genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81994346--81994530	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
81994401--81994563	79	2.1	79	83	6	206	26	20	26	25	1.99
82003307--82003349	21	2.0	21	83	16	54	11	6	25	55	1.60
82006606--82006725	47	2.6	47	84	11	142	26	30	16	26	1.97
82014240--82014363	47	2.6	48	83	8	141	25	25	16	31	1.97
82014247--82014507	46	5.6	46	75	13	178	23	26	18	30	1.98
82017329--82017589	66	4.0	66	87	3	382	25	11	21	41	1.87
82017329--82017570	131	1.8	132	90	0	387	25	11	21	41	1.87
82019223--82019262	17	2.4	17	91	0	62	22	35	17	25	1.95
82026463--82026495	16	2.1	16	94	0	57	33	18	0	48	1.48
82026694--82027132	50	8.7	50	81	2	475	30	24	17	26	1.97
82026697--82027132	101	4.3	101	81	2	484	30	24	17	26	1.97
82026697--82027133	151	2.9	151	89	0	649	30	24	17	26	1.97
82030168--82030196	9	3.2	9	100	0	58	34	20	0	44	1.52
82032106--82032370	47	5.6	48	72	14	169	21	28	20	28	1.98
82032201--82032420	94	2.3	94	81	4	257	20	28	22	28	1.99
82032107--82032405	47	6.4	47	68	15	154	22	27	21	28	1.99
82035425--82035580	39	4.0	39	95	0	267	23	29	26	21	1.99
82037820--82037857	19	2.0	20	84	5	51	57	5	10	26	1.53
82040653--82040701	18	2.8	18	93	3	82	51	6	14	28	1.66
82040906--82040961	23	2.5	23	80	8	62	30	12	19	37	1.89
82045030--82045082	26	2.0	26	100	0	106	37	11	7	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82049585--82049626	20	2.0	22	82	13	54	54	0	28	16	1.42
82053764--82053859	47	2.0	47	91	0	156	37	2	19	40	1.64
82062771--82062864	37	2.5	37	77	8	91	51	7	8	32	1.60
82076271--82076394	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
82076281--82076388	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
82080946--82081039	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
82080956--82081033	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
82088567--82088674	53	2.0	53	96	0	198	29	22	12	35	1.91
82097798--82097966	48	3.6	47	77	7	166	24	26	21	28	1.99
82098298--82098381	30	2.8	30	94	0	141	34	27	5	32	1.81
82102599--82102632	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
82103351--82103400	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
82105108--82105159	17	3.1	16	75	17	52	78	0	1	19	0.84
82105113--82105163	22	2.3	23	89	3	77	78	0	1	19	0.85
82105116--82105159	8	5.1	8	84	10	52	79	0	2	18	0.83
82111552--82111611	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
82117087--82117194	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
82118501--82119190	344	2.0	343	97	0	1308	37	9	16	36	1.82
82124867--82124905	16	2.4	16	86	0	51	38	5	23	33	1.77
82125154--82125182	10	3.0	10	95	5	51	48	0	0	51	1.00
82134819--82134963	50	3.0	49	84	2	175	28	19	24	26	1.98
82139621--82139728	43	2.5	43	87	3	164	35	24	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82170692--82170746	29	1.9	29	85	3	76	47	3	12	36	1.59
82170692--82170753	29	2.1	29	82	5	72	50	3	12	33	1.57
82177356--82177382	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
82178691--82178765	38	2.1	38	82	7	93	48	0	4	48	1.20
82178708--82178769	20	3.2	20	73	17	67	45	0	1	53	1.10
82187612--82187661	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
82191347--82191376	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
82195455--82195511	25	2.3	24	82	11	71	33	1	1	63	1.15
82205181--82205250	35	2.0	35	82	0	86	32	2	11	52	1.52
82205386--82205497	43	2.6	43	90	2	163	23	13	26	36	1.92
82205373--82205547	43	4.1	42	77	9	158	28	12	25	33	1.92
82214936--82214970	18	1.9	18	88	0	52	14	8	0	77	0.99
82215265--82215315	22	2.2	21	80	16	57	31	3	9	54	1.51
82215427--82215476	25	2.0	25	92	0	82	44	4	24	28	1.72
82222521--82222596	39	1.9	39	94	0	134	28	18	21	31	1.97
82227693--82227732	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
82236081--82236142	32	2.0	32	87	9	92	41	8	12	37	1.73
82237986--82238018	12	2.7	12	95	4	57	66	0	33	0	0.92
82238796--82238832	18	2.0	19	89	5	58	16	13	18	51	1.76
82238947--82239053	18	5.9	18	84	4	135	33	17	15	32	1.92
82244438--82244620	37	4.7	37	70	18	131	44	1	3	51	1.25
82244485--82244637	18	8.9	18	66	20	76	42	0	1	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82244420--82244899	120	4.0	120	95	1	750	42	1	4	51	1.31
82244732--82244787	15	4.1	13	76	14	51	42	0	1	55	1.10
82244736--82244778	15	2.8	16	79	10	54	44	0	2	53	1.13
82244856--82244897	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
82244847--82244888	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
82245114--82245181	16	4.2	16	92	0	118	36	35	0	27	1.58
82246127--82246197	34	2.1	34	97	0	133	43	11	9	35	1.74
82249698--82249741	23	1.9	23	86	9	63	38	9	9	43	1.68
82262200--82262245	13	3.5	13	84	0	65	52	13	2	32	1.52
82275230--82275274	23	2.0	23	82	8	56	64	11	13	11	1.50
82275869--82275901	14	2.4	14	90	5	50	84	12	3	0	0.72
82279398--82279505	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
82280768--82280842	26	2.8	26	81	4	78	33	22	13	30	1.92
82280948--82281079	27	4.9	27	78	10	117	21	21	21	34	1.97
82280948--82281053	54	2.0	55	86	3	153	20	21	22	34	1.96
82284799--82284977	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
82287157--82287496	47	7.1	47	86	5	473	30	12	30	26	1.93
82287157--82287496	98	3.5	94	88	4	473	30	12	30	26	1.93
82287157--82287496	145	2.3	145	95	0	608	30	12	30	26	1.93
82287703--82287884	37	4.9	37	93	0	301	24	18	31	25	1.97
82291171--82291210	17	2.4	17	91	0	62	30	5	32	32	1.79
82291179--82291213	17	2.1	17	100	0	70	25	5	28	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82291540--82291647	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82292909--82292983	26	2.8	26	79	4	69	34	20	12	33	1.89
82293108--82293229	27	4.5	26	82	10	138	18	24	20	36	1.95
82293085--82293229	54	2.7	53	89	5	202	17	24	21	35	1.95
82293115--82293218	27	3.8	28	83	7	142	18	25	21	34	1.96
82294994--82295044	21	2.4	21	77	6	59	11	7	11	68	1.39
82307478--82307537	19	3.0	20	68	22	54	45	10	10	35	1.71
82308346--82308371	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
82310325--82310356	12	2.7	12	90	0	55	46	6	18	28	1.73
82312608--82312644	19	1.9	19	89	10	58	62	0	5	32	1.18
82313876--82313906	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
82320849--82320892	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
82321356--82321385	9	3.2	9	95	4	51	36	10	13	40	1.78
82329278--82329317	21	2.0	20	85	14	55	27	0	22	50	1.50
82340474--82340520	3	15.7	3	95	0	85	34	29	0	36	1.58
82348499--82348610	34	3.3	34	91	1	179	25	18	25	30	1.98
82348496--82348648	68	2.2	68	81	9	173	27	20	24	27	1.99
82359730--82359902	46	3.7	46	76	13	192	21	20	27	30	1.98
82359727--82359897	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	29	1.98
82363114--82363255	52	2.9	52	80	8	156	30	26	19	23	1.98
82366033--82366086	15	3.6	15	82	5	65	59	16	14	9	1.60
82366064--82366093	15	2.0	15	93	0	51	63	20	3	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82369984--82370071	44	2.0	44	88	0	131	31	27	17	23	1.97
82376114--82376194	34	2.4	34	82	2	99	29	18	19	32	1.96
82379732--82379832	48	2.1	48	92	0	166	25	28	14	30	1.95
82381403--82381498	40	2.4	40	84	1	122	47	7	25	19	1.75
82382842--82382928	42	2.1	42	95	0	156	25	16	33	25	1.96
82384362--82384407	16	2.6	17	86	10	58	23	8	6	60	1.49
82385111--82385451	130	2.6	130	80	5	334	27	19	17	36	1.94
82396999--82397478	44	10.9	44	86	0	638	27	16	31	25	1.96
82400690--82400928	130	1.8	130	81	1	300	26	19	18	35	1.95
82406714--82406938	40	5.6	40	82	4	274	27	28	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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