genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54225151--54225248	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
54305794--54305980	39	4.7	40	81	9	222	25	27	21	25	1.99
54305794--54305980	79	2.4	78	83	5	234	25	27	21	25	1.99
54307798--54307844	20	2.3	20	96	0	85	36	8	21	34	1.84
54307890--54307964	26	2.9	26	89	0	114	25	24	20	30	1.98
54315733--54315771	20	2.0	20	100	0	78	33	10	20	35	1.86
54315817--54315891	26	2.9	26	91	0	123	28	21	18	32	1.97
54315819--54315904	26	3.4	24	79	10	91	30	19	19	30	1.97
54316111--54316201	38	2.7	31	73	22	94	35	15	24	25	1.94
54317440--54317479	18	2.2	18	100	0	80	37	10	10	42	1.72
54323943--54324548	48	12.6	48	96	0	1086	34	7	27	30	1.84
54331711--54331748	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
54347645--54347774	49	2.6	48	80	9	138	30	20	27	21	1.98
54351364--54351389	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
54351413--54351692	41	6.8	41	84	8	184	37	23	21	17	1.93
54351443--54351703	41	6.4	41	90	1	366	37	24	22	15	1.92
54351861--54351897	14	2.6	14	100	0	74	40	0	13	45	1.43
54351879--54351952	21	3.3	21	73	14	76	31	1	22	44	1.61
54351879--54351968	46	2.0	46	88	0	135	31	2	23	43	1.66
54352520--54352617	46	2.1	46	83	10	121	35	3	4	57	1.33
54352547--54352616	23	3.0	23	76	15	81	35	1	5	57	1.32
54357810--54357934	43	2.9	43	87	0	169	21	20	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54361915--54362039	46	2.7	46	85	2	162	28	17	29	24	1.97
54368118--54368247	56	2.3	56	93	0	215	31	29	14	24	1.95
54370935--54370995	30	2.0	30	96	0	113	24	18	9	47	1.78
54385727--54385803	39	1.9	39	89	2	118	25	22	27	24	2.00
54385691--54385831	40	3.5	40	79	15	132	25	22	26	24	2.00
54386055--54386222	47	3.6	47	99	0	327	33	7	29	29	1.84
54397382--54397437	12	4.7	12	80	8	60	12	25	1	60	1.42
54397369--54397437	36	1.9	36	82	5	86	14	26	1	57	1.45
54397377--54397437	24	2.5	24	81	0	68	16	24	1	57	1.48
54398472--54398534	11	5.9	11	87	9	87	19	6	9	65	1.43
54398471--54398534	23	3.0	20	88	11	85	20	6	9	64	1.45
54398472--54398573	11	8.9	11	80	14	77	19	8	7	63	1.47
54398471--54398530	10	5.8	10	86	9	77	18	5	8	68	1.34
54398492--54398576	26	3.5	25	86	13	124	18	10	7	63	1.48
54398492--54398576	11	7.0	12	81	13	95	18	10	7	63	1.48
54414573--54414601	9	3.2	9	100	0	58	37	10	31	20	1.86
54416510--54416682	93	1.9	93	88	0	265	29	30	19	20	1.97
54416503--54416678	46	3.8	46	75	10	160	30	30	19	19	1.97
54416554--54416697	46	3.1	46	71	14	125	30	28	19	21	1.98
54433470--54433597	46	2.8	46	90	0	193	21	21	26	29	1.99
54438923--54439051	46	2.8	46	92	0	213	20	22	27	29	1.99
54446513--54446569	30	1.9	30	85	0	78	29	21	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54466887--54466965	18	4.3	18	76	7	70	6	21	0	72	1.07
54466887--54466965	6	12.8	6	71	10	61	6	21	0	72	1.07
54466899--54466964	19	3.5	19	71	20	50	7	19	0	72	1.08
54474583--54474804	40	5.6	40	88	5	283	25	20	27	26	1.99
54474587--54474837	79	3.2	80	81	9	282	27	20	26	26	1.99
54474587--54474837	119	2.1	119	81	8	280	27	20	26	26	1.99
54482560--54482781	40	5.7	40	86	7	287	24	21	27	26	1.99
54482560--54482800	79	3.1	78	84	8	292	24	21	27	25	1.99
54498879--54498915	18	2.0	20	89	10	60	27	10	16	45	1.80
54500970--54501044	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
54501098--54501488	40	10.1	39	90	4	551	24	21	28	25	1.99
54505017--54505091	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
54504829--54505098	47	5.7	47	96	0	479	29	10	32	27	1.90
54504818--54505119	141	2.1	140	88	6	473	31	9	31	27	1.88
54509669--54509834	40	4.2	40	85	2	210	31	19	22	25	1.98
54509884--54509987	40	2.6	40	85	1	127	31	19	19	29	1.96
54509730--54510101	154	2.4	155	84	0	494	30	18	21	29	1.97
54510148--54510188	21	2.0	21	85	9	57	43	4	2	48	1.37
54510344--54510393	14	3.6	14	75	2	57	24	0	26	50	1.50
54510423--54510486	14	4.5	14	82	2	56	20	0	37	42	1.52
54510420--54510549	7	18.7	7	70	7	50	21	0	32	45	1.57
54510420--54510486	21	3.2	20	81	10	71	20	0	35	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54511600--54511654	20	2.6	21	77	8	58	69	5	0	25	1.10
54511746--54511805	30	2.1	28	85	11	79	75	1	5	18	1.07
54511802--54511905	41	2.5	42	85	3	131	38	11	21	28	1.88
54511831--54511927	41	2.4	41	77	3	108	47	16	16	19	1.83
54516099--54516253	43	3.6	43	84	0	193	26	16	27	30	1.96
54523017--54523055	18	2.2	18	86	4	53	30	5	20	43	1.73
54526144--54526332	82	2.3	81	85	3	245	23	17	19	40	1.91
54526164--54526324	40	4.0	40	80	7	173	24	16	18	39	1.91
54526144--54526332	41	4.6	41	82	5	213	23	17	19	40	1.91
54534477--54534552	22	3.3	22	68	22	66	36	9	27	26	1.87
54534281--54534589	141	2.2	141	84	1	413	34	11	28	24	1.91
54534264--54534555	47	6.2	47	91	0	422	34	11	28	26	1.91
54534569--54534659	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
54542958--54542984	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
54544004--54544056	23	2.3	23	96	0	97	28	9	15	47	1.76
54544004--54544073	23	3.0	23	89	0	77	30	10	14	45	1.77
54553483--54553528	23	2.0	23	87	8	67	21	23	19	34	1.96
54553485--54553536	23	2.3	23	83	6	61	21	26	19	32	1.97
54568121--54568453	166	2.0	166	97	0	630	27	19	25	27	1.99
54581998--54582112	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
54581998--54582112	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
54583699--54583782	26	3.2	26	94	0	141	35	25	4	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54592404--54592460	16	3.5	17	81	11	66	47	1	0	50	1.11
54592386--54592456	21	3.7	20	71	19	60	45	1	1	52	1.18
54592403--54592460	5	10.7	6	72	20	56	46	1	0	51	1.11
54608164--54608335	46	3.7	47	75	13	176	30	27	19	23	1.98
54608167--54608358	46	4.2	46	72	18	134	29	26	19	24	1.99
54615885--54615949	28	2.3	28	89	0	103	32	27	9	30	1.88
54616055--54616156	28	3.6	28	85	6	134	21	24	21	32	1.98
54616055--54616170	56	2.1	55	82	9	137	19	23	21	35	1.96
54626141--54626370	48	4.7	50	77	10	176	23	31	20	25	1.98
54626287--54626551	46	5.7	44	74	12	160	23	29	19	27	1.98
54627754--54627843	43	2.1	42	85	6	119	24	16	26	32	1.96
54636827--54636852	9	2.9	9	100	0	52	46	7	11	34	1.69
54636982--54637128	23	6.3	23	74	9	102	23	23	18	34	1.96
54636982--54637128	46	3.2	46	82	3	170	23	23	18	34	1.96
54645989--54646146	64	2.4	64	83	8	201	31	15	27	25	1.96
54646744--54646800	29	2.0	29	100	0	114	36	7	14	42	1.72
54653285--54653317	14	2.5	13	90	9	57	21	6	12	60	1.53
54665062--54665103	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
54667633--54667670	15	2.5	15	91	0	58	57	15	10	15	1.64
54670773--54670947	49	3.5	49	80	9	210	29	25	18	26	1.98
54670766--54670951	100	1.9	100	93	0	318	28	25	19	26	1.99
54678071--54678318	41	6.1	40	79	4	219	37	16	25	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54678086--54678318	82	2.9	80	82	3	268	39	16	24	20	1.92
54680121--54680158	19	2.0	19	94	0	67	23	2	36	36	1.69
54682460--54682599	44	3.3	42	82	7	131	25	19	25	30	1.98
54682460--54682599	42	3.3	42	80	8	140	25	19	25	30	1.98
54682460--54682617	43	3.7	43	75	10	126	24	18	25	30	1.98
54687639--54687783	40	3.7	40	82	10	165	24	22	27	24	2.00
54687639--54687806	40	4.3	38	81	6	142	26	22	26	25	2.00
54687639--54687789	79	1.9	80	82	6	191	25	22	27	23	2.00
54687692--54687808	39	3.0	40	83	5	114	27	20	26	25	1.99
54770202--54770249	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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