genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14424206--14424256	20	2.4	21	80	9	59	49	1	9	39	1.47
14424218--14424256	20	2.0	20	89	0	60	53	2	7	35	1.43
14425072--14425123	19	2.5	20	72	12	52	63	0	7	28	1.22
14425085--14425135	19	2.6	19	84	3	57	68	0	5	25	1.12
14427060--14427107	22	2.3	21	92	7	80	64	0	0	35	0.94
14427380--14427461	31	2.7	29	81	7	92	48	1	6	43	1.35
14427565--14427639	39	1.9	39	86	0	105	37	8	4	50	1.50
14428922--14428966	17	2.4	18	82	17	56	55	6	6	31	1.52
14429257--14429319	22	2.8	23	81	11	69	60	3	3	33	1.28
14429371--14429440	13	5.1	13	71	21	54	58	4	1	35	1.26
14429328--14429455	43	3.0	43	81	16	133	55	5	2	36	1.36
14429323--14429453	26	4.8	26	70	20	72	56	5	2	35	1.35
14429412--14429479	26	2.7	26	80	10	63	52	7	2	36	1.44
14430059--14430115	24	2.4	24	84	0	87	10	47	26	15	1.78
14431366--14431401	13	2.8	13	91	0	54	61	2	11	25	1.43
14431627--14431675	14	3.5	14	88	0	71	61	2	18	18	1.45
14431473--14431661	91	2.1	91	84	5	249	40	15	17	26	1.89
14431655--14431880	73	3.1	73	89	4	348	30	22	18	28	1.97
14431749--14432050	159	1.9	157	93	1	523	33	22	16	27	1.95
14431902--14432045	73	2.0	71	87	2	207	29	23	18	27	1.98
14440800--14440858	29	2.0	29	96	0	109	28	20	15	35	1.93
14445791--14445844	13	4.2	13	80	0	54	31	22	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14447923--14447975	26	2.0	26	85	0	70	39	11	7	41	1.69
14448131--14448170	17	2.3	17	86	4	53	10	0	35	55	1.34
14451183--14451258	32	2.4	32	82	8	93	40	10	13	35	1.79
14451868--14451939	35	2.1	35	91	0	117	51	12	9	26	1.70
14455273--14455402	48	2.7	48	86	2	163	34	28	15	21	1.94
14456723--14456798	40	1.9	40	88	0	116	27	13	18	40	1.88
14462915--14463047	48	2.8	48	84	0	176	36	25	15	22	1.94
14474838--14474873	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
14485793--14485855	28	2.2	28	91	5	101	38	20	6	34	1.78
14486032--14486274	75	3.2	75	80	6	269	32	21	19	27	1.97
14489124--14489189	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
14489141--14489238	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
14489141--14489238	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
14491215--14491243	14	2.1	14	93	6	51	27	24	0	48	1.51
14491793--14491834	21	2.0	21	95	0	75	11	7	23	57	1.59
14492943--14492992	16	3.1	15	81	18	57	66	4	0	30	1.10
14492954--14492998	22	1.9	24	86	13	67	66	2	0	31	1.04
14494612--14494658	7	6.9	7	92	2	78	0	14	0	85	0.61
14505349--14505412	26	2.4	27	72	15	69	31	3	3	62	1.26
14505929--14505978	19	2.6	19	81	12	57	52	0	4	44	1.20
14506301--14506440	43	3.4	42	80	13	173	48	13	1	36	1.52
14512413--14512494	43	1.9	43	87	0	119	34	21	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14512693--14512816	61	2.0	61	81	6	144	45	8	21	23	1.79
14520011--14520111	50	2.0	50	100	0	202	37	7	17	36	1.79
14525357--14525409	27	2.0	27	92	7	90	18	24	26	30	1.98
14536167--14536193	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
14537440--14537700	79	3.3	77	84	3	324	34	6	14	44	1.71
14537480--14537697	39	5.6	38	67	17	101	36	5	15	42	1.71
14538233--14538271	12	3.3	12	85	3	53	76	12	2	7	1.09
14538753--14538783	16	2.0	16	93	6	55	64	0	6	29	1.18
14552395--14552448	17	3.2	16	79	10	54	77	3	7	11	1.09
14563698--14563750	25	2.1	25	100	0	106	26	15	24	33	1.95
14570174--14570216	10	4.0	10	77	16	50	53	27	6	11	1.63
14573472--14573553	40	2.0	40	100	0	164	45	14	10	29	1.79
14578736--14578794	21	2.8	22	84	5	77	10	15	33	40	1.81
14581917--14581967	24	2.1	24	82	13	61	66	1	27	3	1.20
14585493--14585539	21	2.1	22	84	7	60	51	2	8	38	1.45
14610086--14610206	63	1.9	63	91	3	199	33	28	8	29	1.86
14611647--14611771	38	3.2	38	84	7	155	43	25	18	12	1.86
14611647--14611799	39	3.9	40	81	8	172	41	26	17	14	1.88
14612555--14612694	43	3.3	43	80	6	158	32	25	17	25	1.97
14626359--14626383	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
14634697--14634757	22	2.7	22	80	12	70	62	0	4	32	1.17
14641575--14641665	28	3.2	28	81	3	94	36	23	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14641789--14641840	27	2.0	27	92	3	88	17	21	23	38	1.93
14641789--14641853	27	2.4	27	87	2	87	18	18	23	40	1.92
14664978--14665058	25	3.2	25	78	0	81	29	16	13	40	1.86
14666437--14666471	18	1.9	19	88	11	56	17	34	22	25	1.96
14674727--14674802	25	3.4	24	67	26	67	59	1	1	38	1.14
14675619--14675679	30	2.1	30	84	3	79	49	9	8	32	1.66
14680594--14680692	49	2.0	49	96	0	180	28	7	15	49	1.70
14682011--14682219	46	4.5	45	75	8	145	23	28	19	28	1.98
14682052--14682219	46	3.6	46	80	4	194	23	28	19	28	1.98
14695520--14695613	41	2.3	40	90	5	152	42	6	14	36	1.72
14701435--14701588	70	2.2	70	88	0	227	20	21	21	37	1.95
14705639--14705722	38	2.2	38	86	0	114	21	21	26	30	1.98
14705715--14705955	43	5.6	43	91	0	392	12	24	32	31	1.91
14706280--14706406	45	2.9	44	82	8	143	25	21	28	25	1.99
14706536--14706623	39	2.3	39	94	3	153	28	9	20	42	1.82
14708013--14708234	40	5.7	40	81	8	233	25	21	27	25	1.99
14708013--14708234	79	2.8	78	81	7	245	25	21	27	25	1.99
14708093--14708267	77	2.3	78	81	6	187	25	22	28	24	1.99
14715938--14716158	39	5.7	40	81	7	231	25	21	27	25	1.99
14716017--14716191	77	2.3	78	81	6	187	25	22	28	24	1.99
14720581--14720658	39	2.0	38	80	9	86	35	3	17	42	1.68
14721868--14721917	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14721873--14722248	94	4.0	94	95	0	671	39	19	10	30	1.84
14729694--14729756	24	2.6	26	82	12	80	33	28	15	22	1.95
14729781--14729830	24	2.1	24	92	0	82	32	28	12	28	1.92
14729885--14729947	24	2.6	24	94	0	108	34	23	14	26	1.93
14729779--14730041	118	2.2	119	93	1	456	39	20	11	29	1.87
14729909--14730187	94	3.0	94	97	0	522	39	19	10	30	1.85
14734924--14734988	19	3.2	19	82	8	76	52	4	0	43	1.22
14734920--14735042	65	1.9	66	80	11	146	57	3	2	36	1.28
14738976--14739014	19	1.9	19	85	10	51	2	25	2	69	1.14
14740010--14740044	18	1.9	18	88	0	52	48	2	17	31	1.61
14742769--14742819	23	2.2	24	89	10	79	72	1	0	25	0.95
14751437--14751466	14	2.2	14	94	5	53	13	0	0	86	0.57
14751435--14751519	36	2.4	34	69	11	82	15	11	0	72	1.11
14769814--14769872	5	11.8	5	75	13	50	76	0	5	18	0.97
14769838--14769885	16	3.2	16	85	11	66	70	2	4	22	1.15
14781265--14781291	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
14781979--14782017	19	2.1	19	85	4	53	56	7	5	30	1.49
14789349--14789386	20	1.9	20	94	0	67	31	10	13	44	1.77
14793273--14793301	13	2.1	14	93	6	51	41	0	20	37	1.53
14794099--14794271	40	4.3	40	83	2	206	24	17	25	32	1.97
14794099--14794274	80	2.2	79	84	3	228	25	17	25	32	1.96
14794261--14794314	28	1.9	28	84	0	72	27	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14796019--14796066	25	1.9	25	91	0	78	18	18	16	45	1.85
14805833--14805914	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
14811157--14811222	22	3.2	22	65	20	61	33	13	10	42	1.79
14811318--14811352	17	2.1	17	100	0	70	54	22	5	17	1.64
14813021--14813124	40	2.6	40	89	0	145	37	21	21	20	1.94
14813017--14813120	20	5.2	20	71	0	91	37	20	21	21	1.94
14813017--14813137	40	3.0	40	84	2	136	38	19	19	21	1.93
14813119--14813159	20	2.0	20	85	0	55	34	19	17	29	1.94
14813063--14813147	40	2.1	40	82	0	98	40	21	18	20	1.92
14815062--14815098	17	2.2	17	95	0	65	54	13	5	27	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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