genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26407948--26408171	122	1.9	120	85	1	313	41	9	19	29	1.83
26410806--26411023	40	5.5	40	88	3	307	25	28	22	22	1.99
26410806--26411027	80	2.8	80	89	2	340	25	28	22	23	1.99
26423479--26423563	41	2.1	41	93	0	143	36	24	10	28	1.89
26428050--26428086	14	2.6	15	87	8	51	64	0	0	35	0.94
26428052--26428102	22	2.3	23	80	10	61	60	0	0	39	0.97
26428054--26428105	14	3.7	14	79	5	52	61	0	0	38	0.96
26428087--26428156	33	2.1	34	81	7	81	55	4	0	40	1.19
26444942--26445010	26	2.7	26	79	0	66	33	15	8	42	1.78
26450899--26450947	25	2.0	25	83	0	62	36	8	20	34	1.82
26456020--26456062	22	2.0	22	81	9	52	25	6	2	65	1.30
26458091--26458120	12	2.5	12	94	0	51	30	43	20	6	1.77
26463419--26463597	28	6.6	27	78	6	173	26	15	27	30	1.96
26471568--26471745	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26471569--26471724	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26471565--26471745	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26473388--26473559	43	4.0	44	82	5	208	27	14	25	33	1.94
26475579--26475698	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
26476827--26477049	78	2.8	79	82	8	258	24	21	28	25	1.99
26476827--26477049	40	5.7	40	86	5	278	24	21	28	25	1.99
26482082--26482113	15	2.1	15	94	0	55	68	6	3	21	1.26
26493953--26494015	29	2.2	29	91	8	103	22	25	36	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26496557--26496697	40	3.5	40	83	0	176	26	22	24	25	2.00
26504624--26504687	29	2.1	29	85	5	83	46	10	9	32	1.71
26504749--26504780	14	2.3	14	94	0	55	31	3	0	65	1.08
26506353--26506383	15	2.1	15	100	0	62	19	12	19	48	1.81
26511198--26511228	16	1.9	16	93	0	53	38	0	9	51	1.35
26511857--26511911	23	2.3	23	76	14	58	40	1	1	56	1.21
26523682--26523791	43	2.6	42	83	9	127	25	18	24	31	1.97
26539694--26539757	27	2.3	27	86	2	83	28	23	21	26	1.99
26546529--26546580	27	2.0	27	88	3	79	38	21	7	32	1.82
26551816--26551894	40	2.0	40	100	0	158	39	12	15	32	1.85
26564557--26564590	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
26564876--26564932	30	1.9	30	85	7	80	42	12	8	36	1.74
26572135--26572160	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26572252--26572282	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
26582605--26582719	44	2.7	43	77	14	128	22	19	29	28	1.98
26582610--26582719	43	2.5	44	76	15	120	23	19	29	28	1.98
26583061--26583096	18	2.0	18	100	0	72	33	5	11	50	1.61
26598056--26598222	43	3.9	43	81	6	178	31	26	15	25	1.96
26604754--26604837	25	3.5	24	79	11	82	57	5	5	30	1.47
26604837--26604968	25	5.5	24	71	16	80	56	2	6	34	1.39
26605435--26605593	30	5.3	30	92	0	273	18	5	49	26	1.69
26606229--26606434	87	2.4	86	85	2	259	35	18	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26606372--26606574	102	2.0	104	87	5	297	41	16	15	26	1.88
26606531--26606829	89	3.3	88	75	13	225	39	16	16	27	1.90
26606630--26606662	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
26606472--26607199	148	4.5	167	80	10	522	35	18	16	29	1.94
26606472--26606829	91	3.9	88	81	9	366	37	17	17	27	1.93
26606740--26607555	75	10.9	75	82	6	886	32	22	16	28	1.96
26606740--26607555	148	5.4	147	84	5	983	32	22	16	28	1.96
26606734--26607555	222	3.7	221	82	7	924	32	22	17	28	1.96
26614683--26614742	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
26614724--26614826	24	4.5	23	73	18	83	56	5	4	33	1.45
26614690--26614826	67	2.1	66	81	9	154	56	5	5	32	1.45
26614732--26614806	21	3.6	19	76	21	62	56	6	4	33	1.44
26614789--26614838	12	4.2	11	78	14	55	60	2	2	36	1.20
26615386--26615439	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
26617106--26617157	24	2.1	25	82	7	61	26	3	1	67	1.18
26623515--26623552	18	2.1	19	95	5	69	36	0	0	63	0.95
26626910--26626990	41	2.0	41	100	0	162	50	2	2	44	1.28
26640893--26640926	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
26641075--26641315	50	4.8	50	77	5	200	26	14	26	32	1.95
26641127--26641310	48	3.7	49	76	7	183	26	16	25	30	1.97
26641128--26641308	99	1.8	101	89	2	285	26	16	25	30	1.97
26641513--26641542	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26643466--26643582	40	3.0	38	81	9	137	27	25	19	27	1.99
26643489--26643634	40	3.7	40	81	5	170	25	26	22	25	2.00
26647320--26647367	23	2.1	23	100	0	96	25	35	8	31	1.85
26651535--26651719	40	4.7	40	89	4	234	26	27	21	24	1.99
26654749--26654787	19	2.1	19	100	0	78	35	5	5	53	1.45
26658429--26658531	51	2.0	51	94	0	179	29	9	26	34	1.88
26671142--26671201	29	2.1	29	93	0	102	41	13	15	30	1.85
26673524--26673557	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
26674666--26674953	38	6.8	38	72	20	200	30	23	15	30	1.95
26674711--26674922	47	4.7	47	80	12	255	30	23	15	30	1.95
26674673--26674879	85	2.4	85	95	0	369	29	24	15	30	1.95
26674791--26674929	48	2.9	48	88	1	199	30	20	15	32	1.94
26674711--26674953	133	1.8	132	91	2	398	30	23	15	30	1.95
26675340--26675368	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
26676122--26676177	28	2.0	28	96	0	103	14	7	30	48	1.70
26678318--26678361	6	7.5	6	87	10	56	84	0	2	13	0.73
26678334--26678366	17	1.9	17	93	0	57	84	0	3	12	0.72
26686088--26686207	50	2.3	52	82	2	163	37	14	15	33	1.87
26688162--26688225	19	3.4	19	68	12	60	23	1	14	60	1.42
26688164--26688236	37	2.0	37	97	0	137	27	2	12	57	1.49
26689392--26689449	26	2.3	25	88	5	89	60	5	5	29	1.40
26691460--26691513	12	4.5	12	79	9	58	75	3	18	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26691460--26691537	36	2.2	35	82	17	90	75	3	17	2	1.07
26693810--26693964	43	3.6	44	79	8	149	27	16	24	31	1.96
26698401--26698544	44	3.4	40	76	9	126	31	25	18	25	1.98
26711591--26711901	46	6.6	48	76	11	213	23	28	18	28	1.98
26721128--26721184	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
26721126--26721188	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
26721243--26721322	24	3.3	24	88	11	119	31	16	22	30	1.96
26721527--26721592	31	2.1	31	85	0	87	34	13	27	24	1.93
26729088--26729135	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26729174--26729230	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
26729172--26729234	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
26729288--26729363	24	3.0	26	94	5	131	32	19	19	27	1.96
26729288--26729383	49	1.9	50	87	10	144	30	20	21	27	1.98
26729575--26729638	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
26737257--26737310	20	2.7	20	94	2	90	35	12	20	31	1.90
26737365--26737421	24	2.3	25	93	3	98	29	19	24	26	1.98
26737365--26737435	24	3.0	24	86	11	94	30	21	22	25	1.98
26748183--26748239	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
26748181--26748243	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
26748298--26748376	24	3.3	24	85	13	101	31	20	22	25	1.98
26751757--26751917	40	4.1	38	81	10	130	26	27	22	23	1.99
26759752--26759928	80	2.2	81	82	7	204	26	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26759752--26759883	40	3.3	40	93	3	214	27	26	21	25	1.99
26778147--26778262	6	18.8	6	73	15	94	49	14	17	18	1.80
26778192--26778262	31	2.3	31	100	0	142	49	15	15	19	1.80
26778147--26778259	25	4.6	25	79	8	108	48	15	17	18	1.81
26778195--26778252	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
26778660--26778900	27	9.0	27	87	3	335	24	21	19	34	1.96
26778700--26778927	54	4.2	54	84	5	167	26	17	18	36	1.94
26778855--26778981	27	4.7	27	79	6	98	26	11	23	37	1.90
26778695--26778980	134	2.1	134	82	6	330	26	16	20	36	1.94
26778922--26778981	26	2.3	27	82	8	70	26	10	23	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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