genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38698127--38698156	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
38699857--38699985	43	3.0	43	87	1	179	27	21	29	21	1.99
38699874--38700012	43	3.3	43	84	6	142	28	21	29	20	1.98
38706200--38706316	43	2.7	42	85	1	144	26	23	29	21	1.99
38709209--38709311	50	2.1	50	90	7	165	25	28	18	28	1.98
38714024--38714153	43	3.0	42	73	5	118	29	15	23	32	1.95
38717644--38717709	34	1.9	34	87	0	96	34	6	16	42	1.73
38717770--38717838	9	7.4	9	75	6	66	23	2	20	53	1.59
38721990--38722058	9	7.4	9	75	6	66	23	2	21	52	1.61
38728658--38728695	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
38728924--38729094	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
38728919--38729091	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
38732795--38732832	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
38733061--38733231	93	1.8	93	89	2	272	28	27	21	22	1.99
38733056--38733228	46	3.8	44	77	13	179	29	26	21	22	1.99
38738846--38738939	26	3.6	26	88	0	143	28	21	22	27	1.99
38738982--38739038	20	3.1	18	80	14	62	35	22	8	33	1.85
38738996--38739038	9	4.6	9	80	11	50	37	20	6	34	1.80
38738986--38739031	20	2.3	20	96	0	83	32	21	10	34	1.88
38743792--38743834	21	2.0	21	95	0	77	41	9	11	37	1.74
38744972--38745084	43	2.7	43	73	6	113	30	15	23	30	1.96
38763913--38763980	35	2.0	34	85	2	91	27	13	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38769957--38770727	392	2.0	392	96	1	1438	34	13	19	31	1.91
38777580--38777763	39	4.6	41	81	11	197	24	22	27	25	2.00
38777580--38777798	79	2.8	78	80	9	223	26	21	26	25	1.99
38777633--38777796	78	2.1	79	82	7	192	26	20	27	25	1.99
38784249--38784275	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
38784259--38784794	101	5.2	101	88	4	614	35	16	23	24	1.95
38784259--38784520	47	5.3	47	67	15	177	36	14	22	25	1.93
38784300--38784806	55	9.7	53	73	11	391	35	16	23	23	1.95
38784510--38784806	108	2.7	108	90	1	443	34	18	24	22	1.96
38788439--38788472	18	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
38798649--38798713	32	2.0	32	100	0	130	47	9	9	33	1.67
38804485--38804573	43	2.1	43	100	0	178	14	26	20	38	1.91
38815628--38815732	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
38815591--38815732	40	3.6	40	79	12	141	24	21	28	25	1.99
38815641--38815732	39	2.3	39	88	5	132	23	22	28	25	2.00
38815957--38816218	47	5.6	47	92	0	416	32	9	30	27	1.88
38818290--38818334	23	2.0	22	95	4	81	53	26	8	11	1.65
38819009--38819220	42	5.0	42	78	5	183	33	23	16	25	1.96
38819009--38819228	85	2.6	85	79	4	228	34	23	16	25	1.96
38824754--38824890	46	3.0	46	85	0	193	25	30	8	35	1.86
38824864--38825244	47	8.1	47	90	1	548	25	29	11	33	1.91
38824864--38825215	190	1.9	188	89	2	553	24	30	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38825121--38825245	25	5.2	25	64	18	77	28	28	8	34	1.87
38824904--38825265	143	2.6	140	86	5	394	27	28	11	32	1.91
38829138--38829330	40	4.8	40	95	0	341	24	30	22	23	1.99
38830826--38830958	46	2.9	46	85	0	185	25	30	9	35	1.87
38830932--38831311	47	8.1	47	89	1	546	26	29	11	32	1.91
38830932--38831282	189	1.9	188	89	1	551	25	29	12	32	1.92
38834479--38834597	29	4.1	29	90	1	177	25	14	29	31	1.95
38836290--38836384	41	2.3	42	85	5	124	28	15	27	28	1.96
38838345--38838376	16	1.9	17	93	6	57	53	28	6	12	1.62
38839857--38839961	28	3.8	28	85	6	142	29	14	29	26	1.95
38843407--38843638	49	4.7	48	83	6	284	29	27	17	25	1.97
38843393--38843638	100	2.5	99	85	3	334	29	27	17	25	1.97
38844284--38844343	30	2.0	30	83	6	77	28	25	8	38	1.84
38854928--38855028	29	3.6	28	84	7	116	29	27	15	26	1.96
38856563--38856600	16	2.3	17	90	4	60	15	5	28	50	1.66
38858258--38858289	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
38859754--38859857	28	3.7	27	82	7	127	27	13	30	27	1.94
38859752--38859857	56	1.9	56	88	3	160	28	13	30	28	1.94
38863495--38863636	40	3.6	40	80	2	162	23	20	28	27	1.99
38864127--38864193	31	2.2	31	100	0	134	32	11	20	34	1.90
38871461--38871511	26	1.9	27	84	4	68	15	5	19	58	1.57
38872275--38872445	27	6.3	27	86	1	216	36	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38872276--38872434	82	2.0	81	88	1	237	36	19	18	25	1.95
38879911--38879959	22	2.2	23	82	10	57	40	8	0	51	1.32
38881303--38881526	43	5.2	42	87	4	231	29	28	16	25	1.97
38881329--38881526	86	2.3	86	90	0	297	30	27	16	26	1.96
38892566--38892626	30	2.0	30	84	6	79	31	26	4	37	1.77
38899491--38899660	46	3.7	46	76	12	177	30	27	18	23	1.98
38899496--38899666	93	1.8	93	88	2	263	29	28	19	22	1.98
38901571--38901658	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
38901571--38901649	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
38901582--38901658	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
38908386--38908428	15	2.9	15	79	6	52	9	13	18	58	1.62
38912154--38912264	28	3.9	29	78	7	120	27	14	33	25	1.94
38917638--38917668	16	2.0	15	93	6	53	58	19	12	9	1.62
38918076--38918188	27	4.2	27	88	3	149	19	25	21	33	1.97
38918075--38918184	55	2.0	55	87	5	161	20	25	20	34	1.96
38924653--38924872	40	5.6	40	90	4	333	26	23	27	23	2.00
38924653--38924872	79	2.8	79	90	4	338	26	23	27	23	2.00
38938075--38939463	48	28.5	46	78	17	1076	29	29	8	32	1.87
38938128--38939463	242	5.5	233	77	18	1154	30	28	8	32	1.87
38938738--38938882	51	2.8	51	76	18	149	31	28	6	33	1.83
38938075--38939463	147	9.5	142	76	18	1040	29	29	8	32	1.87
38943016--38943143	39	3.3	38	79	9	134	30	27	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38956537--38956738	40	5.1	40	89	1	291	25	23	27	23	2.00
38960967--38961081	27	4.3	27	76	9	110	20	21	20	37	1.95
38971708--38971783	37	2.1	37	100	0	152	35	15	27	21	1.94
38977033--38977168	18	6.6	20	72	15	75	69	2	21	7	1.24
38977051--38977168	6	19.2	6	68	11	69	70	2	20	6	1.22
38977071--38977134	17	3.6	18	76	6	67	70	3	17	9	1.27
38977125--38977170	18	2.6	18	93	6	76	71	0	26	2	0.97
38979715--38979833	46	2.6	46	97	0	220	21	31	11	34	1.90
38979807--38980181	47	8.0	47	91	0	581	26	28	12	33	1.92
38979966--38980090	23	5.2	25	61	24	72	29	28	11	30	1.91
38983314--38983347	10	3.4	10	87	0	50	14	20	23	41	1.89
38984915--38985030	57	2.0	57	83	6	146	25	13	33	26	1.94
38984915--38985030	29	4.1	29	85	3	146	25	13	33	26	1.94
38984927--38985045	29	4.2	28	78	8	132	25	14	35	25	1.93
38987924--38988016	43	2.2	43	86	0	123	29	27	16	26	1.97
38989219--38989412	47	4.2	46	77	9	182	24	30	19	25	1.98
38995335--38995483	66	2.2	66	82	7	176	32	17	28	21	1.96
38995359--38995541	66	2.8	64	79	8	203	28	16	31	23	1.96
39007331--39007619	48	6.0	48	95	0	499	35	6	27	30	1.82
39007760--39007862	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
39009236--39009302	23	3.2	23	64	24	65	23	22	28	25	1.99
39009149--39009400	40	6.3	40	92	0	405	24	19	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39009438--39009588	28	5.3	27	75	9	131	21	18	29	30	1.97
39009460--39009588	29	4.5	28	76	8	109	21	17	30	30	1.97
39009428--39009616	57	3.3	57	84	3	231	22	18	30	28	1.97
39013116--39013405	48	6.0	48	93	0	472	35	5	26	31	1.81
39013546--39013648	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
39026133--39026173	21	2.0	20	90	4	64	7	4	51	36	1.51
39028422--39028699	139	2.0	139	85	2	380	23	20	18	36	1.95
39031534--39031568	13	2.6	13	90	4	52	31	8	0	60	1.27
39043164--39043254	29	3.2	29	81	6	107	27	32	14	25	1.94
39043471--39043505	16	2.2	16	89	0	52	11	22	17	48	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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