genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20693938--20693993	18	3.3	17	78	14	62	66	5	1	26	1.23
20694978--20695013	14	2.5	15	90	4	56	72	0	0	27	0.85
20696226--20696288	19	3.4	19	80	6	67	42	0	4	52	1.22
20696410--20696444	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
20697511--20697559	23	2.0	26	85	14	70	42	8	0	48	1.32
20698120--20698166	23	2.1	23	84	11	62	29	2	4	63	1.25
20709980--20710008	13	2.1	14	93	6	51	27	20	3	48	1.66
20712711--20712753	19	2.2	20	87	4	61	30	18	4	46	1.69
20720988--20721150	89	1.8	89	82	6	213	31	16	24	26	1.96
20720988--20721179	89	2.1	89	79	6	201	30	17	24	27	1.97
20721067--20721499	226	1.9	227	86	4	615	31	18	21	29	1.97
20727859--20727901	21	2.0	21	95	0	77	9	11	32	46	1.72
20730660--20730708	8	6.5	8	77	13	59	16	0	30	53	1.43
20730668--20730707	14	2.7	15	88	7	55	17	0	30	52	1.45
20730660--20730708	22	2.2	23	88	3	73	16	0	30	53	1.43
20730937--20730970	17	1.9	17	88	5	50	20	44	20	14	1.87
20736990--20737033	23	1.9	23	100	0	88	31	31	13	22	1.93
20743418--20743470	27	1.9	27	84	3	70	50	0	1	47	1.12
20743418--20743479	27	2.3	27	80	8	63	54	0	3	41	1.16
20751755--20751809	24	2.1	26	83	12	69	34	0	7	58	1.26
20752435--20752464	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
20763447--20763479	14	2.4	14	90	5	50	48	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20765469--20765525	26	2.2	25	81	9	62	22	0	12	64	1.26
20766573--20766620	21	2.3	21	82	10	55	52	0	2	45	1.12
20772770--20772799	8	3.8	8	100	0	60	26	0	0	73	0.84
20776274--20776301	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20779045--20779083	10	4.0	10	86	6	53	25	0	2	71	0.98
20781017--20781041	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
20780971--20781089	54	2.2	54	86	5	163	5	26	3	64	1.32
20783625--20783649	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
20783716--20783763	25	1.9	25	91	0	78	66	6	25	2	1.26
20784409--20784469	32	1.9	32	93	0	104	31	0	18	50	1.47
20786171--20786305	35	3.7	37	79	10	152	32	11	22	34	1.89
20789636--20789700	5	13.2	5	80	19	75	40	0	0	60	0.97
20789636--20789689	8	6.5	8	80	19	58	38	0	0	61	0.96
20789639--20789692	3	20.0	3	77	21	57	38	0	0	61	0.96
20789636--20789700	29	2.2	29	89	8	96	40	0	0	60	0.97
20789709--20789804	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
20790511--20790568	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
20790780--20790811	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
20790906--20791147	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
20790906--20791155	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
20793592--20793619	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
20795578--20795636	5	11.2	5	84	15	75	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20795579--20795636	2	33.5	2	72	27	53	41	0	0	58	0.98
20795578--20795634	12	4.8	12	81	18	75	40	0	0	59	0.97
20795578--20795636	15	3.7	16	86	13	86	40	0	0	59	0.97
20795645--20795740	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
20796686--20796717	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
20796812--20797053	50	4.7	51	84	4	276	26	24	29	19	1.99
20796812--20797061	100	2.4	103	88	6	364	25	24	29	20	1.99
20804317--20804369	21	2.5	21	82	11	56	20	45	1	32	1.62
20807411--20807445	15	2.3	15	90	0	52	8	11	2	77	1.10
20807462--20807486	9	2.8	9	100	0	50	12	0	8	80	0.92
20807526--20807570	23	2.0	23	86	8	65	44	0	0	55	0.99
20807526--20807611	37	2.4	35	88	5	118	40	0	0	59	0.97
20807548--20807584	15	2.5	15	91	4	58	43	0	0	56	0.99
20807672--20807727	13	4.5	13	76	19	57	39	0	0	60	0.97
20807666--20807716	22	2.3	23	89	3	77	43	0	0	56	0.99
20807696--20807737	16	2.9	15	86	13	61	33	0	0	66	0.92
20807696--20807740	13	3.2	14	82	17	58	31	0	0	68	0.89
20809910--20810198	149	1.9	149	95	0	524	31	19	21	28	1.97
20812668--20812741	21	3.7	20	71	18	64	41	1	2	54	1.23
20812675--20812758	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
20812968--20812998	14	2.1	15	94	5	55	67	0	32	0	0.91
20813853--20813967	40	2.9	39	84	5	142	39	10	15	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20816104--20816150	22	2.1	23	84	7	62	59	2	0	38	1.09
20816096--20816150	23	2.4	23	84	6	67	58	1	0	40	1.09
20816188--20816270	29	2.8	30	81	13	84	54	0	1	44	1.08
20816242--20816291	17	3.1	16	77	16	59	62	0	0	38	0.96
20816207--20816291	31	2.7	31	80	14	104	60	0	0	40	0.97
20816256--20816302	24	2.0	24	84	8	62	63	2	0	34	1.06
20817429--20817464	16	2.2	17	90	5	56	33	0	0	66	0.92
20817430--20817477	16	2.7	17	76	17	53	37	0	0	62	0.95
20817430--20817483	17	3.1	17	74	10	54	40	0	0	59	0.98
20822714--20822872	53	3.1	52	85	5	205	31	28	15	24	1.95
20830499--20830542	23	1.9	23	100	0	88	25	11	13	50	1.75
20838769--20838878	21	5.2	21	76	10	100	45	15	21	17	1.85
20838771--20838878	42	2.6	42	92	0	171	45	15	21	17	1.85
20841274--20841337	30	2.1	30	85	5	85	45	1	4	48	1.32
20842641--20842687	21	2.2	20	79	17	51	34	6	0	59	1.23
20848612--20848718	53	2.0	53	100	0	214	45	14	7	31	1.73
20864456--20864724	49	5.6	49	71	10	173	27	19	27	25	1.99
20865677--20865805	46	2.8	46	90	2	188	18	20	30	30	1.97
20870107--20870146	12	3.5	11	83	12	53	62	2	2	32	1.22
20871031--20871061	12	2.7	11	90	9	53	70	6	0	22	1.09
20870990--20871053	31	2.1	31	85	8	87	59	12	3	25	1.48
20871030--20871062	17	1.9	17	88	11	50	69	6	0	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20873392--20873446	27	2.0	27	100	0	110	18	32	14	34	1.91
20881833--20881880	21	2.3	20	82	7	51	22	0	6	70	1.09
20899947--20899980	17	2.0	17	88	11	52	32	0	5	61	1.20
20901245--20901285	17	2.4	17	87	0	64	48	0	21	29	1.50
20901238--20901285	23	2.0	24	88	4	71	45	0	20	33	1.52
20901308--20901353	23	2.0	23	91	0	74	26	21	17	34	1.95
20901376--20901419	13	3.3	13	83	3	52	27	2	34	36	1.70
20901460--20901543	28	3.0	28	89	1	123	19	3	29	47	1.66
20901464--20901578	28	4.4	25	75	17	85	15	5	31	47	1.67
20901823--20901894	35	2.1	34	84	7	92	52	9	18	19	1.72
20902452--20903031	44	13.2	43	65	18	250	21	23	22	32	1.98
20902356--20903101	88	8.5	88	88	2	1034	21	24	22	32	1.98
20902671--20903075	44	9.2	44	63	17	162	20	25	21	32	1.98
20903027--20903174	73	2.0	73	96	0	269	20	24	24	31	1.98
20903100--20903319	44	5.0	44	68	12	164	20	27	21	30	1.98
20902939--20903264	161	2.0	161	95	0	580	19	25	23	31	1.98
20903100--20903349	88	2.8	88	93	0	410	22	24	22	31	1.98
20903326--20903646	178	1.8	178	90	0	525	29	21	19	29	1.98
20903482--20903777	133	2.2	133	86	3	400	30	20	18	30	1.96
20903622--20904052	178	2.4	178	96	0	774	30	21	17	29	1.96
20903327--20903955	311	2.0	311	86	2	879	29	21	18	29	1.97
20916634--20916721	45	2.0	45	95	0	158	28	18	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20917791--20918461	345	1.9	345	99	0	1333	35	20	13	30	1.91
20922038--20922093	28	2.0	28	96	0	103	41	25	12	21	1.88
20932582--20932624	10	4.3	10	82	11	61	69	2	6	20	1.23
20933197--20933336	40	3.6	38	73	14	133	30	23	18	27	1.98
20936219--20936359	55	2.7	51	81	9	185	26	14	12	46	1.80
20936225--20936335	55	2.0	55	92	0	186	27	14	13	45	1.82
20945281--20945321	14	2.9	14	88	0	55	17	0	29	53	1.44
20945281--20945321	21	2.0	21	90	0	64	17	0	29	53	1.44
20945347--20945429	29	2.8	29	73	8	71	15	0	31	53	1.43
20945345--20945444	36	2.8	36	74	18	91	16	0	33	51	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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