genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9476376--9476413	11	3.6	11	82	13	53	34	18	10	36	1.85
9476460--9476507	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
9484023--9484108	31	2.8	31	91	1	138	23	25	19	31	1.98
9484326--9484396	24	2.9	24	85	6	97	23	23	25	26	2.00
9484443--9484490	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
9484527--9484575	25	1.9	26	91	4	82	30	12	22	34	1.91
9488175--9488216	6	7.2	6	86	5	50	76	0	4	19	0.96
9493879--9493910	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
9495999--9496038	19	2.2	18	86	4	53	7	30	15	47	1.72
9497178--9497322	43	3.4	43	79	7	134	31	24	15	28	1.96
9521176--9521321	48	3.0	48	87	0	202	25	25	21	27	2.00
9528828--9528917	24	3.6	25	77	5	85	28	21	21	28	1.98
9542465--9542597	40	3.3	40	85	4	171	31	22	16	29	1.96
9544682--9544905	40	5.6	40	84	6	274	25	25	23	25	2.00
9544682--9544905	83	2.8	80	82	4	281	25	25	23	25	2.00
9546221--9546266	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
9550798--9550969	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
9550791--9550966	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
9558353--9558524	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9558346--9558521	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9563089--9563312	40	5.6	40	81	6	247	25	25	22	25	2.00
9564628--9564673	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9585565--9585594	12	2.5	12	100	0	60	26	33	33	6	1.83
9592124--9592227	51	2.0	51	100	0	208	29	5	15	49	1.68
9593882--9594309	50	8.8	49	74	12	348	26	19	28	25	1.98
9593892--9594210	96	3.3	96	85	1	442	27	19	28	25	1.99
9593881--9594304	146	2.9	142	79	10	407	27	18	28	25	1.98
9593881--9594309	96	4.4	96	80	6	374	27	19	28	25	1.98
9593892--9594258	192	1.9	191	85	4	506	26	18	27	26	1.98
9595956--9596004	5	10.0	5	78	12	57	20	0	2	77	0.87
9598763--9598788	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
9598993--9599031	18	2.2	18	90	0	60	33	10	17	38	1.84
9601959--9602025	33	2.0	33	100	0	134	34	35	14	14	1.88
9607475--9607647	27	6.4	27	86	0	184	28	22	9	39	1.85
9607475--9607647	54	3.2	54	83	0	211	28	22	9	39	1.85
9607679--9607829	27	5.6	27	87	4	198	43	23	6	27	1.78
9607646--9607801	54	2.9	54	84	3	172	40	20	10	28	1.85
9607812--9607892	27	2.9	27	82	10	85	39	16	9	34	1.81
9607945--9608005	27	2.3	27	82	5	79	36	19	24	19	1.95
9608817--9608936	25	4.8	24	92	3	161	26	24	21	27	1.99
9608817--9608936	50	2.4	50	88	1	179	26	24	21	27	1.99
9608817--9608961	75	1.9	74	81	9	170	27	23	22	26	1.99
9609083--9609174	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
9609198--9609276	31	2.5	31	100	0	158	27	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9620660--9620692	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9620705--9620752	25	1.9	25	83	8	62	54	6	22	16	1.65
9622789--9622962	31	5.8	30	82	5	158	31	16	25	25	1.97
9622786--9622968	62	3.0	60	78	7	185	32	16	24	26	1.96
9622882--9622977	29	3.3	29	92	0	147	34	12	27	26	1.92
9622967--9623165	33	6.0	33	85	0	245	34	8	20	36	1.82
9622980--9623165	99	1.9	99	87	0	273	33	8	19	37	1.83
9626150--9626178	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
9627137--9627174	6	6.5	6	93	3	60	71	10	0	18	1.14
9627137--9627213	6	12.8	6	81	10	59	75	5	1	18	1.06
9627167--9627213	16	2.8	17	83	9	69	80	0	2	17	0.80
9627148--9627208	26	2.4	24	86	10	77	77	3	1	18	0.99
9642423--9642455	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9652212--9652236	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9660528--9660560	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9665069--9665113	21	2.2	20	84	4	54	17	26	24	31	1.97
9668514--9668546	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9693992--9694142	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
9701197--9701440	49	4.9	49	81	4	301	29	27	18	24	1.98
9701210--9701440	100	2.3	98	84	3	311	29	27	18	24	1.98
9702087--9702146	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
9704942--9705001	6	9.8	6	78	10	68	16	1	0	81	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9704945--9704997	21	2.5	21	87	9	81	15	1	0	83	0.74
9704945--9705001	26	2.1	28	90	6	91	15	1	0	82	0.75
9704942--9705026	37	2.3	38	82	6	95	18	2	1	77	0.94
9704942--9705026	32	2.5	33	80	16	95	18	2	1	77	0.94
9718599--9718924	48	6.9	47	77	11	247	25	17	29	27	1.97
9718654--9718924	95	2.9	94	81	3	310	26	16	29	26	1.97
9718596--9718927	143	2.3	144	82	4	404	25	17	29	27	1.97
9721001--9721221	40	5.6	40	86	3	286	25	26	21	27	1.99
9723679--9723705	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
9723785--9723823	20	2.0	20	89	0	60	15	5	5	74	1.17
9725358--9725528	47	3.7	46	81	12	190	26	17	30	25	1.97
9727663--9727704	4	10.5	4	80	19	52	21	2	0	76	0.90
9727667--9727702	13	2.8	13	91	4	56	19	2	0	77	0.88
9731420--9731508	24	3.7	24	75	3	88	28	29	15	26	1.96
9743242--9743329	44	2.0	44	97	0	167	46	9	1	43	1.42
9743309--9743334	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
9743621--9743671	26	2.0	26	100	0	102	39	15	15	29	1.89
9745233--9745510	154	1.8	153	80	5	339	35	19	15	28	1.93
9752657--9752709	26	2.0	26	92	0	88	33	9	0	56	1.32
9755100--9755151	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
9758067--9758100	15	2.2	16	94	5	61	41	0	0	58	0.98
9758067--9758110	15	3.1	13	81	18	52	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9762803--9762913	33	3.3	33	73	15	111	28	13	15	42	1.85
9762763--9762913	67	2.2	67	85	3	205	27	13	15	42	1.86
9766643--9766816	70	2.5	69	80	3	190	31	14	12	41	1.83
9766643--9766822	35	5.3	34	74	6	148	31	14	13	41	1.84
9766710--9766821	34	3.3	34	74	10	113	30	13	13	42	1.82
9770011--9770046	15	2.3	16	95	4	65	66	0	0	33	0.92
9780073--9780188	28	4.2	28	79	2	117	28	29	12	30	1.92
9780175--9780276	40	2.5	40	85	3	134	34	25	16	23	1.95
9782740--9783029	48	6.0	48	91	0	445	36	7	25	31	1.83
9783172--9783316	37	3.9	37	94	0	254	24	17	32	25	1.97
9807079--9807117	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
9815939--9816020	43	1.9	43	82	7	105	31	20	18	29	1.96
9815938--9816028	42	2.1	43	80	6	105	29	20	18	30	1.97
9821056--9821278	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
9821054--9821278	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
9840548--9840579	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
9841852--9841883	15	2.1	15	94	0	55	34	0	15	50	1.45
9842385--9842442	23	2.5	23	97	0	107	8	3	41	46	1.51
9842547--9842587	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
9855600--9855854	85	3.0	86	79	1	269	32	19	14	34	1.91
9855936--9856037	46	2.2	46	92	1	170	39	14	11	34	1.83
9857505--9857558	24	2.3	23	81	12	65	50	27	1	20	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9858077--9858242	43	3.9	42	77	10	151	32	25	16	24	1.96
9862087--9862209	43	2.9	40	75	10	104	25	16	27	30	1.96
9867576--9867620	16	2.9	15	83	9	54	75	8	0	15	1.03
9871252--9871307	6	9.3	6	76	7	51	75	1	8	14	1.13
9872901--9872940	17	2.2	18	86	8	55	65	0	10	25	1.24
9880855--9880903	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
9881268--9881305	19	2.0	20	89	5	60	23	15	23	36	1.94
9881551--9881649	49	2.0	49	100	0	198	26	16	21	36	1.94
9881956--9881981	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
9888237--9894462	773	8.1	773	95	0	11249	30	23	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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