genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30227493--30227547	10	5.8	9	83	14	58	21	1	0	76	0.88
30227493--30227567	28	2.7	28	86	13	86	22	1	0	76	0.87
30228551--30228576	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
30231591--30231640	24	2.1	24	85	7	66	16	8	28	48	1.74
30238338--30238375	19	2.0	19	100	0	76	42	5	10	42	1.62
30238365--30238419	24	2.4	24	82	14	71	29	9	10	50	1.68
30239749--30239794	20	2.3	20	85	7	58	34	28	6	30	1.82
30241889--30241948	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
30249258--30249523	47	5.6	47	94	0	424	32	8	30	28	1.86
30251234--30251308	37	2.0	37	89	0	114	22	9	22	45	1.81
30254554--30254582	15	1.9	15	100	0	58	44	13	0	41	1.44
30258843--30259017	80	2.3	77	82	9	207	32	14	16	36	1.90
30270382--30270438	19	3.0	20	82	5	73	26	7	31	35	1.83
30272565--30272736	93	1.8	93	92	2	292	27	30	21	20	1.98
30272560--30272732	46	3.7	46	80	6	206	28	28	21	21	1.98
30272608--30272751	46	3.1	45	72	15	123	28	29	20	21	1.98
30274452--30274932	266	1.8	266	93	0	829	38	6	20	34	1.79
30285113--30285166	27	2.0	27	92	0	90	27	24	11	37	1.89
30289743--30289938	42	4.5	42	74	7	167	28	25	17	29	1.97
30292702--30292768	33	2.0	33	100	0	134	35	23	2	37	1.71
30292713--30292769	18	3.3	18	66	14	57	35	26	1	36	1.67
30295401--30295437	18	2.1	18	100	0	74	35	21	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30305983--30306069	39	2.2	39	91	0	138	27	25	22	24	2.00
30309242--30309473	49	4.7	50	82	3	263	26	18	25	29	1.98
30309242--30309472	100	2.3	97	83	3	273	25	19	25	29	1.98
30312492--30312602	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
30312515--30312700	41	4.6	41	89	0	223	23	26	24	25	2.00
30312515--30312698	81	2.3	82	80	5	205	22	26	25	25	2.00
30313887--30313962	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
30320579--30320666	40	2.2	40	79	2	97	26	28	22	22	1.99
30329703--30329875	46	3.7	46	76	10	172	23	20	25	30	1.99
30329700--30329870	93	1.8	93	89	0	270	23	21	26	29	1.99
30331469--30331657	48	3.9	48	89	0	279	25	29	16	27	1.97
30333634--30333686	28	1.9	28	84	3	72	24	24	20	30	1.99
30338140--30338289	41	3.7	41	80	1	194	22	22	27	28	1.99
30341020--30341121	28	3.5	27	70	19	71	23	27	21	27	1.99
30341021--30341157	60	2.3	59	81	11	145	24	24	21	29	1.99
30341162--30341205	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
30347007--30347257	54	4.6	54	74	7	179	39	19	9	31	1.84
30347007--30347133	27	4.7	27	84	5	177	39	21	10	29	1.86
30347135--30347198	28	2.3	28	77	17	71	45	14	7	32	1.73
30347007--30347231	109	2.1	107	82	5	265	40	19	10	30	1.84
30347059--30347255	109	1.8	109	82	4	254	40	18	9	32	1.82
30347210--30347353	27	5.3	27	81	3	164	30	21	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30347232--30347353	54	2.3	54	91	5	194	31	20	5	42	1.75
30347191--30347372	81	2.3	81	79	2	206	33	19	8	38	1.82
30347358--30347767	27	15.3	27	81	2	414	36	19	17	26	1.94
30348194--30348258	22	3.0	22	82	8	87	20	21	23	35	1.96
30348417--30348518	27	3.8	27	84	5	125	18	22	21	37	1.94
30348685--30348760	6	12.3	6	75	15	57	19	17	14	48	1.81
30348655--30348757	31	3.3	31	86	1	125	21	15	12	50	1.77
30348718--30348784	25	2.6	26	90	4	100	23	19	10	46	1.81
30357841--30357907	33	2.0	33	97	0	125	28	5	28	37	1.80
30363811--30363928	59	2.0	59	100	0	236	33	8	27	30	1.86
30371952--30372059	40	2.7	40	91	2	173	25	18	26	28	1.98
30375342--30375432	28	3.2	28	89	7	132	31	24	24	19	1.98
30375538--30375602	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
30388032--30388331	48	6.2	48	93	0	501	36	6	25	31	1.82
30388464--30388534	37	1.9	37	94	0	124	21	18	32	28	1.96
30389652--30389752	40	2.5	40	86	1	130	33	13	31	20	1.92
30389659--30389948	81	3.6	80	87	1	357	35	12	28	24	1.91
30389656--30389954	41	7.4	41	79	2	264	35	12	29	23	1.91
30389757--30389948	40	4.8	40	82	3	233	36	11	26	25	1.90
30389748--30389948	80	2.5	81	96	0	368	36	11	27	24	1.90
30389934--30389974	20	2.0	20	85	0	55	41	12	31	14	1.83
30393096--30393231	57	2.4	57	85	8	181	38	21	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30393096--30393273	29	6.3	28	75	8	155	39	21	14	24	1.91
30393096--30393273	83	2.1	84	82	3	205	39	21	14	24	1.91
30402447--30402471	10	2.5	10	100	0	50	32	24	8	36	1.84
30405112--30405256	44	3.4	43	75	12	127	27	24	19	28	1.99
30407329--30407401	25	2.9	26	89	4	105	43	6	9	39	1.64
30407588--30407648	29	2.1	29	100	0	122	47	24	9	18	1.78
30409611--30409767	43	3.7	42	76	9	156	31	23	19	25	1.98
30411596--30411636	21	2.0	21	90	0	64	12	29	19	39	1.88
30419408--30419556	51	2.9	51	85	9	207	28	26	13	30	1.94
30419593--30419663	24	2.8	24	87	8	88	21	23	18	36	1.95
30419580--30419663	28	3.1	27	81	13	111	22	26	16	34	1.95
30427528--30427676	51	2.9	51	88	7	223	27	27	14	30	1.95
30427712--30427862	24	6.0	24	82	11	185	22	21	16	39	1.92
30427700--30427874	52	3.4	52	93	1	280	24	24	15	36	1.94
30430551--30430699	51	2.9	51	88	7	223	27	27	14	30	1.95
30430735--30430885	24	6.0	24	82	11	185	22	21	16	39	1.92
30430723--30430897	52	3.4	52	93	1	280	24	24	15	36	1.94
30435197--30435381	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	24	2.00
30435197--30435353	79	2.0	80	85	6	212	24	22	28	24	1.99
30435250--30435414	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
30443287--30443470	40	4.6	39	80	10	187	24	22	28	25	1.99
30443339--30443503	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30447972--30448012	20	2.0	21	85	4	57	46	24	0	29	1.53
30453256--30453579	48	6.7	48	72	7	235	29	19	26	24	1.98
30453249--30453521	96	2.8	96	84	2	325	28	19	27	24	1.98
30456159--30456342	40	4.6	39	87	6	237	24	21	27	26	1.99
30456159--30456342	79	2.3	81	85	6	243	24	21	27	26	1.99
30456212--30456375	79	2.1	78	86	5	224	26	19	27	26	1.99
30456211--30456375	39	4.2	39	83	10	203	26	19	27	27	1.99
30464040--30464217	40	4.5	40	90	3	245	23	23	28	25	2.00
30472058--30472242	40	4.6	40	82	7	232	24	23	27	23	2.00
30472058--30472242	80	2.3	81	87	4	259	24	23	27	23	2.00
30479063--30479101	19	2.1	19	95	0	69	38	10	17	33	1.84
30483969--30484075	43	2.5	43	83	6	119	30	26	17	25	1.97
30487440--30487616	40	4.4	40	83	4	221	24	22	26	26	2.00
30487443--30487599	83	1.9	80	88	6	235	23	22	26	27	1.99
30492904--30493134	40	5.7	40	84	3	284	23	22	27	27	1.99
30492904--30493134	83	2.9	82	88	4	337	23	22	27	27	1.99
30499052--30499174	46	2.7	47	81	11	146	26	17	30	24	1.97
30514121--30514292	46	3.7	46	77	7	152	27	19	29	23	1.98
30515496--30515534	21	1.9	21	89	5	62	12	35	30	20	1.90
30564069--30564131	27	2.3	27	80	0	72	39	31	12	15	1.85
30570589--30570667	33	2.3	35	80	8	101	30	24	16	29	1.96
30571905--30572004	24	4.2	24	86	6	132	20	38	6	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30578530--30578582	26	2.0	26	85	7	72	20	16	22	39	1.92
30579838--30579911	24	3.0	24	86	9	105	21	40	4	33	1.72
30585992--30586089	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
30589914--30589970	28	2.0	28	100	0	114	17	29	14	38	1.89
30595603--30595761	47	3.4	47	88	0	237	32	7	32	28	1.85
30597440--30597871	40	10.8	40	90	0	666	25	22	27	25	2.00
30601607--30601765	47	3.4	47	90	0	246	32	7	31	28	1.85
30608578--30608713	38	3.5	37	87	4	173	33	27	20	18	1.96
30621068--30621165	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
30621068--30621178	27	4.0	27	82	9	107	28	12	27	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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