genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102559126--102559158	16	2.1	16	100	0	66	33	12	12	42	1.79
102562143--102562211	26	2.9	23	79	12	68	47	0	1	50	1.09
102562179--102562203	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
102563093--102563155	31	2.0	31	82	11	76	38	11	7	42	1.70
102565676--102565747	35	2.1	35	89	0	108	36	12	23	27	1.91
102575848--102575932	43	2.0	43	100	0	170	37	4	14	43	1.66
102580752--102580789	9	4.2	9	80	12	51	57	0	0	42	0.98
102583155--102583233	31	2.6	30	75	16	83	40	12	11	35	1.79
102594346--102594376	6	5.2	6	100	0	62	48	0	0	51	1.00
102594347--102594401	18	3.1	17	86	7	65	47	0	7	45	1.30
102600878--102600948	37	1.9	37	88	0	106	32	32	15	19	1.93
102602121--102602166	16	2.8	18	81	18	64	19	6	0	73	1.04
102602121--102602173	16	3.2	17	76	12	58	20	7	0	71	1.10
102602343--102602394	12	4.2	12	80	14	61	15	9	1	73	1.18
102604288--102604333	19	2.4	19	85	7	58	21	26	13	39	1.90
102610699--102611148	44	10.0	44	73	5	245	34	18	19	28	1.95
102610698--102611147	133	3.3	133	80	6	499	34	18	19	28	1.95
102610699--102610909	89	2.4	88	81	0	233	33	18	18	29	1.95
102610881--102611010	46	2.7	49	82	4	149	37	16	17	27	1.92
102611251--102611509	44	5.9	44	76	7	186	31	15	22	31	1.94
102611340--102611509	43	3.9	44	81	6	186	27	13	25	32	1.94
102614431--102614459	14	2.1	14	100	0	58	0	6	13	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102614481--102614556	37	2.1	37	100	0	152	28	10	2	57	1.45
102614539--102614588	19	2.6	18	79	20	57	22	10	0	68	1.19
102617920--102617984	21	3.1	21	93	0	103	24	20	24	30	1.98
102627468--102627543	31	2.4	32	93	4	136	2	32	6	57	1.38
102634414--102634492	32	2.5	32	89	6	117	2	30	5	62	1.30
102635769--102635822	22	2.5	22	96	0	99	35	12	16	35	1.87
102638587--102638619	17	2.0	17	88	5	50	72	0	0	27	0.85
102646114--102646521	205	2.0	206	91	0	665	32	15	20	31	1.94
102646766--102646849	31	2.7	31	96	0	150	19	34	35	10	1.86
102648449--102648493	22	2.0	22	95	0	81	20	17	28	33	1.95
102652901--102653145	41	6.0	41	87	0	321	30	22	25	22	1.99
102653287--102653350	7	9.0	7	77	3	56	18	3	35	42	1.66
102653964--102654007	16	2.8	16	80	16	56	72	2	0	25	0.96
102653999--102654024	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
102657745--102657798	28	2.0	28	82	10	67	27	5	3	62	1.34
102657811--102657957	43	3.4	43	88	1	204	22	19	27	30	1.98
102657829--102657958	44	3.0	44	91	1	208	24	19	25	30	1.98
102660630--102660692	12	5.2	12	82	0	63	41	3	1	53	1.26
102660796--102660827	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
102661347--102661410	32	2.0	32	100	0	128	31	25	12	31	1.92
102661837--102661873	19	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
102669577--102669641	21	2.9	23	72	21	66	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102669615--102669676	27	2.3	27	83	8	74	51	3	1	43	1.27
102674996--102675050	20	2.7	20	75	13	58	36	7	12	43	1.71
102692343--102692450	26	4.2	26	92	2	173	32	7	23	37	1.82
102693629--102693658	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
102694048--102694206	54	3.0	54	88	5	225	18	23	23	35	1.96
102694048--102694206	27	5.9	27	82	8	175	18	23	23	35	1.96
102694048--102694206	81	2.0	80	83	6	205	18	23	23	35	1.96
102695872--102695926	25	2.3	25	75	6	60	20	5	21	52	1.66
102696032--102696101	36	1.9	36	91	5	115	40	10	8	41	1.69
102697290--102697345	25	2.2	25	84	6	69	60	25	12	1	1.42
102697299--102697353	20	2.8	20	78	10	58	61	25	10	1	1.39
102707659--102707684	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
102711070--102711098	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
102716652--102716720	29	2.4	30	78	11	81	44	31	0	23	1.53
102716653--102716703	21	2.4	20	75	18	50	45	29	0	25	1.54
102717686--102717942	115	2.3	114	81	6	272	32	19	15	32	1.93
102719237--102719344	26	4.2	26	93	0	189	33	7	24	35	1.83
102726674--102726780	26	4.2	26	91	1	171	33	7	23	35	1.83
102731834--102731865	13	2.5	13	94	0	55	34	18	15	31	1.93
102732955--102733098	60	2.4	59	82	8	166	27	25	19	27	1.99
102736603--102736686	40	2.1	40	81	0	96	34	16	23	25	1.95
102737582--102737634	21	2.5	21	78	6	54	49	16	1	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102737742--102737799	21	2.7	21	89	2	80	51	25	0	22	1.48
102738270--102738628	188	1.9	187	84	5	483	35	19	16	28	1.94
102741405--102741438	2	17.0	2	87	0	50	50	0	0	50	1.00
102742299--102742365	29	2.3	29	87	7	91	46	0	0	53	1.00
102742634--102742971	9	38.7	9	83	6	401	44	23	0	31	1.56
102748417--102748478	21	3.0	21	82	0	79	33	20	45	0	1.52
102751085--102751124	18	2.2	18	90	0	62	40	2	0	57	1.12
102751230--102751266	17	2.1	18	90	5	58	56	2	5	35	1.36
102751944--102751978	12	2.9	12	86	0	52	62	0	0	37	0.95
102751944--102751979	13	2.8	13	87	4	56	63	0	0	36	0.94
102752518--102752544	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
102761513--102761545	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
102761547--102761586	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
102761731--102761773	22	2.0	22	95	0	77	58	6	11	23	1.57
102771025--102771077	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
102771548--102771696	9	16.6	9	79	9	144	46	20	0	33	1.51
102771547--102771720	56	3.1	56	86	8	232	46	18	0	34	1.50
102773446--102773471	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
102777182--102777221	21	1.9	21	84	0	53	40	17	30	12	1.86
102777434--102777517	25	3.5	24	67	23	61	16	7	26	50	1.71
102777424--102777517	47	2.0	47	95	0	170	18	7	25	48	1.73
102777608--102777746	43	3.2	43	91	0	206	28	23	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102778663--102778862	3	65.7	3	67	15	63	28	8	4	60	1.43
102778723--102778783	25	2.4	25	86	5	77	29	8	1	60	1.35
102778816--102778869	25	2.0	25	82	10	63	33	7	3	55	1.45
102778902--102778942	21	1.9	22	85	5	57	31	7	0	60	1.24
102779517--102779815	128	2.3	130	82	6	353	32	17	16	34	1.92
102779622--102779865	128	1.9	128	79	6	271	33	16	15	34	1.91
102783453--102783539	42	2.1	42	86	4	122	22	35	19	21	1.96
102789308--102789347	6	6.5	6	85	5	53	0	12	2	85	0.71
102789308--102789348	20	2.2	19	86	8	57	0	12	2	85	0.70
102789308--102789348	13	3.2	12	86	6	55	0	12	2	85	0.70
102789961--102789990	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
102799237--102799288	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
102799304--102799376	25	2.8	25	79	8	85	34	6	2	56	1.40
102799335--102799424	29	3.2	27	70	16	76	30	5	5	58	1.43
102799389--102799430	22	1.9	22	85	0	57	28	4	7	59	1.44
102799438--102799496	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
102799618--102799651	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
102799618--102799651	15	2.3	15	90	10	52	29	0	5	64	1.17
102805989--102806031	21	2.0	21	86	9	59	39	0	13	46	1.44
102806047--102806166	39	3.1	38	87	3	159	44	5	22	27	1.76
102806663--102806710	24	2.0	25	84	12	64	41	0	4	54	1.20
102810610--102810640	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102818618--102819589	210	4.7	210	84	5	1180	29	17	22	30	1.96
102820994--102821112	39	3.1	39	85	2	150	45	5	21	27	1.74
102826086--102826147	3	20.7	3	93	0	106	67	3	0	29	1.06
102826889--102827668	177	4.4	177	89	1	1197	27	22	18	31	1.97
102840184--102840222	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
102841745--102841939	96	2.0	95	94	1	336	22	4	10	63	1.43
102843992--102844039	15	3.3	15	82	2	53	47	2	8	41	1.45
102844144--102844192	25	1.9	26	84	12	66	40	6	10	42	1.63
102846399--102846552	6	26.0	6	72	5	89	26	5	4	63	1.35
102846399--102846520	15	8.7	15	70	12	71	27	6	4	62	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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