genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28928292--28928447	81	1.9	81	87	6	226	29	29	14	26	1.95
28932518--28932550	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
28933096--28933126	11	2.8	11	95	0	53	77	0	16	6	0.97
28937053--28937127	5	15.2	5	74	18	50	62	0	33	4	1.14
28937069--28937141	11	6.8	11	77	14	64	67	0	30	2	1.05
28937053--28937138	41	2.1	42	89	6	131	63	0	32	3	1.11
28941822--28941850	5	5.8	5	100	0	58	79	0	20	0	0.74
28941795--28941867	15	4.7	15	76	11	67	67	0	28	4	1.09
28942846--28942874	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
28942861--28942922	25	2.4	26	86	5	81	56	3	1	38	1.25
28948083--28948400	48	6.6	48	84	5	394	25	15	28	30	1.96
28948080--28948400	144	2.2	146	86	8	453	25	15	28	30	1.96
28952454--28952570	61	1.9	61	83	0	153	23	34	20	21	1.97
28952648--28952672	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
28957753--28958232	44	10.9	44	84	0	582	26	29	13	29	1.94
28969810--28970221	131	3.2	128	73	10	325	35	17	18	28	1.94
28971674--28971708	18	1.9	18	94	0	61	48	5	2	42	1.41
28973530--28973754	40	5.7	40	83	5	269	24	20	28	26	1.99
28973624--28973777	80	1.9	79	84	6	204	25	19	28	25	1.99
28976177--28976223	22	2.1	23	84	11	62	6	0	21	72	1.07
28979672--28979723	26	2.0	26	100	0	104	30	15	11	42	1.82
28986575--28986829	55	4.8	53	81	7	227	20	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28986622--28986822	108	1.8	110	88	4	309	21	24	18	34	1.96
28993727--28993757	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
28993724--28993763	20	2.0	20	90	0	62	37	20	0	42	1.52
28996706--28996747	21	2.0	21	95	0	75	23	26	19	30	1.98
28998983--28999066	7	12.1	7	73	6	55	47	32	0	20	1.50
28999927--29000004	39	2.0	40	80	11	92	25	20	15	38	1.92
29010949--29011002	26	2.1	26	96	0	99	38	16	9	35	1.81
29014264--29014435	93	1.8	93	90	2	274	27	29	20	22	1.98
29014256--29014429	46	3.8	44	74	11	161	28	29	20	22	1.98
29014307--29014450	46	3.1	45	70	16	123	28	29	20	21	1.98
29016886--29016949	27	2.4	27	84	2	76	39	18	18	23	1.93
29016902--29016955	27	2.0	27	89	7	83	31	18	18	31	1.95
29017126--29017254	20	6.4	20	89	0	186	13	20	27	37	1.91
29017227--29017266	20	2.0	20	85	0	53	12	35	27	25	1.92
29017151--29017278	60	2.1	60	80	0	139	14	24	26	35	1.93
29017290--29017365	26	2.9	25	80	3	71	22	18	21	38	1.94
29018664--29018700	9	4.1	9	93	6	58	10	0	21	67	1.21
29034677--29034727	22	2.3	22	100	0	102	45	23	7	23	1.79
29039213--29039405	47	4.1	47	90	1	289	33	10	29	26	1.90
29039242--29039313	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
29039286--29039361	24	3.2	24	66	23	70	28	13	32	25	1.93
29039370--29039484	50	2.3	50	87	1	167	30	7	30	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29039610--29039718	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
29040994--29041060	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
29040983--29041362	157	2.4	155	93	3	647	24	21	28	25	1.99
29040993--29041362	40	9.5	40	91	5	596	24	22	28	24	1.99
29040993--29041375	197	2.0	194	90	4	592	24	22	28	24	1.99
29045329--29045511	46	4.1	46	81	8	207	33	10	27	27	1.90
29045713--29045815	34	2.9	36	82	10	140	24	19	30	26	1.98
29046919--29047063	36	4.0	37	75	12	140	20	22	25	31	1.98
29046939--29047080	72	1.9	76	84	8	195	21	21	26	31	1.98
29046960--29047096	36	3.7	39	77	11	146	20	23	27	29	1.99
29053591--29053789	38	5.3	39	88	6	279	18	22	28	31	1.97
29053591--29053815	38	6.0	36	84	10	156	18	21	28	31	1.97
29060300--29060505	39	5.3	39	89	0	297	19	22	27	30	1.98
29063720--29063849	39	3.3	39	89	0	188	23	26	21	27	1.99
29067210--29067331	46	2.6	47	80	5	138	27	23	13	35	1.93
29075453--29075499	20	2.3	20	92	0	85	12	27	36	23	1.91
29081639--29081727	45	2.0	45	88	0	133	39	23	12	24	1.89
29103223--29103350	43	3.0	42	70	15	102	23	15	25	35	1.94
29121724--29121774	26	2.0	26	92	0	84	25	19	35	19	1.95
29126444--29126511	35	1.9	35	88	5	102	35	13	14	36	1.85
29129000--29129201	47	4.3	47	93	1	334	28	30	8	32	1.88
29139066--29139090	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29142265--29142308	13	3.4	13	90	6	63	9	29	50	11	1.69
29145080--29145264	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
29145081--29145264	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
29145081--29145297	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
29153041--29153225	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
29153042--29153225	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
29153042--29153258	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
29167331--29167370	21	2.0	21	90	5	64	10	42	27	20	1.83
29184665--29184782	46	2.6	44	83	5	119	29	20	26	23	1.99
29186954--29187126	46	3.7	46	78	14	203	20	19	30	29	1.97
29186948--29187119	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
29190604--29190797	46	4.2	45	75	11	135	23	29	18	28	1.98
29190634--29190797	46	3.5	46	76	12	174	22	30	18	28	1.98
29194186--29194229	21	2.1	21	91	0	70	13	2	43	40	1.57
29198849--29198888	21	1.9	21	89	0	62	50	0	10	40	1.36
29199570--29199613	20	2.3	19	84	11	54	29	4	27	38	1.76
29203229--29203307	39	2.0	39	97	0	149	45	12	17	24	1.83
29204480--29204504	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29206971--29207019	18	2.7	17	81	12	53	32	0	0	67	0.91
29208986--29209050	22	3.0	22	83	0	76	12	24	26	36	1.91
29209191--29209255	28	2.4	27	84	5	94	18	24	23	33	1.96
29211929--29211993	33	2.0	33	84	6	87	24	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29212701--29212731	7	4.4	7	95	0	53	25	3	12	58	1.50
29213734--29213912	59	3.1	58	83	2	223	35	4	8	51	1.52
29228690--29228778	29	3.0	30	79	9	110	33	20	6	39	1.79
29230331--29230438	43	2.5	43	81	0	126	27	22	25	24	2.00
29234541--29234663	45	2.7	45	88	0	165	21	22	12	43	1.85
29236536--29236584	21	2.3	22	80	16	59	46	2	0	51	1.12
29238587--29238813	48	4.7	48	90	2	341	23	16	32	27	1.96
29241897--29241994	24	4.0	24	88	6	153	36	5	37	20	1.75
29243111--29243171	31	2.0	31	100	0	122	37	26	26	9	1.87
29252266--29252467	40	5.1	40	80	1	190	36	15	30	17	1.91
29262098--29262281	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
29262098--29262278	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
29262179--29262328	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
29269998--29270181	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
29269998--29270178	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
29270079--29270228	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
29270119--29270241	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
29271722--29271755	16	2.1	16	100	0	68	35	0	17	47	1.48
29272788--29272821	11	3.2	11	95	4	61	64	8	0	26	1.22
29272774--29272834	10	5.9	10	79	12	61	63	4	0	31	1.15
29272774--29272832	21	2.8	22	82	10	79	66	5	0	28	1.13
29274531--29274686	63	2.5	63	87	2	215	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29275316--29275370	27	2.1	26	89	3	83	74	3	14	7	1.17
29276887--29277087	46	4.3	46	76	12	169	30	19	28	21	1.97
29278774--29278908	41	3.3	41	91	2	211	32	21	24	21	1.98
29279518--29279566	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
29280012--29280073	8	7.4	8	73	22	56	64	3	0	32	1.09
29280038--29280113	15	5.1	15	75	3	64	68	1	0	30	0.98
29280037--29280087	22	2.3	22	93	0	84	74	0	0	25	0.82
29280046--29280092	14	3.3	14	90	3	67	78	0	0	21	0.75
29280053--29280093	7	5.7	7	88	5	64	82	0	0	17	0.66
29280098--29280125	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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