genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87837337--87837416	40	2.0	40	100	0	160	30	10	25	35	1.88
87838696--87838729	6	5.7	6	100	0	68	47	0	0	52	1.00
87848470--87848606	57	2.4	58	80	6	145	30	18	17	33	1.94
87852852--87852892	21	2.0	21	90	0	64	19	26	4	48	1.69
87856519--87856810	46	6.2	49	74	10	139	24	28	18	28	1.98
87856642--87856815	46	3.7	46	82	8	183	23	29	19	27	1.98
87871297--87871382	41	2.1	41	95	0	154	44	19	4	31	1.71
87883968--87884010	16	2.7	16	82	10	52	55	2	0	41	1.12
87884558--87884601	21	2.0	22	86	4	63	31	0	11	56	1.35
87885222--87885279	27	2.1	28	81	9	66	29	3	3	63	1.27
87886231--87886277	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
87888746--87888883	68	2.0	68	95	0	249	40	18	9	31	1.83
87893421--87893460	16	2.5	17	80	19	50	55	12	5	27	1.58
87901404--87901447	3	14.7	3	90	0	70	34	2	2	61	1.21
87901992--87902044	25	2.2	25	82	3	63	32	5	3	58	1.39
87902165--87902211	24	2.0	24	91	0	76	31	17	4	46	1.67
87904511--87904836	144	2.3	144	86	2	440	27	30	16	24	1.97
87904547--87904836	48	6.0	48	88	0	418	28	30	16	24	1.96
87907072--87907138	33	2.0	33	97	0	125	46	25	8	19	1.79
87918492--87918716	45	5.0	45	78	4	238	33	27	14	24	1.94
87918492--87918716	90	2.5	90	93	0	369	33	27	14	24	1.94
87921559--87921667	58	1.9	58	82	1	139	32	24	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87923553--87923583	14	2.2	14	94	0	53	41	3	25	29	1.71
87926290--87926507	96	2.3	96	80	1	249	27	21	16	34	1.95
87926739--87927440	346	2.0	348	95	0	1282	31	14	14	39	1.87
87927799--87927853	28	1.9	29	82	10	69	40	0	0	60	0.97
87932341--87932414	30	2.5	30	97	0	139	35	9	22	32	1.87
87940577--87940680	39	2.6	39	84	4	129	42	23	4	29	1.74
87948113--87948149	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
88072791--88072964	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
88072792--88072947	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88074565--88074744	54	3.2	55	68	18	145	35	3	4	56	1.36
88074502--88074863	128	3.0	118	84	11	498	35	4	4	54	1.43
88076336--88076443	38	2.8	39	76	9	121	27	24	21	26	1.99
88076507--88076597	40	2.3	40	90	1	139	31	21	23	23	1.98
88077114--88077283	43	4.0	43	67	11	100	27	0	24	48	1.56
88082125--88082308	43	4.3	42	80	7	147	22	16	29	30	1.96
88084213--88084647	126	3.5	126	88	3	608	27	18	15	38	1.91
88088842--88088871	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
88100190--88100323	44	2.9	46	73	18	125	29	20	18	31	1.97
88100736--88101092	44	7.8	44	66	16	138	29	19	17	32	1.95
88099880--88100956	541	2.0	541	100	0	2154	23	18	21	36	1.95
88100700--88101138	228	1.9	227	87	2	639	29	20	18	31	1.96
88101070--88101201	44	2.9	45	76	3	113	28	22	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88101215--88101314	44	2.3	44	82	3	112	32	16	20	32	1.94
88109681--88109723	19	2.2	20	83	4	52	48	4	16	30	1.66
88120929--88120978	12	4.0	12	84	5	64	56	0	28	16	1.41
88120930--88120978	6	7.8	6	83	2	53	55	0	28	16	1.42
88139956--88140181	40	5.7	40	86	6	241	24	26	21	27	1.99
88139956--88140181	80	2.8	80	83	9	282	24	26	21	27	1.99
88139956--88140181	120	1.9	120	80	10	266	24	26	21	27	1.99
88145660--88145737	39	2.0	39	100	0	156	25	28	20	25	1.99
88150203--88150314	28	4.0	28	84	2	127	27	15	30	26	1.96
88159303--88159354	26	2.0	26	88	0	77	15	17	19	48	1.82
88163142--88163284	62	2.3	61	86	6	198	39	1	2	55	1.23
88163142--88163298	58	2.6	62	84	7	198	40	1	2	55	1.21
88174996--88175095	50	2.0	50	94	1	175	47	13	16	24	1.81
88184009--88184429	210	2.0	210	97	0	797	40	14	16	28	1.87
88188203--88188337	43	3.1	43	80	10	134	33	25	17	23	1.96
88193514--88193573	25	2.4	25	88	0	93	26	25	21	26	2.00
88193623--88193670	25	2.0	25	88	8	73	35	20	12	31	1.90
88193635--88193686	25	2.1	25	85	0	68	36	21	13	28	1.91
88193571--88193785	76	2.9	75	80	6	256	39	25	10	24	1.87
88193718--88193818	48	2.0	51	88	5	154	38	24	9	26	1.87
88199027--88199065	6	6.5	6	90	0	51	48	12	17	20	1.80
88199560--88199604	19	2.4	18	85	10	56	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88199560--88199611	3	18.0	3	77	15	56	34	0	1	63	1.06
88202842--88202964	46	2.7	46	89	0	183	25	22	23	28	1.99
88205680--88205739	15	4.0	15	77	0	66	11	11	15	61	1.56
88205681--88205740	30	2.0	30	90	0	93	11	13	15	60	1.60
88208172--88208294	46	2.7	46	90	0	201	23	24	24	27	2.00
88212277--88212587	39	8.0	39	94	0	523	22	28	26	22	1.99
88212632--88212720	43	2.1	43	100	0	178	35	19	8	35	1.83
88215079--88215301	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
88215221--88215371	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
88222164--88222387	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
88222306--88222457	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
88226855--88226980	47	2.7	46	83	9	148	28	19	30	21	1.98
88226897--88227027	47	2.7	52	83	12	147	29	18	29	22	1.97
88228854--88228896	13	3.2	13	84	12	52	37	0	4	58	1.19
88229518--88229593	25	3.0	25	84	0	98	19	22	30	27	1.98
88231819--88231862	18	2.4	18	85	7	63	25	0	4	70	1.06
88235366--88235412	20	2.6	17	81	15	58	17	4	2	76	1.04
88235390--88235422	7	4.7	7	89	10	50	24	0	0	75	0.80
88235389--88235419	15	2.1	14	94	5	53	22	0	0	77	0.77
88235370--88235428	18	3.2	17	80	20	50	22	1	1	74	1.00
88235590--88235641	5	9.6	5	80	12	50	19	5	0	75	1.01
88235590--88235641	11	4.8	10	73	17	50	19	5	0	75	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88241809--88241976	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
88241832--88241976	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
88254535--88254760	40	5.7	40	88	4	280	26	22	26	25	2.00
88256496--88256663	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
88256519--88256663	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
88272473--88272865	27	14.7	26	77	7	328	39	19	9	31	1.84
88272473--88272865	54	7.3	53	81	4	389	39	19	9	31	1.84
88272473--88272864	107	3.7	108	82	6	431	39	19	9	31	1.84
88272473--88272892	134	3.1	134	81	5	465	38	19	10	31	1.85
88278407--88278486	39	2.1	39	85	0	106	18	20	23	37	1.94
88281064--88281219	50	3.1	50	81	7	199	37	26	12	23	1.90
88281064--88281226	25	6.5	25	70	12	111	37	25	12	24	1.90
88286404--88286476	33	2.2	33	97	0	137	35	19	23	21	1.96
88302395--88302487	23	4.0	23	82	0	105	48	24	15	11	1.78
88302395--88302487	46	2.0	46	85	0	123	48	24	15	11	1.78
88305056--88305151	43	2.2	43	88	0	138	35	11	17	35	1.86
88312507--88312535	13	2.2	13	100	0	58	58	13	13	13	1.63
88313178--88313349	25	6.9	25	74	10	127	36	20	15	27	1.93
88322789--88322852	31	2.1	31	96	0	119	34	10	32	21	1.89
88332985--88333128	46	3.1	44	69	21	107	29	27	20	22	1.98
88339132--88339199	32	2.1	32	91	0	109	48	5	11	33	1.64
88345168--88345201	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88349470--88349582	43	2.7	42	82	5	147	32	19	22	25	1.97
88367740--88367778	18	2.2	18	90	0	60	12	7	10	69	1.37
88367745--88367785	18	2.3	19	79	12	50	12	9	7	70	1.33
88375203--88375232	9	3.4	9	95	4	53	73	0	0	26	0.84
88382001--88382073	24	3.0	24	91	0	119	38	24	19	17	1.93
88392722--88392761	19	2.1	19	86	9	55	72	0	2	25	0.97
88400882--88400933	26	2.0	25	85	14	70	40	3	25	30	1.73
88401412--88401534	42	2.9	43	81	4	144	29	15	24	30	1.96
88417752--88417822	31	2.3	31	85	7	92	18	22	38	21	1.94
88423466--88423736	46	5.7	48	75	14	242	27	20	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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