genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924561--924594	16	2.1	16	100	0	68	44	11	20	23	1.84
924862--924908	24	2.0	24	83	8	60	40	0	2	57	1.11
926616--926697	43	1.9	43	92	5	139	35	14	2	47	1.58
926619--926710	43	2.1	42	86	11	125	32	14	3	50	1.59
932207--932271	29	2.2	30	88	2	96	49	4	18	27	1.67
932576--932711	46	3.0	46	91	2	202	39	14	23	22	1.91
937713--937763	27	1.9	27	84	4	68	52	3	7	35	1.49
941434--941521	36	2.4	34	76	12	88	54	3	0	42	1.17
946547--946587	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
950080--950128	24	2.0	26	84	8	66	51	4	2	42	1.32
950434--950498	30	2.2	31	86	5	89	44	0	4	50	1.22
950431--950500	29	2.4	30	79	11	81	44	0	4	51	1.21
953452--953485	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
953990--954067	38	2.1	38	95	0	138	24	20	12	42	1.87
962606--962736	67	2.0	67	93	0	226	46	19	9	25	1.79
967943--967979	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
973392--973452	31	2.0	31	87	6	88	24	11	9	54	1.66
980167--980208	8	5.2	8	91	0	66	35	40	14	9	1.78
983178--983206	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
984017--984063	19	2.4	19	85	3	58	51	8	4	36	1.52
1000065--1000093	7	4.1	7	100	0	58	44	0	0	55	0.99
1000766--1000806	16	2.6	16	81	14	57	63	12	2	21	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003136--1003558	135	3.1	133	80	3	427	39	14	26	19	1.90
1003559--1003780	96	2.3	95	78	3	239	39	17	24	18	1.92
1007452--1007611	84	1.9	84	89	1	250	20	18	21	38	1.93
1008327--1008361	14	2.5	14	85	0	52	77	2	0	20	0.90
1019771--1019973	46	4.3	46	86	9	223	36	14	21	28	1.92
1019705--1019973	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
1019937--1020082	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
1021567--1021645	30	2.6	29	73	18	72	45	1	7	45	1.40
1029514--1029561	23	2.1	23	84	7	62	50	6	0	43	1.27
1040759--1040810	15	3.4	15	76	10	52	34	0	1	63	1.06
1042870--1042905	18	2.0	18	100	0	72	16	5	0	77	0.94
1043171--1043313	77	1.9	77	89	2	225	28	6	22	41	1.79
1047847--1047878	15	2.1	15	100	0	64	43	6	12	37	1.68
1047906--1048010	42	2.6	40	89	5	165	23	14	13	48	1.79
1051964--1052049	42	2.0	42	100	0	172	24	6	32	36	1.82
1056334--1056454	51	2.4	50	78	9	136	34	18	4	42	1.72
1064183--1064218	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
1064170--1064210	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
1064857--1064906	15	3.3	15	82	0	73	50	12	2	36	1.51
1065641--1065687	15	2.9	15	79	14	58	6	29	8	55	1.55
1068602--1068638	17	2.1	18	90	5	58	51	5	0	43	1.24
1083605--1083629	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1085137--1085171	10	3.5	10	88	0	52	37	8	11	42	1.72
1095777--1095822	23	2.0	23	100	0	92	47	13	21	17	1.81
1099131--1099213	19	4.2	19	75	9	69	62	6	2	28	1.31
1100590--1100634	20	2.2	20	80	11	56	53	0	0	46	1.00
1101922--1101963	15	2.9	15	76	16	52	23	0	2	73	0.94
1101908--1102171	138	1.9	138	95	0	474	38	7	6	47	1.57
1102057--1102101	15	3.1	15	78	15	58	28	2	0	68	1.01
1105091--1105147	23	2.5	23	80	5	62	49	1	1	47	1.22
1111244--1111339	48	2.0	48	95	0	174	19	34	9	36	1.84
1133209--1133252	23	2.0	22	90	4	70	70	4	0	25	1.06
1142290--1142355	31	2.1	31	85	0	87	43	12	10	33	1.76
1146064--1146395	168	2.0	168	86	4	474	37	13	8	40	1.75
1148278--1148382	52	2.0	52	94	0	183	33	23	13	29	1.93
1153476--1153561	43	2.0	43	93	4	147	50	9	2	38	1.48
1158478--1158564	31	2.8	30	79	10	86	51	5	1	41	1.33
1158506--1158564	30	1.9	31	89	3	93	54	3	0	42	1.17
1158542--1158581	8	5.0	8	87	0	62	62	0	0	37	0.95
1162964--1163040	39	2.0	39	94	0	136	20	16	27	35	1.95
1167341--1167391	26	2.0	26	84	7	68	35	1	1	60	1.19
1172857--1173003	59	2.5	58	79	9	156	21	15	11	51	1.74
1182451--1182525	37	2.0	37	100	0	150	41	2	18	37	1.65
1182454--1182542	37	2.4	37	92	0	142	39	2	17	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183442--1183496	12	4.8	12	71	13	53	50	0	1	47	1.11
1189289--1189403	59	1.9	59	80	3	133	23	20	15	40	1.90
1197668--1197723	21	2.7	20	79	15	60	60	0	1	37	1.07
1198050--1198078	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
1200559--1200602	19	2.4	19	81	7	56	63	0	0	36	0.95
1201410--1201462	3	17.3	3	92	3	88	64	0	1	33	1.05
1203133--1203252	39	3.1	39	100	0	240	62	2	10	25	1.39
1204055--1204093	19	2.1	19	95	0	69	51	12	0	35	1.40
1204475--1204522	25	2.0	24	83	4	60	72	8	0	18	1.08
1207062--1208031	75	13.0	75	81	5	927	29	25	18	25	1.98
1229282--1229388	53	2.0	53	100	0	214	41	14	18	25	1.89
1233883--1233924	20	2.2	20	82	4	50	23	2	14	59	1.47
1245723--1245752	9	3.4	9	95	4	53	26	0	0	73	0.84
1257216--1257308	46	2.0	46	97	0	177	38	18	15	27	1.90
1264711--1264782	18	4.0	18	85	0	90	34	18	20	26	1.95
1266059--1266083	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
1277409--1277453	21	2.1	21	84	8	56	51	0	4	44	1.21
1277574--1277632	21	2.9	21	82	5	59	55	1	1	40	1.20
1282482--1282529	4	12.0	4	90	0	69	45	22	0	31	1.53
1284524--1284563	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
1286914--1286957	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
1287029--1287191	43	3.8	43	90	0	245	28	31	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1290583--1290619	14	2.6	14	91	0	56	35	40	0	24	1.55
1290575--1290651	21	3.7	21	75	3	66	37	40	0	22	1.54
1291717--1291908	41	4.7	40	89	4	251	32	27	21	18	1.97
1291946--1292080	40	3.4	38	78	8	126	20	20	20	37	1.94
1291965--1292081	40	2.9	41	82	3	141	23	21	19	35	1.96
1298579--1298614	18	2.0	18	94	0	63	33	19	22	25	1.97
1301619--1301652	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
1301776--1301838	30	2.1	30	90	0	99	60	12	1	25	1.42
1301867--1301915	22	2.2	22	88	0	80	61	10	10	18	1.55
1302301--1302393	43	2.1	45	82	7	111	51	2	9	36	1.47
1302648--1302693	7	5.8	8	80	19	60	26	0	2	71	0.97
1302648--1302682	15	2.3	15	100	0	70	22	0	0	77	0.78
1303867--1303934	31	2.4	27	81	13	82	42	13	8	35	1.75
1305866--1305916	26	2.0	26	100	0	102	49	15	15	19	1.80
1308450--1308484	17	2.2	15	90	10	52	45	2	0	51	1.16
1311064--1311311	100	2.5	100	81	1	255	39	17	15	27	1.90
1311865--1311925	21	2.9	21	87	0	95	34	49	16	0	1.46
1316830--1316865	18	1.9	19	88	5	56	72	8	0	19	1.10
1316845--1316900	25	2.3	26	78	9	64	66	3	0	30	1.09
1322298--1322399	34	3.1	34	72	12	95	42	2	2	51	1.32
1326879--1326943	29	2.2	31	83	10	82	29	4	7	58	1.46
1329669--1329714	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330404--1331316	228	4.0	229	84	1	1014	19	24	26	28	1.99
1332722--1332803	40	2.0	40	100	0	164	37	13	7	41	1.72
1338887--1338942	26	2.2	26	81	12	62	55	3	1	39	1.28
1341216--1341310	35	2.7	33	79	12	100	44	24	9	22	1.82
1347002--1347036	18	1.9	18	88	11	54	65	0	0	34	0.93
1347497--1347536	13	2.7	16	85	14	59	35	0	0	65	0.93
1351350--1351388	20	1.9	21	84	5	53	56	2	2	38	1.27
1353355--1353412	29	1.9	29	86	6	80	36	10	5	48	1.60
1354413--1354478	30	2.2	29	87	12	91	28	0	7	63	1.21
1358051--1358083	15	2.2	15	100	0	66	30	6	27	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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