9183833	40	3.2	40	66	11	121	40	4	20	36	1.71
9183669--9183839	79	2.2	79	95	0	315	42	4	19	33	1.72
9184735--9184769	10	3.5	10	88	0	52	40	0	28	31	1.57
9185178--9185372	45	4.3	45	88	2	257	18	20	20	40	1.92
9185352--9185379	6	4.7	6	100	0	56	17	17	14	50	1.79
9185351--9185475	65	1.9	64	85	1	169	17	21	21	39	1.93
9185564--9185736	18	9.6	18	78	9	156	35	11	15	38	1.83
9185753--9185816	18	3.6	18	82	0	83	35	9	14	40	1.78
9185552--9185816	36	7.1	36	71	11	194	35	11	14	37	1.83
9188774--9188829	20	2.8	20	79	15	62	69	3	1	25	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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