genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834654--22834687	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
22836802--22836860	30	1.9	30	86	3	82	28	23	0	47	1.52
22836802--22836870	30	2.3	31	82	7	79	28	21	2	46	1.66
22837071--22837109	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
22838476--22838525	19	2.4	23	68	28	56	40	0	4	56	1.18
22842919--22843020	30	3.4	29	85	5	116	28	23	23	24	2.00
22845959--22846010	21	2.5	21	84	6	70	53	0	0	46	1.00
22845972--22846045	21	3.9	21	67	26	65	58	0	0	41	0.98
22846002--22846059	22	2.6	22	86	8	73	55	3	1	39	1.27
22846074--22846123	23	2.1	23	85	3	64	70	6	4	20	1.25
22846100--22846134	14	2.5	14	100	0	70	68	5	11	14	1.37
22846128--22846186	25	2.3	23	83	13	64	74	3	5	16	1.13
22847877--22847992	27	4.3	26	88	5	151	37	23	23	16	1.94
22847877--22847992	54	2.1	54	88	3	171	37	23	23	16	1.94
22849031--22849095	32	2.0	32	100	0	130	29	27	15	27	1.96
22849633--22849740	25	4.2	25	95	3	180	36	25	4	34	1.77
22849633--22849740	51	2.1	51	94	0	189	36	25	4	34	1.77
22853681--22853741	27	2.3	27	94	5	106	37	26	24	11	1.89
22855357--22855466	26	4.2	26	91	2	159	35	23	6	34	1.80
22856420--22856469	11	4.6	11	80	5	57	8	14	6	72	1.27
22856419--22856469	21	2.4	21	83	3	66	7	13	5	72	1.26
22868073--22868138	13	5.1	13	83	7	89	36	24	7	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873887--22873926	19	2.1	19	85	4	53	37	2	5	55	1.35
22874620--22874657	5	7.8	5	83	16	53	42	0	0	57	0.98
22875394--22875421	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
22877700--22877732	12	2.8	12	90	0	57	39	0	0	60	0.97
22891053--22891146	9	9.9	9	69	22	59	32	3	2	61	1.23
22896096--22896140	23	2.0	23	95	0	81	46	20	0	33	1.51
22896098--22896151	13	4.4	13	81	13	69	48	16	0	35	1.47
22896712--22896738	14	1.9	14	100	0	54	14	0	3	81	0.82
22903110--22903237	55	2.3	55	79	2	141	23	25	30	20	1.98
22907744--22907924	96	1.9	96	88	0	272	37	17	32	13	1.88
22918393--22918419	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
22918520--22918563	13	3.6	13	76	17	58	50	13	0	36	1.42
22918521--22918572	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
22923629--22923678	21	2.4	21	80	6	57	52	16	12	20	1.75
22949047--22949148	50	2.1	50	98	1	197	53	13	0	32	1.40
22963526--22963689	43	3.8	42	75	12	145	32	26	17	23	1.96
22965429--22965477	25	2.0	25	87	0	71	34	0	20	44	1.52
22971354--22971391	20	1.9	20	84	10	51	39	7	0	52	1.31
22971817--22971874	30	1.9	30	86	6	82	36	13	10	39	1.79
22977704--22977743	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
22979797--22979862	25	2.6	25	87	0	96	19	12	9	59	1.59
22980976--22981027	15	3.4	15	73	5	50	42	0	5	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22982355--22982440	39	2.2	40	85	4	111	41	2	5	50	1.39
22984334--22984458	63	2.0	63	98	0	241	38	8	16	36	1.79
22984815--22984997	92	2.0	92	93	0	312	32	18	10	38	1.85
22987483--22987521	16	2.5	16	79	4	53	71	0	0	28	0.86
22988336--22988369	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
22991166--22991206	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
22993112--22993145	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
22999257--22999289	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
23000819--23000865	17	2.8	16	87	12	67	31	0	0	68	0.90
23007172--23007204	16	1.9	18	88	11	52	57	0	9	33	1.30
23019565--23019714	70	2.2	64	86	6	192	28	9	13	49	1.72
23022701--23022873	46	3.7	46	74	4	159	21	17	28	31	1.97
23022694--23022865	93	1.8	93	86	0	245	21	19	28	30	1.97
23025164--23025203	18	2.1	18	86	9	53	40	17	0	42	1.49
23028936--23029007	22	3.3	22	76	3	74	45	12	20	20	1.83
23030471--23030663	69	2.8	69	87	4	264	36	21	14	26	1.92
23030471--23030662	103	1.9	104	88	1	296	36	21	14	27	1.93
23030471--23030664	34	5.6	34	90	1	262	36	21	14	27	1.92
23030506--23030683	34	5.2	34	88	4	151	34	21	15	28	1.94
23034281--23034315	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
23034278--23034316	16	2.4	17	83	12	55	51	0	0	48	1.00
23043915--23043978	31	2.1	31	100	0	128	35	12	29	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23045461--23045512	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
23046015--23046128	42	2.7	43	75	13	119	30	13	21	34	1.92
23051868--23051896	13	2.3	13	94	5	51	34	31	27	6	1.83
23054867--23054906	5	7.8	5	84	15	55	60	0	0	40	0.97
23054861--23054927	20	3.1	22	79	14	77	53	1	1	43	1.19
23057034--23057141	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
23058762--23058902	54	2.6	53	93	2	228	17	24	24	34	1.96
23058762--23058920	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	33	1.97
23061303--23061337	17	2.1	17	100	0	70	34	0	22	42	1.54
23069103--23069618	129	4.0	129	100	0	1032	24	24	13	37	1.92
23069899--23069946	18	2.5	20	80	19	57	31	2	0	66	1.03
23070729--23070807	39	2.0	39	95	0	140	36	29	5	29	1.79
23071715--23071745	15	2.1	15	94	5	55	48	0	19	32	1.49
23073763--23073841	40	2.0	40	89	0	122	15	15	32	36	1.88
23075023--23075072	24	2.1	24	100	0	100	26	28	24	22	1.99
23081060--23081135	40	1.9	40	94	0	134	13	11	36	38	1.81
23089237--23089376	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
23090996--23091053	26	2.2	26	90	0	89	36	24	1	37	1.66
23094962--23095101	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
23096707--23096764	26	2.2	26	90	6	91	36	24	3	36	1.72
23098098--23098306	46	4.5	46	76	8	176	24	28	18	28	1.98
23098136--23098309	94	1.9	92	83	7	226	24	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23112857--23112955	49	2.0	49	94	0	171	12	18	26	43	1.85
23115076--23115383	94	3.3	91	77	12	254	25	29	16	28	1.97
23115069--23115385	46	6.7	47	76	14	230	24	29	17	28	1.97
23124772--23124818	19	2.5	19	96	0	85	31	6	21	40	1.78
23125437--23125468	11	2.8	11	95	4	55	43	21	0	34	1.53
23127821--23127940	37	3.2	37	87	0	159	40	29	12	18	1.87
23132928--23132973	21	2.2	21	84	7	58	17	36	23	21	1.94
23133794--23133824	5	6.2	5	100	0	62	58	22	0	19	1.40
23145302--23145421	57	2.1	57	95	0	213	43	13	7	35	1.72
23148422--23148507	43	2.0	43	88	0	127	20	24	17	37	1.94
23148721--23148812	38	2.3	40	85	5	116	36	20	20	21	1.95
23148825--23149005	91	2.0	93	93	2	312	38	19	16	25	1.93
23149001--23149103	40	2.6	39	81	4	118	27	22	20	30	1.98
23149255--23149422	22	7.8	21	66	11	72	23	0	29	46	1.57
23149319--23149403	7	11.7	7	72	12	55	21	0	32	45	1.52
23149316--23149422	15	7.4	15	81	10	125	21	0	33	44	1.52
23149316--23149422	29	3.7	29	83	13	132	21	0	33	44	1.52
23149389--23149485	50	2.0	49	83	6	124	22	1	35	41	1.61
23150163--23150213	14	3.8	13	75	17	50	60	1	0	37	1.08
23154179--23154329	75	2.0	75	94	0	266	23	23	7	45	1.78
23154646--23154747	53	1.9	53	81	0	123	32	20	25	21	1.98
23163176--23163215	18	2.2	18	86	8	55	37	0	5	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23168661--23168768	26	4.2	26	90	0	171	37	25	5	31	1.79
23169931--23170021	45	2.0	45	91	0	146	26	14	24	35	1.93
23173087--23173123	19	1.9	19	89	10	58	32	5	21	40	1.76
23175712--23175873	40	4.1	40	83	3	218	23	22	27	27	1.99
23176116--23176157	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
23177960--23178027	35	1.9	35	90	0	109	23	29	25	22	1.99
23182384--23182434	22	2.3	22	83	6	68	52	0	5	41	1.25
23183061--23183100	17	2.2	18	86	8	55	55	5	0	40	1.22
23185529--23185561	13	2.4	14	90	10	50	60	0	27	12	1.32
23192884--23192913	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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